CuGenDBv2

Gene ID	Lsi08G002930
Organism	Lagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
Description	Photosystem II CP47 reaction center protein
Genome location	chr08:7637771..7639129
RNA-Seq Expression	Lsi08G002930
Synteny	Lsi08G002930
Gene Ontology terms	GO:0009772 - photosynthetic electron transport in photosystem II (biological process) GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process) GO:0009523 - photosystem II (cellular component) GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component) GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component) GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function) GO:0045156 - electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity (molecular function)
InterPro domains	IPR000932 - Photosystem antenna protein-like IPR017486 - Photosystem II CP47 reaction centre protein IPR036001 - Photosystem antenna protein-like superfamily

Homology

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SwissProt top hits

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Q09WZ1 Photosystem II CP47 reaction center protein

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Q0ZIZ3 Photosystem II CP47 reaction center protein

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Q2QD63 Photosystem II CP47 reaction center protein

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99.32

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Q3C1K3 Photosystem II CP47 reaction center protein

2.0e-266

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Q7FNS4 Photosystem II CP47 reaction center protein

2.0e-266

98.64

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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

ATCG00280.1 photosystem II reaction center protein C

4.3e-14

26.49

Show/hide

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        H  L+  WAG+M L+E+A F P      PM+ QG+ ++P +  L       GW +  GG + +   +   GV   H++ S +     I+H +     +  
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        +E         K    +  I GIHL L G+G F   F A +  G+Y    PG    D   +T    + +  +G     PF   G          I   H+
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Query:  AAGTLGILAGLFHLSVRPPQRLYKGLRMGNIETVLSSSIAAVFFAAFVVAGTMWYGSATTPIELFGPT
          G++ I  G++H+  +P     + L + + E  LS S+AA+    F+    +W+ +   P E +GPT
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ATCG00680.1 photosystem II reaction center protein B

2.7e-266

98.19

Show/hide

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Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGCATACAGCTCTAGTTGCTGGTTGGGCCGGTTCAATGGCCCTATACGAATTAGCTGTTTTTGATCCCTCTGATCCTGTTCTTGATCCAATGTGGAGACAAGGTATGTT
CGTTATACCCTTCATGACTCGTTTAGGAATAACCAATTCATGGGGGGGTTGGAGTATCACAGGAGGGACTATAACGAATCCGGGTATTTGGAGTTACGAAGGTGTGGCCG
GAGCACATATTGTGTTTTCTGGATTGTGCTTCTTAGCAGCTATCTGGCATTGGGTGTATTGGGATCTAGAAATATTTTGTGATGAACGTACAGGAAAACCTTCTTTGGAT
TTGCCGAAGATTTTTGGAATTCATTTATTTCTCTCAGGGTTGGGTTGCTTTGGTTTTGGTGCATTTCATGTAACCGGATTGTATGGTCCGGGAATATGGGTATCCGATCC
TTATGGATTAACCGGAAGGGTACAAGCTGTAAATCCTGCGTGGGGTGTCGAAGGGTTTGATCCTTTTGTTCCGGGCGGAATAGCCTCGCATCATATTGCAGCAGGTACAT
TGGGCATATTAGCGGGCCTATTCCATCTTAGTGTTCGTCCACCCCAACGTCTATACAAAGGATTACGTATGGGAAATATTGAAACCGTCCTTTCGAGTAGTATCGCTGCT
GTATTTTTTGCAGCTTTTGTTGTTGCTGGAACTATGTGGTATGGTTCAGCAACTACCCCGATTGAATTATTTGGGCCCACTCGTTATCAATGGGATCAGGGATACTTCCA
GCAAGAAATATATCGAAGAGTTAGTGCCGGGTTAGCCGAAAATCAAAGTTTATCAGAAGCTTGGTCTAAAATTCCTGAAAAATTAGCTTTTTATGATTATATCGGGAATA
ATCCCGCAAAAGGTGGATTATTCAGAGCGGGTTCCATGGACAACGGGGATGGAATAGCTGTTGGGTGGTTAGGACACCCTGTTTTTAGAGATAAAGAAGGGCGCGAACTT
TTTGTACGCCGTATGCCGACCTTTTTTGAAACATTTCCGGTTGTTTTGGTAGACGGAGACGGAATTGTTAGAGCCGATGTTCCTTTTCGAAGAGCAGAATCGAAGTATAG
TGTTGAACAGGTCGGTGTAACAGTTGAGTTCTATGGCGGTGAACTCAATGGGGTCAGTTATAGTGATCCTGCTACTGTGAAAAAATATGCTAGACGTGCTCAATTGGGTG
AAATTTTTGAATTAGATCGTGCTACTTTGAAATCCGATGGGGTTTTTCGTAGCAGTCCAAGGGGTTGGTTTACTTTTGGGCATGCTTCGTTTGCTTTGCTCTTCTTCTTC
GGAGCCGGCGACCGAAGCCCCGGTGAACGGCGGCCGTAA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MHTALVAGWAGSMALYELAVFDPSDPVLDPMWRQGMFVIPFMTRLGITNSWGGWSITGGTITNPGIWSYEGVAGAHIVFSGLCFLAAIWHWVYWDLEIFCDERTGKPSLD
LPKIFGIHLFLSGLGCFGFGAFHVTGLYGPGIWVSDPYGLTGRVQAVNPAWGVEGFDPFVPGGIASHHIAAGTLGILAGLFHLSVRPPQRLYKGLRMGNIETVLSSSIAA
VFFAAFVVAGTMWYGSATTPIELFGPTRYQWDQGYFQQEIYRRVSAGLAENQSLSEAWSKIPEKLAFYDYIGNNPAKGGLFRAGSMDNGDGIAVGWLGHPVFRDKEGREL
FVRRMPTFFETFPVVLVDGDGIVRADVPFRRAESKYSVEQVGVTVEFYGGELNGVSYSDPATVKKYARRAQLGEIFELDRATLKSDGVFRSSPRGWFTFGHASFALLFFF
GAGDRSPGERRP

Lsi08G002930 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome