; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lsi08G007520 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome

Gene IDLsi08G007520
OrganismLagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
Descriptionexopolygalacturonase-like
Genome locationchr08:15867376..15868025
RNA-Seq ExpressionLsi08G007520
SyntenyLsi08G007520
Gene Ontology termsGO:0005975 - carbohydrate metabolic process (biological process)
GO:0004650 - polygalacturonase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR011050 - Pectin lyase fold/virulence factor
IPR012334 - Pectin lyase fold


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0039364.1 exopolygalacturonase-like [Cucumis melo var. makuwa]1.8e-2374.32Show/hide
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XP_008459709.2 PREDICTED: exopolygalacturonase-like [Cucumis melo]1.8e-2374.32Show/hide
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XP_022150984.1 exopolygalacturonase-like [Momordica charantia]4.8e-2473.08Show/hide
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XP_022157387.1 exopolygalacturonase-like [Momordica charantia]3.3e-2573.08Show/hide
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XP_023007604.1 exopolygalacturonase-like [Cucurbita maxima]7.7e-2265.38Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3CC08 exopolygalacturonase-like8.9e-2474.32Show/hide
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A0A5A7T7B3 Exopolygalacturonase-like8.9e-2474.32Show/hide
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A0A6J1DBN7 exopolygalacturonase-like2.3e-2473.08Show/hide
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A0A6J1DUC6 exopolygalacturonase-like1.6e-2573.08Show/hide
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A0A6J1HJP4 exopolygalacturonase-like3.7e-2265.38Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q05967 Polygalacturonase1.3e-1961.97Show/hide
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Q39766 Polygalacturonase3.6e-1453.62Show/hide
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Q39786 Polygalacturonase1.6e-1452Show/hide
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Q40312 Polygalacturonase2.6e-2059.15Show/hide
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W8P8Q3 Probable galacturan 1,4-alpha-galacturonidase SALK61.5e-1547.3Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G43080.1 Pectin lyase-like superfamily protein9.1e-1350.7Show/hide
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AT1G43090.1 Pectin lyase-like superfamily protein9.1e-1350.7Show/hide
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AT2G15460.1 Pectin lyase-like superfamily protein1.3e-1147.89Show/hide
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AT3G07820.1 Pectin lyase-like superfamily protein2.0e-1251.67Show/hide
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AT3G07840.1 Pectin lyase-like superfamily protein7.0e-1350.75Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAGTGATGGTGTTTTCAATGTGACAAAATATGGTGTTGAGCCTAATGCTGATATATCTCAAGCTCTAACAAATGCATGGAAGGAAGCTTGTGCATCAACAAGTCAAAG
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ATCTAACTGGAGAAGGATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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ATCTAACTGGAGAAGGATGA
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