; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lsi08G010150 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome

Gene IDLsi08G010150
OrganismLagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
DescriptionGATA transcription factor, putative
Genome locationchr08:18728509..18731941
RNA-Seq ExpressionLsi08G010150
SyntenyLsi08G010150
Gene Ontology termsGO:0006355 - regulation of transcription, DNA-templated (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0005515 - protein binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
GO:0043565 - sequence-specific DNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000679 - Zinc finger, GATA-type
IPR010402 - CCT domain
IPR013088 - Zinc finger, NHR/GATA-type


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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XP_038884830.1 GATA transcription factor 24-like isoform X2 [Benincasa hispida]1.7e-7866.27Show/hide
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A0A0A0LLS6 Uncharacterized protein7.1e-7865.87Show/hide
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A0A1S3BAZ6 GATA transcription factor 24-like isoform X11.1e-7866.27Show/hide
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A0A1S3BBG6 GATA transcription factor 24-like isoform X21.1e-7866.27Show/hide
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A0A6J1BUL9 GATA transcription factor 24-like8.4e-7966.27Show/hide
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A0A6J1HDR0 GATA transcription factor 19-like isoform X11.0e-7665.08Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
A2XKR7 GATA transcription factor 186.9e-3855.09Show/hide
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        VQAVLLLLG  ++P G+  M +P    NRG  D  +R+++ ++R+ASL+RFREKRKER FDKKIRY VRKEVA RM R+ GQFA      G S       
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          Q G+  + + R  KCQ+CG SE  TPAMRRGPAGPRTLCNACGLMWANK     T  NC   K++
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B8AR30 GATA transcription factor 198.4e-3654.97Show/hide
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        VQAVLL+LGG D+P G+ +M VP         D    +  +RRIASL+RFREKRKERCFDKKIRY+VRKEVAQ+M R+ GQFA   +    S   +    
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          +G         CQ+CG+S   TPAMRRGPAGPR+LCNACGLMWANK  +
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Q10F25 GATA transcription factor 186.9e-3855.09Show/hide
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          Q G+  + + R  KCQ+CG SE  TPAMRRGPAGPRTLCNACGLMWANK     T  NC   K++
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Q8GXL7 GATA transcription factor 249.6e-4058.86Show/hide
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        VQAVLLLLGGR+VP  +PT       NNR  G+  TP+R ++ +R+ASL+RFREKRK R FDK IRYTVRKEVA RM RK GQF S K S     S  S 
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        W S  S   +GT ++     C+HCG SE +TP MRRGP GPRTLCNACGLMWANK  +
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Q8H1G0 GATA transcription factor 289.0e-3856.77Show/hide
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        VQAVLLLLGGR++P   P        NNR   +  TP+R ++ +R+ASLVRFREKRK R FDKKIRYTVRKEVA RM R  GQF S K      +S  SS
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        W S  +   + + ++     C+HCG+ E +TP MRRGPAGPRTLCNACGLMWANK
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G51600.1 ZIM-LIKE 26.4e-3956.77Show/hide
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        VQAVLLLLGGR++P   P        NNR   +  TP+R ++ +R+ASLVRFREKRK R FDKKIRYTVRKEVA RM R  GQF S K      +S  SS
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        W S  +   + + ++     C+HCG+ E +TP MRRGPAGPRTLCNACGLMWANK
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AT1G51600.2 ZIM-LIKE 26.4e-3956.77Show/hide
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        VQAVLLLLGGR++P   P        NNR   +  TP+R ++ +R+ASLVRFREKRK R FDKKIRYTVRKEVA RM R  GQF S K      +S  SS
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        W S  +   + + ++     C+HCG+ E +TP MRRGPAGPRTLCNACGLMWANK
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AT3G21175.1 ZIM-like 16.8e-4158.86Show/hide
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        W S  S   +GT ++     C+HCG SE +TP MRRGP GPRTLCNACGLMWANK  +
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AT3G21175.2 ZIM-like 12.1e-4259.62Show/hide
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        VQAVLLLLGGR+VP  +PT       NNRG+  TP+R ++ +R+ASL+RFREKRK R FDK IRYTVRKEVA RM RK GQF S K S     S  S W 
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Query:  SAHSCLQDGTRSETVLRKCQHCGVSENNTPAMRRGPAGPRTLCNACGLMWANKNNI
        S  S   +GT ++     C+HCG SE +TP MRRGP GPRTLCNACGLMWANK  +
Subjt:  SAHSCLQDGTRSETVLRKCQHCGVSENNTPAMRRGPAGPRTLCNACGLMWANKNNI

AT4G24470.1 GATA-type zinc finger protein with TIFY domain2.2e-3148.15Show/hide
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        V AVL LLGG  ++  G   ME+    N+  +V+   R +L +R  SL RFR+KR  RCF+KK+RY VR+EVA RM R  GQF S K + GA +  +   
Subjt:  VQAVLLLLGG-RDVPTGVPTMEVPYDHNNRGMVDTPKRSNLSRRIASLVRFREKRKERCFDKKIRYTVRKEVAQRMHRKNGQFASLKESSGASSWESAHS

Query:  CLQDGTRSETVLRKCQHCGVSENNTPAMRRGPAGPRTLCNACGLMWANKNNI----LKTREN
          QD    E     C HCG+S   TP MRRGP+GPRTLCNACGL WAN+  +     KT EN
Subjt:  CLQDGTRSETVLRKCQHCGVSENNTPAMRRGPAGPRTLCNACGLMWANKNNI----LKTREN


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAATATCTCGAATTTAGTTTCTCTCTCTGTTTTCCTGTTCCCAATTTCTAGGGGCAACCGCTCTTGTGTTTCATTGGGATATTCAATGAAAGGTGAACATGCACATCT
GGTGACCACCCACAGAATTGTGGGCTGCCTTCATGATCATATGGTACAAGCCGTGCTCTTACTTCTTGGAGGTCGTGACGTGCCAACCGGTGTACCTACAATGGAAGTAC
CATATGATCATAATAACAGGGGCATGGTTGACACCCCAAAGCGCTCCAACTTATCACGGAGAATAGCCTCCCTGGTTAGGTTTCGTGAAAAACGGAAAGAGAGATGTTTT
GACAAGAAAATTAGGTACACTGTACGGAAAGAGGTTGCACAGAGGATGCACCGTAAGAATGGCCAATTTGCATCTTTAAAAGAAAGTTCAGGTGCTTCAAGTTGGGAGTC
AGCACATAGTTGCCTCCAGGATGGTACTCGTTCAGAAACTGTTTTGCGGAAATGTCAACATTGTGGTGTTAGTGAGAACAATACACCTGCAATGCGTCGTGGGCCTGCTG
GACCGAGGACTTTATGTAATGCATGTGGTTTGATGTGGGCGAACAAGAATAACATATTAAAAACCAGAGAAAACTGTGTGCCAAGGAAGTTACAAATTCTTGGAAAGGCC
ACCGGGAAAGAAGGATTAACCTTCCAAAAATGTTCCTGGGATTTGACATTAGATCCATTTTCTATACCGAACATGATCATTTATAAAATTTTGAAGCCTATCATTTTGAT
TCACTTTGCTCCAACGAGAAACCCCCCTTTCTGGCTAAAGAAGCATTTTGCCTCTCTTACTGGCTTATTGGTTGTACAGGGCACGTTGAGAGATCTCAGCAAGGGAGGGA
GAAATGTATCTCTGGATCATATGGAACCTATAAGAGGCCCATGTATTGAGAGACAGATGGCACACAACTGTGGTGGACTGGATGACCATCCTTACCCAAGAGGATTAGGA
AATAACAAAAAGTTCTCAAATCAGCTATATTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGAATATCTCGAATTTAGTTTCTCTCTCTGTTTTCCTGTTCCCAATTTCTAGGGGCAACCGCTCTTGTGTTTCATTGGGATATTCAATGAAAGGTGAACATGCACATCT
GGTGACCACCCACAGAATTGTGGGCTGCCTTCATGATCATATGGTACAAGCCGTGCTCTTACTTCTTGGAGGTCGTGACGTGCCAACCGGTGTACCTACAATGGAAGTAC
CATATGATCATAATAACAGGGGCATGGTTGACACCCCAAAGCGCTCCAACTTATCACGGAGAATAGCCTCCCTGGTTAGGTTTCGTGAAAAACGGAAAGAGAGATGTTTT
GACAAGAAAATTAGGTACACTGTACGGAAAGAGGTTGCACAGAGGATGCACCGTAAGAATGGCCAATTTGCATCTTTAAAAGAAAGTTCAGGTGCTTCAAGTTGGGAGTC
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AATAACAAAAAGTTCTCAAATCAGCTATATTAG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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DKKIRYTVRKEVAQRMHRKNGQFASLKESSGASSWESAHSCLQDGTRSETVLRKCQHCGVSENNTPAMRRGPAGPRTLCNACGLMWANKNNILKTRENCVPRKLQILGKA
TGKEGLTFQKCSWDLTLDPFSIPNMIIYKILKPIILIHFAPTRNPPFWLKKHFASLTGLLVVQGTLRDLSKGGRNVSLDHMEPIRGPCIERQMAHNCGGLDDHPYPRGLG
NNKKFSNQLY