; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lsi08G015500 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome

Gene IDLsi08G015500
OrganismLagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
DescriptionBHLH domain-containing protein
Genome locationchr08:23556410..23558472
RNA-Seq ExpressionLsi08G015500
SyntenyLsi08G015500
Gene Ontology termsGO:0006355 - regulation of transcription, DNA-templated (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0003700 - DNA-binding transcription factor activity (molecular function)
GO:0046983 - protein dimerization activity (molecular function)
InterPro domainsIPR011598 - Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain
IPR024097 - Basic helix-loop-helix leucine zipper transcription factor
IPR036638 - Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0060972.1 transcription factor bHLH49 isoform X1 [Cucumis melo var. makuwa]2.0e-13881.05Show/hide
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XP_004143033.1 transcription factor bHLH49 [Cucumis sativus]2.5e-13679.36Show/hide
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XP_008444519.1 PREDICTED: transcription factor bHLH49 isoform X1 [Cucumis melo]4.1e-13981.34Show/hide
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        ANIKCPFSYV  LD+EE VSPKND K++ D VNEN+RK V+GSNSSSPNKNAEDNLNV TTEILNK DKT +VEHRMSANFNTKSD KQAKGGSQ+VQ+P
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XP_038885625.1 transcription factor bHLH74-like isoform X1 [Benincasa hispida]2.0e-15485.31Show/hide
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        MGGS SGFQCEIM CSF V SSPQPLIG ADTSFSSTF SS T PLCELSTSLENEGV+TIS LLHDPS+LS DMFGSGNFSEMVGSFGFLTEGDHSQI 
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         IKCP SYV NLDE +T+SPKNDAK RLDCVNENRRKLVLGSNSSSPNKN ED  NVE T ILNK+DKTL+VEHRMSANFNTKSD KQAKGGSQ VQAPK
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        ENYIRVQ RR RAT +HSLAERVRREKI+ERMKLLQELVPGCNQITGKTVVLD IINYVQSLQQQVEFLSMKLA V PES++DTEKILLTNNSYISS NI
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        LRT+DEG+++VLAI+PRL TSHTTPHVMF LHGT+PT+PK TSQQLSSL KM+R
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XP_038885627.1 transcription factor bHLH74-like isoform X3 [Benincasa hispida]1.6e-12285.71Show/hide
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        MFGSGNFSEMVGSFGFLTEGDHSQI  IKCP SYV NLDE +T+SPKNDAK RLDCVNENRRKLVLGSNSSSPNKN ED  NVE T ILNK+DKTL+VEH
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        RMSANFNTKSD KQAKGGSQ VQAPKENYIRVQ RR RAT +HSLAERVRREKI+ERMKLLQELVPGCNQITGKTVVLD IINYVQSLQQQVEFLSMKLA
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         V PES++DTEKILLTNNSYISS NILRT+DEG+++VLAI+PRL TSHTTPHVMF LHGT+PT+PK TSQQLSSL KM+R
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LNP9 BHLH domain-containing protein1.2e-13679.36Show/hide
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        M GSTSGFQCE M CSFGVSSS QPLIG  DTSFSST  SS+TTPLCELST SLENEGVKTIS +LHDPSTLS DMFG+GNFS+MVGSFGFLTE DHSQI
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        ANIKCPFSYV  LD+EE VSPKNDAK+R DCV+EN+RK VLGSNSSSPNKNAEDN NVE TEIL+K DKT +VEHR+SANFNTK D K+AKGGSQ+VQAP
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        +L  R E VN     +PR    HT+PHV FQL+GT PTMP+ TS
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A0A1S3BA09 transcription factor bHLH49 isoform X12.0e-13981.34Show/hide
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        ANIKCPFSYV  LD+EE VSPKND K++ D VNEN+RK V+GSNSSSPNKNAEDNLNV TTEILNK DKT +VEHRMSANFNTKSD KQAKGGSQ+VQ+P
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        +L  R E VN     +   T HT+PHVMFQL+GT PTMPK TS
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A0A1S4DVD5 transcription factor bHLH74 isoform X26.8e-10880.22Show/hide
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        MFGSGNFS+MVGS GFLTE DHSQIANIKCPFSYV  LD+EE VSPKND K++ D VNEN+RK V+GSNSSSPNKNAEDNLNV TTEILNK DKT +VEH
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        RMSANFNTKSD KQAKGGSQ+VQ+PKENYIRVQARRGRA ++HSLAERVRREKISERMKLLQ+LVPGC+QITGKTVVLDEIINYVQSLQQQVEFLSMKLA
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Query:  TVSPESSMDTEKILLTNNSYISSSNILRTRDEGVNSVLAINPRLTSHTTPHVMFQLHGTIPTMPKATS
         V  ESS++TE+ILLTNNSY+SSSN+L  R E VN     +   T HT+PHVMFQL+GT PTMPK TS
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A0A5A7UYJ9 Transcription factor bHLH49 isoform X19.8e-13981.05Show/hide
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        M GSTSGFQCEIM CSFGVSSS QPLIG  DTSFSST  SS+TTPLCELST SLENEGVKTIS LLHDPSTLS DMFGSGNFS+MVGS GFLTE DHSQI
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Query:  ANIKCPFSYVPNLDEEETVSPKNDAKTRLDCVNENRRKLVLGSNSSSPNKNAEDNLNVETTEILNKDDKTLQVEHRMSANFNTKSDGKQAKGGSQSVQAP
        ANIKCPFSYV  LD+EE VSPKND K++ D VNEN+RK V+GSNSSSPNKNAEDNLNV  TEILNK DKT +VEHRMSANFNTKSD KQAKGGSQ+VQ+P
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Query:  KENYIRVQARRGRATSSHSLAERVRREKISERMKLLQELVPGCNQITGKTVVLDEIINYVQSLQQQVEFLSMKLATVSPESSMDTEKILLTNNSYISSSN
        KENYIRVQARRGRA ++HSLAERVRREKISERMKLLQ+LVPGC+QITGKTVVLDEIINYVQSLQQQVEFLSMKLA V  ESS++TE+ILLTNNSY+SSSN
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Query:  ILRTRDEGVNSVLAINPRLTSHTTPHVMFQLHGTIPTMPKATS
        +L  R E VN     +   T HT+PHVMFQL+GT PTMPK TS
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A0A5E4E7W5 PREDICTED: mRNAion factor1.3e-5346.41Show/hide
Query:  FGVSSSPQPLIGS-----ADTSFSSTFESSTTTPLCELS-----TSLENEGVKTISRLLHDPSTLS-------LDMFGSGNFSEMVGSFGFLTEGDHSQI
        F  S+   P  GS        S S  F  S+     E S      +LEN G+ + S L+  PS  S       L  FGSG+FSEMVGSFG     + +QI
Subjt:  FGVSSSPQPLIGS-----ADTSFSSTFESSTTTPLCELS-----TSLENEGVKTISRLLHDPSTLS-------LDMFGSGNFSEMVGSFGFLTEGDHSQI

Query:  ANIKCPFSYVPNLDEEETVSPKNDAKTRLD-----------CVNENRRKLVLGSNSS-SPNKNAEDNLNV----ETTEIL-NKDDKTLQVEHRMSANFNT
        AN  C  +Y PN +    ++    A++  D             +  RRK V  SNS+ SPNKNAE  +N     E+++ L  +D+K  +VE   +AN  +
Subjt:  ANIKCPFSYVPNLDEEETVSPKNDAKTRLD-----------CVNENRRKLVLGSNSS-SPNKNAEDNLNV----ETTEIL-NKDDKTLQVEHRMSANFNT

Query:  KSDGKQAKGGSQSVQAPKENYIRVQARRGRATSSHSLAERVRREKISERMKLLQELVPGCNQITGKTVVLDEIINYVQSLQQQVEFLSMKLATVSPESSM
        K  GKQAK  SQS   PK++YI V+ARRG+AT+SHSLAERVRREKISERM+LLQELVPGCN+ITGK V+LDEIINYVQSLQQQVEFLSMKLATV+PE ++
Subjt:  KSDGKQAKGGSQSVQAPKENYIRVQARRGRATSSHSLAERVRREKISERMKLLQELVPGCNQITGKTVVLDEIINYVQSLQQQVEFLSMKLATVSPESSM

Query:  DTEKILLTNNSYISSSNILRTRDEGVNSVLAINPRL-TSHTTPHVMFQLHGTIPTMPKATSQ
        D E+IL        S +IL +R  G  ++   +P + +SHT PH MF   G +P+MP +  Q
Subjt:  DTEKILLTNNSYISSSNILRTRDEGVNSVLAINPRL-TSHTTPHVMFQLHGTIPTMPKATSQ

SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q6NKN9 Transcription factor bHLH745.7e-3547.64Show/hide
Query:  VLGSNSSSPNK--NAEDNLNVETTEILNKDDKTLQVEHRMSANFNTKSDGKQAKGGSQSVQAPKENYIRVQARRGRATSSHSLAERVRREKISERMKLLQ
        VLG++     +   AE   N +  E   +D +    +     + N +S     K  SQS +APKENYI ++ARRG+AT+SHSLAERVRREKISERM+LLQ
Subjt:  VLGSNSSSPNK--NAEDNLNVETTEILNKDDKTLQVEHRMSANFNTKSDGKQAKGGSQSVQAPKENYIRVQARRGRATSSHSLAERVRREKISERMKLLQ

Query:  ELVPGCNQITGKTVVLDEIINYVQSLQQQVEFLSMKLATVSPESSMDTEKILLTNNSYISSSNILRTRDEGVNSVLAINPRLTSHTTPHVMFQLHGTIPT
        ELVPGCN+ITGK V+LDEIINYVQSLQQQVEFLSMKLATV+PE ++D ++IL        + ++L++RD      L +NP               G IP 
Subjt:  ELVPGCNQITGKTVVLDEIINYVQSLQQQVEFLSMKLATVSPESSMDTEKILLTNNSYISSSNILRTRDEGVNSVLAINPRLTSHTTPHVMFQLHGTIPT

Query:  MPKATSQQLSSL
        +   T+ Q + L
Subjt:  MPKATSQQLSSL

Q9C670 Transcription factor bHLH769.7e-2755.65Show/hide
Query:  KDDKTLQVEHRMSANFNTKSDGKQAKGGSQSVQAPKENYIRVQARRGRATSSHSLAERVRREKISERMKLLQELVPGCNQITGKTVVLDEIINYVQSLQQ
        ++DK  + E   ++N N  +  KQ         + K+ YI ++ARRG+AT+SHSLAERVRREKISERMK LQ+LVPGC+++TGK V+LDEIINYVQSLQ 
Subjt:  KDDKTLQVEHRMSANFNTKSDGKQAKGGSQSVQAPKENYIRVQARRGRATSSHSLAERVRREKISERMKLLQELVPGCNQITGKTVVLDEIINYVQSLQQ

Query:  QVEFLSMKLATVSPESSMDTEKIL
        Q+EFLSMKL+ V+P    + E +L
Subjt:  QVEFLSMKLATVSPESSMDTEKIL

Q9CAA9 Transcription factor bHLH491.0e-3150Show/hide
Query:  NLDEEETVSPKNDAKTRLDCVNENRRKLVLGSNSSSPNKNAEDNLNVETTEILNKDDKTLQVEHRMSANFNTKSDGKQAKGGSQSVQAPKENYIRVQARR
        N+ E+   S  N  K R    N  +RK     NS +   +       E     N  D+    E   ++     + GKQ   G QS   PK+ YI V+ARR
Subjt:  NLDEEETVSPKNDAKTRLDCVNENRRKLVLGSNSSSPNKNAEDNLNVETTEILNKDDKTLQVEHRMSANFNTKSDGKQAKGGSQSVQAPKENYIRVQARR

Query:  GRATSSHSLAERVRREKISERMKLLQELVPGCNQITGKTVVLDEIINYVQSLQQQVEFLSMKLATVSPESSMDTEKIL
        G+AT+SHSLAERVRREKISERMK LQ+LVPGCN++TGK V+LDEIINYVQSLQ+QVEFLSMKLATV+P+   + E +L
Subjt:  GRATSSHSLAERVRREKISERMKLLQELVPGCNQITGKTVVLDEIINYVQSLQQQVEFLSMKLATVSPESSMDTEKIL

Q9FJL4 Transcription factor bHLH783.3e-2754.69Show/hide
Query:  KSDGKQAKGGSQSVQAPKENYIRVQARRGRATSSHSLAERVRREKISERMKLLQELVPGCNQITGKTVVLDEIINYVQSLQQQVEFLSMKLATVSPESSM
        + +G+  K  +     P ++YI V+ARRG+AT SHSLAERVRREKI ERMKLLQ+LVPGCN++TGK ++LDEIINYVQSLQ+QVEFLSMKL++V+ ++ +
Subjt:  KSDGKQAKGGSQSVQAPKENYIRVQARRGRATSSHSLAERVRREKISERMKLLQELVPGCNQITGKTVVLDEIINYVQSLQQQVEFLSMKLATVSPESSM

Query:  DTEKILLTNNSYISSSNILRTRDEGVNS
        D     L +   +  S+  R  +EG+ S
Subjt:  DTEKILLTNNSYISSSNILRTRDEGVNS

Q9LK48 Transcription factor bHLH779.7e-2749.4Show/hide
Query:  NENRRKLVLGSNSSSPNKNAEDNLNVETTEILNKD------DKTLQVEHRMSANFNTKSDGK-QAKGGSQSVQAPKENYIRVQARRGRATSSHSLAERVR
        +  R+ +  G+   SP   A  +L    +++  ++       ++ Q     S N   K D K   K  ++  +APK+ YI V+ARRG+AT SHSLAER R
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Query:  REKISERMKLLQELVPGCNQITGKTVVLDEIINYVQSLQQQVEFLSMKLATVSPESSMDTEKILLT
        REKISERM LLQ+LVPGCN+ITGK V+LDEIINYVQSLQ+QVEFLSMKLATV+P    +    L T
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G10120.1 basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein4.0e-3647.64Show/hide
Query:  VLGSNSSSPNK--NAEDNLNVETTEILNKDDKTLQVEHRMSANFNTKSDGKQAKGGSQSVQAPKENYIRVQARRGRATSSHSLAERVRREKISERMKLLQ
        VLG++     +   AE   N +  E   +D +    +     + N +S     K  SQS +APKENYI ++ARRG+AT+SHSLAERVRREKISERM+LLQ
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Query:  ELVPGCNQITGKTVVLDEIINYVQSLQQQVEFLSMKLATVSPESSMDTEKILLTNNSYISSSNILRTRDEGVNSVLAINPRLTSHTTPHVMFQLHGTIPT
        ELVPGCN+ITGK V+LDEIINYVQSLQQQVEFLSMKLATV+PE ++D ++IL        + ++L++RD      L +NP               G IP 
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Query:  MPKATSQQLSSL
        +   T+ Q + L
Subjt:  MPKATSQQLSSL

AT1G68920.1 basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein7.1e-3350Show/hide
Query:  NLDEEETVSPKNDAKTRLDCVNENRRKLVLGSNSSSPNKNAEDNLNVETTEILNKDDKTLQVEHRMSANFNTKSDGKQAKGGSQSVQAPKENYIRVQARR
        N+ E+   S  N  K R    N  +RK     NS +   +       E     N  D+    E   ++     + GKQ   G QS   PK+ YI V+ARR
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Query:  GRATSSHSLAERVRREKISERMKLLQELVPGCNQITGKTVVLDEIINYVQSLQQQVEFLSMKLATVSPESSMDTEKIL
        G+AT+SHSLAERVRREKISERMK LQ+LVPGCN++TGK V+LDEIINYVQSLQ+QVEFLSMKLATV+P+   + E +L
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AT1G68920.2 basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein7.1e-3350Show/hide
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        N+ E+   S  N  K R    N  +RK     NS +   +       E     N  D+    E   ++     + GKQ   G QS   PK+ YI V+ARR
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AT1G68920.3 basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein7.1e-3350.56Show/hide
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        N+ E+   S  N  K R    N  +RK   G NS +   +       E     N  D+    E   ++     + GKQ   G QS   PK+ YI V+ARR
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        G+AT+SHSLAERVRREKISERMK LQ+LVPGCN++TGK V+LDEIINYVQSLQ+QVEFLSMKLATV+P+   + E +L
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AT5G48560.1 basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein2.4e-2854.69Show/hide
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        + +G+  K  +     P ++YI V+ARRG+AT SHSLAERVRREKI ERMKLLQ+LVPGCN++TGK ++LDEIINYVQSLQ+QVEFLSMKL++V+ ++ +
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Query:  DTEKILLTNNSYISSSNILRTRDEGVNS
        D     L +   +  S+  R  +EG+ S
Subjt:  DTEKILLTNNSYISSSNILRTRDEGVNS


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGGTGGTTCTACTTCTGGCTTTCAATGTGAAATAATGAACTGTTCTTTTGGAGTTAGCAGTAGTCCTCAGCCATTGATTGGATCAGCTGACACTTCCTTTTCATCTAC
TTTTGAATCATCTACAACAACTCCTCTCTGTGAATTATCCACCTCTTTAGAGAATGAGGGAGTGAAAACCATATCCCGCCTTCTTCATGATCCTTCAACTTTGAGTTTAG
ATATGTTTGGAAGTGGGAACTTCTCAGAAATGGTGGGTTCTTTTGGCTTTCTAACTGAAGGTGATCACAGCCAGATCGCTAATATCAAGTGTCCATTTAGTTATGTGCCA
AATCTGGATGAAGAAGAAACAGTCTCACCGAAGAACGATGCGAAGACTCGGCTCGATTGCGTTAATGAAAATCGAAGAAAATTGGTTCTTGGTTCCAATTCTTCCAGCCC
AAATAAGAATGCTGAAGATAACTTGAATGTGGAAACAACTGAGATTCTTAATAAAGATGACAAAACACTGCAAGTTGAGCATAGAATGAGTGCAAACTTTAACACCAAAT
CAGATGGTAAACAAGCCAAAGGAGGCTCTCAAAGTGTACAAGCTCCCAAGGAGAATTATATTCGGGTTCAAGCGCGACGGGGTCGAGCTACTAGTAGCCATAGCCTCGCA
GAAAGGGTTAGGAGGGAAAAGATCAGTGAACGAATGAAGTTGCTGCAAGAGCTTGTTCCTGGATGCAATCAGATTACCGGGAAAACTGTGGTGCTCGACGAAATTATTAA
CTATGTACAATCACTGCAACAACAGGTTGAGTTTCTATCGATGAAACTCGCAACTGTCAGTCCAGAATCAAGCATGGATACAGAGAAAATTCTGCTCACAAATAACTCAT
ACATTTCGTCATCGAATATTCTTCGTACACGAGACGAAGGCGTCAACAGCGTTCTTGCTATCAATCCTAGATTAACATCTCACACTACTCCTCATGTCATGTTTCAACTT
CATGGAACAATACCAACCATGCCAAAAGCTACATCTCAGCAACTTTCTAGCCTTTCCAAAATGAAACGATAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CACATATTAGATTTCCTTTTGGTTTCATAAAGCTGCACATTTTACTTTTTCTTGTTTACTCCTTTCCATGAAATCACCACTTTTCAACTTTGGTCAAACTCCTCTTCATC
TTCTCTTTTACACTTCTATATATCTACGCTTCTCAAATTTCAGTCCTTTATTCTGTTCCTCTGACACACAAGTTTAGTATCCTAAGTTTTTGCATTTGGTTTTGCTGTCC
AAATTGGGAAATGGGTGGTTCTACTTCTGGCTTTCAATGTGAAATAATGAACTGTTCTTTTGGAGTTAGCAGTAGTCCTCAGCCATTGATTGGATCAGCTGACACTTCCT
TTTCATCTACTTTTGAATCATCTACAACAACTCCTCTCTGTGAATTATCCACCTCTTTAGAGAATGAGGGAGTGAAAACCATATCCCGCCTTCTTCATGATCCTTCAACT
TTGAGTTTAGATATGTTTGGAAGTGGGAACTTCTCAGAAATGGTGGGTTCTTTTGGCTTTCTAACTGAAGGTGATCACAGCCAGATCGCTAATATCAAGTGTCCATTTAG
TTATGTGCCAAATCTGGATGAAGAAGAAACAGTCTCACCGAAGAACGATGCGAAGACTCGGCTCGATTGCGTTAATGAAAATCGAAGAAAATTGGTTCTTGGTTCCAATT
CTTCCAGCCCAAATAAGAATGCTGAAGATAACTTGAATGTGGAAACAACTGAGATTCTTAATAAAGATGACAAAACACTGCAAGTTGAGCATAGAATGAGTGCAAACTTT
AACACCAAATCAGATGGTAAACAAGCCAAAGGAGGCTCTCAAAGTGTACAAGCTCCCAAGGAGAATTATATTCGGGTTCAAGCGCGACGGGGTCGAGCTACTAGTAGCCA
TAGCCTCGCAGAAAGGGTTAGGAGGGAAAAGATCAGTGAACGAATGAAGTTGCTGCAAGAGCTTGTTCCTGGATGCAATCAGATTACCGGGAAAACTGTGGTGCTCGACG
AAATTATTAACTATGTACAATCACTGCAACAACAGGTTGAGTTTCTATCGATGAAACTCGCAACTGTCAGTCCAGAATCAAGCATGGATACAGAGAAAATTCTGCTCACA
AATAACTCATACATTTCGTCATCGAATATTCTTCGTACACGAGACGAAGGCGTCAACAGCGTTCTTGCTATCAATCCTAGATTAACATCTCACACTACTCCTCATGTCAT
GTTTCAACTTCATGGAACAATACCAACCATGCCAAAAGCTACATCTCAGCAACTTTCTAGCCTTTCCAAAATGAAACGATAACCAGTTCTTCGAATTTCAAGTAGATTGT
CACAACTATGCAGCTGTGAAAATCAGACATGGATGTCAGTATTTATCCTTTATTGGTCACTACAAGTGAAGCAAGTTAATTAAGACAGCTCTGTAAATGGAACTCATTTG
TTTGAATTCAAATGTTGTTCTTAATCTTACATATACTTTTCAATCAAATCTTACTTTATCTTCTGG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MGGSTSGFQCEIMNCSFGVSSSPQPLIGSADTSFSSTFESSTTTPLCELSTSLENEGVKTISRLLHDPSTLSLDMFGSGNFSEMVGSFGFLTEGDHSQIANIKCPFSYVP
NLDEEETVSPKNDAKTRLDCVNENRRKLVLGSNSSSPNKNAEDNLNVETTEILNKDDKTLQVEHRMSANFNTKSDGKQAKGGSQSVQAPKENYIRVQARRGRATSSHSLA
ERVRREKISERMKLLQELVPGCNQITGKTVVLDEIINYVQSLQQQVEFLSMKLATVSPESSMDTEKILLTNNSYISSSNILRTRDEGVNSVLAINPRLTSHTTPHVMFQL
HGTIPTMPKATSQQLSSLSKMKR