; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lsi08G016630 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome

Gene IDLsi08G016630
OrganismLagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
Descriptionhomeobox protein knotted-1-like 6
Genome locationchr08:24399936..24402935
RNA-Seq ExpressionLsi08G016630
SyntenyLsi08G016630
Gene Ontology termsGO:0006357 - regulation of transcription by RNA polymerase II (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0000978 - RNA polymerase II proximal promoter sequence-specific DNA binding (molecular function)
GO:0000981 - DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific (molecular function)
InterPro domainsIPR005540 - KNOX1
IPR005541 - KNOX2


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6598232.1 Homeobox protein knotted-1-like 6, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]5.7e-7275Show/hide
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XP_008444355.1 PREDICTED: homeobox protein knotted-1-like 6 [Cucumis melo]4.4e-7276.65Show/hide
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        LL AYIDCQKVGAPPEIACLLEEIRRENDSH+QNAISTCFGADPELDEFMEAYCDML+KYKSDLSRPFHEA SFLNNIQLQL NL AGA T +PS++
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XP_022997562.1 homeobox protein knotted-1-like 6 [Cucurbita maxima]8.8e-7375.51Show/hide
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XP_023546842.1 homeobox protein knotted-1-like 6 [Cucurbita pepo subsp. pepo]6.7e-7375Show/hide
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        M EN YGMR    ST QFSPKSF+    PILPL Y T L STN+  RDRIP+FGS ELL      S+PE PS T DFPL QD+ S+ KA+I+SHPTYPRL
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XP_038885812.1 homeobox protein knotted-1-like 6 [Benincasa hispida]3.9e-7383.24Show/hide
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        +SS    LPL Y TLLSS+NFRDRIPMFGS EL+S TSAIS+ E PSTT DFPL +D  +LSLTKAKI+SHP YPRLL AYIDCQKVGAPPEIACLLEEI
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LQM1 Uncharacterized protein1.9e-7376.1Show/hide
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        M +N YGM           PKSF+  DN ILPL Y +LLSS+N+ RD IPMFGSH+LLS PTSAISQ E PSTT+ DFP+  +DLLS+TKAKIVSHPTYP
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        RLL AYIDCQKVGAPPE+ACLLEEIRRENDS +QN ISTCFGADPELDEFMEAYCDMLVKYKSDLSRPFHEA SFLNNIQLQL NL A A T +PSSQSL
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        SLS+S
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A0A1S3BA77 homeobox protein knotted-1-like 62.1e-7276.65Show/hide
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        M EN YGM           PKSF+ SDN ILPL Y TLL STN  RDRIPMFGSHEL+S PTS++SQ E PSTT DF L  +D+LS+TKAKIVSHP YPR
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A0A6J1BPB0 homeobox protein knotted-1-like 61.6e-6473.77Show/hide
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        ST+ +S KSF+S DN    L YH+ LSST+FRDRIP+FGSHEL S  SA+S+ E PS T  FPL  D+LS+   KAKIVSHPTYPRLL AYIDCQKVGAP
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        PEIA LLEEIRREN   KQ+AISTCFGADPELDEFME YC+MLVKYKSDLS PF+EASSFLNNI+LQLS+LCAGA  RSPS++
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A0A6J1HD67 homeobox protein knotted-1-like 63.4e-7073.47Show/hide
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        L AYIDC KVGAPPEIACLLEEIRRENDSHKQNA+STCFG DPELDEFME YCDMLVKYKSDLSRPF EASSFL+NI+LQLSNLCAGA TRS S++
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A0A6J1K5E4 homeobox protein knotted-1-like 64.3e-7375.51Show/hide
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        M EN YGMR    ST QFSPKSF+S   PILPL Y T L STN+  RDRIP+FGS ELL      S+ E PS T DFPL QD+ +L KAKI+SHPTYPRL
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        L AYIDC KVGAPPEIACLLEEIRRENDSHKQNAISTCFG DPELDEFME YCDMLVKYKSDLSRPFHEASSFL++I+LQLSNLCAGA TRS S++
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
A2Y007 Homeobox protein knotted-1-like 102.4e-2852.76Show/hide
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        S+   P  P+TT+      DL  L KA+I  HP+YP LL AYI+C+KVGAPPE+  LLEEI RE       A +    G DPELDEFME YC +L +YK 
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        +L+RPF EA+SFL  I  QL++LC GA
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P46640 Homeobox protein knotted-1-like 21.4e-4150.27Show/hide
Query:  STSQFSPKSFISSDNPILPLHYHTLLSSTNFRDRIPMFGSHELLSPTSAISQPELPSTTSDFPLGQDLLSLTKAKIVSHPTYPRLLQAYIDCQKVGAPPE
        ST  +S K+ +     ++P  Y +L+ ST   D   +FGS EL +  S+   P +     +F      LS+ K+KI SHP YPRLLQ YIDCQKVGAP E
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Query:  IACLLEEIRRENDSHKQN-AISTCFGADPELDEFMEAYCDMLVKYKSDLSRPFHEASSFLNNIQLQLSNLCAGAFTRSPSSQSLSLS
        IAC+LEEI+REN  +K++ A  +CFGADPELDEFME YCD+LVKYK+DL+RPF EA++F+N I++QL NLC G  + +  S   ++S
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Q7GDL5 Homeobox protein knotted-1-like 102.4e-2852.76Show/hide
Query:  SAISQPELPSTTSDFPLGQDLLSLTKAKIVSHPTYPRLLQAYIDCQKVGAPPEIACLLEEIRRENDSHKQNAISTC-FGADPELDEFMEAYCDMLVKYKS
        S+   P  P+TT+      DL  L KA+I  HP+YP LL AYI+C+KVGAPPE+  LLEEI RE       A +    G DPELDEFME YC +L +YK 
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Query:  DLSRPFHEASSFLNNIQLQLSNLCAGA
        +L+RPF EA+SFL  I  QL++LC GA
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Q84JS6 Homeobox protein knotted-1-like 61.5e-4656.91Show/hide
Query:  NSTSTSQFSPKS--FISSDNPILPLHYHTLLSSTNFRDRI-PMFGSHELLSPTSAISQPELPSTTSDFPLGQDLLSLT--KAKIVSHPTYPRLLQAYIDC
        N  S   +S KS   +S ++ + P  Y  LL S+   +R+  +FGS ELLS   +    E  S   +     D +SLT  KAKI  HP+YPRLLQAYIDC
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Query:  QKVGAPPEIACLLEEIRRENDSHKQNAI-STCFGADPELDEFMEAYCDMLVKYKSDLSRPFHEASSFLNNIQLQLSNLCAG
        QKVGAPPEIACLLEEI+RE+D +KQ  + S+CFGADPELDEFME YCD+LVKYKSDL+RPF EA+ FLN I++QL NLC G
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Q9FP29 Homeobox protein knotted-1-like 11.3e-3162.62Show/hide
Query:  DLLSLTKAKIVSHPTYPRLLQAYIDCQKVGAPPEIACLLEEIRRENDSHKQNAISTCFGADPELDEFMEAYCDMLVKYKSDLSRPFHEASSFLNNIQLQL
        DL  L KA+I  HP YP LL AYI+C+KVGAPPE+A LL+EI RE  +      +   G DPELDEFMEAYC +LV+YK +LSRPF EA+SFL++IQ QL
Subjt:  DLLSLTKAKIVSHPTYPRLLQAYIDCQKVGAPPEIACLLEEIRRENDSHKQNAISTCFGADPELDEFMEAYCDMLVKYKSDLSRPFHEASSFLNNIQLQL

Query:  SNLCAGA
        SNLC+GA
Subjt:  SNLCAGA

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23380.1 KNOTTED1-like homeobox gene 61.0e-4756.91Show/hide
Query:  NSTSTSQFSPKS--FISSDNPILPLHYHTLLSSTNFRDRI-PMFGSHELLSPTSAISQPELPSTTSDFPLGQDLLSLT--KAKIVSHPTYPRLLQAYIDC
        N  S   +S KS   +S ++ + P  Y  LL S+   +R+  +FGS ELLS   +    E  S   +     D +SLT  KAKI  HP+YPRLLQAYIDC
Subjt:  NSTSTSQFSPKS--FISSDNPILPLHYHTLLSSTNFRDRI-PMFGSHELLSPTSAISQPELPSTTSDFPLGQDLLSLT--KAKIVSHPTYPRLLQAYIDC

Query:  QKVGAPPEIACLLEEIRRENDSHKQNAI-STCFGADPELDEFMEAYCDMLVKYKSDLSRPFHEASSFLNNIQLQLSNLCAG
        QKVGAPPEIACLLEEI+RE+D +KQ  + S+CFGADPELDEFME YCD+LVKYKSDL+RPF EA+ FLN I++QL NLC G
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AT1G23380.2 KNOTTED1-like homeobox gene 63.4e-4656.28Show/hide
Query:  NSTSTSQFSPKS--FISSDNPILPLHYHTLLSSTNFRDRI-PMFGSHELLSPTSAISQPELPSTTSDFPLGQDLLSLT--KAKIVSHPTYPRLLQAYIDC
        N  S   +S KS   +S ++ + P  Y  LL S+   +R+  +FGS ELLS   +    E  S   +     D +SLT  KAKI  HP+YPRLLQAYIDC
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Query:  QK--VGAPPEIACLLEEIRRENDSHKQNAI-STCFGADPELDEFMEAYCDMLVKYKSDLSRPFHEASSFLNNIQLQLSNLCAG
        QK  VGAPPEIACLLEEI+RE+D +KQ  + S+CFGADPELDEFME YCD+LVKYKSDL+RPF EA+ FLN I++QL NLC G
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AT1G62360.1 KNOX/ELK homeobox transcription factor1.4e-2351.35Show/hide
Query:  KAKIVSHPTYPRLLQAYIDCQKVGAPPEIACLLEEIRRENDSHKQNAIST-CFGADPELDEFMEAYCDMLVKYKSDLSRPFHEASSFLNNIQLQLSNLCA
        KAKI++HP Y RLL AY++CQKVGAPPE+   LEE      +   +   T C G DP LD+FMEAYC+MLVKY+ +LS+PF EA  FL  ++ Q  +L  
Subjt:  KAKIVSHPTYPRLLQAYIDCQKVGAPPEIACLLEEIRRENDSHKQNAIST-CFGADPELDEFMEAYCDMLVKYKSDLSRPFHEASSFLNNIQLQLSNLCA

Query:  GAFTRSPSSQS
             SPSS S
Subjt:  GAFTRSPSSQS

AT1G70510.1 KNOTTED-like from Arabidopsis thaliana 21.0e-4250.27Show/hide
Query:  STSQFSPKSFISSDNPILPLHYHTLLSSTNFRDRIPMFGSHELLSPTSAISQPELPSTTSDFPLGQDLLSLTKAKIVSHPTYPRLLQAYIDCQKVGAPPE
        ST  +S K+ +     ++P  Y +L+ ST   D   +FGS EL +  S+   P +     +F      LS+ K+KI SHP YPRLLQ YIDCQKVGAP E
Subjt:  STSQFSPKSFISSDNPILPLHYHTLLSSTNFRDRIPMFGSHELLSPTSAISQPELPSTTSDFPLGQDLLSLTKAKIVSHPTYPRLLQAYIDCQKVGAPPE

Query:  IACLLEEIRRENDSHKQN-AISTCFGADPELDEFMEAYCDMLVKYKSDLSRPFHEASSFLNNIQLQLSNLCAGAFTRSPSSQSLSLS
        IAC+LEEI+REN  +K++ A  +CFGADPELDEFME YCD+LVKYK+DL+RPF EA++F+N I++QL NLC G  + +  S   ++S
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AT4G08150.1 KNOTTED-like from Arabidopsis thaliana3.3e-2551Show/hide
Query:  KAKIVSHPTYPRLLQAYIDCQKVGAPPEIACLLEEIRRENDSHKQNAISTCFGA--DPELDEFMEAYCDMLVKYKSDLSRPFHEASSFLNNIQLQLSNLC
        KAKI++HP Y  LLQAY+DCQK+GAPP++   +   R++ ++ +Q +  +   +  DPELD+FMEAYCDMLVKY+ +L+RP  EA  F+  I+ QLS LC
Subjt:  KAKIVSHPTYPRLLQAYIDCQKVGAPPEIACLLEEIRRENDSHKQNAISTCFGA--DPELDEFMEAYCDMLVKYKSDLSRPFHEASSFLNNIQLQLSNLC


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCGGAGAATACGTACGGCATGCGTTCCAATTCCACTTCCACTTCCCAATTCTCGCCTAAGTCCTTCATTTCATCTGACAATCCTATCCTTCCCCTCCATTACCACAC
CTTGCTTTCCTCCACCAACTTCCGCGATCGGATTCCTATGTTCGGATCCCATGAATTGCTTTCCCCTACTTCCGCCATATCCCAACCCGAACTACCTTCCACTACTTCAG
ATTTTCCGCTCGGACAGGATCTTCTCAGCCTCACCAAGGCCAAAATTGTCTCTCATCCTACCTATCCTCGTTTGCTTCAAGCTTATATTGACTGCCAGAAGGTTGGAGCC
CCTCCGGAGATAGCTTGCTTGTTGGAGGAAATCCGGCGAGAAAACGACAGTCATAAACAAAACGCCATCTCCACGTGCTTTGGAGCTGATCCCGAGCTCGATGAGTTCAT
GGAAGCGTACTGTGACATGCTGGTCAAGTATAAATCAGATCTCTCAAGGCCCTTTCATGAAGCTTCTTCCTTCTTGAATAACATTCAACTGCAACTTAGCAACCTCTGTG
CTGGTGCTTTCACCAGAAGCCCTTCCAGTCAGTCTCTCTCCCTTTCTATCAGTAATTGCTTCTTTTCGCACTCTATTTCCACTTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
GAAACAGCTAAATAGATAGAGCTCCCATCCCCATCCCCATCCCCATCCCCACCCCCACTCCACTGCGCTTCTCCGATATTTGTTCATTCAACCACAACACAACCACATAT
ACTCTACTCATCAAATGGCGGAGAATACGTACGGCATGCGTTCCAATTCCACTTCCACTTCCCAATTCTCGCCTAAGTCCTTCATTTCATCTGACAATCCTATCCTTCCC
CTCCATTACCACACCTTGCTTTCCTCCACCAACTTCCGCGATCGGATTCCTATGTTCGGATCCCATGAATTGCTTTCCCCTACTTCCGCCATATCCCAACCCGAACTACC
TTCCACTACTTCAGATTTTCCGCTCGGACAGGATCTTCTCAGCCTCACCAAGGCCAAAATTGTCTCTCATCCTACCTATCCTCGTTTGCTTCAAGCTTATATTGACTGCC
AGAAGGTTGGAGCCCCTCCGGAGATAGCTTGCTTGTTGGAGGAAATCCGGCGAGAAAACGACAGTCATAAACAAAACGCCATCTCCACGTGCTTTGGAGCTGATCCCGAG
CTCGATGAGTTCATGGAAGCGTACTGTGACATGCTGGTCAAGTATAAATCAGATCTCTCAAGGCCCTTTCATGAAGCTTCTTCCTTCTTGAATAACATTCAACTGCAACT
TAGCAACCTCTGTGCTGGTGCTTTCACCAGAAGCCCTTCCAGTCAGTCTCTCTCCCTTTCTATCAGTAATTGCTTCTTTTCGCACTCTATTTCCACTTAATTATTTCTAT
TCCCTGTTCAGATTGCATCCGTTTTTTCTGTGTACATTATTTTGCCTTTTATCTGAATCCCAAACTTTCTTTCTTATGACTTGGGAGAAAAAGAAAAAAAAAAAAATACT
AACCCTCGCGTTATTAACTTAACGTGTATATTTTAATTTGTCGCCTAAGCAACCACCAGTTTCTTTCTTCCCCTAATCCAACCCACTCTGTCAATCCTTTTGATTTGCCA
AAAAAGAAAAGACAAGAAAAAAAAGAAAAAAACTCGGGAAGAATAATAATACGGTTTCGTGTGGGTAATAAAACACGAACAAACAGCGAACCCTAGTACAGAGAGACCCA
CGCCTTTGATTGCCCACGATTCTCGCGGTTTTTGCCGGTGATTATTGCTTGCTCAGTGTTTTCTTTTTTGCACAATGGACATGTCATTTATTTAAGCTGAAGTCTGGACC
TTCCCTATAGTGACCTAAACCTTTTCCTTTTCAGTTTAATGTTTGCTATCTGGGGCGGCGATTGGTTTAATTTCATTTCTCAGCCACGGTTAAAAATGCTTTTTGTTGTT
TTCATTAATCTTCCTTTTCTATCTGGAGGGTAAGGCGGATAAAAACAGCTTTCCGTACTAGAGATTCGGATTTTGACTCTTGGATATTGGGGATGACTTTGCTGGATGGT
AATTAATGGTATAGACTTCTGGTCCTAATGGTAATGGTATAGACTTATGGTCGGGCTGGTTGGTAGCAATGATTAAATATGGAGGGAAGCCTACCCAAGTGGAATGGAGG
ATTTTTTGGTTTAAGCCTCTTCTTTTAATCGCCATGTAGGTTCACATTAAAAATATGAAACGGTTTTTACTAGTTAAATTTAACATATGCGCAGAACTTTGAGCTCCCCC
TCTGTCATCTATAAATGGCTCG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAENTYGMRSNSTSTSQFSPKSFISSDNPILPLHYHTLLSSTNFRDRIPMFGSHELLSPTSAISQPELPSTTSDFPLGQDLLSLTKAKIVSHPTYPRLLQAYIDCQKVGA
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