CuGenDBv2

Gene ID	Lsi09G003960
Organism	Lagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
Description	thylakoid lumenal protein TL20.3, chloroplastic isoform X1
Genome location	chr09:4163248..4164486
RNA-Seq Expression	Lsi09G003960
Synteny	Lsi09G003960
Gene Ontology terms	NA
InterPro domains	IPR001646 - Pentapeptide repeat

Homology

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GenBank top hits

e value

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Alignment

KAG7016907.1 Thylakoid lumenal protein TL20.3, chloroplastic [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]

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XP_004147585.1 thylakoid lumenal protein TL20.3, chloroplastic isoform X1 [Cucumis sativus]

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XP_022969875.1 thylakoid lumenal protein TL20.3, chloroplastic isoform X2 [Cucurbita maxima]

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XP_038875985.1 thylakoid lumenal protein TL20.3, chloroplastic isoform X1 [Benincasa hispida]

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XP_038875987.1 thylakoid lumenal protein TL20.3, chloroplastic isoform X2 [Benincasa hispida]

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e value

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A0A0A0KP67 Uncharacterized protein

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A0A6J1E2Q9 thylakoid lumenal protein TL20.3, chloroplastic isoform X1

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A0A6J1E828 thylakoid lumenal protein TL20.3, chloroplastic isoform X2

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A0A6J1I174 thylakoid lumenal protein TL20.3, chloroplastic isoform X2

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A0A6J1I279 thylakoid lumenal protein TL20.3, chloroplastic isoform X1

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SwissProt top hits

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Q8H1Q1 Thylakoid lumenal protein TL20.3, chloroplastic

1.2e-39

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Arabidopsis top hits

e value

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AT1G12250.1 Pentapeptide repeat-containing protein

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AT1G12250.2 Pentapeptide repeat-containing protein

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Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

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TCAAGTATCAAACTCAAGGGAAGATTGTTCGGAGAGGAAGCACATTGGTAAGACTACAGAGCCCAAGAGATGGAAAAAGTTGGTTTCAACTGCTTTGGCTGCTGCTGCAG
TCATTAGTTTTACCTCAGGCATGCCTTCAGTTGCTGAACTCAACAAGTATGAGGCTGATACCCGTGGTGAATTCGGAATTGGATCTGCTGCTCAATTTGGTTCTGCAGAT
CTCAGGAAGGCAGTGCATGTTAACGAAAATTTCAGGAGAGCCAATTTCACATCTGCTGATATGAGGGAATCAGATTTCAGTGGCTGTACATTCAACGGCGCATATCTTGA
AAAAGCAGTTGCATACAAGACAAATTTCTCAGGTAAGCTAGTTACTAATCATAGTATGATCATGACAATGAAACCATTAAACATGAGCTGGCAGAACTTTGTATGGCATA
AACTCATTCTGTGGATCTATACATAA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

CTTAACCAGAAGTTGTCTACCAACAGAAAGAAACTGATAAATCACTATAAACACTAAATCTCTTCCTGTCCAATCGTTTTCTTTCCCCTCTTTTTCCTCTTCTCTGCTCT
TCCCATCAAAATATTTAACTTTCCTGGCGCAGAGAAAGATCCCACAATTCCAACTCCTCATGGCACTTTCTTCCATTTCCTCACTATCAGTAAAATGTCTACCCTTATCT
TCTTCTAAATCAAAGCTTCCGAGTTCTGTACAACCCAGAAAACAAATTTCCATGGTCTCTCAAGTATCAAACTCAAGGGAAGATTGTTCGGAGAGGAAGCACATTGGTAA
GACTACAGAGCCCAAGAGATGGAAAAAGTTGGTTTCAACTGCTTTGGCTGCTGCTGCAGTCATTAGTTTTACCTCAGGCATGCCTTCAGTTGCTGAACTCAACAAGTATG
AGGCTGATACCCGTGGTGAATTCGGAATTGGATCTGCTGCTCAATTTGGTTCTGCAGATCTCAGGAAGGCAGTGCATGTTAACGAAAATTTCAGGAGAGCCAATTTCACA
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Protein sequence

Show/hide protein sequence

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LRKAVHVNENFRRANFTSADMRESDFSGCTFNGAYLEKAVAYKTNFSGKLVTNHSMIMTMKPLNMSWQNFVWHKLILWIYT

Lsi09G003960 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome