; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lsi09G008700 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome

Gene IDLsi09G008700
OrganismLagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
DescriptionDNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
Genome locationchr09:10121504..10124830
RNA-Seq ExpressionLsi09G008700
SyntenyLsi09G008700
Gene Ontology termsGO:0000291 - nuclear-transcribed mRNA catabolic process, exonucleolytic (biological process)
GO:0006367 - transcription initiation from RNA polymerase II promoter (biological process)
GO:0045948 - positive regulation of translational initiation (biological process)
GO:0060213 - positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening (biological process)
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GO:0005665 - RNA polymerase II, core complex (cellular component)
GO:0003697 - single-stranded DNA binding (molecular function)
GO:0003727 - single-stranded RNA binding (molecular function)
GO:0003899 - DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity (molecular function)
GO:0031369 - translation initiation factor binding (molecular function)
InterPro domainsIPR003029 - S1 domain
IPR005576 - RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal
IPR012340 - Nucleic acid-binding, OB-fold
IPR036898 - RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily
IPR045113 - RNA polymerase Rpb7-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7032688.1 hypothetical protein SDJN02_06738, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.9e-9294.57Show/hide
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XP_004150740.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 isoform X1 [Cucumis sativus]3.9e-9395.65Show/hide
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XP_022923594.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7-like [Cucurbita moschata]1.9e-9294.57Show/hide
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XP_038906688.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 [Benincasa hispida]8.7e-9395.11Show/hide
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XP_038906991.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7-like [Benincasa hispida]1.5e-9294.57Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KPS4 Uncharacterized protein1.9e-9395.65Show/hide
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A0A2I4HHD1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB71.2e-9294.02Show/hide
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A0A6J1CIV0 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB71.6e-9294.02Show/hide
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A0A6J1E6V3 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7-like9.4e-9394.57Show/hide
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A0A6J1JSG6 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7-like9.4e-9394.57Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P38421 DNA-directed RNA polymerase II subunit 71.2e-8988.59Show/hide
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P46279 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB73.1e-9392.86Show/hide
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P62487 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB78.6e-5152.22Show/hide
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Q5E9B8 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB78.6e-5152.22Show/hide
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Q7ZW41 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB78.6e-5152.78Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G06790.1 RNA polymerase Rpb7 N-terminal domain-containing protein1.6e-0429.89Show/hide
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AT1G06790.2 RNA polymerase Rpb7 N-terminal domain-containing protein1.6e-0429.89Show/hide
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        MF+   LE ++++ P      L + + S L            G  V+I  I+++  G +  G G  T+ V  + VVFRPF GE++ A
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AT3G22900.1 RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain1.9e-1336.45Show/hide
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        G+++  T +ENIG+G I++ TG + FPV +  + F+ FKGEI+  VV  V+K G F ++GP +I   +H+     EF  G+ P +     S +IQ  + V
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        R  ++ T
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AT4G14660.1 RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain8.6e-1431.88Show/hide
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        G+ VA+T ++ IG+G IR+ TG V FPV +  + F+ FKGEI+  VV  V K G F   GP++    ++    D ++  G+ P +     S +IQ ++ V
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        R+ +IG +    E    +L       +++ D+LG +++
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AT5G59180.1 DNA-directed RNA polymerase II8.7e-9188.59Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTTCTTCCACATAGTTTTGGAGAGGAATATGCAGCTACATCCACGGCACTTTGGCCGTAACCTCCGCGAGAACCTGGTGTCAAAACTAATGAAAGATGTTGAGGGCAC
TTGCAGTGGCCGACATGGTTTCGTAGTGGCAATCACGGGAATTGAGAATATCGGGAAAGGGTTGATTCGTGATGGGACAGGTTTCGTCACTTTTCCCGTTAAATACCAGT
GTGTTGTGTTCAGACCATTTAAAGGAGAAATTTTAGAAGCAGTTGTTACGATGGTAAATAAGATGGGGTTCTTTGCTGAAGCTGGACCTGTGCAGATTTTTGTTTCAAAC
CATTTGATACCAGATGATATGGAGTTTCAGTCCGGGGATGTGCCAAACTATACCACTTCTGATGGATCAGTTAAGATTCAGAAGGACAGTGAAGTTCGATTGAAGATAAT
CGGGACTCGAGTAGATGCAACTGAAATTGTAGTGCCTTCTCTTCCTTATTTATTTTGTATTGGAACCATAAAAGATGACTTCTTGGGTGTGATCAATGACCCTTCAGCGG
CCTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATCTACTTCACTTTCCAGAGGGAAAAGGAAATTAGGAGATAATTGTGTGATGTGTCTTTTAAGAAAAAAAAACATATTTAAGTTAGAAATAGCAATTTACAAATAATACC
CCAGACTCCCTTCCCTTTGATTTCAATCTCACTCTCGTAATCTCGCCTTCTCCCTCTCCCTGCTTGACGCTGTTGCCTCGCTGCCGTTCGCTCCGTTCAGCGCCGCCGCC
GCCTTCGTACCGGTAGAGGGAGCCAATATGTTCTTCCACATAGTTTTGGAGAGGAATATGCAGCTACATCCACGGCACTTTGGCCGTAACCTCCGCGAGAACCTGGTGTC
AAAACTAATGAAAGATGTTGAGGGCACTTGCAGTGGCCGACATGGTTTCGTAGTGGCAATCACGGGAATTGAGAATATCGGGAAAGGGTTGATTCGTGATGGGACAGGTT
TCGTCACTTTTCCCGTTAAATACCAGTGTGTTGTGTTCAGACCATTTAAAGGAGAAATTTTAGAAGCAGTTGTTACGATGGTAAATAAGATGGGGTTCTTTGCTGAAGCT
GGACCTGTGCAGATTTTTGTTTCAAACCATTTGATACCAGATGATATGGAGTTTCAGTCCGGGGATGTGCCAAACTATACCACTTCTGATGGATCAGTTAAGATTCAGAA
GGACAGTGAAGTTCGATTGAAGATAATCGGGACTCGAGTAGATGCAACTGAAATTGTAGTGCCTTCTCTTCCTTATTTATTTTGTATTGGAACCATAAAAGATGACTTCT
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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