CuGenDBv2

Gene ID	Lsi09G009540
Organism	Lagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
Description	60S ribosomal protein L30-like
Genome location	chr09:12371379..12373222
RNA-Seq Expression	Lsi09G009540
Synteny	Lsi09G009540
Gene Ontology terms	GO:0022625 - cytosolic large ribosomal subunit (cellular component) GO:0003723 - RNA binding (molecular function) GO:0003735 - structural constituent of ribosome (molecular function)
InterPro domains	IPR004038 - Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 IPR022991 - Ribosomal protein L30e, conserved site IPR029064 - 50S ribosomal protein L30e-like IPR039109 - Ribosomal protein L30/YlxQ

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAG6602049.1 60S ribosomal protein L30, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

2.1e-28

84.21

Show/hide

Query:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ
        +I  + GKLIILSNN PP RKSEIEYYAMLAK+GVHH NGSNVDLGTACGKY+RVSCLSIIDPGDSDIIKSLP +Q
Subjt:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ

XP_004140311.1 60S ribosomal protein L30 [Cucumis sativus]

5.6e-29

94.29

Show/hide

Query:  GKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ
        GKLIILSNN PP RKSEIEYYAMLAKIGVHH NGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLP DQ
Subjt:  GKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ

XP_008460497.1 PREDICTED: 60S ribosomal protein L30-like [Cucumis melo]

2.5e-29

88.16

Show/hide

Query:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ
        +I  + GKLIILSNN PP RKSEIEYYAMLAKIGVHH NGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLP DQ
Subjt:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ

XP_022141723.1 60S ribosomal protein L30-like [Momordica charantia]

9.6e-29

85.53

Show/hide

Query:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ
        +I  + GKLIILSNN PP RKSEIEYYAMLAK+GVHH NGSNVDLGTACGKY+RVSCLSIIDPGDSDIIKSLP DQ
Subjt:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ

XP_024027670.1 60S ribosomal protein L30 [Morus notabilis]

1.2e-28

84.21

Show/hide

Query:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ
        S+  + GKLII+SNN PP RKSEIEYYAMLAKIGVHH NG+NVDLGTACGKYYRVSCLSI+DPGDSDIIKSLP DQ
Subjt:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A0A0KQ98 Ribosomal_L7Ae domain-containing protein

2.7e-29

94.29

Show/hide

Query:  GKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ
        GKLIILSNN PP RKSEIEYYAMLAKIGVHH NGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLP DQ
Subjt:  GKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ

A0A1S3CCQ4 60S ribosomal protein L30-like

1.2e-29

88.16

Show/hide

Query:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ
        +I  + GKLIILSNN PP RKSEIEYYAMLAKIGVHH NGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLP DQ
Subjt:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ

A0A5D3DSZ7 60S ribosomal protein L30-like

1.2e-29

88.16

Show/hide

Query:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ
        +I  + GKLIILSNN PP RKSEIEYYAMLAKIGVHH NGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLP DQ
Subjt:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ

A0A6J1FH91 60S ribosomal protein L30-like

1.2e-29

88.16

Show/hide

Query:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ
        +I  + GKLIILSNN PP RKSEIEYYAMLAKIGVHH NGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLP DQ
Subjt:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ

A0A6J1JWW8 60S ribosomal protein L30-like

1.2e-29

88.16

Show/hide

Query:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ
        +I  + GKLIILSNN PP RKSEIEYYAMLAKIGVHH NGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLP DQ
Subjt:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

O49884 60S ribosomal protein L30

3.1e-30

78.95

Show/hide

Query:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ
        S+  + GKLII++NN PP RKSEIEYYAMLAK+GVHH NG+NVDLGTACGKYYRV CLSI+DPGDSDIIK+LP DQ
Subjt:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ

Q8VZ19 60S ribosomal protein L30-2

2.6e-29

76.32

Show/hide

Query:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ
        S+  + GKLI++S N PP R+SEIEYYAMLAK+GVHH NG+NVDLGTACGKY+RVSCLSI+DPGDSDIIKS+P DQ
Subjt:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ

Q9C8F7 Putative 60S ribosomal protein L30-1

5.8e-29

76.32

Show/hide

Query:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ
        S+  + GKLI++S+N PP R+SEIEYYAMLAK+GVHH N +NVDLGTACGKY+RVSCLSI+DPGDSDIIKSLP DQ
Subjt:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ

Q9LSA3 60S ribosomal protein L30-3

1.3e-28

Show/hide

Query:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ
        S+  + GKLI++S+N PP R+SEIEYYAMLAK+GVH  NG+NVDLGTACGKY+RVSCLSI+DPGDSDIIK+LP DQ
Subjt:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ

Q9M5M6 60S ribosomal protein L30

4.5e-29

78.67

Show/hide

Query:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDD
        S+  N GKLII++NN PP RKSEIEYYAMLAK+GVHH NG+NVDLGTACGKY+RV CLSIID GDSDIIKS+P D
Subjt:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDD

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT1G36240.1 Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein

4.1e-30

76.32

Show/hide

Query:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ
        S+  + GKLI++S+N PP R+SEIEYYAMLAK+GVHH N +NVDLGTACGKY+RVSCLSI+DPGDSDIIKSLP DQ
Subjt:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ

AT1G77940.1 Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein

1.9e-30

76.32

Show/hide

Query:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ
        S+  + GKLI++S N PP R+SEIEYYAMLAK+GVHH NG+NVDLGTACGKY+RVSCLSI+DPGDSDIIKS+P DQ
Subjt:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ

AT3G18740.1 Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein

9.2e-30

Show/hide

Query:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ
        S+  + GKLI++S+N PP R+SEIEYYAMLAK+GVH  NG+NVDLGTACGKY+RVSCLSI+DPGDSDIIK+LP DQ
Subjt:  SICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGCGTTTTATTTTGTATTTTTTACACTTTTCTGTATTTCGATCTGTGAAAATACAGGGAAGCTTATTATTCTATCGAATAACTACCCGCCTGAGCGTAAATCCGAAAT
TGAGTACTACGCAATGCTTGCCAAAATTGGGGTTCACCACAATAACGGAAGTAATGTCGATCTTGGAACTGCTTGTGGCAAGTATTATCGTGTGTCCTGCCTCAGCATTA
TTGATCCAGGTGATTCTGATATTATCAAATCGCTTCCCGATGATCAGTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MAFYFVFFTLFCISICENTGKLIILSNNYPPERKSEIEYYAMLAKIGVHHNNGSNVDLGTACGKYYRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPDDQ

Lsi09G009540 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome