; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lsi09G012740 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome

Gene IDLsi09G012740
OrganismLagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
Descriptionprotein SIEVE ELEMENT OCCLUSION B-like
Genome locationchr09:20539023..20540050
RNA-Seq ExpressionLsi09G012740
SyntenyLsi09G012740
Gene Ontology termsGO:0010088 - phloem development (biological process)
InterPro domainsIPR027942 - Sieve element occlusion, N-terminal
IPR039299 - Protein SIEVE ELEMENT OCCLUSION


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6574941.1 Protein SIEVE ELEMENT OCCLUSION B, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]3.0e-6160.99Show/hide
Query:  MATPLKAPTTVPALLHSNQSANPEEELTIRHYSGDLITEQIYAKHRDDHTTKIDIPNYISVIESIITGANQIINTVH-----------------------
        MAT LKAPTT   LLH  QS+  +EE+++RHYS  L+T  IYA+HRDD +TKID+PNYISVIESIIT A++I  TVH                       
Subjt:  MATPLKAPTTVPALLHSNQSANPEEELTIRHYSGDLITEQIYAKHRDDHTTKIDIPNYISVIESIITGANQIINTVH-----------------------

Query:  ---------HLSCKAPGIEKAHETTLDIFEILANYPWVAKAALTLLVFATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRVAALKKH-----------------
                  LSCKAPGIEKAHETTL IFEILANYPW AKAALTLL FATDYGDLWHLYHYS  DPLAKSLAIIKRVA LKKH                 
Subjt:  ---------HLSCKAPGIEKAHETTLDIFEILANYPWVAKAALTLLVFATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRVAALKKH-----------------

Query:  ---LQAIKYMDEIREFSKYDAKE
           LQAIKYMDEIREFSKYD KE
Subjt:  ---LQAIKYMDEIREFSKYDAKE

KAG7013507.1 Protein SIEVE ELEMENT OCCLUSION B [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.8e-6160.99Show/hide
Query:  MATPLKAPTTVPALLHSNQSANPEEELTIRHYSGDLITEQIYAKHRDDHTTKIDIPNYISVIESIITGANQIINTVH-----------------------
        MAT LKAPTT   LLH  QS+  +EE+++RHYS +L+T  IYA+HRDD +TKID+PNYISVIESIIT A++I  TVH                       
Subjt:  MATPLKAPTTVPALLHSNQSANPEEELTIRHYSGDLITEQIYAKHRDDHTTKIDIPNYISVIESIITGANQIINTVH-----------------------

Query:  ---------HLSCKAPGIEKAHETTLDIFEILANYPWVAKAALTLLVFATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRVAALKKH-----------------
                  LSCKAPGIEKAHETTL IFEILANYPW AKAALTLL FATDYGDLWHLYHYS  DPLAKSLAIIKRVA LKKH                 
Subjt:  ---------HLSCKAPGIEKAHETTLDIFEILANYPWVAKAALTLLVFATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRVAALKKH-----------------

Query:  ---LQAIKYMDEIREFSKYDAKE
           LQAIKYMDEIREFSKYD KE
Subjt:  ---LQAIKYMDEIREFSKYDAKE

XP_022959049.1 protein SIEVE ELEMENT OCCLUSION B-like [Cucurbita moschata]6.7e-6160.09Show/hide
Query:  MATPLKAPTTVPALLHSNQSANPEEELTIRHYSGDLITEQIYAKHRDDHTTKIDIPNYISVIESIITGANQIINTVH-----------------------
        MAT LKAPTT   LLH  QS+  +EE+++RHYS  L+T  IYA+HRDD +TKID+PNYIS+IESIIT A++I  TVH                       
Subjt:  MATPLKAPTTVPALLHSNQSANPEEELTIRHYSGDLITEQIYAKHRDDHTTKIDIPNYISVIESIITGANQIINTVH-----------------------

Query:  ---------HLSCKAPGIEKAHETTLDIFEILANYPWVAKAALTLLVFATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRVAALKKH-----------------
                  LSCKAPG+EKAHETTL IFEILANYPW AKAALTLL FATDYGDLWHLYHYS  DPLAKSLAIIKRVA LKKH                 
Subjt:  ---------HLSCKAPGIEKAHETTLDIFEILANYPWVAKAALTLLVFATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRVAALKKH-----------------

Query:  ---LQAIKYMDEIREFSKYDAKE
           LQAIKYMDEIREFSKYD KE
Subjt:  ---LQAIKYMDEIREFSKYDAKE

XP_038875883.1 protein SIEVE ELEMENT OCCLUSION B-like [Benincasa hispida]4.6e-6263.11Show/hide
Query:  MATPLKAPTTVPALLHSNQSANP--EEELTIRHYSGDLITEQIYAKHRDDHTTKIDIPNYISVIESIITGANQIINTVH---------------------
        MA P KAPTT PALLHS QSANP  +EE+++RHYS DL+T  IYAKHRDD TTKID+ NYISVIESIIT A++I +TVH                     
Subjt:  MATPLKAPTTVPALLHSNQSANP--EEELTIRHYSGDLITEQIYAKHRDDHTTKIDIPNYISVIESIITGANQIINTVH---------------------

Query:  -----------HLSCKAPGIEKAHETTLDIFEILANYPWVAKAALTLLVFATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRVAALKKH---------------
                    LSCK  GIEKAHETTL+IFEIL NYPW AKAALTLL FATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRVA LKKH               
Subjt:  -----------HLSCKAPGIEKAHETTLDIFEILANYPWVAKAALTLLVFATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRVAALKKH---------------

Query:  -----LQAIKYMDEIREFSKYDAKE
             LQAIKYMDEIREFSKYD KE
Subjt:  -----LQAIKYMDEIREFSKYDAKE

XP_038906501.1 LOW QUALITY PROTEIN: protein SIEVE ELEMENT OCCLUSION B-like [Benincasa hispida]5.1e-6160.17Show/hide
Query:  MATPLKAPTTVP-ALLHSNQSANPEEELTIRHYSGDLITEQIYAKHRDDHTTKIDIPNYISVIESIITGANQIINTVHH---------------------
        MAT LK PTT P   LHS QS NP+EE  +RHYS DL+T  IYAKHRDD TTKID+PNYISVIESIIT A+QI + VH                      
Subjt:  MATPLKAPTTVP-ALLHSNQSANPEEELTIRHYSGDLITEQIYAKHRDDHTTKIDIPNYISVIESIITGANQIINTVHH---------------------

Query:  ------------------LSCKAPGIEKAHETTLDIFEILANYPWVAKAALTLLVFATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRVAALKKH---------
                          +SCKAPGIEKAHETTL+IFEILANYPW AKAALTLL FATDYGDLWHLYHYS  DPLAKSLAIIKRVA LKKH         
Subjt:  ------------------LSCKAPGIEKAHETTLDIFEILANYPWVAKAALTLLVFATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRVAALKKH---------

Query:  -----------LQAIKYMDEIREFSKYDAKE
                   LQAIKYM+EIREFSKYD KE
Subjt:  -----------LQAIKYMDEIREFSKYDAKE

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3CNB5 protein SIEVE ELEMENT OCCLUSION B-like4.2e-6161.33Show/hide
Query:  MATPLKAPTT-VPALLHSNQSA-NPEEELTIRHYSGDLITEQIYAKHRDDHTTKIDIPNYISVIESIITGANQIINTVH---------------------
        MATP KAPTT  PALLHS QSA  P+EEL+ RHYS +++T  IYAKHRDD TTKID+ +YISVIESIIT A++I +TVH                     
Subjt:  MATPLKAPTT-VPALLHSNQSA-NPEEELTIRHYSGDLITEQIYAKHRDDHTTKIDIPNYISVIESIITGANQIINTVH---------------------

Query:  -----------HLSCKAPGIEKAHETTLDIFEILANYPWVAKAALTLLVFATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRVAALKKH---------------
                    LSCKAPGIEKAHETT++IFEILANYPW AKAALTLL FATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIK+V  LKKH               
Subjt:  -----------HLSCKAPGIEKAHETTLDIFEILANYPWVAKAALTLLVFATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRVAALKKH---------------

Query:  -----LQAIKYMDEIREFSKYDAKE
             LQA+KYM EI+EFSKYDAKE
Subjt:  -----LQAIKYMDEIREFSKYDAKE

A0A5D3E2S2 Protein SIEVE ELEMENT OCCLUSION B-like4.2e-6161.33Show/hide
Query:  MATPLKAPTT-VPALLHSNQSA-NPEEELTIRHYSGDLITEQIYAKHRDDHTTKIDIPNYISVIESIITGANQIINTVH---------------------
        MATP KAPTT  PALLHS QSA  P+EEL+ RHYS +++T  IYAKHRDD TTKID+ +YISVIESIIT A++I +TVH                     
Subjt:  MATPLKAPTT-VPALLHSNQSA-NPEEELTIRHYSGDLITEQIYAKHRDDHTTKIDIPNYISVIESIITGANQIINTVH---------------------

Query:  -----------HLSCKAPGIEKAHETTLDIFEILANYPWVAKAALTLLVFATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRVAALKKH---------------
                    LSCKAPGIEKAHETT++IFEILANYPW AKAALTLL FATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIK+V  LKKH               
Subjt:  -----------HLSCKAPGIEKAHETTLDIFEILANYPWVAKAALTLLVFATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRVAALKKH---------------

Query:  -----LQAIKYMDEIREFSKYDAKE
             LQA+KYM EI+EFSKYDAKE
Subjt:  -----LQAIKYMDEIREFSKYDAKE

A0A6J1H6V1 protein SIEVE ELEMENT OCCLUSION B-like3.2e-6160.09Show/hide
Query:  MATPLKAPTTVPALLHSNQSANPEEELTIRHYSGDLITEQIYAKHRDDHTTKIDIPNYISVIESIITGANQIINTVH-----------------------
        MAT LKAPTT   LLH  QS+  +EE+++RHYS  L+T  IYA+HRDD +TKID+PNYIS+IESIIT A++I  TVH                       
Subjt:  MATPLKAPTTVPALLHSNQSANPEEELTIRHYSGDLITEQIYAKHRDDHTTKIDIPNYISVIESIITGANQIINTVH-----------------------

Query:  ---------HLSCKAPGIEKAHETTLDIFEILANYPWVAKAALTLLVFATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRVAALKKH-----------------
                  LSCKAPG+EKAHETTL IFEILANYPW AKAALTLL FATDYGDLWHLYHYS  DPLAKSLAIIKRVA LKKH                 
Subjt:  ---------HLSCKAPGIEKAHETTLDIFEILANYPWVAKAALTLLVFATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRVAALKKH-----------------

Query:  ---LQAIKYMDEIREFSKYDAKE
           LQAIKYMDEIREFSKYD KE
Subjt:  ---LQAIKYMDEIREFSKYDAKE

A0A6J1L2X0 protein SIEVE ELEMENT OCCLUSION B-like5.5e-6160.09Show/hide
Query:  MATPLKAPTTVPALLHSNQSANPEEELTIRHYSGDLITEQIYAKHRDDHTTKIDIPNYISVIESIITGANQIINTVH-----------------------
        MAT LKAP T P LLH  QS+  +EEL++RHYS +L+T  IYAKH DD +TKID+PNYISVIESIIT A++I  TVH                       
Subjt:  MATPLKAPTTVPALLHSNQSANPEEELTIRHYSGDLITEQIYAKHRDDHTTKIDIPNYISVIESIITGANQIINTVH-----------------------

Query:  ---------HLSCKAPGIEKAHETTLDIFEILANYPWVAKAALTLLVFATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRVAALKKH-----------------
                  LSCKAPGIEKAHETTL IFEILANYPW AKAALTLL FA DYGDLWHLYHYS  DPLAKSLA+IKRVA LKKH                 
Subjt:  ---------HLSCKAPGIEKAHETTLDIFEILANYPWVAKAALTLLVFATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRVAALKKH-----------------

Query:  ---LQAIKYMDEIREFSKYDAKE
           LQAIKYM+EIREFSKYD KE
Subjt:  ---LQAIKYMDEIREFSKYDAKE

E5GC85 SEO_N domain-containing protein (Fragment)4.2e-6161.33Show/hide
Query:  MATPLKAPTT-VPALLHSNQSA-NPEEELTIRHYSGDLITEQIYAKHRDDHTTKIDIPNYISVIESIITGANQIINTVH---------------------
        MATP KAPTT  PALLHS QSA  P+EEL+ RHYS +++T  IYAKHRDD TTKID+ +YISVIESIIT A++I +TVH                     
Subjt:  MATPLKAPTT-VPALLHSNQSA-NPEEELTIRHYSGDLITEQIYAKHRDDHTTKIDIPNYISVIESIITGANQIINTVH---------------------

Query:  -----------HLSCKAPGIEKAHETTLDIFEILANYPWVAKAALTLLVFATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRVAALKKH---------------
                    LSCKAPGIEKAHETT++IFEILANYPW AKAALTLL FATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIK+V  LKKH               
Subjt:  -----------HLSCKAPGIEKAHETTLDIFEILANYPWVAKAALTLLVFATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRVAALKKH---------------

Query:  -----LQAIKYMDEIREFSKYDAKE
             LQA+KYM EI+EFSKYDAKE
Subjt:  -----LQAIKYMDEIREFSKYDAKE

SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q9FXE2 Protein SIEVE ELEMENT OCCLUSION C3.5e-0432.18Show/hide
Query:  ISVIESIITGANQIINTVHHLSCKAPGIEKAHETTLDIFEILANYPWVAKAALTLLVFATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRV
        I V +S  T    I      + C   G  +  + T+ +F++L  Y W AKA L L V A  YG L    H +  DP+A S+A + ++
Subjt:  ISVIESIITGANQIINTVHHLSCKAPGIEKAHETTLDIFEILANYPWVAKAALTLLVFATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRV

Q9SS87 Protein SIEVE ELEMENT OCCLUSION B2.0e-0733.33Show/hide
Query:  ISVIESIITGANQIINTVHHLSCKAPGIEKAHETTLDIFEILANYPWVAKAALTLLVFATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRV
        +SV++S+    +++   + + S        +HE T+ +FE L+++ W  K  LTL  FA +YG+ W L  +   + LAKSLA++K V
Subjt:  ISVIESIITGANQIINTVHHLSCKAPGIEKAHETTLDIFEILANYPWVAKAALTLLVFATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRV

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G67790.1 unknown protein2.5e-0532.18Show/hide
Query:  ISVIESIITGANQIINTVHHLSCKAPGIEKAHETTLDIFEILANYPWVAKAALTLLVFATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRV
        I V +S  T    I      + C   G  +  + T+ +F++L  Y W AKA L L V A  YG L    H +  DP+A S+A + ++
Subjt:  ISVIESIITGANQIINTVHHLSCKAPGIEKAHETTLDIFEILANYPWVAKAALTLLVFATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRV

AT3G01680.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mediator complex subunit Med28 (InterPro:IPR021640)1.4e-0833.33Show/hide
Query:  ISVIESIITGANQIINTVHHLSCKAPGIEKAHETTLDIFEILANYPWVAKAALTLLVFATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRV
        +SV++S+    +++   + + S        +HE T+ +FE L+++ W  K  LTL  FA +YG+ W L  +   + LAKSLA++K V
Subjt:  ISVIESIITGANQIINTVHHLSCKAPGIEKAHETTLDIFEILANYPWVAKAALTLLVFATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRV


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCCACTCCACTCAAGGCACCCACCACTGTACCTGCATTGCTTCATTCTAATCAGTCAGCCAACCCCGAGGAGGAGTTGACCATAAGACATTACTCCGGCGATCTCAT
CACCGAGCAAATTTATGCCAAACATCGTGACGACCACACTACCAAAATTGACATTCCTAATTACATCTCAGTTATTGAGAGTATTATCACCGGTGCTAATCAAATTATTA
ATACTGTGCATCACCTATCATGCAAGGCTCCGGGGATAGAAAAAGCACACGAAACCACACTAGATATCTTTGAAATATTGGCAAATTATCCATGGGTAGCCAAGGCAGCT
CTGACTTTGTTAGTTTTTGCAACGGATTATGGAGATTTATGGCATCTCTATCATTACTCTCAAGCTGATCCATTGGCTAAATCTTTGGCAATTATCAAGCGAGTTGCTGC
TTTGAAAAAGCACTTACAAGCAATCAAATACATGGATGAGATTAGAGAATTCTCCAAATACGATGCCAAGGAATTCCTGAGTTACCTGCAGTTCTTCATCAAATTCCATT
AA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCCACTCCACTCAAGGCACCCACCACTGTACCTGCATTGCTTCATTCTAATCAGTCAGCCAACCCCGAGGAGGAGTTGACCATAAGACATTACTCCGGCGATCTCAT
CACCGAGCAAATTTATGCCAAACATCGTGACGACCACACTACCAAAATTGACATTCCTAATTACATCTCAGTTATTGAGAGTATTATCACCGGTGCTAATCAAATTATTA
ATACTGTGCATCACCTATCATGCAAGGCTCCGGGGATAGAAAAAGCACACGAAACCACACTAGATATCTTTGAAATATTGGCAAATTATCCATGGGTAGCCAAGGCAGCT
CTGACTTTGTTAGTTTTTGCAACGGATTATGGAGATTTATGGCATCTCTATCATTACTCTCAAGCTGATCCATTGGCTAAATCTTTGGCAATTATCAAGCGAGTTGCTGC
TTTGAAAAAGCACTTACAAGCAATCAAATACATGGATGAGATTAGAGAATTCTCCAAATACGATGCCAAGGAATTCCTGAGTTACCTGCAGTTCTTCATCAAATTCCATT
AA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MATPLKAPTTVPALLHSNQSANPEEELTIRHYSGDLITEQIYAKHRDDHTTKIDIPNYISVIESIITGANQIINTVHHLSCKAPGIEKAHETTLDIFEILANYPWVAKAA
LTLLVFATDYGDLWHLYHYSQADPLAKSLAIIKRVAALKKHLQAIKYMDEIREFSKYDAKEFLSYLQFFIKFH