; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lsi09G014100 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome

Gene IDLsi09G014100
OrganismLagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
DescriptionE3 ubiquitin-protein ligase Topors
Genome locationchr09:22097973..22102013
RNA-Seq ExpressionLsi09G014100
SyntenyLsi09G014100
Gene Ontology termsGO:0016567 - protein ubiquitination (biological process)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001841 - Zinc finger, RING-type
IPR013083 - Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
IPR017907 - Zinc finger, RING-type, conserved site


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAE8646983.1 hypothetical protein Csa_020881 [Cucumis sativus]5.2e-11780.07Show/hide
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XP_004143083.1 E3 ubiquitin-protein ligase Topors [Cucumis sativus]5.2e-11780.07Show/hide
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XP_008458477.1 PREDICTED: E3 ubiquitin-protein ligase Topors [Cucumis melo]2.8e-11880.43Show/hide
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XP_038875512.1 E3 ubiquitin-protein ligase Topors isoform X1 [Benincasa hispida]2.7e-12181.05Show/hide
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XP_038875513.1 E3 ubiquitin-protein ligase Topors isoform X2 [Benincasa hispida]2.7e-12181.05Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KCD1 RING-type domain-containing protein6.0e-11978.82Show/hide
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A0A1S3C7X8 E3 ubiquitin-protein ligase Topors1.3e-11880.43Show/hide
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A0A6J1CAG7 E3 ubiquitin-protein ligase Topors9.4e-10470.25Show/hide
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        DK   GVGSSR D+R +LQ  RNELNR RRSE  LTWRRSFGRRG E V ADV+A+RKLQWRA + + +I A               V       ++ NI
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A0A6J1EQ79 E3 ubiquitin-protein ligase Topors isoform X16.5e-11374.04Show/hide
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        ML  ++ K ST +PARKLNGENF+ KVISPAICGETC ICLRELEDR AAVLTTCIHAYC+GCIRKWSN KRTCPLCNAQFDSWF+KI LSSRSFRKERL
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           NC D  K+G+GSSRTDAR ILQSTRNEL+R+RRSER LTWRRSFGRRGPESV  DV+A RKLQWRA +    I           +A  + V     +
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A0A6J1KEK6 E3 ubiquitin-protein ligase Topors isoform X16.9e-11574.74Show/hide
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        ML+ ++MK ST +PARKLNGENF+ KVISPAICG+TC ICLRELEDRTAAVLTTCIHAYC+GCIRKWSN KRTCPLCNAQFDSWF KINLSSRSFRKERL
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           NC D  K+G+GSSRTDAR ILQSTRNEL+R+RRSER LTWRRSFGRRGPESV  DV+A RKLQWRA +    I           +A  + V     +
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P08393 E3 ubiquitin-protein ligase ICP08.7e-0638.3Show/hide
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        G+ CA+C  E+          C+H +CI C++ W   + TCPLCNA+
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P29128 E3 ubiquitin-protein ligase ICP01.3e-0443.75Show/hide
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        +C ICL  +    AA    C+HA+C+ CIR+W   + TCPLC A   S
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P29836 E3 ubiquitin-protein ligase ICP01.3e-0443.75Show/hide
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        +C ICL  +    AA    C+HA+C+ CIR+W   + TCPLC A   S
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Q0IJ20 RING finger protein 1451.6e-0440.82Show/hide
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        + C+IC    +D  +AV+T C H +  GC++KW   + TCPLC+ Q  S
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Q5BIY5 RING finger protein 1451.6e-0440.82Show/hide
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        + C+IC    +D  +AV+T C H +  GC++KW   + TCPLC+ Q  S
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G18770.1 RING/U-box superfamily protein1.7e-0433.33Show/hide
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        PA KL  ++   K+  ++ +  GE C ICL E  +    V   C H +   C+ KW     +CPLC
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AT1G35330.1 RING/U-box superfamily protein2.0e-0544.68Show/hide
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        G  CAICL E ED  T  ++  C HA+   CI  W + + TCP+C A
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AT2G39100.1 RING/U-box superfamily protein9.7e-5342.59Show/hide
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        F  + I PA+ G++C ICL  L E R+AAV+T C H YC+ CIRKWS+FKR CPLCN +FDSWF   + +SR + KE+L      D+  +    ++ +D 
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Query:  RGILQSTRNELNRERRSERSLTWRRSFGRRGPESVSADVVARRKLQWRARVKSLNIFANMLLGLQFDKAYTADVYKLFHLRSDHNILGSRGAKEAILERI
        R I+Q +R+ L       R L WRRSFGR  P SV   V+ +RKLQWRA + +  + A  L   + + +   + Y                 K  I ERI
Subjt:  RGILQSTRNELNRERRSERSLTWRRSFGRRGPESVSADVVARRKLQWRARVKSLNIFANMLLGLQFDKAYTADVYKLFHLRSDHNILGSRGAKEAILERI

Query:  KPWIQRELQAILEDPDPTIIVHLATSLFVARLEAPSSQLNAE-----DDLLSPLRPFLFEKTDLFWHELR
        +PWI+RELQA+L DPDP++IVH A++LF+ RLE  +++   +     +D +S LR FL +K D+FWHELR
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AT5G10380.1 RING/U-box superfamily protein1.3e-0440.82Show/hide
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        I G  C++CL E  ED +  +L  C HA+ + CI  W    + CPLC A
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AT5G12310.1 RING/U-box superfamily protein8.0e-0743.14Show/hide
Query:  GETCAICLRELEDRTAAVLTTCIHAYCIGCIRKWSNFKR--TCPLCNAQFD
        G  CAICL  +  +  A++  C HAYC+ CI +W+++K   TCP C   FD
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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GCAAGCGGAAGTCATGAAGCCTTCGACCCGAGATCCGGCGCGAAAGCTCAACGGCGAAAACTTCATAACGAAGGTAATTTCGCCGGCAATTTGTGGAGAAACCTGCGCAA
TTTGCCTCAGAGAATTGGAGGATCGTACCGCCGCCGTGCTTACAACGTGTATCCACGCCTATTGCATAGGCTGTATTCGCAAATGGAGCAATTTTAAGCGAACTTGCCCT
CTCTGTAACGCGCAATTCGATTCATGGTTCACCAAAATCAACCTCTCATCGCGAAGCTTCCGCAAAGAACGGTTGACAACCTCTAATTGTCTCGATAAGCCCAAGGTTGG
AGTTGGATCTTCCCGGACAGACGCTCGCGGGATTCTTCAGAGCACGAGGAATGAATTAAATAGGGAAAGACGGTCGGAAAGATCACTTACATGGCGGCGATCATTTGGAC
GGCGAGGGCCGGAATCTGTGTCTGCTGATGTTGTTGCCCGGCGAAAACTTCAATGGCGAGCAAGAGTTAAGAGCTTGAATATTTTTGCTAATATGTTGTTGGGTTTACAA
TTTGATAAAGCATATACGGCCGATGTATACAAGCTGTTCCATCTTCGGTCAGATCATAACATATTGGGAAGTCGTGGAGCCAAAGAAGCGATTCTAGAGAGGATTAAACC
ATGGATTCAAAGGGAGTTACAGGCCATCCTCGAGGACCCAGATCCAACTATAATTGTTCATCTGGCTACCTCACTATTTGTGGCAAGACTTGAAGCTCCTTCCTCACAGC
TTAATGCTGAAGATGACCTTCTTTCGCCGTTGCGTCCTTTTCTCTTTGAGAAGACTGATTTGTTTTGGCATGAACTAAGGTACATGACTCATTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGAGAAGAGGAAGAGCGAATCTGGACTGGGCCGCAATTATTATTTAAACAAGGCCCAAAAAGTTGGCCCAACAATCGAATGGAGGCCCAAAGGGCCCAGAAAAATGCT
GCAAGCGGAAGTCATGAAGCCTTCGACCCGAGATCCGGCGCGAAAGCTCAACGGCGAAAACTTCATAACGAAGGTAATTTCGCCGGCAATTTGTGGAGAAACCTGCGCAA
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