; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lsi10G007340 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome

Gene IDLsi10G007340
OrganismLagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
DescriptionMYB transcription factor
Genome locationchr10:10152453..10154038
RNA-Seq ExpressionLsi10G007340
SyntenyLsi10G007340
Gene Ontology termsGO:0006357 - regulation of transcription by RNA polymerase II (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0000978 - RNA polymerase II proximal promoter sequence-specific DNA binding (molecular function)
GO:0000981 - DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific (molecular function)
InterPro domainsIPR001005 - SANT/Myb domain
IPR009057 - Homeobox-like domain superfamily
IPR017930 - Myb domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0040758.1 transcriptional activator Myb [Cucumis melo var. makuwa]1.6e-9889.57Show/hide
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KAG6571346.1 Transcription factor MYB52, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]4.3e-8880.18Show/hide
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XP_008460890.2 PREDICTED: transcriptional activator Myb [Cucumis melo]7.9e-9889.52Show/hide
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XP_038902736.1 transcription factor MYB52-like [Benincasa hispida]3.6e-10391.43Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LM98 Uncharacterized protein2.2e-9889.1Show/hide
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A0A1S3CEN7 transcriptional activator Myb3.8e-9889.52Show/hide
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A0A5D3BQW6 Transcriptional activator Myb7.7e-9989.57Show/hide
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A0A6J1EVU5 transcription factor CSA-like1.4e-8780.09Show/hide
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A0A6J1I2H4 transcription factor CSA-like1.1e-8679.19Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q5NBM8 Transcription factor CSA3.0e-4469.42Show/hide
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        G GGG  G  C RGHWRPAED KL+ LV Q+GPQNWN IAE  +GRSGKSCRLRW+NQLDP IN+  F+EEEEERL+   + +GNKWALIAR F GRTDN
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        AVKNH+HV+MARR RE+   F
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Q6R053 Transcription factor MYB568.3e-4270.43Show/hide
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        G SG++   C RGHWRP ED KL++LV QFGPQNWN I+ H  GRSGKSCRLRW+NQLDP INK  F+EEEE RLL   + +GNKWALI+R F GRTDNA
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Q6R0C4 Transcription factor MYB521.2e-4576.64Show/hide
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Q9FX36 Transcription factor MYB542.0e-4372.22Show/hide
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        + C RGHWRPAED KL+ LVEQ+GP NWN IA    GRSGKSCRLRW+NQLDP IN+NPF+EEEEERLL   ++HGN+W++IAR F GRTDNAVKNH+HV
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        IMARR R+
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Q9SEZ4 Transcription factor MYB1051.1e-4161.94Show/hide
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        G SS  S  RGHWRPAED KL++LV  +GPQNWN IAE  +GRSGKSCRLRW+NQLDP IN+  F+EEEEERL+   +L+GNKWA+IAR F GRTDN+VK
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        NH+HVIMAR+ RE+ + +       ++T  SL+P
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G17950.1 myb domain protein 528.8e-4776.64Show/hide
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        C RGHWRPAED KLR+LVEQFGP NWN IA+   GRSGKSCRLRW+NQLDP IN+NPF+EEEEERLL   ++HGN+W++IAR F GRTDNAVKNH+HVIM
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Query:  ARRRRER
        ARR RER
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AT1G69560.1 myb domain protein 1057.7e-4361.94Show/hide
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        G SS  S  RGHWRPAED KL++LV  +GPQNWN IAE  +GRSGKSCRLRW+NQLDP IN+  F+EEEEERL+   +L+GNKWA+IAR F GRTDN+VK
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Query:  NHYHVIMARRRRERFTIFTNNHNINQRTRHSLQP
        NH+HVIMAR+ RE+ + +       ++T  SL+P
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AT1G73410.1 myb domain protein 541.4e-4472.22Show/hide
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        + C RGHWRPAED KL+ LVEQ+GP NWN IA    GRSGKSCRLRW+NQLDP IN+NPF+EEEEERLL   ++HGN+W++IAR F GRTDNAVKNH+HV
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Query:  IMARRRRE
        IMARR R+
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AT4G33450.1 myb domain protein 696.1e-4867.67Show/hide
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        SC RGHWRP ED+ LRQLVEQ+GP+NWN+IA+H  GRSGKSCRLRWYNQLDPNI K PF+EEEEERLL   ++ GN+WA IAR F GRTDNAVKNH+HVI
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Query:  MARRRRERFTIFTNNHNINQRTRHSLQPFSKTT
        MARR+RE F+  T     NQ     L P S  T
Subjt:  MARRRRERFTIFTNNHNINQRTRHSLQPFSKTT

AT5G17800.1 myb domain protein 565.9e-4370.43Show/hide
Query:  GSSGVS---CYRGHWRPAEDNKLRQLVEQFGPQNWNYIAEHFEGRSGKSCRLRWYNQLDPNINKNPFSEEEEERLLMFQQLHGNKWALIARHFKGRTDNA
        G SG++   C RGHWRP ED KL++LV QFGPQNWN I+ H  GRSGKSCRLRW+NQLDP INK  F+EEEE RLL   + +GNKWALI+R F GRTDNA
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Query:  VKNHYHVIMARRRRE
        VKNH+HVIMARR RE
Subjt:  VKNHYHVIMARRRRE


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGATGAGATCAAGAAGTAGTAGTAGCAGTGGTGGCAGTAGCGGTGACGGTGGCGGAAGCAGCGGTGTCAGCTGCTACCGAGGCCACTGGAGGCCAGCGGAGGACAATAA
ACTCCGGCAGCTCGTTGAACAATTTGGCCCTCAAAATTGGAATTACATTGCAGAACACTTTGAAGGCAGATCTGGAAAAAGCTGTAGATTGAGATGGTACAATCAACTCG
ATCCAAATATAAACAAGAACCCATTTAGTGAAGAAGAAGAAGAGAGGCTTCTAATGTTTCAACAGCTTCATGGGAACAAATGGGCATTAATAGCAAGACACTTTAAAGGA
AGAACAGACAATGCAGTGAAGAATCATTACCATGTAATAATGGCTAGAAGAAGAAGAGAACGTTTCACAATATTCACTAATAATCACAACATTAATCAAAGGACCCGCCA
TAGCTTACAACCCTTTTCGAAGACCACGGCCGTCAAATGGACTCCTCTTACGGCCGCTCCGGCGGTCGTGCTCGGAAATGGCCGTGGAAAGTCGTCTTTGGCAGCAGTAG
TGCCATCGGGATCGTCCAATGATAGGGAGGATCAGAAGAGGAGGATTCCATTCATAGACTTTCTTGGTATGGGAAGCTCTTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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ATGGTGTGTGAGTTTCTTCTTGGTTGTCAAATGTTTTGATATGTTAAGAGAAATTATGTATTGCCAACTATATTGTAAGAGATAAATGATTGTCTAT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MMRSRSSSSSGGSSGDGGGSSGVSCYRGHWRPAEDNKLRQLVEQFGPQNWNYIAEHFEGRSGKSCRLRWYNQLDPNINKNPFSEEEEERLLMFQQLHGNKWALIARHFKG
RTDNAVKNHYHVIMARRRRERFTIFTNNHNINQRTRHSLQPFSKTTAVKWTPLTAAPAVVLGNGRGKSSLAAVVPSGSSNDREDQKRRIPFIDFLGMGSS