; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lsi11G016600 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome

Gene IDLsi11G016600
OrganismLagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
DescriptionRibonuclease Z
Genome locationchr11:24886228..24893142
RNA-Seq ExpressionLsi11G016600
SyntenyLsi11G016600
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsIPR001279 - Metallo-beta-lactamase
IPR036866 - Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0061661.1 ribonuclease Z [Cucumis melo var. makuwa]1.5e-16484.42Show/hide
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XP_008449491.1 PREDICTED: ribonuclease Z, chloroplastic [Cucumis melo]2.9e-16585.88Show/hide
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XP_022930711.1 tRNase Z TRZ2, chloroplastic [Cucurbita moschata]1.2e-16386.17Show/hide
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XP_022989110.1 tRNase Z TRZ2, chloroplastic [Cucurbita maxima]1.6e-16385.88Show/hide
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XP_038888846.1 tRNase Z TRZ2, chloroplastic [Benincasa hispida]3.4e-16988.47Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3BN27 ribonuclease Z, chloroplastic1.4e-16585.88Show/hide
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A0A5A7V7F0 Ribonuclease Z7.1e-16584.42Show/hide
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A0A5D3DC50 Ribonuclease Z3.0e-16385.26Show/hide
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A0A6J1ERP8 tRNase Z TRZ2, chloroplastic6.0e-16486.17Show/hide
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A0A6J1JLG8 tRNase Z TRZ2, chloroplastic7.8e-16485.88Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
B0R7E2 Ribonuclease Z9.6e-1028.05Show/hide
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        FD G    R + +       + VFITHGH DH+ GLP  V +      + P T+ VP  ++ D+E L  +    G V   V +     G      ++   
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Query:  RAFETQHVI---------------------------------------PSQITD-TILSPE-----------VAFTGDTTTDFMLDPRNADALRAKVLIT
        RAFET H                                         P ++ D T++SPE           + +TGDT      DP  + A  A +LI 
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Query:  EATFLDEAVSIEHARQHGHTHIFEIIENAQWIRNKAILLTHFSSRY
        +ATF ++A   E A + GH+   E  + A     KA+ LTH SSRY
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P60193 Nuclear ribonuclease Z (Fragment)2.2e-4662.88Show/hide
Query:  VDLEGYSIEGISVGGQETCVIIPEFKCAFDIGRCPSRAIQQNFVFITHGHLDHIGGLPMYVASRGLYSLSPPTVFVPACIKEDVEKLLEIHRTMGQVELD
        +++EGY +EGIS+GG ETCVI P    AFDIGRCP RA+ Q+F+FI+H HLDHIGGLPMYVA+RGLY L PPT+FVP  ++E VE+L ++HR M Q EL+
Subjt:  VDLEGYSIEGISVGGQETCVIIPEFKCAFDIGRCPSRAIQQNFVFITHGHLDHIGGLPMYVASRGLYSLSPPTVFVPACIKEDVEKLLEIHRTMGQVELD

Query:  VDLVALDVGETYEMRNNLVCRAFETQHVIPSQ
          LV LD+GE YE+R +L  RAF+T H IPSQ
Subjt:  VDLVALDVGETYEMRNNLVCRAFETQHVIPSQ

Q8L633 tRNase Z TRZ2, chloroplastic3.1e-11762.71Show/hide
Query:  MQISMAISPLRAPQIFP---FHQPILQTPKPQGITLQSHVNPVNSFRDSGLLSTIG----VEEEYRRARSQVNRKGVDLEGYSIEGISVGGQETCVIIPE
        MQ+S +  P+  P+IFP    H+P + T +       +  + V+  + SG  S+I      EEEYR+AR+ VNRKGV+LE Y+IEGISVGG ETCVI+PE
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Query:  FKCAFDIGRCPSRAIQQNFVFITHGHLDHIGGLPMYVASRGLYSLSPPTVFVPACIKEDVEKLLEIHRTMGQVELDVDLVALDVGETYEMRNNLVCRAFE
         KC FDIGRCPSRAIQQ F+FITH HLDHIGGLPMYVASRGLY+L PP +FVP  IKEDVEKLLEIHRTMGQVEL+V+L+ L VGETYE+RN++V R F 
Subjt:  FKCAFDIGRCPSRAIQQNFVFITHGHLDHIGGLPMYVASRGLYSLSPPTVFVPACIKEDVEKLLEIHRTMGQVELDVDLVALDVGETYEMRNNLVCRAFE

Query:  TQHVIPSQ--------------------------------ITDTILSPEVAFTGDTTTDFMLDPRNADALRAKVLITEATFLDEAVSIEHARQHGHTHIF
        T HVIPSQ                                ITDTILSPE+AFTGDTT+++MLDPRNADALRAKVLITEATFLDE+ S EHA+  GHTHI 
Subjt:  TQHVIPSQ--------------------------------ITDTILSPEVAFTGDTTTDFMLDPRNADALRAKVLITEATFLDEAVSIEHARQHGHTHIF

Query:  EIIENAQWIRNKAILLTHFSSRYHIEDIRKAVSKLQSKVTAKVVPLTEGFKSVY
        +IIENA+WIR+K +LLTHFSSRYH+E+IR+AV KLQSKV+AKV+PLTEGF+S Y
Subjt:  EIIENAQWIRNKAILLTHFSSRYHIEDIRKAVSKLQSKVTAKVVPLTEGFKSVY

Q8LGU7 tRNase Z TRZ13.4e-7952.35Show/hide
Query:  RKGVDLEGYSIEGISVGGQETCVIIPEFKCAFDIGRCPSRAIQQNFVFITHGHLDHIGGLPMYVASRGLYSLSPPTVFVPACIKEDVEKLLEIHRTMGQV
        +K + +EGY IEG+S+GG ETC+I P  + AFDIGRCP RAI Q+F+FI+H H+DHIGGLPMYVA+RGLY + PPT+ VPA IKE VE L E+HR +   
Subjt:  RKGVDLEGYSIEGISVGGQETCVIIPEFKCAFDIGRCPSRAIQQNFVFITHGHLDHIGGLPMYVASRGLYSLSPPTVFVPACIKEDVEKLLEIHRTMGQV

Query:  ELDVDLVALDVGETYEMRNNLVCRAFETQHVIPSQ--------------------------------ITDTILSPEVAFTGDTTTDFMLDPRNADALRAK
        EL  +LV LD+GE + +R +L  +AF+T HVI SQ                                ITD+I++PEVAFTGDTT+DF++D  NADAL+AK
Subjt:  ELDVDLVALDVGETYEMRNNLVCRAFETQHVIPSQ--------------------------------ITDTILSPEVAFTGDTTTDFMLDPRNADALRAK

Query:  VLITEATFLDEAVSIEHARQHGHTHIFEIIENAQWIRNKAILLTHFSSRYHIEDIRKAVSKLQSKVTAKVVPLTEGF
        VL+ E+TFLD++VS+EHAR +GH HI EI+ +A+   NKAILL HFS+RY +++I  AVS L   +  +V  LT+GF
Subjt:  VLITEATFLDEAVSIEHARQHGHTHIFEIIENAQWIRNKAILLTHFSSRYHIEDIRKAVSKLQSKVTAKVVPLTEGF

Q9HN60 Ribonuclease Z9.6e-1028.05Show/hide
Query:  FDIGRCPSRAIQQ-------NFVFITHGHLDHIGGLPMYVASRGLYSLSPP-TVFVPACIKEDVEKLLEIHRTMGQVELDVDLVALDVGETYEMRNNLVC
        FD G    R + +       + VFITHGH DH+ GLP  V +      + P T+ VP  ++ D+E L  +    G V   V +     G      ++   
Subjt:  FDIGRCPSRAIQQ-------NFVFITHGHLDHIGGLPMYVASRGLYSLSPP-TVFVPACIKEDVEKLLEIHRTMGQVELDVDLVALDVGETYEMRNNLVC

Query:  RAFETQHVI---------------------------------------PSQITD-TILSPE-----------VAFTGDTTTDFMLDPRNADALRAKVLIT
        RAFET H                                         P ++ D T++SPE           + +TGDT      DP  + A  A +LI 
Subjt:  RAFETQHVI---------------------------------------PSQITD-TILSPE-----------VAFTGDTTTDFMLDPRNADALRAKVLIT

Query:  EATFLDEAVSIEHARQHGHTHIFEIIENAQWIRNKAILLTHFSSRY
        +ATF ++A   E A + GH+   E  + A     KA+ LTH SSRY
Subjt:  EATFLDEAVSIEHARQHGHTHIFEIIENAQWIRNKAILLTHFSSRY

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G74700.1 tRNAse Z12.4e-8052.35Show/hide
Query:  RKGVDLEGYSIEGISVGGQETCVIIPEFKCAFDIGRCPSRAIQQNFVFITHGHLDHIGGLPMYVASRGLYSLSPPTVFVPACIKEDVEKLLEIHRTMGQV
        +K + +EGY IEG+S+GG ETC+I P  + AFDIGRCP RAI Q+F+FI+H H+DHIGGLPMYVA+RGLY + PPT+ VPA IKE VE L E+HR +   
Subjt:  RKGVDLEGYSIEGISVGGQETCVIIPEFKCAFDIGRCPSRAIQQNFVFITHGHLDHIGGLPMYVASRGLYSLSPPTVFVPACIKEDVEKLLEIHRTMGQV

Query:  ELDVDLVALDVGETYEMRNNLVCRAFETQHVIPSQ--------------------------------ITDTILSPEVAFTGDTTTDFMLDPRNADALRAK
        EL  +LV LD+GE + +R +L  +AF+T HVI SQ                                ITD+I++PEVAFTGDTT+DF++D  NADAL+AK
Subjt:  ELDVDLVALDVGETYEMRNNLVCRAFETQHVIPSQ--------------------------------ITDTILSPEVAFTGDTTTDFMLDPRNADALRAK

Query:  VLITEATFLDEAVSIEHARQHGHTHIFEIIENAQWIRNKAILLTHFSSRYHIEDIRKAVSKLQSKVTAKVVPLTEGF
        VL+ E+TFLD++VS+EHAR +GH HI EI+ +A+   NKAILL HFS+RY +++I  AVS L   +  +V  LT+GF
Subjt:  VLITEATFLDEAVSIEHARQHGHTHIFEIIENAQWIRNKAILLTHFSSRYHIEDIRKAVSKLQSKVTAKVVPLTEGF

AT2G01730.1 cleavage and polyadenylation specificity factor 73 kDa subunit-II2.7e-0726.57Show/hide
Query:  VFITHGHLDHIGGLPMYV---ASRGLYSLSPPTVFVPACIKEDVEKLL-------EIHRTMGQVELDVDLVALDVGETYEMRNNLVCRAFETQHVIPS-Q
        + ITH H+DH+G LP +       G   +S PT  +   + ED  +++       E+  T         ++A+D+ +T ++  +L  RA+   HV+ +  
Subjt:  VFITHGHLDHIGGLPMYV---ASRGLYSLSPPTVFVPACIKEDVEKLL-------EIHRTMGQVELDVDLVALDVGETYEMRNNLVCRAFETQHVIPS-Q

Query:  ITDTILSPEVAFTGD--TTTDFMLDPRNADALRAKVLITEATF
        +   +    + +TGD   TTD  L     D L+  +LI+E+T+
Subjt:  ITDTILSPEVAFTGD--TTTDFMLDPRNADALRAKVLITEATF

AT2G04530.1 Metallo-hydrolase/oxidoreductase superfamily protein2.2e-11862.71Show/hide
Query:  MQISMAISPLRAPQIFP---FHQPILQTPKPQGITLQSHVNPVNSFRDSGLLSTIG----VEEEYRRARSQVNRKGVDLEGYSIEGISVGGQETCVIIPE
        MQ+S +  P+  P+IFP    H+P + T +       +  + V+  + SG  S+I      EEEYR+AR+ VNRKGV+LE Y+IEGISVGG ETCVI+PE
Subjt:  MQISMAISPLRAPQIFP---FHQPILQTPKPQGITLQSHVNPVNSFRDSGLLSTIG----VEEEYRRARSQVNRKGVDLEGYSIEGISVGGQETCVIIPE

Query:  FKCAFDIGRCPSRAIQQNFVFITHGHLDHIGGLPMYVASRGLYSLSPPTVFVPACIKEDVEKLLEIHRTMGQVELDVDLVALDVGETYEMRNNLVCRAFE
         KC FDIGRCPSRAIQQ F+FITH HLDHIGGLPMYVASRGLY+L PP +FVP  IKEDVEKLLEIHRTMGQVEL+V+L+ L VGETYE+RN++V R F 
Subjt:  FKCAFDIGRCPSRAIQQNFVFITHGHLDHIGGLPMYVASRGLYSLSPPTVFVPACIKEDVEKLLEIHRTMGQVELDVDLVALDVGETYEMRNNLVCRAFE

Query:  TQHVIPSQ--------------------------------ITDTILSPEVAFTGDTTTDFMLDPRNADALRAKVLITEATFLDEAVSIEHARQHGHTHIF
        T HVIPSQ                                ITDTILSPE+AFTGDTT+++MLDPRNADALRAKVLITEATFLDE+ S EHA+  GHTHI 
Subjt:  TQHVIPSQ--------------------------------ITDTILSPEVAFTGDTTTDFMLDPRNADALRAKVLITEATFLDEAVSIEHARQHGHTHIF

Query:  EIIENAQWIRNKAILLTHFSSRYHIEDIRKAVSKLQSKVTAKVVPLTEGFKSVY
        +IIENA+WIR+K +LLTHFSSRYH+E+IR+AV KLQSKV+AKV+PLTEGF+S Y
Subjt:  EIIENAQWIRNKAILLTHFSSRYHIEDIRKAVSKLQSKVTAKVVPLTEGFKSVY


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCAAATTTCTATGGCTATTTCGCCTCTGAGAGCTCCTCAAATTTTCCCATTTCATCAACCCATTTTACAGACACCGAAACCTCAGGGAATTACTCTTCAAAGTCATGT
GAATCCTGTAAATTCCTTCAGAGATTCAGGTCTTTTATCTACAATCGGCGTTGAAGAGGAGTACCGGAGAGCACGGTCACAGGTTAATCGAAAAGGCGTCGATTTAGAAG
GGTATTCAATTGAGGGAATTTCAGTTGGTGGGCAAGAAACTTGTGTTATCATTCCGGAATTCAAGTGTGCATTTGATATCGGGAGGTGCCCATCTCGAGCCATTCAGCAA
AACTTTGTATTTATCACTCACGGCCACCTTGATCACATTGGTGGGCTACCAATGTATGTAGCTAGTCGTGGTTTATATAGTTTAAGTCCTCCTACAGTATTTGTGCCTGC
TTGTATTAAAGAAGATGTGGAAAAACTACTTGAGATTCACAGGACCATGGGCCAGGTGGAGTTGGACGTTGATCTGGTTGCACTAGATGTAGGAGAAACATATGAAATGC
GTAATAACCTCGTCTGCAGAGCATTTGAAACTCAGCATGTGATACCAAGCCAGATTACAGACACCATATTGTCTCCGGAGGTGGCCTTCACAGGTGATACAACAACAGAT
TTTATGCTTGATCCCCGTAATGCCGATGCATTGAGGGCAAAAGTTCTTATAACTGAGGCAACTTTTCTGGATGAAGCGGTTAGCATAGAACATGCGCGGCAACACGGTCA
TACTCACATATTTGAGATCATTGAAAATGCGCAGTGGATTCGAAATAAGGCTATTCTTCTTACCCATTTTTCATCACGATACCATATAGAGGACATCCGTAAAGCAGTAT
CAAAGCTGCAGTCAAAGGTAACGGCTAAAGTGGTTCCTCTTACTGAAGGTTTCAAGTCAGTGTATTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
TGTCATCGAGGGAGAGGAGAAAAGTTTCGCGCTTTAACCCCCATCTTCACAACCAGCTGCAGCCTGCAAGCACATACATATCCACTTTCTCTGCTCTTCTGTTTTCGTTT
CCTCTGTCAGACCAATTAAACCTCCCTTAAACCCCATTTCTTGTTCCAAATCCGTCGTCTTTCACAATCTTATGTAATTCCCTTCTAACCCATTAGAAGATGCAAATTTC
TATGGCTATTTCGCCTCTGAGAGCTCCTCAAATTTTCCCATTTCATCAACCCATTTTACAGACACCGAAACCTCAGGGAATTACTCTTCAAAGTCATGTGAATCCTGTAA
ATTCCTTCAGAGATTCAGGTCTTTTATCTACAATCGGCGTTGAAGAGGAGTACCGGAGAGCACGGTCACAGGTTAATCGAAAAGGCGTCGATTTAGAAGGGTATTCAATT
GAGGGAATTTCAGTTGGTGGGCAAGAAACTTGTGTTATCATTCCGGAATTCAAGTGTGCATTTGATATCGGGAGGTGCCCATCTCGAGCCATTCAGCAAAACTTTGTATT
TATCACTCACGGCCACCTTGATCACATTGGTGGGCTACCAATGTATGTAGCTAGTCGTGGTTTATATAGTTTAAGTCCTCCTACAGTATTTGTGCCTGCTTGTATTAAAG
AAGATGTGGAAAAACTACTTGAGATTCACAGGACCATGGGCCAGGTGGAGTTGGACGTTGATCTGGTTGCACTAGATGTAGGAGAAACATATGAAATGCGTAATAACCTC
GTCTGCAGAGCATTTGAAACTCAGCATGTGATACCAAGCCAGATTACAGACACCATATTGTCTCCGGAGGTGGCCTTCACAGGTGATACAACAACAGATTTTATGCTTGA
TCCCCGTAATGCCGATGCATTGAGGGCAAAAGTTCTTATAACTGAGGCAACTTTTCTGGATGAAGCGGTTAGCATAGAACATGCGCGGCAACACGGTCATACTCACATAT
TTGAGATCATTGAAAATGCGCAGTGGATTCGAAATAAGGCTATTCTTCTTACCCATTTTTCATCACGATACCATATAGAGGACATCCGTAAAGCAGTATCAAAGCTGCAG
TCAAAGGTAACGGCTAAAGTGGTTCCTCTTACTGAAGGTTTCAAGTCAGTGTATTAGTGTAGGATATGGATCGTGGTTACAGAGTGTAATTATTTAGCATCAAATCAGAG
AAACTGGAACATAGAGGTGGAAGCTGGAACAAAACAAGTCCACAATTCGGCTCAGTCGGTTTAAGCTATACTTGTTGGTTAGTTCGGTTTTATATAAGGTAAGGTACAAA
ATTTTATTTGACTGATTGGATCTGAATAGACTCTATCCATTTCTGTCAATTCAGTTTTGGTCGGTTATGTTGGTTATGATGAGTTTTTATCATGCAGCAGTAATTTCGGC
TTTCGATAGGTCGGGTTTAGCCAGAAAACTGAACCAAAAGACCCACTTACAATCTCGATAGTTCATAATAGAGTAAACATGACCACTGCCTTCCCCTGGACCTCTTGTGT
TCTCTCTGTAGTTGAACTATTACTATCAGCAGAATGAATTATCCATTTAGGAGGTGAAAACCTGAAATGGGATCAAATGGAAGAAAGAGACAATTTAAGGACTGAAACAA
AGACCAGACAAGGCAGGTGAAATTTCTGCCTTAGTACACTGATGTAGTTAGCCTGGACCTCTCTTCCTTTATTTTCCTTATAAGCTTAGAGCACCTCCAAACCACAACAC
ATGCATATTAATGCACCTGCAAGACAACCAAGTACCACACAGTCCCACTCTCTAGTCTCCATCCCCATCTAAATTAAGATATCTTTCTTTGCTGTCGGGTCCTTCAGTTC
CTAGGGTGAAGGAATAAATTGCTCGGGACAATCGTGCATGAACCTTTCACTTTGTTCGTTCTCGACATGGTTTGCTATCGCTCATTTGTACCAGAGATGAAAGGAAAGTT
CCAGTTTTGGCCTTTAACATTTAGCAGAGCTTACATCATTCTAGTTGAATACAGTACCAATATACTGCATATCATAGGAGTGATTGGGAGACATCACTGTCACAAGAATG
AGTGGTGTATTTCCTTTTTTTTTTTACGAGGTCGCATTATTTTAATGTGTGACATATTATAGACGTCGAGACTCATTTAGGAATTAGATTGGTATAACAGTAAGAAAGCG
AACTTATAACGCACGTTGAGATCCCACTCGTTAATTCGAAGAACTTGAATGAAAGACAGGTTGAGCACATGAAAAATCTGAAGGCAATTGCTTTGGCTTTATTTATAGTT
TGATTGATGTAAAAGCTTCCTGAACCCCAACCACAACTTTTCTTTGATGGAGATCACTTTTCCTTTTGTTAGCTTTATGTTGTAAAGAAATGTTAAAACTAT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MQISMAISPLRAPQIFPFHQPILQTPKPQGITLQSHVNPVNSFRDSGLLSTIGVEEEYRRARSQVNRKGVDLEGYSIEGISVGGQETCVIIPEFKCAFDIGRCPSRAIQQ
NFVFITHGHLDHIGGLPMYVASRGLYSLSPPTVFVPACIKEDVEKLLEIHRTMGQVELDVDLVALDVGETYEMRNNLVCRAFETQHVIPSQITDTILSPEVAFTGDTTTD
FMLDPRNADALRAKVLITEATFLDEAVSIEHARQHGHTHIFEIIENAQWIRNKAILLTHFSSRYHIEDIRKAVSKLQSKVTAKVVPLTEGFKSVY