; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MC00g0199 (gene) of Bitter gourd (Dali-11) v1 genome

Gene IDMC00g0199
OrganismMomordica charantia cv. Dali-11 (Bitter gourd (Dali-11) v1)
DescriptionPectin lyase-like superfamily protein
Genome locationscaffold18:1020761..1020961
RNA-Seq ExpressionMC00g0199
SyntenyMC00g0199
Gene Ontology termsGO:0005975 - carbohydrate metabolic process (biological process)
GO:0004650 - polygalacturonase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR000743 - Glycoside hydrolase, family 28
IPR011050 - Pectin lyase fold/virulence factor
IPR012334 - Pectin lyase fold


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAE8648050.1 hypothetical protein Csa_005883 [Cucumis sativus]3.45e-2371.64Show/hide
Query:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY
        SVGSLGKY  +K V DVLVKNCTIFN TNGARIKTWA  + GLA+ IIF+DI++ NVK P+IIDQ Y
Subjt:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY

XP_022153668.1 exopolygalacturonase-like [Momordica charantia]1.07e-2679.1Show/hide
Query:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY
        SVGSLGKYP +KSV+ VLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGT+ G A EIIF+DII+ NVK P+IIDQ Y
Subjt:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY

XP_022153686.1 exopolygalacturonase-like [Momordica charantia]6.60e-2677.61Show/hide
Query:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY
        SVGSL KYP +KSV+ VLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGT+ GLA +IIF+DII+ NVK P+IIDQ Y
Subjt:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY

XP_031745093.1 polygalacturonase-like [Cucumis sativus]4.31e-2471.64Show/hide
Query:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY
        SVGSLGKY  +K V DVLVKNCTIFN TNGARIKTWA  + GLA+ IIF+DI++ NVK P+IIDQ Y
Subjt:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY

XP_031745095.1 exopolygalacturonase-like [Cucumis sativus]8.69e-2371.64Show/hide
Query:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY
        SVGSLGKY  +K V DVLVKNCTIFN TNGARIKTWA  + GLA+ IIF+DI++ NVK P+IIDQ Y
Subjt:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3BRD3 exopolygalacturonase-like6.44e-2371.64Show/hide
Query:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY
        SVGSLGKYP +K V DVLVKNCTIFN TNGARIKT+A  + G A+ IIF+DI++ NVKYP+IIDQ Y
Subjt:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY

A0A5A7U0D6 Exopolygalacturonase-like4.78e-2371.64Show/hide
Query:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY
        SVGSLGKY  +KSV +VLVKNCTIFN TNGARIKTWA  + GLA+ IIF+DI++ NVK P+IIDQ Y
Subjt:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY

A0A5D3C9J8 Exopolygalacturonase-like6.44e-2371.64Show/hide
Query:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY
        SVGSLGKYP +K V DVLVKNCTIFN TNGARIKT+A  + G A+ IIF+DI++ NVKYP+IIDQ Y
Subjt:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY

A0A6J1DI36 exopolygalacturonase-like5.17e-2779.1Show/hide
Query:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY
        SVGSLGKYP +KSV+ VLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGT+ G A EIIF+DII+ NVK P+IIDQ Y
Subjt:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY

A0A6J1DLF6 exopolygalacturonase-like3.20e-2677.61Show/hide
Query:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY
        SVGSL KYP +KSV+ VLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGT+ GLA +IIF+DII+ NVK P+IIDQ Y
Subjt:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY

SwissProt top hitse value%identityAlignment
P24548 Exopolygalacturonase (Fragment)4.4e-1352.24Show/hide
Query:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY
        SVGSLG+Y  ++SV+ + VKNCTI  + NG RIKTW  +  G A+E+ F+DI +N+V  P++IDQ Y
Subjt:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY

P49063 Exopolygalacturonase clone GBGA4831.8e-1453.73Show/hide
Query:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY
        S+GSLG+YP ++ V  V V+ C I NT NG RIKTW G+  G+A+ I+F+DI ++NV  PV+IDQ Y
Subjt:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY

Q05967 Polygalacturonase3.6e-1555.22Show/hide
Query:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY
        SVGSLG  P +K V+ V V+NCT  NT NG RIKTW  +  G+ N++ F+DII+ NV  PV+IDQ+Y
Subjt:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY

Q39766 Polygalacturonase3.1e-1453.73Show/hide
Query:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY
        S+GSLGK+  ++ V  + + NCTI NT+NGARIKTW G   G  +EI F+DI +NNV  P++IDQ Y
Subjt:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY

Q39786 Polygalacturonase3.1e-1453.73Show/hide
Query:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY
        S+GSLGK+  ++ V  + + NCTI NT+NGARIKTW G   G  +EI F+DI +NNV  P++IDQ Y
Subjt:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G02790.1 polygalacturonase 42.7e-1352.24Show/hide
Query:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY
        SVGSLGKY  ++ V  + V NCT+  T NG RIKTW G+    A +I F++II+ +VK P+IIDQ Y
Subjt:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY

AT2G43880.1 Pectin lyase-like superfamily protein1.3e-1247.76Show/hide
Query:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY
        S+GSLG Y  ++ V +V V +     T NG RIKTWA    G  N ++F+++I+NNV+ PVIIDQ Y
Subjt:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY

AT3G07850.1 Pectin lyase-like superfamily protein1.3e-1553.73Show/hide
Query:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY
        S+GSLG+YP ++ V  V V+ C I NT NG RIKTW G+  G+A+ I+F+DI ++NV  PV+IDQ Y
Subjt:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY

AT3G14040.1 Pectin lyase-like superfamily protein1.3e-1553.73Show/hide
Query:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY
        S+GSLG+YP ++ V  V V+ C I NT NG RIKTW G+  G+A+ I+F+DI ++NV  PV+IDQ Y
Subjt:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY

AT4G18180.1 Pectin lyase-like superfamily protein1.1e-1455.88Show/hide
Query:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTM-LGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY
        SVGSLG+YP +K V  ++VK+C I  TTNG RIKTWA +  L  A  + F++II+NNV  P+IIDQ Y
Subjt:  SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTM-LGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
AGTGTAGGCAGCCTAGGCAAGTACCCAACAGATAAGAGCGTGATCGACGTACTGGTGAAGAACTGCACCATTTTCAACACCACCAACGGTGCGAGAATTAAGACA
TGGGCGGGAACGATGTTAGGGCTGGCAAATGAAATTATCTTCAAAGACATCATCTTGAATAACGTCAAATACCCCGTAATCATCGACCAAATTTAT
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
AGTGTAGGCAGCCTAGGCAAGTACCCAACAGATAAGAGCGTGATCGACGTACTGGTGAAGAACTGCACCATTTTCAACACCACCAACGGTGCGAGAATTAAGACA
TGGGCGGGAACGATGTTAGGGCTGGCAAATGAAATTATCTTCAAAGACATCATCTTGAATAACGTCAAATACCCCGTAATCATCGACCAAATTTAT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
SVGSLGKYPTDKSVIDVLVKNCTIFNTTNGARIKTWAGTMLGLANEIIFKDIILNNVKYPVIIDQIY