; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MC01g0312 (gene) of Bitter gourd (Dali-11) v1 genome

Gene IDMC01g0312
OrganismMomordica charantia cv. Dali-11 (Bitter gourd (Dali-11) v1)
DescriptionH/ACA ribonucleoprotein complex subunit
Genome locationMC01:9855894..9860008
RNA-Seq ExpressionMC01g0312
SyntenyMC01g0312
Gene Ontology termsGO:0000454 - snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis (biological process)
GO:0030433 - ubiquitin-dependent ERAD pathway (biological process)
GO:0030968 - endoplasmic reticulum unfolded protein response (biological process)
GO:0000839 - Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex (cellular component)
GO:0030176 - integral component of endoplasmic reticulum membrane (cellular component)
GO:0031429 - box H/ACA snoRNP complex (cellular component)
GO:0004252 - serine-type endopeptidase activity (molecular function)
GO:0034513 - box H/ACA snoRNA binding (molecular function)
GO:0051787 - misfolded protein binding (molecular function)
GO:1990381 - ubiquitin-specific protease binding (molecular function)
InterPro domainsIPR007504 - H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1
IPR009000 - Translation protein, beta-barrel domain superfamily
IPR038664 - H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6595505.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.97e-10995.98Show/hide
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XP_022156221.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Momordica charantia]1.42e-118100Show/hide
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XP_022925015.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita moschata]1.19e-11096.48Show/hide
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XP_022978292.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita maxima]5.72e-10893.94Show/hide
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XP_023544656.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.15e-10793.94Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5D3C949 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit7.93e-10894.44Show/hide
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A0A6J1DU94 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit6.86e-119100Show/hide
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A0A6J1EGP8 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit5.76e-11196.48Show/hide
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A0A6J1HPE3 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit5.76e-11196.48Show/hide
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A0A6J1IKQ7 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit2.77e-10893.94Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q2HH48 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR12.5e-4059.72Show/hide
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Q5RJV1 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 11.6e-3964.71Show/hide
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Q6FSB0 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR14.9e-3659.31Show/hide
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        GGF GGRGG RGG GGRGG R     GG    +GPP  V+E+  F+H CEGD V R  N K+P+FNAPIYL+NKTQ+GKVDEI GP+NE YF+IK  EG+
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         ATS+  GDKFYI P KLLP+ RF+P+PK                  G+  ARG  GGRGG RGGF GGRGG  GGF GRGG RGG GG  RGG R GGF
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Q8VZT0 Putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 11.4e-5979.02Show/hide
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Q9FK53 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 22.4e-5173.5Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G03920.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein1.0e-6079.02Show/hide
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AT5G18180.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein1.7e-5273.5Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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AGATTCCTTTCTTTAATGCCCCAATCTATCTTCAGAATAAGACCCAGATAGGTAAAGTTGATGAAATTTTCGGCCCCATCAATGAATCTTATTTCTCGATCAAAATGATG
GAAGGAATTGTCGCCACCTCGTATACTTCTGGGGATAAATTTTATATCGATCCGGCAAAACTTTTACCTCTCGCTAGATTCCTCCCACAACCAAAGGGCCAGTCTGCCGC
AAGAGGTGGAGGCCGTGGTGGTGGCAGAGGTGGTTTCAGAGGTGGTCGTGGGGGTGGTGGTGGCTTTCGTGGAAGGGGTGGCCCAAGAGGCGGCAGAGGTGGCCCTCCAA
GAGGTGGCGGGCGTGGTGGTGGCTTTAGGGGTAGAGGAAGATTCTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
AAAAAACCCAAACTCGGTCACTTTATTTACCGCTAAATTCCACCCCATAAAACCCTAAAAACCCTAGCCAGAGATTCTGCGGCGAGCCTCTGATAAAAAATCTCCCTCGT
TTTTGCACAGCAGGTGAAGAAGAATGCGACCTCCAAGAGGCGGCGGCGGCTTCAGGGGAGGCCGTGACGGTGGTTTCGGAGGTAGAGGAGGAGGCCGTGGCGGCGGCGGC
CGGGGAGGTGGCCGCTTTGGTGGTCGTGGCGGCGGAGGTTTCCGTGATGAGGGTCCTCCGGCTGAAGTCGTTGAGGTTTCGACTTTTCTTCACGCATGTGAGGGAGATGC
CGTCACAAGGCTCACAAATGAAAAGATTCCTTTCTTTAATGCCCCAATCTATCTTCAGAATAAGACCCAGATAGGTAAAGTTGATGAAATTTTCGGCCCCATCAATGAAT
CTTATTTCTCGATCAAAATGATGGAAGGAATTGTCGCCACCTCGTATACTTCTGGGGATAAATTTTATATCGATCCGGCAAAACTTTTACCTCTCGCTAGATTCCTCCCA
CAACCAAAGGGCCAGTCTGCCGCAAGAGGTGGAGGCCGTGGTGGTGGCAGAGGTGGTTTCAGAGGTGGTCGTGGGGGTGGTGGTGGCTTTCGTGGAAGGGGTGGCCCAAG
AGGCGGCAGAGGTGGCCCTCCAAGAGGTGGCGGGCGTGGTGGTGGCTTTAGGGGTAGAGGAAGATTCTAGAATAGCATTATGTACCATCATTGTTCTATCAATTTTCCAT
TTGCAATGTCATTCTGAGGAGCGTTTGCAGCAGGCTTTTGTTTGTACTGTATTTTGTTTAGCATTGAACTTATTGGTATTTAAGATACTAAATCTAATTCTGCTGCAAAT
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CC
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