CuGenDBv2

Gene ID	MC03g0055
Organism	Momordica charantia cv. Dali-11 (Bitter gourd (Dali-11) v1)
Description	transcription initiation factor TFIID subunit 15b
Genome location	MC03:725407..730179
RNA-Seq Expression	MC03g0055
Synteny	MC03g0055
Gene Ontology terms	GO:0006413 - translational initiation (biological process) GO:0003743 - translation initiation factor activity (molecular function) GO:0004497 - monooxygenase activity (molecular function) GO:0005506 - iron ion binding (molecular function) GO:0016705 - oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen (molecular function) GO:0020037 - heme binding (molecular function)
InterPro domains	IPR000504 - RNA recognition motif domain IPR001876 - Zinc finger, RanBP2-type IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily IPR035979 - RNA-binding domain superfamily IPR036443 - Zinc finger, RanBP2-type superfamily

Homology

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GenBank top hits

e value

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Alignment

KGN66282.2 hypothetical protein Csa_023345 [Cucumis sativus]

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XP_016902121.1 PREDICTED: transcription initiation factor TFIID subunit 15b isoform X3 [Cucumis melo]

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XP_022154866.1 transcription initiation factor TFIID subunit 15b [Momordica charantia]

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TrEMBL top hits

e value

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A0A0A0LYC4 Uncharacterized protein

1.39e-242

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A0A1S3C4S9 transcription initiation factor TFIID subunit 15b isoform X1

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A0A1S4E1L8 transcription initiation factor TFIID subunit 15b isoform X3

1.71e-244

89.86

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A0A1S4E2C0 transcription initiation factor TFIID subunit 15b isoform X2

2.33e-245

90.58

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A0A6J1DQ02 transcription initiation factor TFIID subunit 15b

7.34e-280

100

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        QKRGYKDQWPWNIKIYTDEMGNNKGDACVSYEDPSAAHSAGGFYNNHDLRGFKISVAMAEKSAPRAPPTFNHGGGGRGGGYGGGGDRRRDSYRDGGSGPD
Subjt:  QKRGYKDQWPWNIKIYTDEMGNNKGDACVSYEDPSAAHSAGGFYNNHDLRGFKISVAMAEKSAPRAPPTFNHGGGGRGGGYGGGGDRRRDSYRDGGSGPD

Query:  RHQHGGNRSRPY
        RHQHGGNRSRPY
Subjt:  RHQHGGNRSRPY

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

Q92804 TATA-binding protein-associated factor 2N

2.1e-12

43.73

Show/hide

Query:  RGGGGGGGGGYQGGDRGGRGG--GRGGGGGRGGSGRDGDWVCPNPGCANLNFARRVECNKCGAPSPGGTNDRSG---GGGY----------NRGGADGGY
        RGGG GGG       R GRGG  GRGG  GRGG  + GDWVCPNP C N+NFARR  CN+C  P P  +    G   G GY           RGG  GGY
Subjt:  RGGGGGGGGGYQGGDRGGRGG--GRGGGGGRGGSGRDGDWVCPNPGCANLNFARRVECNKCGAPSPGGTNDRSG---GGGY----------NRGGADGGY

Query:  GGNRNGRG----GNFHGGRSGTHDGGRNEGGNRGGGSYGGHQGGEDSGYSQVPPSSAPQSGGVGGSYPPSYSGGSADYGTDAVPPPASYGGTTYPPTYGG
        GG+R+G G     +  GG SG   GG   GG+R GG YGG +GG   GY         + GG GG     Y G    YG D        GG      YGG
Subjt:  GGNRNGRG----GNFHGGRSGTHDGGRNEGGNRGGGSYGGHQGGEDSGYSQVPPSSAPQSGGVGGSYPPSYSGGSADYGTDAVPPPASYGGTTYPPTYGG

Query:  PTGGYGGDSIGDGRTSAGRGGPSGGYDGGYNAGGRGGYNAGG------RVGSYNAGGRGGGFG
          GGYGGD  G G    G GG  GGY G  + GG GG   GG      R G Y     GGG+G
Subjt:  PTGGYGGDSIGDGRTSAGRGGPSGGYDGGYNAGGRGGYNAGG------RVGSYNAGGRGGGFG

Q94KD0 Transcription initiation factor TFIID subunit 15b

2.9e-99

61.32

Show/hide

Query:  GGGGGY-QGGDRGGGGGGGGGYQGGDRGGRGGGRGGGGGRGGSGRDGDWVCPNPGCANLNFARRVECNKCGAPSPGGT----NDRSGGGGYNRGGADGGY
        GG GGY  GG RG  GGGGGGYQGGDRGGRG         GG GRDGDW CPNP C N+NFARRVECNKCGA +P GT    NDR GGGGY+RGG D   
Subjt:  GGGGGY-QGGDRGGGGGGGGGYQGGDRGGRGGGRGGGGGRGGSGRDGDWVCPNPGCANLNFARRVECNKCGAPSPGGT----NDRSGGGGYNRGGADGGY

Query:  GGNRNGRGGNFHGGRSGTHDGGRNEGGNRGGGSYGGHQGGEDSGYSQVPPSSA--PQSGGVGGSYPPSYSGGSADYGTDAVPPPASYGGTTYPPTYGGPT
        GG   GRGG    GRS  ++  R +GG+R GGSYG     E+  Y Q PP +A  P   G  GSYPP        YG +AVPPP SY G   PP+YGGP 
Subjt:  GGNRNGRGGNFHGGRSGTHDGGRNEGGNRGGGSYGGHQGGEDSGYSQVPPSSA--PQSGGVGGSYPPSYSGGSADYGTDAVPPPASYGGTTYPPTYGGPT

Query:  GGYGGDSIGDGRTSAGRGGPSGGYDGGYNAGGRGGYNAGGRVGSYNAGGRGGGFGSTPVESAQVKQCDDNCDDTCDNSRIYVSNLPPDVTIDELRELFGG
        GGYG D+   G    GRGG SGGYDGG +A  R       +  SY               + +VKQCD +CDD CDN+RIY+SNLPPDVT DEL++LFGG
Subjt:  GGYGGDSIGDGRTSAGRGGPSGGYDGGYNAGGRGGYNAGGRVGSYNAGGRGGGFGSTPVESAQVKQCDDNCDDTCDNSRIYVSNLPPDVTIDELRELFGG

Query:  IGQIGRIKQKRGYKDQWPWNIKIYTDEMGNNKGDACVSYEDPSAAHSAGGFYNNHDLRGFKISVAMAEKSAPRAPPTFNHGGGGRGGG----YGGGGDRR
        IGQ+GRIKQKRGYKDQWP+NIKIYTDE GN KGDAC++YEDPSAAHSAGGF+NN+++RG KISV MAEKSAPRA PTF+  GGGRGGG     GGGGDRR
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Query:  RDSYRDGGSGPDRHQHGGNRSRPY
        RD+Y    SGPDR+ HGGNRSRPY
Subjt:  RDSYRDGGSGPDRHQHGGNRSRPY

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT5G58470.1 TBP-associated factor 15B

2.1e-100

61.32

Show/hide

Query:  GGGGGY-QGGDRGGGGGGGGGYQGGDRGGRGGGRGGGGGRGGSGRDGDWVCPNPGCANLNFARRVECNKCGAPSPGGT----NDRSGGGGYNRGGADGGY
        GG GGY  GG RG  GGGGGGYQGGDRGGRG         GG GRDGDW CPNP C N+NFARRVECNKCGA +P GT    NDR GGGGY+RGG D   
Subjt:  GGGGGY-QGGDRGGGGGGGGGYQGGDRGGRGGGRGGGGGRGGSGRDGDWVCPNPGCANLNFARRVECNKCGAPSPGGT----NDRSGGGGYNRGGADGGY

Query:  GGNRNGRGGNFHGGRSGTHDGGRNEGGNRGGGSYGGHQGGEDSGYSQVPPSSA--PQSGGVGGSYPPSYSGGSADYGTDAVPPPASYGGTTYPPTYGGPT
        GG   GRGG    GRS  ++  R +GG+R GGSYG     E+  Y Q PP +A  P   G  GSYPP        YG +AVPPP SY G   PP+YGGP 
Subjt:  GGNRNGRGGNFHGGRSGTHDGGRNEGGNRGGGSYGGHQGGEDSGYSQVPPSSA--PQSGGVGGSYPPSYSGGSADYGTDAVPPPASYGGTTYPPTYGGPT

Query:  GGYGGDSIGDGRTSAGRGGPSGGYDGGYNAGGRGGYNAGGRVGSYNAGGRGGGFGSTPVESAQVKQCDDNCDDTCDNSRIYVSNLPPDVTIDELRELFGG
        GGYG D+   G    GRGG SGGYDGG +A  R       +  SY               + +VKQCD +CDD CDN+RIY+SNLPPDVT DEL++LFGG
Subjt:  GGYGGDSIGDGRTSAGRGGPSGGYDGGYNAGGRGGYNAGGRVGSYNAGGRGGGFGSTPVESAQVKQCDDNCDDTCDNSRIYVSNLPPDVTIDELRELFGG

Query:  IGQIGRIKQKRGYKDQWPWNIKIYTDEMGNNKGDACVSYEDPSAAHSAGGFYNNHDLRGFKISVAMAEKSAPRAPPTFNHGGGGRGGG----YGGGGDRR
        IGQ+GRIKQKRGYKDQWP+NIKIYTDE GN KGDAC++YEDPSAAHSAGGF+NN+++RG KISV MAEKSAPRA PTF+  GGGRGGG     GGGGDRR
Subjt:  IGQIGRIKQKRGYKDQWPWNIKIYTDEMGNNKGDACVSYEDPSAAHSAGGFYNNHDLRGFKISVAMAEKSAPRAPPTFNHGGGGRGGG----YGGGGDRR

Query:  RDSYRDGGSGPDRHQHGGNRSRPY
        RD+Y    SGPDR+ HGGNRSRPY
Subjt:  RDSYRDGGSGPDRHQHGGNRSRPY

AT5G58470.2 TBP-associated factor 15B

2.1e-100

61.32

Show/hide

Query:  GGGGGY-QGGDRGGGGGGGGGYQGGDRGGRGGGRGGGGGRGGSGRDGDWVCPNPGCANLNFARRVECNKCGAPSPGGT----NDRSGGGGYNRGGADGGY
        GG GGY  GG RG  GGGGGGYQGGDRGGRG         GG GRDGDW CPNP C N+NFARRVECNKCGA +P GT    NDR GGGGY+RGG D   
Subjt:  GGGGGY-QGGDRGGGGGGGGGYQGGDRGGRGGGRGGGGGRGGSGRDGDWVCPNPGCANLNFARRVECNKCGAPSPGGT----NDRSGGGGYNRGGADGGY

Query:  GGNRNGRGGNFHGGRSGTHDGGRNEGGNRGGGSYGGHQGGEDSGYSQVPPSSA--PQSGGVGGSYPPSYSGGSADYGTDAVPPPASYGGTTYPPTYGGPT
        GG   GRGG    GRS  ++  R +GG+R GGSYG     E+  Y Q PP +A  P   G  GSYPP        YG +AVPPP SY G   PP+YGGP 
Subjt:  GGNRNGRGGNFHGGRSGTHDGGRNEGGNRGGGSYGGHQGGEDSGYSQVPPSSA--PQSGGVGGSYPPSYSGGSADYGTDAVPPPASYGGTTYPPTYGGPT

Query:  GGYGGDSIGDGRTSAGRGGPSGGYDGGYNAGGRGGYNAGGRVGSYNAGGRGGGFGSTPVESAQVKQCDDNCDDTCDNSRIYVSNLPPDVTIDELRELFGG
        GGYG D+   G    GRGG SGGYDGG +A  R       +  SY               + +VKQCD +CDD CDN+RIY+SNLPPDVT DEL++LFGG
Subjt:  GGYGGDSIGDGRTSAGRGGPSGGYDGGYNAGGRGGYNAGGRVGSYNAGGRGGGFGSTPVESAQVKQCDDNCDDTCDNSRIYVSNLPPDVTIDELRELFGG

Query:  IGQIGRIKQKRGYKDQWPWNIKIYTDEMGNNKGDACVSYEDPSAAHSAGGFYNNHDLRGFKISVAMAEKSAPRAPPTFNHGGGGRGGG----YGGGGDRR
        IGQ+GRIKQKRGYKDQWP+NIKIYTDE GN KGDAC++YEDPSAAHSAGGF+NN+++RG KISV MAEKSAPRA PTF+  GGGRGGG     GGGGDRR
Subjt:  IGQIGRIKQKRGYKDQWPWNIKIYTDEMGNNKGDACVSYEDPSAAHSAGGFYNNHDLRGFKISVAMAEKSAPRAPPTFNHGGGGRGGG----YGGGGDRR

Query:  RDSYRDGGSGPDRHQHGGNRSRPY
        RD+Y    SGPDR+ HGGNRSRPY
Subjt:  RDSYRDGGSGPDRHQHGGNRSRPY

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

GGAGGCGGCGGTGGTGGTTATCAAGGAGGAGATCGCGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTATCAAGGAGGAGATCGTGGTGGGCGAGGTGGTGGACGTGGTGGCGG
GGGTGGTCGTGGTGGAAGCGGCAGAGATGGCGATTGGGTCTGCCCTAATCCTGGCTGTGCGAATTTGAACTTTGCTAGAAGAGTGGAGTGTAACAAATGTGGGGCACCAT
CACCAGGAGGTACTAATGACCGAAGTGGCGGTGGTGGTTATAATAGAGGTGGAGCTGATGGGGGTTATGGTGGTAATCGTAATGGCAGGGGGGGTAACTTCCATGGTGGT
AGAAGTGGAACTCATGATGGAGGTCGAAATGAAGGAGGGAACAGAGGTGGTGGTTCTTACGGTGGTCACCAGGGAGGAGAAGATAGTGGGTATAGTCAGGTTCCCCCATC
ATCAGCACCCCAATCTGGTGGTGTTGGTGGCTCTTATCCACCATCTTACTCTGGTGGAAGTGCAGATTATGGGACTGATGCAGTTCCTCCACCTGCGAGCTACGGTGGAA
CTACATACCCTCCAACTTATGGTGGACCCACCGGTGGCTATGGTGGTGATAGTATAGGTGATGGGCGGACTTCTGCTGGTCGCGGTGGGCCGTCTGGTGGATATGATGGT
GGCTACAATGCAGGTGGTAGAGGTGGCTATAACGCTGGTGGTAGAGTAGGGAGCTATAATGCTGGTGGTAGAGGTGGTGGTTTTGGAAGTACACCAGTGGAGTCAGCACA
GGTGAAGCAGTGCGATGACAATTGTGATGATACATGTGATAACTCTAGAATCTATGTTTCTAATTTGCCACCAGATGTGACCATTGATGAATTGAGAGAACTATTTGGCG
GCATTGGTCAAATTGGAAGAATCAAGCAGAAGAGGGGCTACAAGGATCAGTGGCCTTGGAACATAAAAATATATACTGATGAGATGGGAAATAACAAAGGCGATGCATGT
GTATCATATGAAGATCCTTCAGCAGCGCATTCTGCTGGCGGTTTCTATAACAATCATGATTTGAGAGGTTTTAAAATCAGTGTTGCAATGGCTGAGAAGTCTGCACCGAG
GGCTCCACCTACATTCAACCATGGAGGTGGTGGTAGAGGAGGTGGATATGGAGGTGGTGGAGACAGGCGTAGAGATAGCTATAGGGACGGAGGCTCTGGACCCGATAGAC
ATCAGCATGGTGGAAATCGATCTCGTCCTTACTGAGAGATTCAGCATTGGGCATTTTATGTAATGGGAATTGTGATCTTAGTGTTTTAGTTTTGTTCCATGGCTGGATTC
TTGAATTGGAGACCAAAGAGAGGCAGGCGGATAATCTCCAAACTGCTTGTTGCTAAGGGGTGGGGTGTCCATTTGGGAGCAATGATACATATAAAAAGTATTTAATTTGT
TACTGGGTGTTGGGAGTTAGGCTTTTGCCAAATGTTGCATATTTTCCTGTGACGCTGTTGGTTGGTGCGATTGTCCCGACGAATCTCCTCCAAATGTTCAAAAGATTCAC
TCTTAGTTAGGTCTTAAGGCGAACTAATCTAACCCCCTTTCACGGATCGATGCCCTGCCATATGCCTTCTGCACGTTGGTGACTGCTTTAGGCTTCTCGGAGCTCTGCTG
ATGAAACCGTGTTCGGAAAATTGAGTTCAGCGTTGGATTTTGTTATATAAAATTTCTGTACCTGTGTTACTGTTTTACCCATTTGTTCGAGCAATGAGTAGTAATTTTCT
ATGTTTTCCTCCAACATATTTCCTCTATTTGTTTTATTAATGAAGAGATTTATAGTTCATTCCCTCGTTATGATGAGTGACACCCACTCGAACATGATAAGAAATGCACT
TGAACTCTTTTAAAGTCGACG

Protein sequence

Show/hide protein sequence

GGGGGGYQGGDRGGGGGGGGGYQGGDRGGRGGGRGGGGGRGGSGRDGDWVCPNPGCANLNFARRVECNKCGAPSPGGTNDRSGGGGYNRGGADGGYGGNRNGRGGNFHGG
RSGTHDGGRNEGGNRGGGSYGGHQGGEDSGYSQVPPSSAPQSGGVGGSYPPSYSGGSADYGTDAVPPPASYGGTTYPPTYGGPTGGYGGDSIGDGRTSAGRGGPSGGYDG
GYNAGGRGGYNAGGRVGSYNAGGRGGGFGSTPVESAQVKQCDDNCDDTCDNSRIYVSNLPPDVTIDELRELFGGIGQIGRIKQKRGYKDQWPWNIKIYTDEMGNNKGDAC
VSYEDPSAAHSAGGFYNNHDLRGFKISVAMAEKSAPRAPPTFNHGGGGRGGGYGGGGDRRRDSYRDGGSGPDRHQHGGNRSRPY

MC03g0055 (gene) of Bitter gourd (Dali-11) v1 genome