; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MC04g1157 (gene) of Bitter gourd (Dali-11) v1 genome

Gene IDMC04g1157
OrganismMomordica charantia cv. Dali-11 (Bitter gourd (Dali-11) v1)
DescriptionDNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
Genome locationMC04:19628546..19633736
RNA-Seq ExpressionMC04g1157
SyntenyMC04g1157
Gene Ontology termsGO:0000291 - nuclear-transcribed mRNA catabolic process, exonucleolytic (biological process)
GO:0006367 - transcription initiation from RNA polymerase II promoter (biological process)
GO:0045948 - positive regulation of translational initiation (biological process)
GO:0060213 - positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening (biological process)
GO:0000932 - P-body (cellular component)
GO:0005665 - RNA polymerase II, core complex (cellular component)
GO:0003697 - single-stranded DNA binding (molecular function)
GO:0003727 - single-stranded RNA binding (molecular function)
GO:0003899 - DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity (molecular function)
GO:0031369 - translation initiation factor binding (molecular function)
InterPro domainsIPR003029 - S1 domain
IPR005576 - RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal
IPR012340 - Nucleic acid-binding, OB-fold
IPR036898 - RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily
IPR045113 - RNA polymerase Rpb7-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7032688.1 hypothetical protein SDJN02_06738, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.94e-12598.31Show/hide
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XP_004150740.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 isoform X1 [Cucumis sativus]7.73e-12498.3Show/hide
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XP_022141702.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 [Momordica charantia]6.61e-125100Show/hide
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XP_022923594.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7-like [Cucurbita moschata]7.73e-12498.3Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KPS4 Uncharacterized protein3.74e-12498.3Show/hide
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A0A2I4HHD1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB73.74e-12498.3Show/hide
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A0A6J1CIV0 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB73.20e-125100Show/hide
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A0A6J1E6V3 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7-like3.74e-12498.3Show/hide
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A0A6J1JSG6 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7-like3.74e-12498.3Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P38421 DNA-directed RNA polymerase II subunit 77.4e-9292.61Show/hide
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P46279 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB72.5e-9597.13Show/hide
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P62487 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB71.5e-5254.07Show/hide
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Q5E9B8 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB71.5e-5254.07Show/hide
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Q7ZW41 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB71.5e-5254.65Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G06790.1 RNA polymerase Rpb7 N-terminal domain-containing protein1.2e-0429.89Show/hide
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AT1G06790.2 RNA polymerase Rpb7 N-terminal domain-containing protein1.2e-0429.89Show/hide
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        MF+   LE ++++ P      L + + S L            G  V+I  I+++  G +  G G  T+ V  + VVFRPF GE++ A
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AT3G22900.1 RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain2.2e-1434.38Show/hide
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        G+++  T +ENIG+G I++ TG + FPV +  + F+ FKGEI+  VV  V+K G F ++GP +I   +H+     EF  G+ P +     S +IQ  + V
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        R  ++ T  R    +   + +I  D LG
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AT4G14660.1 RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain1.7e-1432.58Show/hide
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        G+ VA+T ++ IG+G IR+ TG V FPV +  + F+ FKGEI+  VV  V K G F   GP++    ++    D ++  G+ P +     S +IQ ++ V
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        R+ +IG +      E   + +++ D+LG +++
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AT5G59180.1 DNA-directed RNA polymerase II5.3e-9392.61Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
GCCACCATGTTCTTCCACATAGTGTTGGAAAGGAATATGCAGCTGCACCCTCGGCACTTCGGTCGTAACCTCCGTGAGAATCTGGTTTCCAAACTCATGAAAGATGTCGA
GGGGACTTGCAGCGGACGACATGGTTTTGTAGTAGCAATTACAGGAATTGAGAATATTGGGAAGGGATTGATTCGTGACGGCACAGGTTTTGTCACTTTTCCTGTTAAAT
ACCAATGTGTTGTTTTTCGACCATTCAAGGGAGAAATCTTAGAAGCAGTTGTTTCAATGGTAAACAAGATGGGTTTTTTCGCTGAAGCTGGACCTGTTCAGATTTTTGTT
TCAAACCATTTGATACCAGATGATATGGAGTTCCAGTCTGGAGATATCCCAAACTACACCACTTCAGATGGATCAGTTAAGATTCAGAAGGACAGTGAAGTTCGATTAAA
GATTATTGGGACTCGAGTAGACGCGACTGAAATTTTTTGTATTGGAACCATAAAAGATGACTTCTTGGGTGTGATAAATGATCCTGCAGCAGCTTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
GCCACCATGTTCTTCCACATAGTGTTGGAAAGGAATATGCAGCTGCACCCTCGGCACTTCGGTCGTAACCTCCGTGAGAATCTGGTTTCCAAACTCATGAAAGATGTCGA
GGGGACTTGCAGCGGACGACATGGTTTTGTAGTAGCAATTACAGGAATTGAGAATATTGGGAAGGGATTGATTCGTGACGGCACAGGTTTTGTCACTTTTCCTGTTAAAT
ACCAATGTGTTGTTTTTCGACCATTCAAGGGAGAAATCTTAGAAGCAGTTGTTTCAATGGTAAACAAGATGGGTTTTTTCGCTGAAGCTGGACCTGTTCAGATTTTTGTT
TCAAACCATTTGATACCAGATGATATGGAGTTCCAGTCTGGAGATATCCCAAACTACACCACTTCAGATGGATCAGTTAAGATTCAGAAGGACAGTGAAGTTCGATTAAA
GATTATTGGGACTCGAGTAGACGCGACTGAAATTTTTTGTATTGGAACCATAAAAGATGACTTCTTGGGTGTGATAAATGATCCTGCAGCAGCTTAGTGCAATCTTGTTC
AGGACATTTTTCTTTGCGTTGGAGTTACCAGTTTGTATCCTCTATCCGCTAACCTTCTTGATACAAGAACAAGGAGATGAACTTGATGCTGCCAACCAAGGAACCGGGGA
AAGGAAGATTGGAATTAAGAAACAATGGTTCTAGTTTTGATTTCATGAATATAGATGATGACGAGAATGAGATAATGTATATGTTTCTCAATTATCCCCAGTAGTTTACA
TCATGAAGTCCATTCTCTTTATACCATTCTCTTATGAGGCTTTTTGTACATCATCAAGAGAGCGAATTCGACTCGCGTGCGATCAGCCAATAGATTTGGCCACAGAAGTC
CAAAATTGTTGGCATGAGTATAGTATGATGGGATCAAGTTGTCTTTGTTCATTGACTGACATCGTCAGTATCCCCTCGCTCGATCTTAAATTACCTCATTGAAAGAAAAG
TCCTTTCGCTTTATATCAATCTTTCTCAATCTTGCTCTTCCTTAAATATAGCTAGGAGAAGATTTCTAGCCCTTTAACCATTAGGTCCTAACATTCTCTCATATATACCC
AATAAAGTATCCTATCCCAAAGGCCCGCGTAGTTTTCTATATTTTATTTTCATTTTAAAAAGTTGTGAAATTAGTAGACCTTTGTAACTTTGGCTTGATTAGACCATATG
GTATTAAACCCG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
ATMFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVSKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENIGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVSMVNKMGFFAEAGPVQIFV
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