; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MC06g1002 (gene) of Bitter gourd (Dali-11) v1 genome

Gene IDMC06g1002
OrganismMomordica charantia cv. Dali-11 (Bitter gourd (Dali-11) v1)
DescriptionRNA-binding family protein
Genome locationMC06:9067171..9073604
RNA-Seq ExpressionMC06g1002
SyntenyMC06g1002
Gene Ontology termsGO:0008380 - RNA splicing (biological process)
GO:0005737 - cytoplasm (cellular component)
GO:0035145 - exon-exon junction complex (cellular component)
GO:0003729 - mRNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR008111 - RNA-binding motif protein 8
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR033744 - RBM8, RNA recognition motif
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004139049.1 RNA-binding protein Y14 [Cucumis sativus]6.34e-12896.45Show/hide
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XP_022961208.1 RNA-binding protein Y14-like [Cucurbita moschata]7.72e-12996.95Show/hide
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XP_022988215.1 RNA-binding protein Y14A-like [Cucurbita maxima]1.82e-12796.45Show/hide
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XP_038880227.1 RNA-binding protein Y14A [Benincasa hispida]2.69e-12997.46Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0M2V3 RRM domain-containing protein3.07e-12896.45Show/hide
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A0A1S3BNH9 RNA-binding protein 8A-B3.07e-12896.45Show/hide
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A0A6J1DNH7 RNA-binding protein Y14A1.37e-133100Show/hide
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A0A6J1HB67 RNA-binding protein Y14-like3.74e-12996.95Show/hide
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A0A6J1JIZ0 RNA-binding protein Y14A-like8.80e-12896.45Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
B7FAL5 RNA-binding protein Y14A2.2e-6567.32Show/hide
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        GWI+LVTGVHEEAQEDDL N F +FG++KNLHLNLDRRTGFVKGYALIEYE+FEEA+ AI A+DG+ELLTQII+VDWAFS+GP++R+N R    RRSRS 
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F4I9J7 RNA-binding protein Y141.1e-6467.8Show/hide
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        LV+GVHEE QE+D+ NAFG+FGEIKNL+LNLDRR+G+VKGYALIEYE  EEA+ AISAM+G+ELLTQ ++VDWAFS GP      RRKN+R  R +RSRS
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Q5D018 RNA-binding protein 8A4.0e-3857.34Show/hide
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        KK KGRGF  E    +R+   D+D++ +  D PGPQRS+EGWI+ VTGVHEEA E+D+ + F EFGEIKNLHLNLDRRTG++KGYAL+EYE+++EA+ A+
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          ++G EL+ Q I+VDW F  GP   K+ R    RRSRSP RR
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Q6ATR0 RNA-binding protein Y14B2.5e-4049.5Show/hide
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        A+ DVE VD+   E EE+D MDED           P P + S           G  +++GR       R+T +  S+   FDSL  A  P  GPQRSIEG
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        WI+LV+GV E+A+EDDL N F +FG +K+LHLNL+RRTG+ KGYAL+EYESFEEA+ AI AM+G++LLT+ + VDWAFS GPI++  +     RRSR+P 
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Query:  RR
        RR
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Q9DF42 RNA-binding protein 8A-A8.9e-3856.64Show/hide
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        KK KGRGF  +    TR+    +DS+ +  D PGPQRS+EGWI+ VTGVHEEA E+D+ + FGEFGEIKN+HLNLDRRTGF+KGYAL+EYE+++EA  A+
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          ++G +L+ Q ++VDW F  GP   K  R +  RRSRSP RR
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G51510.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein7.9e-6667.8Show/hide
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        LV+GVHEE QE+D+ NAFG+FGEIKNL+LNLDRR+G+VKGYALIEYE  EEA+ AISAM+G+ELLTQ ++VDWAFS GP      RRKN+R  R +RSRS
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        PRRRY
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AT3G11400.1 eukaryotic translation initiation factor 3G16.8e-0929.37Show/hide
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        G SS+++    T    +   S R    AG+D    +SA G   +R  +   + VT + E+ +E DL   F  FG +  +++ +D++TG  +G+  + + S
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         E+A+RAI+ ++G      I+ V+WA
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AT3G11400.2 eukaryotic translation initiation factor 3G16.8e-0929.37Show/hide
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        G SS+++    T    +   S R    AG+D    +SA G   +R  +   + VT + E+ +E DL   F  FG +  +++ +D++TG  +G+  + + S
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         E+A+RAI+ ++G      I+ V+WA
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AT5G52040.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein2.0e-0829.93Show/hide
Query:  GRGFRDESDRNTR-LAGSDFDSLKSADGPGPQRSIEGWIILVTGVHEEAQEDDLQNAFGEFGEIKNLHLNLDRRTGFVKGYALIEYESFEEAERAISAMD
        GR  R E  +N R  AG    S +S+ G  P ++    + ++    +  +  DL+  F  +G+I N+ +         + +A I+YE+ E+A RA+ A +
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Query:  GSELLTQIINVDWAF--------SHGPIRRKNTRPTRERRSRSPRRR
         S+L+ ++I+V++A          + P RR++  P R RRS SP RR
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AT5G52040.2 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein2.0e-0829.93Show/hide
Query:  GRGFRDESDRNTR-LAGSDFDSLKSADGPGPQRSIEGWIILVTGVHEEAQEDDLQNAFGEFGEIKNLHLNLDRRTGFVKGYALIEYESFEEAERAISAMD
        GR  R E  +N R  AG    S +S+ G  P ++    + ++    +  +  DL+  F  +G+I N+ +         + +A I+YE+ E+A RA+ A +
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Query:  GSELLTQIINVDWAF--------SHGPIRRKNTRPTRERRSRSPRRR
         S+L+ ++I+V++A          + P RR++  P R RRS SP RR
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCAAGCGCTGATGTTGAGGCTGTGGACTTTGAGCCCGAGGAAGATGATCTCATGGACGAGGACGGAGCCGCCGAAGCCGACGCCTCCCCACGAGCTCCTTTTCCTAA
GCTCAAATCCGCCATCACCGGCGGCGCCTCGTCCTCTCTCGCCGGTCCCAAGAAGACCAAGGGTCGTGGCTTCCGAGACGAATCCGATCGCAACACCCGTCTCGCCGGGT
CCGACTTTGATTCCCTCAAGTCTGCTGATGGCCCCGGCCCCCAACGATCTATTGAAGGATGGATCATTCTGGTGACTGGTGTACATGAAGAGGCACAGGAGGATGATCTA
CAAAATGCATTTGGTGAGTTTGGGGAGATAAAGAATTTGCATCTAAATCTTGATCGTCGTACTGGGTTTGTCAAGGGTTATGCATTGATCGAATACGAGAGCTTTGAGGA
AGCAGAGAGAGCCATATCTGCCATGGATGGATCTGAACTTCTGACCCAAATTATCAATGTCGATTGGGCATTCAGCCATGGACCCATCAGAAGAAAGAACACAAGACCTA
CTCGGGAACGACGTTCAAGGAGCCCGAGGAGGAGATATTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
AGCATGTCATAAGATCAGAAGAGAAAAAGGGGAAAAAAGAAAAAAAAATCTAAAAAAAAAAGAGAGAAATTGGGTTAGCGGCAAACCAGAAACCCTCGTTCCGATCCCCA
AAAACCCCACCTTCCCAATCTTCTTCTCCTCCTTCTCCTTCCCATTTCTTCCGCAGAACCCACGAGGAGCTCTGAGAGACGGCGGCGAGCCATGGCAAGCGCTGATGTTG
AGGCTGTGGACTTTGAGCCCGAGGAAGATGATCTCATGGACGAGGACGGAGCCGCCGAAGCCGACGCCTCCCCACGAGCTCCTTTTCCTAAGCTCAAATCCGCCATCACC
GGCGGCGCCTCGTCCTCTCTCGCCGGTCCCAAGAAGACCAAGGGTCGTGGCTTCCGAGACGAATCCGATCGCAACACCCGTCTCGCCGGGTCCGACTTTGATTCCCTCAA
GTCTGCTGATGGCCCCGGCCCCCAACGATCTATTGAAGGATGGATCATTCTGGTGACTGGTGTACATGAAGAGGCACAGGAGGATGATCTACAAAATGCATTTGGTGAGT
TTGGGGAGATAAAGAATTTGCATCTAAATCTTGATCGTCGTACTGGGTTTGTCAAGGGTTATGCATTGATCGAATACGAGAGCTTTGAGGAAGCAGAGAGAGCCATATCT
GCCATGGATGGATCTGAACTTCTGACCCAAATTATCAATGTCGATTGGGCATTCAGCCATGGACCCATCAGAAGAAAGAACACAAGACCTACTCGGGAACGACGTTCAAG
GAGCCCGAGGAGGAGATATTGATTTTGAGGTGTAGAAGTCCTCCCATGTGTGTTGTCTTTGGATTTTATTTGGGAGCGTGTTTCCTTTTGGATTGGATTAGGAGATGTTT
CTACTGAGCTTACTCAATTGTCGGACGTTGATTTGGATTGATGAATTGTATGTAACTTAGAGACCTGAGGTTTATGCTGTTCTTTCTTTTTCATTTTTGGATTTCTTGAG
GTTTATGCCTTTTGTGTTGTCACCTGCTATTATTATATATATTTTTTTGTTCCAAATTTGGTTATCAATGGCGTGGCT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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