CuGenDBv2

Gene ID	MC06g1043
Organism	Momordica charantia cv. Dali-11 (Bitter gourd (Dali-11) v1)
Description	Tubulin beta chain
Genome location	MC06:10064851..10068988
RNA-Seq Expression	MC06g1043
Synteny	MC06g1043
Gene Ontology terms	GO:0000278 - mitotic cell cycle (biological process) GO:0000226 - microtubule cytoskeleton organization (biological process) GO:0009409 - response to cold (biological process) GO:0005737 - cytoplasm (cellular component) GO:0005874 - microtubule (cellular component) GO:0005525 - GTP binding (molecular function) GO:0005200 - structural constituent of cytoskeleton (molecular function) GO:0003924 - GTPase activity (molecular function) GO:0003729 - mRNA binding (molecular function)
InterPro domains	IPR037103 - Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain IPR036525 - Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily IPR023123 - Tubulin, C-terminal IPR018316 - Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain IPR017975 - Tubulin, conserved site IPR013838 - Beta tubulin, autoregulation binding site IPR008280 - Tubulin/FtsZ, C-terminal IPR003008 - Tubulin/FtsZ, GTPase domain IPR002453 - Beta tubulin IPR000217 - Tubulin

Homology

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SwissProt top hits

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P93176 Tubulin beta chain

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Q43594 Tubulin beta-1 chain

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Q76FS3 Tubulin beta-6 chain

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95.5

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Q9ZRB2 Tubulin beta-1 chain

1.3e-254

96.4

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Arabidopsis top hits

e value

%identity

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AT5G12250.1 beta-6 tubulin

1.5e-256

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AT5G23860.1 tubulin beta 8

1.3e-249

94.2

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        VLDNEALYDICFRTLKLTTPSFGDLNHLISATMSGVTCCLRF GQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQ YRALTVPELTQQMWD+KNMM
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AT5G23860.2 tubulin beta 8

1.3e-249

94.2

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Query:  VLDNEALYDICFRTLKLTTPSFGDLNHLISATMSGVTCCLRFAGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQLYRALTVPELTQQMWDSKNMM
        VLDNEALYDICFRTLKLTTPSFGDLNHLISATMSGVTCCLRF GQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQ YRALTVPELTQQMWD+KNMM
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Query:  CAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIAPKGLTMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTG
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AT5G62690.1 tubulin beta chain 2

2.7e-250

93.95

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Query:  VLDNEALYDICFRTLKLTTPSFGDLNHLISATMSGVTCCLRFAGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQLYRALTVPELTQQMWDSKNMM
        VLDNEALYDICFRTLKLTTPSFGDLNHLISATMSGVTCCLRF GQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQ YR+LTVPELTQQMWDSKNMM
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Query:  CAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIAPKGLTMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTG
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Query:  EGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATA-EEGYYEEEEEEEEEE
        EGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATA EEG YE+EEE E ++
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AT5G62700.1 tubulin beta chain 3

2.7e-250

93.95

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        MREILH+QGGQCGNQIG+KFWEV+C EHGIDPTGRYTG SDLQLER+NVYYNEASCGR+VPRAVLMDLEPGTMDS+R+GPYGQ FRPDNFVFGQSGAGNN
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Query:  WAKGHYTEGAELIDAVLDVVRKEAENCDCLQGFQVCHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRMLLTFSVFPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENADECM
        WAKGHYTEGAELID+VLDVVRKEAENCDCLQGFQVCHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRM+LTFSVFPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENADECM
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        VLDNEALYDICFRTLKLTTPSFGDLNHLISATMSGVTCCLRF GQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQ YR+LTVPELTQQMWDSKNMM
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Query:  CAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIAPKGLTMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTG
        CAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQM+NVQNKNSSYFVEWIPNNVKS+VCDI P GL MASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTG
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        EGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATA EEG YE+EEE E ++
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Sequences

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CDS sequence

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ACAGCGTGAGGACGGGTCCTTATGGACAAATCTTCAGGCCAGACAACTTCGTTTTTGGGCAATCTGGTGCTGGCAACAACTGGGCCAAGGGGCATTATACAGAAGGAGCA
GAACTTATCGATGCTGTGCTTGATGTTGTGAGAAAGGAAGCCGAGAATTGTGATTGTCTTCAAGGTTTCCAAGTGTGCCATTCACTTGGTGGAGGCACTGGTTCTGGAAT
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ATGCCACGCTTTCCGTTCACCAGCTCGTCGAGAATGCAGATGAGTGCATGGTGCTGGACAATGAAGCACTATATGATATATGCTTCAGGACTCTCAAGTTAACTACTCCT
AGCTTTGGCGATCTCAACCATTTAATTTCCGCTACTATGAGTGGGGTGACATGCTGTCTCAGATTCGCTGGCCAGCTTAACTCTGACCTCAGAAAACTTGCTGTGAATCT
AATTCCCTTTCCTCGCCTACACTTCTTTATGGTGGGATTTGCTCCTCTTACCTCTCGTGGGTCGCAGCTGTATCGGGCTCTGACCGTGCCAGAGTTGACACAGCAAATGT
GGGATTCTAAAAACATGATGTGCGCTGCAGATCCCCGCCATGGCCGATACCTCACTGCCTCTGCCATGTTCCGGGGCAAGATGAGTACTAAAGAGGTTGATGAGCAGATG
ATCAATGTTCAGAACAAGAATTCCTCATACTTCGTTGAATGGATTCCCAACAATGTTAAATCCAGCGTCTGTGACATTGCTCCTAAAGGACTTACCATGGCATCAACCTT
CATTGGAAACTCAACCTCCATTCAGGAAATGTTCAGGCGTGTAAGCGAGCAGTTCACAGCCATGTTCAGGAGGAAAGCTTTCTTGCATTGGTACACTGGAGAAGGAATGG
ACGAAATGGAGTTCACCGAGGCGGAAAGCAACATGAATGATCTCGTTTCCGAGTATCAGCAGTACCAGGACGCTACCGCTGAGGAGGGCTATTACGAGGAGGAGGAGGAA
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mRNA sequence

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GATACGTGAATAGTCCCTATCAAATACTGACACGTGAGTAGTGAGAAATCACATTGATACAGTGTAGAATCAAAAACTTTAAACCAACGTCCTATCAAGAAATGGAATTC
GAACAAGATTGTGTTAAAATTTGTAATACAAGTGTAGCGGGAATTGATTTTGAGAAAACCATGAAATCAAATCACCATGGTTGAAAATGAAATTCAACGATCCGACAACC
AACGTTCTCTGAATCTGACGGCAAAAATCAAGAAAACGAGGGAAAGAAGTGGCCTCCCACCGTCTGATGCTGAATCCTTACCCGCTTCATCTTCAATCAAATCTTATATA
AATCGCATCACTCACACTTCTCAACTCACTCTCTTCAGTGCTCCTCCATCGCCAGACGTAGCACTTACTCGCCAGATTCCGCCGGAATCGTCTCCATTCTGCCTTGTATC
GTCGGAAAACTCACCGTGAGAAGATGAGGGAGATTCTTCACGTCCAAGGAGGTCAGTGTGGTAACCAGATCGGATCCAAGTTCTGGGAAGTGTTGTGCGATGAACATGGC
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GGATCTCGAGCCTGGTACCATGGACAGCGTGAGGACGGGTCCTTATGGACAAATCTTCAGGCCAGACAACTTCGTTTTTGGGCAATCTGGTGCTGGCAACAACTGGGCCA
AGGGGCATTATACAGAAGGAGCAGAACTTATCGATGCTGTGCTTGATGTTGTGAGAAAGGAAGCCGAGAATTGTGATTGTCTTCAAGGTTTCCAAGTGTGCCATTCACTT
GGTGGAGGCACTGGTTCTGGAATGGGGACTCTGCTGATTTCCAAAATCAGAGAAGAATATCCCGATAGGATGTTGCTTACTTTCTCCGTCTTCCCTTCACCGAAAGTGTC
GGATACTGTTGTAGAGCCATACAATGCCACGCTTTCCGTTCACCAGCTCGTCGAGAATGCAGATGAGTGCATGGTGCTGGACAATGAAGCACTATATGATATATGCTTCA
GGACTCTCAAGTTAACTACTCCTAGCTTTGGCGATCTCAACCATTTAATTTCCGCTACTATGAGTGGGGTGACATGCTGTCTCAGATTCGCTGGCCAGCTTAACTCTGAC
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GGACTTACCATGGCATCAACCTTCATTGGAAACTCAACCTCCATTCAGGAAATGTTCAGGCGTGTAAGCGAGCAGTTCACAGCCATGTTCAGGAGGAAAGCTTTCTTGCA
TTGGTACACTGGAGAAGGAATGGACGAAATGGAGTTCACCGAGGCGGAAAGCAACATGAATGATCTCGTTTCCGAGTATCAGCAGTACCAGGACGCTACCGCTGAGGAGG
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CTATGACTATATATATGCTATTAGTGTTGAGTACAAGTTCTTGTGTGCTTCCTGTGGGTGTTTCATGCTTTCTTGGTACTGTTTCAGTATGTTGTGATGTTAGAGTTATC
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Protein sequence

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INVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIAPKGLTMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATAEEGYYEEEEE
EEEEEGIHAHDM

MC06g1043 (gene) of Bitter gourd (Dali-11) v1 genome