; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MC08g0712 (gene) of Bitter gourd (Dali-11) v1 genome

Gene IDMC08g0712
OrganismMomordica charantia cv. Dali-11 (Bitter gourd (Dali-11) v1)
DescriptionTranscription initiation factor IIF subunit beta
Genome locationMC08:5743666..5752900
RNA-Seq ExpressionMC08g0712
SyntenyMC08g0712
Gene Ontology termsGO:0006367 - transcription initiation from RNA polymerase II promoter (biological process)
GO:0006413 - translational initiation (biological process)
GO:0005674 - transcription factor TFIIF complex (cellular component)
GO:0003677 - DNA binding (molecular function)
GO:0003743 - translation initiation factor activity (molecular function)
GO:0008168 - methyltransferase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR003196 - Transcription initiation factor IIF, beta subunit
IPR011039 - Transcription Factor IIF, Rap30/Rap74, interaction
IPR036388 - Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
IPR036390 - Winged helix DNA-binding domain superfamily
IPR040450 - TFIIF beta subunit, HTH domain
IPR040504 - TFIIF, beta subunit, N-terminal


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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A0A0A0LRL0 Transcription initiation factor IIF subunit beta1.09e-17688.5Show/hide
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A0A1S3BBV5 Transcription initiation factor IIF subunit beta6.30e-17688.15Show/hide
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A0A5A7VAJ9 Transcription initiation factor IIF subunit beta6.30e-17688.15Show/hide
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A0A6J1CTB7 Transcription initiation factor IIF subunit beta2.69e-18290.66Show/hide
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A0A6J1KP21 Transcription initiation factor IIF subunit beta1.94e-17287.46Show/hide
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O94424 Transcription initiation factor IIF subunit beta8.0e-1928.37Show/hide
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        + +LD G+    VWL+K P  +   W S P  D   L  V +  D +Q    +S          E  +VPK ++L +   FV        S+   SM+  
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           G V H+ ++ P     + Y ++ ++R   +    R++Q+ID+  G  + P     G + S S+    S  +FI                   + V P
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             +K +R  R EL DI+FK FE    W LK L +   QP  +LKE+L+ + + NKRG     Y LKPEYK +++    E
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P41900 General transcription factor IIF subunit 21.2e-1424.01Show/hide
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        M  ED+        +LD   A R VWL+K P  +A+ W+  P +                  +L L   +L+LDP +   +  +         +   V K
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          +L +F    P           ++    K+ MEG++  K + +P  +N   Y KL  E   K+    R++Q ID                         
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                + NF  +     +I Y ++     K+++ K+ R D+  + D++F  FE+   + +K LV+ T+QP  +LKEIL ++C YN +  ++  +ELK
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         EY+
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Q01750 General transcription factor IIF subunit 28.2e-1626.28Show/hide
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        +L   K +  VWL+K P  +++ W   P    +   ++  +    Q     S     ++A   + G  P S S      FV        + VF+E+S  K
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        +S+EG V  + +              CR   +++ +K +++Q+ ++ + V +      V             V T     N+  ++    +I YE+K   
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          K+ D KR R D+  + D++F  FE+   + LK LV  T QP  +LKEIL E+ + N +G ++ T+ELKPEY+
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Q2T9L9 General transcription factor IIF subunit 26.3e-1626.79Show/hide
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        +S+EG V  + +              CR   N++ ++ +++Q+ +                  S+  V L   L  +   N+  ++    +I YE+K   
Subjt:  MSMEGKVEHKFDMKPHGENLEMYGKLCRERTNKSMVKNRQIQVIDNDRGVHMRPMPGMVGLISSTSKVYLCSVLTFINLLNFHVLSTILRSIIYEKKKVA

Query:  PVKQSDVKRTRRDRGELEDIMFKLFERQPNWALKQLVQETDQPAQFLKEILNELCVYNKRGTNQGTYELKPEYKK-SVEE
          K+ D KR R D+  + D++F  FE+   + LK LV  T QP  +LK+IL E+ V N +G ++ T+ELKPEY+   VEE
Subjt:  PVKQSDVKRTRRDRGELEDIMFKLFERQPNWALKQLVQETDQPAQFLKEILNELCVYNKRGTNQGTYELKPEYKK-SVEE

Q8R0A0 General transcription factor IIF subunit 29.1e-1526.37Show/hide
Query:  NLDTGKADRSVWLMKCPLLVAKSWQSHPPSDTLPLAKVILSLDPLQSDESSSLQFKMEMAGTETGNVPKSFSLNMFKDFV-------PMCVFSEASQGKM
        +L   K +  VWL+K P  +++ W     S    + K+ ++ +  +++ S +L   +     + G  P S S      FV        + VF+E+S  K+
Subjt:  NLDTGKADRSVWLMKCPLLVAKSWQSHPPSDTLPLAKVILSLDPLQSDESSSLQFKMEMAGTETGNVPKSFSLNMFKDFV-------PMCVFSEASQGKM

Query:  SMEGKVEHKFDMKPHGENLEMYGKLCRERTNKSMVKNRQIQVIDNDRGVHMRPMPGMVGLISSTSKVYLCSVLTFINLLNFHVLSTILRSIIYEKKKVAP
        S+EG V  + +              CR   +++ +K +++Q+ +                  S+  V L   L  +   N+  ++    +I YE+K    
Subjt:  SMEGKVEHKFDMKPHGENLEMYGKLCRERTNKSMVKNRQIQVIDNDRGVHMRPMPGMVGLISSTSKVYLCSVLTFINLLNFHVLSTILRSIIYEKKKVAP

Query:  VKQSDVKRTRRDRGELEDIMFKLFERQPNWALKQLVQETDQPAQFLKEILNELCVYNKRGTNQGTYELKPEYK
         K+ D KR R D+  + D++F  FE+   + LK LV  T QP  +LKEIL E+ + N +G ++ T+ELKPEY+
Subjt:  VKQSDVKRTRRDRGELEDIMFKLFERQPNWALKQLVQETDQPAQFLKEILNELCVYNKRGTNQGTYELKPEYK

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G75510.1 Transcription initiation factor IIF, beta subunit7.7e-9461.62Show/hide
Query:  MEDEHGGGGSSSNLDTGKADRSVWLMKCPLLVAKSW--------QSHPPSDTLP-LAKVILSLDPLQSDESSSLQFKMEMAGTETGNVPKSFSLNMFKDF
        MED H       NLD  K+DRS+WLMKCP++V K+W         S   SD+ P +AK++  +DPL+ D  S  +FKM M G E GN+PK ++LNMF DF
Subjt:  MEDEHGGGGSSSNLDTGKADRSVWLMKCPLLVAKSW--------QSHPPSDTLP-LAKVILSLDPLQSDESSSLQFKMEMAGTETGNVPKSFSLNMFKDF

Query:  VPMCVFSEASQGKMSMEGKVEHKFDMKPHGENLEMYGKLCRERTNKSMVKNRQIQVIDNDRGVHMRPMPGMVGLISSTSKVYLCSVLTFINLLNFHVLST
        VPM  FS+ +QG  + EGKV+HKFDMKP+GE +E Y +LCRERT+K+MVKNRQIQVIDNDRGVHMRPMPGM+GL+SS SK                    
Subjt:  VPMCVFSEASQGKMSMEGKVEHKFDMKPHGENLEMYGKLCRERTNKSMVKNRQIQVIDNDRGVHMRPMPGMVGLISSTSKVYLCSVLTFINLLNFHVLST

Query:  ILRSIIYEKKKVAPVKQSDVKRTRRDRGELEDIMFKLFERQPNWALKQLVQETDQPAQFLKEILNELCVYNKRGTNQGTYELKPEYKKSVE-ETGGE
               EK+K  PVKQ++VKRTRRDRGELE IMFKLFE QPNW LKQLVQETDQPAQFLKEILNELCVYNKRG+NQGTYELKPEYKKS E +TGG+
Subjt:  ILRSIIYEKKKVAPVKQSDVKRTRRDRGELEDIMFKLFERQPNWALKQLVQETDQPAQFLKEILNELCVYNKRGTNQGTYELKPEYKKSVE-ETGGE

AT3G52270.1 Transcription initiation factor IIF, beta subunit1.5e-7653.96Show/hide
Query:  LDTGKADRSVWLMKCPLLVAKSWQSH--------PPSDTLPLAKVILSLDPLQSDESSSLQFKMEMAGTETGNVPKSFSLNMFKDFVPMCVFSEASQGKM
        L+TG A+RS+ LMK P LVA S QSH        P     P AKVIL +DPL + E    QF ME+A  ++GN+P+ ++L+M KDF+PM VF E+S GKM
Subjt:  LDTGKADRSVWLMKCPLLVAKSWQSH--------PPSDTLPLAKVILSLDPLQSDESSSLQFKMEMAGTETGNVPKSFSLNMFKDFVPMCVFSEASQGKM

Query:  SMEGKVEHKFDMKPHGENLEMYGKLCRERTNKSMVKNRQIQVIDNDRGVHMRPMPGMVGLISSTSKVYLCSVLTFINLLNFHVLSTILRSIIYEKKKVAP
        S+EGK+++KFDM+PH EN+E YG+LCRERTNK M KNRQIQVIDN RG+HMRPMPGM                             I+ +   EKKK+  
Subjt:  SMEGKVEHKFDMKPHGENLEMYGKLCRERTNKSMVKNRQIQVIDNDRGVHMRPMPGMVGLISSTSKVYLCSVLTFINLLNFHVLSTILRSIIYEKKKVAP

Query:  VKQSDVKRTRRDRGELEDIMFKLFERQPNWALKQLVQETDQPAQFLKEILNELCVYNKRGTNQGTYELKPEYKKSVEE
         + S++KRTRRDR E+E++MF LFERQ NW L+ L+QETDQP QFLK++L +LC+YN +G+NQGTYELKPEYKK+ +E
Subjt:  VKQSDVKRTRRDRGELEDIMFKLFERQPNWALKQLVQETDQPAQFLKEILNELCVYNKRGTNQGTYELKPEYKKSVEE


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGATATGGAAGACGAGCACGGCGGCGGCGGCAGTAGCAGTAACTTGGATACAGGGAAGGCGGACAGATCAGTGTGGCTGATGAAGTGCCCCTTGCTGGTCGCGAAGTC
ATGGCAGTCTCACCCTCCCTCTGATACTCTTCCTCTCGCTAAGGTCATCCTTTCTCTCGATCCTCTCCAATCCGACGAGTCCTCTTCTCTCCAGTTCAAGATGGAAATGG
CTGGAACTGAGACTGGAAACGTGCCAAAAAGCTTTTCCTTAAATATGTTTAAAGACTTTGTTCCTATGTGCGTCTTTTCAGAGGCAAGTCAAGGTAAGATGTCAATGGAA
GGTAAAGTGGAACATAAATTCGATATGAAGCCTCATGGTGAAAATCTTGAAATGTATGGGAAATTGTGCCGTGAAAGGACAAACAAGTCCATGGTTAAGAATAGACAAAT
ACAAGTGATAGACAATGACCGTGGAGTTCATATGAGGCCAATGCCTGGGATGGTTGGTTTGATCAGCTCAACTTCAAAGGTATATCTTTGCTCTGTTTTGACTTTCATCA
ACCTTCTGAACTTTCACGTTCTAAGTACGATTTTACGATCAATCATTTACGAAAAGAAGAAGGTGGCACCAGTTAAACAATCAGACGTGAAAAGAACTAGAAGGGATCGT
GGGGAACTAGAAGATATAATGTTCAAGCTATTTGAAAGACAGCCGAATTGGGCCCTAAAGCAGCTAGTCCAAGAGACTGATCAACCTGCACAATTCTTGAAAGAGATACT
GAACGAGCTTTGTGTCTACAACAAAAGAGGGACTAATCAAGGAACGTACGAGCTTAAGCCCGAATACAAGAAGTCTGTCGAGGAGACCGGCGGAGAGTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CTTTGTTCTATTGCTTAATTTCAACGGACATTTCAATAGCTTGAATAAAATTAAAGCTTCAAAAAAAATTACGAAAAAGGCCGTATACTCGATGAACCCAAGACATATGA
TATATATATCAGTAAATCTAACACACGTTCGTCTTATTTAGAGCAAGAATCAGAAGCGGCCGATACCACGATAAGTCACTGTCTGCATAACAAAAAAGTCAAAATTCGGA
ACAGAGACACTTGTTACAGAATCCAGGATCCAGATTACATCAGTTGTACGATAATCTTCTGCTACCGATTGCGTAGTATCAAAGCTCCTTCCGACCACCGCCTTCCAGTT
CTTTAGGGTCCAGTTCAGTACCGTCCACGGCCTTTTGCGCCACCGTCGTCTACGAAAAACAGAGTAACCGACAACTTGCCGGCGAAACTTCCGACGATAGGGATTGGTCA
TTTGTGATGGATATGGAAGACGAGCACGGCGGCGGCGGCAGTAGCAGTAACTTGGATACAGGGAAGGCGGACAGATCAGTGTGGCTGATGAAGTGCCCCTTGCTGGTCGC
GAAGTCATGGCAGTCTCACCCTCCCTCTGATACTCTTCCTCTCGCTAAGGTCATCCTTTCTCTCGATCCTCTCCAATCCGACGAGTCCTCTTCTCTCCAGTTCAAGATGG
AAATGGCTGGAACTGAGACTGGAAACGTGCCAAAAAGCTTTTCCTTAAATATGTTTAAAGACTTTGTTCCTATGTGCGTCTTTTCAGAGGCAAGTCAAGGTAAGATGTCA
ATGGAAGGTAAAGTGGAACATAAATTCGATATGAAGCCTCATGGTGAAAATCTTGAAATGTATGGGAAATTGTGCCGTGAAAGGACAAACAAGTCCATGGTTAAGAATAG
ACAAATACAAGTGATAGACAATGACCGTGGAGTTCATATGAGGCCAATGCCTGGGATGGTTGGTTTGATCAGCTCAACTTCAAAGGTATATCTTTGCTCTGTTTTGACTT
TCATCAACCTTCTGAACTTTCACGTTCTAAGTACGATTTTACGATCAATCATTTACGAAAAGAAGAAGGTGGCACCAGTTAAACAATCAGACGTGAAAAGAACTAGAAGG
GATCGTGGGGAACTAGAAGATATAATGTTCAAGCTATTTGAAAGACAGCCGAATTGGGCCCTAAAGCAGCTAGTCCAAGAGACTGATCAACCTGCACAATTCTTGAAAGA
GATACTGAACGAGCTTTGTGTCTACAACAAAAGAGGGACTAATCAAGGAACGTACGAGCTTAAGCCCGAATACAAGAAGTCTGTCGAGGAGACCGGCGGAGAGTAGGTTA
GTCTTCGATTGTATCATTTTATTTACATATTCCCTTCTTTTGGGGTAGGTGGAAACGATCTGAAATAAATCTGGAAATCAAAGAGAGAAGAAGATTTTGGTTTGTTATAT
TTTCATGGGAGGGAGAGATGGGAGGATGGAAAGAAAATGGTTCAAAAATAATAGCTAGTTAGCTTTATACTAAAGTGAAGTGAAACCAAAGGTGGAATGAAATTTGGGGG
AAGTTATTATGTCATGTTTATCCAATTACTGTACAAGGTCAGGAGTTGCAAAATGTATCTGTATAATGAATCTTACGAGCATGGGAAGATGTTGGAAACAGAGTTGTTCA
TTGACTTTGATTCTGGTTAATTTTTGTAAGAGGAATATGGGTTTTGAAAATCTATCCTCGCCTAAGATATTAAAATTCTATGAGTTTTTTGAGAATTGAATATGAGCATA
AATCTTGCATCGTCGTCATTGAATTCAATTACCTCCAGGATATTTAAAC
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MDMEDEHGGGGSSSNLDTGKADRSVWLMKCPLLVAKSWQSHPPSDTLPLAKVILSLDPLQSDESSSLQFKMEMAGTETGNVPKSFSLNMFKDFVPMCVFSEASQGKMSME
GKVEHKFDMKPHGENLEMYGKLCRERTNKSMVKNRQIQVIDNDRGVHMRPMPGMVGLISSTSKVYLCSVLTFINLLNFHVLSTILRSIIYEKKKVAPVKQSDVKRTRRDR
GELEDIMFKLFERQPNWALKQLVQETDQPAQFLKEILNELCVYNKRGTNQGTYELKPEYKKSVEETGGE