; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MC09g1240 (gene) of Bitter gourd (Dali-11) v1 genome

Gene IDMC09g1240
OrganismMomordica charantia cv. Dali-11 (Bitter gourd (Dali-11) v1)
DescriptionRNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein
Genome locationMC09:18482406..18483790
RNA-Seq ExpressionMC09g1240
SyntenyMC09g1240
Gene Ontology termsGO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004143608.1 probable RNA-binding protein ARP1 isoform X1 [Cucumis sativus]7.21e-15385.82Show/hide
Query:  LTTMSNNSN---NAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLAS
        +TT +NN+N   NAGL FGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHF KFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACED+APIINGRRANCNLAS
Subjt:  LTTMSNNSN---NAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLAS

Query:  LGARRGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPG
        LGARRG   +++ATPPQAP  PGSN GG   +++A +P NHVQWYYPAGT PTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKL YMNG  HY+Q+YPG
Subjt:  LGARRGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPG

Query:  QAMVGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNPG
        QAMVGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPT AGPFAAVPPTSIMSKP +VGPNPG
Subjt:  QAMVGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNPG

XP_008445852.2 PREDICTED: probable RNA-binding protein ARP1 isoform X1 [Cucumis melo]9.53e-15386.1Show/hide
Query:  LTTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGA
        +TT +N++ NAGL FGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHF+KFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACED+APIINGRRANCNLASLGA
Subjt:  LTTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGA

Query:  RRGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQA-
        RRG   +++ATPPQAP  PGSNGGG   +T+A +P NHVQWYYPAGT PTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKL Y+NG  HY+Q+YPGQA 
Subjt:  RRGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQA-

Query:  MVGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNPG
        MVGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPT AGPFAAVPPTSIMSKP +VGPNPG
Subjt:  MVGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNPG

XP_022139299.1 probable RNA-binding protein ARP1 [Momordica charantia]3.16e-182100Show/hide
Query:  MSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRG
        MSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRG
Subjt:  MSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRG

Query:  SRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQAMVGAN
        SRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQAMVGAN
Subjt:  SRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQAMVGAN

Query:  TLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNP
        TLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNP
Subjt:  TLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNP

XP_038891949.1 probable RNA-binding protein ARP1 isoform X1 [Benincasa hispida]4.58e-15687.94Show/hide
Query:  TTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGAR
        TT ++N+NNAGL FGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACED+APIINGRRANCNLASLGAR
Subjt:  TTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGAR

Query:  RGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQAMV
        RG   +++ATPPQAP  PGSNGGG   +++ A+P NHVQWYYPAGT PTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKL YMNG  HY+Q+YPGQAMV
Subjt:  RGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQAMV

Query:  GANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNPG
        GANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPT AGPFAAVPP+SIMSKPASVGPNPG
Subjt:  GANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNPG

XP_038891950.1 probable RNA-binding protein ARP1 isoform X2 [Benincasa hispida]3.37e-15587.89Show/hide
Query:  TTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGAR
        TT ++N+NNAGL FGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACED+APIINGRRANCNLASLGAR
Subjt:  TTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGAR

Query:  RGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQAMV
        RG   +++ATPPQAP  PGSNGGG   +++ A+P NHVQWYYPAGT PTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKL YMNG  HY+Q+YPGQAMV
Subjt:  RGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQAMV

Query:  GANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNP
        GANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPT AGPFAAVPP+SIMSKPASVGPNP
Subjt:  GANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNP

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KNL6 RRM domain-containing protein3.49e-15385.82Show/hide
Query:  LTTMSNNSN---NAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLAS
        +TT +NN+N   NAGL FGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHF KFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACED+APIINGRRANCNLAS
Subjt:  LTTMSNNSN---NAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLAS

Query:  LGARRGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPG
        LGARRG   +++ATPPQAP  PGSN GG   +++A +P NHVQWYYPAGT PTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKL YMNG  HY+Q+YPG
Subjt:  LGARRGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPG

Query:  QAMVGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNPG
        QAMVGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPT AGPFAAVPPTSIMSKP +VGPNPG
Subjt:  QAMVGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNPG

A0A1S3BD62 probable RNA-binding protein ARP1 isoform X23.65e-15286.05Show/hide
Query:  LTTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGA
        +TT +N++ NAGL FGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHF+KFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACED+APIINGRRANCNLASLGA
Subjt:  LTTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGA

Query:  RRGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQA-
        RRG   +++ATPPQAP  PGSNGGG   +T+A +P NHVQWYYPAGT PTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKL Y+NG  HY+Q+YPGQA 
Subjt:  RRGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQA-

Query:  MVGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNP
        MVGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPT AGPFAAVPPTSIMSKP +VGPNP
Subjt:  MVGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNP

A0A1S3BEI0 probable RNA-binding protein ARP1 isoform X14.61e-15386.1Show/hide
Query:  LTTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGA
        +TT +N++ NAGL FGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHF+KFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACED+APIINGRRANCNLASLGA
Subjt:  LTTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGA

Query:  RRGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQA-
        RRG   +++ATPPQAP  PGSNGGG   +T+A +P NHVQWYYPAGT PTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKL Y+NG  HY+Q+YPGQA 
Subjt:  RRGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQA-

Query:  MVGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNPG
        MVGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPT AGPFAAVPPTSIMSKP +VGPNPG
Subjt:  MVGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNPG

A0A5A7SY01 Putative RNA-binding protein ARP1 isoform X11.75e-15285.71Show/hide
Query:  LTTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGA
        +TT +N++ NAGL FGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHF+KFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACED+APIINGRRANCNLASLGA
Subjt:  LTTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGA

Query:  RRGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQA-
        RRG   +++ATPPQAP  PGSNGGG   +T+A +P NHVQWYYPAGT PTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKL Y+NG  HY+Q+YPGQA 
Subjt:  RRGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQA-

Query:  MVGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNPG
        MVG NTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPT AGPFAAVPPTSIMSKP +VGPNPG
Subjt:  MVGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNPG

A0A6J1CCJ5 probable RNA-binding protein ARP11.53e-182100Show/hide
Query:  MSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRG
        MSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRG
Subjt:  MSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRG

Query:  SRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQAMVGAN
        SRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQAMVGAN
Subjt:  SRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQAMVGAN

Query:  TLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNP
        TLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNP
Subjt:  TLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNP

SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q5ZJX4 RNA-binding protein 383.6e-2257.65Show/hide
Query:  DTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGAR
        DTT TK+FVGGL + T   ++R +FE FG+I EAV+I+D+ TG+S+GYGFVT  D  +A++AC+D  PII+GR+AN NLA LGA+
Subjt:  DTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGAR

Q6GQD3 RNA-binding protein 24-A4.7e-2257.65Show/hide
Query:  DTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGAR
        DTT TK+FVGGL + T   ++R +FE FG+I EAV+I+D+ TG+S+GYGFVT  D  +A++AC+D  PII+GR+AN NLA LGA+
Subjt:  DTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGAR

Q76LC6 RNA-binding protein 242.8e-2258.82Show/hide
Query:  DTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGAR
        DTT TK+FVGGL + T   ++R +FE FGEI EAV+I+D+ TG+S+GYGFVT  D  +A +AC+D  PII+GR+AN NLA LGA+
Subjt:  DTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGAR

Q9BX46 RNA-binding protein 242.8e-2258.82Show/hide
Query:  DTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGAR
        DTT TK+FVGGL + T   ++R +FE FGEI EAV+I+D+ TG+S+GYGFVT  D  +A++AC+D  PII+GR+AN NLA LGA+
Subjt:  DTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGAR

Q9M1S3 Probable RNA-binding protein ARP12.1e-5450.77Show/hide
Query:  SNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRGSRSA
        SNN    FGDT LTKVFVGGLAW+T KEAM DHF K+G+ILEAVIISDKLT RSKGYGFVTFKDA++A +ACED+ PIINGRRANCNLASLG R   R +
Subjt:  SNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRGSRSA

Query:  SAATPPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNG---GGHYSQVYP---------
           T PQ  P  G+      R+T     NH QWYYP+G        Q HQ VPFYGY PS  Y+A ++++N K+ Y+ G    G+Y+Q+ P         
Subjt:  SAATPPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNG---GGHYSQVYP---------

Query:  ---------GQAMVG-ANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFA-AVPPTS
                 G+ MVG A+ ++P Y +Y YHQS A+G       P P+ + P + + PP S
Subjt:  ---------GQAMVG-ANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFA-AVPPTS

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G22910.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein5.7e-3944.72Show/hide
Query:  GLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRGSRSASAAT
        G+  GDTT TKVFVGGLAWET KE M+ HFE+FGEILEAV+I+DK +GRSKGYGFVTF++AE+A+ AC DA P+I+GRRANCNLASLG +R        +
Subjt:  GLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRGSRSASAAT

Query:  PPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTP--FHHQPHQPVPFYGYSP-SPTYIATDISYNHKLSYMNG---GGHYSQVY------PGQAM
         P  P    ++GGGG  +      + +Q  +    PP P  F H PH P+  +GYSP SP Y     S+   L  M G   GG Y  VY       G   
Subjt:  PPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTP--FHHQPHQPVPFYGYSP-SPTYIATDISYNHKLSYMNG---GGHYSQVY------PGQAM

Query:  VGANTLMPMY---------------PLYHYHQSHAMGMPAHIFPPS
          A +  P Y               P YH+  S+    P H  PP+
Subjt:  VGANTLMPMY---------------PLYHYHQSHAMGMPAHIFPPS

AT1G22910.2 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein4.8e-3844.31Show/hide
Query:  GLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRGSRSASAAT
        G+  GDTT TKVFVGGLAWET KE M+ HFE+FGEILEAV+I+DK +GRSKGYGFVTF++AE+A+ AC DA P+I+GRRANCNLASLG +R        +
Subjt:  GLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRGSRSASAAT

Query:  PPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTP--FHHQPHQPVPFYGYSP-SPTYIATDISYNHKLSYMNG---GGHYSQVY------PGQAM
         P  P    ++GGGG  +      + +Q  +    PP P  F H PH P+  +GYSP SP Y     S+   L  M G   GG Y  VY       G   
Subjt:  PPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTP--FHHQPHQPVPFYGYSP-SPTYIATDISYNHKLSYMNG---GGHYSQVY------PGQAM

Query:  VGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGP
          A +  P YP    H       P   F    ++  P    PPT  M +   V P
Subjt:  VGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGP

AT1G22910.3 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein5.7e-3944.72Show/hide
Query:  GLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRGSRSASAAT
        G+  GDTT TKVFVGGLAWET KE M+ HFE+FGEILEAV+I+DK +GRSKGYGFVTF++AE+A+ AC DA P+I+GRRANCNLASLG +R        +
Subjt:  GLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRGSRSASAAT

Query:  PPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTP--FHHQPHQPVPFYGYSP-SPTYIATDISYNHKLSYMNG---GGHYSQVY------PGQAM
         P  P    ++GGGG  +      + +Q  +    PP P  F H PH P+  +GYSP SP Y     S+   L  M G   GG Y  VY       G   
Subjt:  PPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTP--FHHQPHQPVPFYGYSP-SPTYIATDISYNHKLSYMNG---GGHYSQVY------PGQAM

Query:  VGANTLMPMY---------------PLYHYHQSHAMGMPAHIFPPS
          A +  P Y               P YH+  S+    P H  PP+
Subjt:  VGANTLMPMY---------------PLYHYHQSHAMGMPAHIFPPS

AT3G54770.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein1.5e-5550.77Show/hide
Query:  SNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRGSRSA
        SNN    FGDT LTKVFVGGLAW+T KEAM DHF K+G+ILEAVIISDKLT RSKGYGFVTFKDA++A +ACED+ PIINGRRANCNLASLG R   R +
Subjt:  SNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRGSRSA

Query:  SAATPPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNG---GGHYSQVYP---------
           T PQ  P  G+      R+T     NH QWYYP+G        Q HQ VPFYGY PS  Y+A ++++N K+ Y+ G    G+Y+Q+ P         
Subjt:  SAATPPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNG---GGHYSQVYP---------

Query:  ---------GQAMVG-ANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFA-AVPPTS
                 G+ MVG A+ ++P Y +Y YHQS A+G       P P+ + P + + PP S
Subjt:  ---------GQAMVG-ANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFA-AVPPTS

AT3G54770.2 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein5.5e-4245.89Show/hide
Query:  MRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASPN
        M DHF K+G+ILEAVIISDKLT RSKGYGFVTFKDA++A +ACED+ PIINGRRANCNLASLG R   ++ + ATPP                      N
Subjt:  MRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASPN

Query:  HVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNG---GGHYSQVYP------------------GQAMVG-ANTLMPMYPLYHY
        H QWYYP+G        Q HQ VPFYGY PS  Y+A ++++N K+ Y+ G    G+Y+Q+ P                  G+ MVG A+ ++P Y +Y Y
Subjt:  HVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNG---GGHYSQVYP------------------GQAMVG-ANTLMPMYPLYHY

Query:  HQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFA-AVPPTS
        HQS A+G       P P+ + P + + PP S
Subjt:  HQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFA-AVPPTS


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCCTATCTGTCAGCCTCTCTGTCCCTCTGTCTTCTTCCATTTCTTTATTTCCTCTCTCCTCTTATATATCTCTCTCCCTCTCTTCCCCACCACCATTTTCTCACTCCT
CTCCCCCAATTCCTTCTTCGATCGCCGGAATTTAACGACGATGAGCAACAATAGTAACAATGCAGGTTTAATGTTCGGCGACACCACGCTCACGAAGGTGTTCGTCGGCG
GATTGGCGTGGGAGACTCCCAAGGAAGCTATGCGAGATCACTTCGAGAAGTTCGGCGAGATCTTGGAGGCTGTAATCATCTCCGATAAGCTCACCGGCAGATCCAAGGGC
TACGGATTCGTCACGTTTAAGGACGCGGAATCGGCGAAGAAGGCTTGCGAGGACGCCGCGCCGATCATCAACGGCCGCCGAGCCAACTGTAATCTGGCGTCGCTCGGAGC
TCGCCGCGGCTCTCGCTCCGCATCGGCTGCTACTCCTCCCCAAGCTCCTCCGCTACCAGGATCCAACGGCGGTGGGGGGGCGAGGTCCACGTCAGCAGCATCGCCCAACC
ACGTGCAGTGGTACTACCCGGCCGGGACTCCTCCGACGCCGTTTCATCATCAGCCTCATCAGCCCGTCCCGTTCTACGGTTACTCCCCAAGCCCCACCTACATCGCCACG
GATATCAGTTACAACCATAAGCTGAGCTATATGAACGGCGGGGGGCATTACTCGCAGGTGTATCCGGGGCAGGCTATGGTGGGAGCGAACACATTGATGCCGATGTACCC
GCTGTATCACTACCATCAATCACACGCCATGGGGATGCCGGCCCACATATTCCCGCCAAGCCCGACGGCGGCCGGCCCATTCGCCGCCGTCCCACCCACATCCATCATGT
CCAAACCGGCCTCGGTTGGTCCAAATCCAGGT
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGCCTATCTGTCAGCCTCTCTGTCCCTCTGTCTTCTTCCATTTCTTTATTTCCTCTCTCCTCTTATATATCTCTCTCCCTCTCTTCCCCACCACCATTTTCTCACTCCT
CTCCCCCAATTCCTTCTTCGATCGCCGGAATTTAACGACGATGAGCAACAATAGTAACAATGCAGGTTTAATGTTCGGCGACACCACGCTCACGAAGGTGTTCGTCGGCG
GATTGGCGTGGGAGACTCCCAAGGAAGCTATGCGAGATCACTTCGAGAAGTTCGGCGAGATCTTGGAGGCTGTAATCATCTCCGATAAGCTCACCGGCAGATCCAAGGGC
TACGGATTCGTCACGTTTAAGGACGCGGAATCGGCGAAGAAGGCTTGCGAGGACGCCGCGCCGATCATCAACGGCCGCCGAGCCAACTGTAATCTGGCGTCGCTCGGAGC
TCGCCGCGGCTCTCGCTCCGCATCGGCTGCTACTCCTCCCCAAGCTCCTCCGCTACCAGGATCCAACGGCGGTGGGGGGGCGAGGTCCACGTCAGCAGCATCGCCCAACC
ACGTGCAGTGGTACTACCCGGCCGGGACTCCTCCGACGCCGTTTCATCATCAGCCTCATCAGCCCGTCCCGTTCTACGGTTACTCCCCAAGCCCCACCTACATCGCCACG
GATATCAGTTACAACCATAAGCTGAGCTATATGAACGGCGGGGGGCATTACTCGCAGGTGTATCCGGGGCAGGCTATGGTGGGAGCGAACACATTGATGCCGATGTACCC
GCTGTATCACTACCATCAATCACACGCCATGGGGATGCCGGCCCACATATTCCCGCCAAGCCCGACGGCGGCCGGCCCATTCGCCGCCGTCCCACCCACATCCATCATGT
CCAAACCGGCCTCGGTTGGTCCAAATCCAGGT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MPICQPLCPSVFFHFFISSLLLYISLPLFPTTIFSLLSPNSFFDRRNLTTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKG
YGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGARSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIAT
DISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQAMVGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNPG