; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MC11g0527 (gene) of Bitter gourd (Dali-11) v1 genome

Gene IDMC11g0527
OrganismMomordica charantia cv. Dali-11 (Bitter gourd (Dali-11) v1)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like
Genome locationMC11:4082515..4085474
RNA-Seq ExpressionMC11g0527
SyntenyMC11g0527
Gene Ontology termsGO:0000398 - mRNA splicing, via spliceosome (biological process)
GO:0016607 - nuclear speck (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR001878 - Zinc finger, CCHC-type
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily
IPR036875 - Zinc finger, CCHC-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7037569.1 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]3.35e-11697.19Show/hide
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TYK31362.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A-like isoform X1 [Cucumis melo var. makuwa]1.78e-11697.74Show/hide
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XP_004136307.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22 [Cucumis sativus]8.12e-11896.13Show/hide
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XP_008466294.1 PREDICTED: serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A [Cucumis melo]9.34e-11898.31Show/hide
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XP_022133130.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Momordica charantia]1.55e-121100Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LEI3 Uncharacterized protein3.93e-11896.13Show/hide
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A0A1S3CQW5 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A4.52e-11898.31Show/hide
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A0A5D3E624 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A-like isoform X18.63e-11797.74Show/hide
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A0A6J1BUF4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like7.48e-122100Show/hide
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A0A6J1FS77 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like2.39e-11697.19Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O81126 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ221.1e-6876.53Show/hide
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Q69KL9 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A2.7e-6273.91Show/hide
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        GHFARECRLR G GG G G      R RSRSPRYRRSPSYGRRSYSP GRSPRRRS+SP R RSYSRSP Y RGR+E P Y NG
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Q6K4N0 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ216.7e-6171.98Show/hide
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        GHFARECRLR G GG G G      R RSRSP+YR+SP+YGRRSYSPR RSPRRRS+SP RGRSYSRSP  RGR   PYA+G
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Q6K9C3 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ232.0e-5765.22Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ RE+EDEFRVFGV+RSVWVAR+PPG+AFIDFDD RDA DAI +LDGKNGWRVELS  +   G GR   GR RSGGSD+KCYECGEP
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Query:  EELPYAN
        EE PYAN
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Q9SJA6 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A3.3e-6877.72Show/hide
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        YECGE GHFARECR RGG G      GRRRSRS     PRYR+SP+Y GRRSYSPR RS   PRRRS SPRGR+YSRS PPYR R+E+PYANG
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23860.1 RS-containing zinc finger protein 213.0e-5665.82Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ERELEDEF+ FGV+R+VWVARRPPGYAF++FDD RDA DAI  LD KNGWRVELSH  +   GGRGGGG  R G  D KCYECGE 
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AT1G23860.2 RS-containing zinc finger protein 213.0e-5665.82Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ERELEDEF+ FGV+R+VWVARRPPGYAF++FDD RDA DAI  LD KNGWRVELSH  +   GGRGGGG  R G  D KCYECGE 
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        GHFARECR        G G+ RRRS SPR RRSP YG  RRS SPRGR   PRRRS++P  RGRSYSRSPPYRG                 PYANG
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AT2G24590.1 RNA recognition motif and CCHC-type zinc finger domains containing protein2.4e-6977.72Show/hide
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        YECGE GHFARECR RGG G      GRRRSRS     PRYR+SP+Y GRRSYSPR RS   PRRRS SPRGR+YSRS PPYR R+E+PYANG
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AT4G31580.1 serine/arginine-rich 228.1e-7076.53Show/hide
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        CYECGE GHFARECR R       GG GRRRS+S     PRYRRSPSYGRRSYSPR RS   PRRRS SP   RGRSYSRS PPYR REE+PYANG
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AT4G31580.2 serine/arginine-rich 228.1e-7076.53Show/hide
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        CYECGE GHFARECR R       GG GRRRS+S     PRYRRSPSYGRRSYSPR RS   PRRRS SP   RGRSYSRS PPYR REE+PYANG
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTCTCGCGTGTATGTTGGGAACTTGGATCCAAGGGTTTCTGAGCGCGAGCTTGAAGATGAATTTCGTGTTTTTGGAGTTATTCGAAGTGTATGGGTTGCACGAAGGCC
CCCAGGTTATGCCTTCATAGATTTTGATGACCCCAGAGATGCAAGGGATGCAATCCATGAATTAGATGGAAAGAATGGCTGGAGAGTTGAGCTTTCTCACAATTCTAGAG
GTGGGGGCGGTGGCCGTGGCGGAGGGGGTCGTGGTCGTTCTGGTGGTTCTGATTTGAAATGCTACGAGTGTGGTGAGCCTGGGCATTTTGCTCGTGAATGTCGTTTACGT
GGCGGCGGCGGCGGCGGCGGTGGTGGTGCAGGAAGAAGACGTAGCCGCAGTCCTCGATACCGTCGGAGTCCAAGTTATGGTCGCAGGAGTTATAGTCCCCGTGGAAGATC
CCCAAGACGCCGCAGCTTGTCACCTCGTGGGCGTAGCTATAGCAGATCTCCTCCATACCGTGGAAGAGAGGAGCTGCCTTATGCCAATGGG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
TAACTTTTCAAGTAGATATGACATAATTATATAAATTAATTAATAAAATTCGATACACGTTTTTAAGTTGCAAGTATTTTGTCGGATGTCCCCGACCCCGAAGGGACAAG
TTCCGGATAAAAATACTATTGAATGAAAAAAAAAATTCCAAGTAAAAATTGATTTTTGCTTAGAAAAAGATAAAAGAAAAAAAAGCCCACGAACGGGAGGTTAAATATTA
GAATACGTCGAAATTTTGGGGTAATCTATTAATTTCAATATTTGCAAGGAGTCCGACCTAAATTTGCCGGATATATAATTCAATCCGTAGTACGCGAAAACCAAAATATC
TGAAGCTTGGAGAGAGAAACCCGTCGGGCTGCTAGGGTTTTTACGGTGCCTGCATCGTCGGCTCCGATCTGTTCGTTTATCGAAAAAAGATGTCTCGCGTGTATGTTGGG
AACTTGGATCCAAGGGTTTCTGAGCGCGAGCTTGAAGATGAATTTCGTGTTTTTGGAGTTATTCGAAGTGTATGGGTTGCACGAAGGCCCCCAGGTTATGCCTTCATAGA
TTTTGATGACCCCAGAGATGCAAGGGATGCAATCCATGAATTAGATGGAAAGAATGGCTGGAGAGTTGAGCTTTCTCACAATTCTAGAGGTGGGGGCGGTGGCCGTGGCG
GAGGGGGTCGTGGTCGTTCTGGTGGTTCTGATTTGAAATGCTACGAGTGTGGTGAGCCTGGGCATTTTGCTCGTGAATGTCGTTTACGTGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGT
GGTGGTGCAGGAAGAAGACGTAGCCGCAGTCCTCGATACCGTCGGAGTCCAAGTTATGGTCGCAGGAGTTATAGTCCCCGTGGAAGATCCCCAAGACGCCGCAGCTTGTC
ACCTCGTGGGCGTAGCTATAGCAGATCTCCTCCATACCGTGGAAGAGAGGAGCTGCCTTATGCCAATGGG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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GGGGGGGGGAGRRRSRSPRYRRSPSYGRRSYSPRGRSPRRRSLSPRGRSYSRSPPYRGREELPYANG