CuGenDBv2

Gene ID	MELO3C003218
Organism	Cucumis melo DHL92 (Melon (DHL92) v4)
Description	Tubulin beta chain
Genome location	chr08:31840519..31842672
RNA-Seq Expression	MELO3C003218
Synteny	MELO3C003218
Gene Ontology terms	GO:0000226 - microtubule cytoskeleton organization (biological process) GO:0000278 - mitotic cell cycle (biological process) GO:0005737 - cytoplasm (cellular component) GO:0005874 - microtubule (cellular component) GO:0003924 - GTPase activity (molecular function) GO:0005200 - structural constituent of cytoskeleton (molecular function) GO:0005525 - GTP binding (molecular function)
InterPro domains	IPR000217 - Tubulin IPR002453 - Beta tubulin IPR003008 - Tubulin/FtsZ, GTPase domain IPR008280 - Tubulin/FtsZ, C-terminal IPR018316 - Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain IPR023123 - Tubulin, C-terminal IPR036525 - Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily IPR037103 - Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain

Homology

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QBA97746.1 tubulin beta chain [Cucurbita pepo]

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A0A0A0L2I9 Tubulin beta chain

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P29516 Tubulin beta-8 chain

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P37392 Tubulin beta-1 chain

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Q40106 Tubulin beta-2 chain

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Q40665 Tubulin beta-3 chain

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Q8H7U1 Tubulin beta-2 chain

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Arabidopsis top hits

e value

%identity

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5.6e-164

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AT5G23860.1 tubulin beta 8

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AT5G23860.2 tubulin beta 8

4.6e-166

97.65

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2.5e-164

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AT5G62700.1 tubulin beta chain 3

2.5e-164

96.95

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Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGGAACTCTTTTGATTTCCAAGATTAGAGAAGAATACCCCGACAGGATGATGCTTACCTTCTCTGTCTTTCCATCTCCCAAAGTGTCTGATACTGTTGTTGAA
CCTTACAACGCTACTCTATCAGTTCATCAACTAGTTGAAAATGCAGATGAGTGCATGGTTCTTGACAACGAAGCTCTTTATGATATCTGCTTCCGTACTCTCAAG
CTCACCACTCCAAGCTTTGGTGATTTGAACCATTTGATCTCTGCAACAATGTCCGGTGTGACTTGCTGTTTGAGATTCCCGGGACAACTCAACTCCGATCTCAGA
AAGCTAGCCGTTAATCTCATTCCATTCCCTCGTCTCCACTTTTTCATGGTGGGTTTTGCTCCTCTCACATCTCGTGGTTCCCAGCAATACAGAGCTCTGACTGTT
CCCGAGCTTACCCAACAAATGTGGGATGCCAAGAACATGATGTGTGCTGCTGACCCACGACACGGACGCTACTTAACCGCCTCTGCTATGTTTAGAGGGAAGATG
AGTACTAAGGAAGTAGATGAACAAATGCTCAATGTGCAAAACAAAAACTCTTCTTACTTCGTTGAGTGGATTCCAAACAATGTCAAGTCGACTGTTTGTGATATC
CCTCCAACTGGTTTGAAGATGGCATCTACCTTCATTGGAAATTCCACATCAATTCAGGAAATGTTCCGCCGTGTGAGCGAGCAATTCACTGCCATGTTTAGACGA
AAAGCTTTCTTGCATTGGTACACAGGAGAAGGAATGGACGAGATGGAGTTCACTGAAGCTGAAAGTAACATGAATGATCTTGTTTCTGAGTACCAGCAGTACCAA
GACGCCACAGCCGAAGATGAGTATTACGAAGAAGAAGATGATGACGTTGAAGATAATGTGTAA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

CCCTTTATAACCAAACCCTTCATTTCTCTCTGTAAAGAGATTTCTCTTCACTCTCTCTCCCTCTCTGTCCCTACAAACCTCATTTCATTTCTCTCCATCCCCCCA
ATTCCTTCTCCCAAAATGAGAGAAATCCTTCATGTTCAAGGTGGCCAATGTGGTAACCAGATCGGTGCTAAGTTCTGGGAAGTTGTTTGTGCCGAGCATGGCATT
GACACTACCGGAAAGTACCAGGGAGATTCCGATCTTCAGCTTGAGAGGATCAATGTTTACTACAATGAAGCCAGTTGTGGTAGGTATGTACCTCGTGCCGTTCTT
ATGGATCTTGAGCCTGGTACTATGGATAGTATCAGATCTGGCCTTTATGGACAGATCTTTAGGCCCGATAACTTTGTTTTTGGTCAATCTGGTGCTGGAAACAAC
TGGGCTAAAGGTCATTACACTGAAGGTGCTGAACTTATTGATTCCGTTCTCGATGTTGTACGCAAGGAGGCCGAGAATTGTGATTGCTTGCAAGGTTGGCTCTCC
ACCTCACTCTCTTTCTGGTTGTGTTTTTTTTTTTCTTTTTGTACTTATCTCTTTTATTTTGGCTGAACGTTGGTGCGGTTTTGGGGTTTTTAGGGTTTCAGGTGT
GCCACTCTCTAGGAGGAGGAACTGGATCTGGAATGGGAACTCTTTTGATTTCCAAGATTAGAGAAGAATACCCCGACAGGATGATGCTTACCTTCTCTGTCTTTC
CATCTCCCAAAGTGTCTGATACTGTTGTTGAACCTTACAACGCTACTCTATCAGTTCATCAACTAGTTGAAAATGCAGATGAGTGCATGGTTCTTGACAACGAAG
CTCTTTATGATATCTGCTTCCGTACTCTCAAGCTCACCACTCCAAGCTTTGGTGATTTGAACCATTTGATCTCTGCAACAATGTCCGGTGTGACTTGCTGTTTGA
GATTCCCGGGACAACTCAACTCCGATCTCAGAAAGCTAGCCGTTAATCTCATTCCATTCCCTCGTCTCCACTTTTTCATGGTGGGTTTTGCTCCTCTCACATCTC
GTGGTTCCCAGCAATACAGAGCTCTGACTGTTCCCGAGCTTACCCAACAAATGTGGGATGCCAAGAACATGATGTGTGCTGCTGACCCACGACACGGACGCTACT
TAACCGCCTCTGCTATGTTTAGAGGGAAGATGAGTACTAAGGAAGTAGATGAACAAATGCTCAATGTGCAAAACAAAAACTCTTCTTACTTCGTTGAGTGGATTC
CAAACAATGTCAAGTCGACTGTTTGTGATATCCCTCCAACTGGTTTGAAGATGGCATCTACCTTCATTGGAAATTCCACATCAATTCAGGAAATGTTCCGCCGTG
TGAGCGAGCAATTCACTGCCATGTTTAGACGAAAAGCTTTCTTGCATTGGTACACAGGAGAAGGAATGGACGAGATGGAGTTCACTGAAGCTGAAAGTAACATGA
ATGATCTTGTTTCTGAGTACCAGCAGTACCAAGACGCCACAGCCGAAGATGAGTATTACGAAGAAGAAGATGATGACGTTGAAGATAATGTGTAAGAAGAAGATA
GTATAATGATGGGGTTTTATGAATGATGTTTGTAGGGATGTAATATGTTGCAACTCTTGCAACTATCTGTTGCCAGTCATGTGGATTTGTCTATTTTTCTGTTGT
CTTTTATTATGTGCTTGACTTTTGAACTGATTTTGTCTTCGGACAGTTGAATTTTTAACCTACATAATATGAATTTTGTTCGAATCCCATATGTGAAACATCACT
TTTGATTTAAATAGCCGCGCACGGTAGACATGTGTTACTGTTCTTTGTTCTCTTGTTTGGTAGTGTTGAATTATTTGATCAAATACATTGAAGA

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MGTLLISKIREEYPDRMMLTFSVFPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENADECMVLDNEALYDICFRTLKLTTPSFGDLNHLISATMSGVTCCLRFPGQLNSDLR
KLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMWDAKNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKSTVCDI
PPTGLKMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATAEDEYYEEEDDDVEDNV

MELO3C003218 (gene) of Melon (DHL92) v4 genome