; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MELO3C004748 (gene) of Melon (DHL92) v4 genome

Gene IDMELO3C004748
OrganismCucumis melo DHL92 (Melon (DHL92) v4)
DescriptionCollagen triple helix repeat
Genome locationchr12:10816409..10817549
RNA-Seq ExpressionMELO3C004748
SyntenyMELO3C004748
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
CAB4159571.1 Collagen triple helix repeat, partial [uncultured Caudovirales phage]3.9e-0943.95Show/hide
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        +    G       GT GI + G   TSGI+G+ GTSG    G   TSGI+G+ G SGI GTSG  T GI G SG  G +G+ G      TDG  G+SGI+
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           GT G+    G  GI   G  GT+GI+G  GT G  T G  G  G   DGT G D
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NBR25198.1 calcium-binding protein [Micrococcales bacterium]8.7e-0944.17Show/hide
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        G +G+ G  G S +D   GT G      T GI  TSG++G  GTSG    G   TSGI+G  G SG+    GTSG  T G+ G SGI+G  GT G+  T 
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Query:  GILGTSGIESKEGTFGI-GMFGIVTGGVLGTNGIEGNKGTFGIVTGGMLGRRGELIDGTEGND
        GI GTSGI+   GT GI G  G    G  GT+G++G  GT G+   G+ G  G   DGT G +
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TMW66081.1 hypothetical protein Poli38472_003846 [Pythium oligandrum]5.6e-0839.22Show/hide
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        G+TG++G        GG  V  + G +G++ TGG+L  SG+ G  G  G + TGG+L  SG+ G  G+ G+ +    TGG+LG SG+    G  G + T 
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Query:  GILGTSGIESKEGTFGIGMFGIVTGGVLGTNGIEGNKGTFGIV-TGGMLGRRG
        G+LG SG+    G  G     + TGGVLG +G+ G  G  G++ TGG+LG  G
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WP_135552024.1 collagen-like protein, partial [Desulfosporosinus fructosivorans]1.0e-0949.65Show/hide
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        I+GT GI  T GI  T GI+G +GT G + T GI  T GI+G +G  GI GT G + T GI G  GI+G +G  GI  T GI GT GI+  +GT GI G 
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Query:  FGIV-TGGVLGTNGIEGNKGTFGIV-TGGMLGRRGELIDGTEG
         GI  T G+ GT GI+G +GT GI  T G+ G +G  I GT+G
Subjt:  FGIV-TGGVLGTNGIEGNKGTFGIV-TGGMLGRRGELIDGTEG

XP_031739036.1 collagen alpha-1(IV) chain [Cucumis sativus]1.3e-1755.13Show/hide
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        M GI  TGILGRGGKSVD IEGT+G  +V G IL  +GIE NEGT G + GG L T G EGN+G  GI       GG LGM G E NEG  GI+  G LG
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Query:  TSGIESKEGTFGIGMFGIVTGGVLGTNGIEGNKGTFGIVTGGMLGRRGELIDGTEG
        T G +  EGT GI       GG LGT G EGN+GT GI+ GG LG  G   +G EG
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LY65 Uncharacterized protein8.5e-1853.16Show/hide
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        M GI  TGILGRGGKSVD IEGT+G  +V G IL  +GIE NEGT G + GG L T G EGN+G  G      V GG LG  G EGNEGT G++  G LG
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Query:  TSGIESKEGTFGIGMFGIVTGGVLGTNGIEGNKGTFGIVTG--GMLGRRGELIDGTEG
        T G +  EGT GI       GG LGT G EGN+GT G++ G  G +G +G   +GT G
Subjt:  TSGIESKEGTFGIGMFGIVTGGVLGTNGIEGNKGTFGIVTG--GMLGRRGELIDGTEG

A0A0F8AK28 Spectrin beta chain, brain 11.1e-0947.34Show/hide
Query:  LGITGILGRGGKSVDRIEGTLGIVTGGILETSGIEGNEGTSGKVTGGILETSGIEGNKGMSGIGTSGKV-TGGILGMSGIEGNEGTFGIV-------TDG
        +G  GI+   G  ++ IEGT+G V  GI+ T GIEG EGT G V  GI+ T GIEG +G   +GT G V T GI+G+ GIEG  GT G V       T G
Subjt:  LGITGILGRGGKSVDRIEGTLGIVTGGILETSGIEGNEGTSGKVTGGILETSGIEGNKGMSGIGTSGKV-TGGILGMSGIEGNEGTFGIV-------TDG

Query:  ILGTSGIESKEGTFG-IGMFGIV-TGGVLGTNGIEGNKGTFGIV-------TGGMLGRRG-ELIDGTEG
        I+G  GIE   GT G +G+ GIV T G++G  GIEG  GT G V       T G++G  G E I GT G
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A0A4Z0R0A4 Collagen-like protein (Fragment)5.0e-1049.65Show/hide
Query:  IEGTLGIV-TGGILETSGIEGNEGTSG-KVTGGILETSGIEGNKGMSGI-GTSG-KVTGGILGMSGIEGNEGTFGIV-TDGILGTSGIESKEGTFGI-GM
        I+GT GI  T GI  T GI+G +GT G + T GI  T GI+G +G  GI GT G + T GI G  GI+G +G  GI  T GI GT GI+  +GT GI G 
Subjt:  IEGTLGIV-TGGILETSGIEGNEGTSG-KVTGGILETSGIEGNKGMSGI-GTSG-KVTGGILGMSGIEGNEGTFGIV-TDGILGTSGIESKEGTFGI-GM

Query:  FGIV-TGGVLGTNGIEGNKGTFGIV-TGGMLGRRGELIDGTEG
         GI  T G+ GT GI+G +GT GI  T G+ G +G  I GT+G
Subjt:  FGIV-TGGVLGTNGIEGNKGTFGIV-TGGMLGRRGELIDGTEG

A0A6J5KT28 Collagen triple helix repeat3.6e-0836.71Show/hide
Query:  LGITGILGRGGKSVDRIEGTLGIVTGGILETSGIEGNEGTSGKVTGGILETSGIEGNKGMSGIGTSGKVTGGILGMSGIEGNEGTFGIVTDGILGTSGIE
        +G  G+ G  G      +GT+G  T G + + G+ G +GTSG  T G + + G  G++G  G GT G V     G  G+ G +GT G    G+ GT G  
Subjt:  LGITGILGRGGKSVDRIEGTLGIVTGGILETSGIEGNEGTSGKVTGGILETSGIEGNKGMSGIGTSGKVTGGILGMSGIEGNEGTFGIVTDGILGTSGIE

Query:  SKEGTFGIGMFGIV-------TGGVLGTNGIEGNKGTFGIVTGGMLGRRGELIDGTEG
          +GT G G  G V       T G LGT G  G +GT G  T G +G +G +  GT+G
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A0A6J5NQC0 Collagen triple helix repeat (Fragment)1.9e-0943.95Show/hide
Query:  ILGRGGKSVDRIEGTLGIVTGGILETSGIEGNEGTSGKVTGGILETSGIEGNKGMSGI-GTSGKVTGGILGMSGIEGNEGTFGIV----TDGILGTSGIE
        +    G       GT GI + G   TSGI+G+ GTSG    G   TSGI+G+ G SGI GTSG  T GI G SG  G +G+ G      TDG  G+SGI+
Subjt:  ILGRGGKSVDRIEGTLGIVTGGILETSGIEGNEGTSGKVTGGILETSGIEGNKGMSGI-GTSGKVTGGILGMSGIEGNEGTFGIV----TDGILGTSGIE

Query:  SKEGTFGI----GMFGIVTGGVLGTNGIEGNKGTFGIVTGGMLGRRGELIDGTEGND
           GT G+    G  GI   G  GT+GI+G  GT G  T G  G  G   DGT G D
Subjt:  SKEGTFGI----GMFGIVTGGVLGTNGIEGNKGTFGIVTGGMLGRRGELIDGTEGND

SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCTCGGGATAACTGGAATATTAGGAAGGGGAGGAAAATCGGTGGATAGAATAGAAGGAACGTTGGGGATAGTAACAGGTGGAATATTAGAGACAAGTGGAATCGAAGG
CAATGAAGGAACGTCCGGGAAAGTAACGGGTGGAATATTAGAGACAAGTGGAATTGAAGGCAATAAAGGAATGTCTGGGATAGGAACGTCCGGGAAAGTAACAGGTGGAA
TATTAGGGATGAGTGGAATCGAAGGTAATGAAGGAACGTTCGGGATAGTAACGGATGGAATATTAGGGACGAGTGGAATCGAAAGCAAAGAAGGAACGTTCGGGATAGGA
ATGTTTGGAATAGTAACAGGTGGAGTATTAGGCACGAATGGAATCGAAGGCAATAAAGGAACGTTTGGGATAGTAACCGGTGGAATGTTAGGGAGGAGAGGTGAACTGAT
TGATGGAACAGAAGGCAATGATTGTTGGAGATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
AACACTGAATAATTTTCACTCATAGTAATTTTTTATTCAAATATACGACATTTTAAAGTTACATAATAGGAGCTTACATGATTGATTAGAAAGAACTTGAAGCAAATAAA
ATTCCACCAGGAAACCTCATGCTTGAAAATTCGAGTCTAGAGAAGCTACACTTCTTTGATAATGCACACAAGTATGTTGTCAAAGGTGGAATACTGAGGGGGAGACAAGT
TGGATTCGAGGAAATATAAAGAGTGAATGGATAACAGTATTTGGTGCATACTAGGGAGTGGAAGGAATGCTCGGGATAACTGGAATATTAGGAAGGGGAGGAAAATCGGT
GGATAGAATAGAAGGAACGTTGGGGATAGTAACAGGTGGAATATTAGAGACAAGTGGAATCGAAGGCAATGAAGGAACGTCCGGGAAAGTAACGGGTGGAATATTAGAGA
CAAGTGGAATTGAAGGCAATAAAGGAATGTCTGGGATAGGAACGTCCGGGAAAGTAACAGGTGGAATATTAGGGATGAGTGGAATCGAAGGTAATGAAGGAACGTTCGGG
ATAGTAACGGATGGAATATTAGGGACGAGTGGAATCGAAAGCAAAGAAGGAACGTTCGGGATAGGAATGTTTGGAATAGTAACAGGTGGAGTATTAGGCACGAATGGAAT
CGAAGGCAATAAAGGAACGTTTGGGATAGTAACCGGTGGAATGTTAGGGAGGAGAGGTGAACTGATTGATGGAACAGAAGGCAATGATTGTTGGAGATGACGTCCTGCTT
CACTCCCTTTGATGGTTGTTGATGATAGAGTTATAAATACAAGAACAAGGATTAAGAAGCTTTTATCGGAAGCCATGATAGATAAATGTTTACTTCAACTTACAATGATA
TCGTAAACATACGTTTGGGGGTTTTTATATCCAAGGTTATGCATCCATTGGTAGCTAGGCTTAATTGGCGGTCCACTATTTGCTAGCATTATTGATTATTATCATTATTA
TGATTACATTTTTCTTTTTTAATTTAAGAAATATTGTTTGAAACTTTTACAATTTCTTTTTTGTTGGTACATTTTTTTATAATTTAAGAAAACATTGTTTTGTACTTTAG
CTATCTATTATTTTATATTTTAGTGAAATTTCAAATGTCAT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MLGITGILGRGGKSVDRIEGTLGIVTGGILETSGIEGNEGTSGKVTGGILETSGIEGNKGMSGIGTSGKVTGGILGMSGIEGNEGTFGIVTDGILGTSGIESKEGTFGIG
MFGIVTGGVLGTNGIEGNKGTFGIVTGGMLGRRGELIDGTEGNDCWR