CuGenDBv2

Gene ID	MELO3C004868
Organism	Cucumis melo DHL92 (Melon (DHL92) v4)
Description	Histone H2B
Genome location	chr12:8278023..8278513
RNA-Seq Expression	MELO3C004868
Synteny	MELO3C004868
Gene Ontology terms	GO:0006334 - nucleosome assembly (biological process) GO:0000786 - nucleosome (cellular component) GO:0005634 - nucleus (cellular component) GO:0003677 - DNA binding (molecular function) GO:0046982 - protein heterodimerization activity (molecular function)
InterPro domains	NA

Homology

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GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

CAA7036784.1 unnamed protein product [Microthlaspi erraticum]

7.3e-26

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KAG6570722.1 Histone H2B.6, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

7.3e-26

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XP_022152883.1 histone H2B.7 [Momordica charantia]

7.3e-26

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XP_022937557.1 histone H2B-like [Cucurbita moschata]

7.3e-26

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XP_023738036.1 probable histone H2B.1 [Lactuca sativa]

7.3e-26

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TrEMBL top hits

e value

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A0A0A0LV55 Histone H2B

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A0A178WBK5 Histone H2B

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A0A6J5XGW8 Histone H2B

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M5W0M7 Histone H2B

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M5WDD7 Histone H2B

3.6e-26

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SwissProt top hits

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P40283 Histone H2B.11

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Q1S9I9 Probable histone H2B.1

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Q1SU99 Probable histone H2B.3

2.1e-28

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Q9LQQ4 Histone H2B.1

9.6e-29

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Q9SI96 Histone H2B.3

2.1e-28

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Arabidopsis top hits

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AT1G07790.1 Histone superfamily protein

6.8e-30

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AT2G28720.1 Histone superfamily protein

1.5e-29

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AT2G37470.1 Histone superfamily protein

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AT5G02570.1 Histone superfamily protein

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AT5G59910.1 Histone superfamily protein

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Sequences

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CDS sequence

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ATGGGTATTATGAACAGTTTTATCAACGACATTTTCGAGAAGCTCGCTCAGGAATCCTCAAAGCTCGCTCGCTACAACAAAAAGCCGACCATAACCTCTCGGGAGATCCA
AACGGCTGTGCGCCTTGTTCTTCCTGGTGAGTTGGCTAAACACGCCGTCTCTGAGGGTACCAAGGCTGTTACCAAGTTTACTAGCTCTTAG

mRNA sequence

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CCCGATATTGGAATCTCCAGCAAAGCCATGGGTATTATGAACAGTTTTATCAACGACATTTTCGAGAAGCTCGCTCAGGAATCCTCAAAGCTCGCTCGCTACAACAAAAA
GCCGACCATAACCTCTCGGGAGATCCAAACGGCTGTGCGCCTTGTTCTTCCTGGTGAGTTGGCTAAACACGCCGTCTCTGAGGGTACCAAGGCTGTTACCAAGTTTACTA
GCTCTTAGATTCACAGATTAGGGTTTTCTTGTGTAAAAAGCGGCCTGATTGTTCTGAATCGTTGACTTAGCTTCCTTTTTGTTGCATATTTTGGAATCAATTGAATGAAA
AGTCGGTTTTTGTTAAGCGATTTCTCTATTTTCCTTCTTAATTTTATATTGTACTCTGTCCAATGGAACTCTGAAGATTGCTTCCTCTTTTGTCTATGGCTTGATGAGTT
CATGTAGTCGCGCATTTTTAGCAATTAAAATCGAAATTTTAAATTCTTTTC

Protein sequence

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MGIMNSFINDIFEKLAQESSKLARYNKKPTITSREIQTAVRLVLPGELAKHAVSEGTKAVTKFTSS

MELO3C004868 (gene) of Melon (DHL92) v4 genome