; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MELO3C012008 (gene) of Melon (DHL92) v4 genome

Gene IDMELO3C012008
OrganismCucumis melo DHL92 (Melon (DHL92) v4)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor RSZ21
Genome locationchr10:3304955..3307542
RNA-Seq ExpressionMELO3C012008
SyntenyMELO3C012008
Gene Ontology termsGO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR001878 - Zinc finger, CCHC-type
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily
IPR036875 - Zinc finger, CCHC-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7012825.1 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]9.6e-9396.28Show/hide
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TYK15593.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 isoform X1 [Cucumis melo var. makuwa]8.1e-100100Show/hide
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XP_008446226.1 PREDICTED: serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Cucumis melo]8.4e-97100Show/hide
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XP_011655636.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Cucumis sativus]6.0e-9598.93Show/hide
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XP_023004543.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like [Cucurbita maxima]7.4e-9397.33Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3BEJ4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ214.1e-97100Show/hide
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A0A5D3CUM7 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 isoform X13.9e-100100Show/hide
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A0A6J1G1N9 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like isoform X15.7e-9195.16Show/hide
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A0A6J1GX57 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like2.6e-9196.79Show/hide
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A0A6J1KZV2 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like3.6e-9397.33Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O81126 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ227.2e-5969.5Show/hide
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O81127 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ212.0e-6471.5Show/hide
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Q69KL9 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A6.3e-5565.97Show/hide
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Q6K4N0 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ212.3e-5264.55Show/hide
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Q9SJA6 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A7.2e-5968.04Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23860.1 RS-containing zinc finger protein 211.4e-6571.5Show/hide
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AT1G23860.2 RS-containing zinc finger protein 211.4e-6571.5Show/hide
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AT1G23860.4 RS-containing zinc finger protein 211.7e-6370Show/hide
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AT2G24590.1 RNA recognition motif and CCHC-type zinc finger domains containing protein5.1e-6068.04Show/hide
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AT4G31580.1 serine/arginine-rich 225.1e-6069.5Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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TCCAGGATATGCGTTTATTGAGTTTGATGATCGCAGGGATGCTCTAGATGCAATACAAGCTTTGGATGGAAAAAATGGTTGGCGTGTGGAGCTTTCTCACAACTCTAAAG
GTGGGGGAGGAGGTGGTGGTCGTCGTGGCCGTGGTGCTGGCGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGATTTGAAATGTTATGAATGTGGTGAGCCTGGACATTTTGCTCGTGAA
TGCCGTTCACGTGGGGGCTCACGAGGTGTAGGAGGTGGTCTGCGTCGTAGTCCTTCTCCTCGGCGTCGTCGGAGTCCAAGCTATGAAAGATATGGCCGCAGGAGTAACAG
TCCTCGTGGTAAAAGATCCCCACGACGTCGCAGCATTACACCTCCTAAGCGCGGTCGTAGCTACAGCAGATCTCCTCCATACCGTCATGCTCGTCGTGCTTCGCCTTATG
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mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
GTGTTGTGTTATTCCCATCCCAAGTTTTTTTTTTTAGATTAAACTCTAACTCCTCTCCGTCTCCATTGTTTTTTTGTTTATTTATTGGGATGATTTGTTTTCTCAAACTA
GCATCTCATTGTTTATCAGGCGGTTCTTCGCTCATTCGTTACAATGACTAGAGTTTATATTGGTAATCTGGATCCACGCGTTACAGAGAGGGATCTCGAAGATGAATTTC
GAATGTTCGGTGTTCTTAGGAGTGTTTGGGTTGCTAGAAGGCCTCCAGGATATGCGTTTATTGAGTTTGATGATCGCAGGGATGCTCTAGATGCAATACAAGCTTTGGAT
GGAAAAAATGGTTGGCGTGTGGAGCTTTCTCACAACTCTAAAGGTGGGGGAGGAGGTGGTGGTCGTCGTGGCCGTGGTGCTGGCGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGATTT
GAAATGTTATGAATGTGGTGAGCCTGGACATTTTGCTCGTGAATGCCGTTCACGTGGGGGCTCACGAGGTGTAGGAGGTGGTCTGCGTCGTAGTCCTTCTCCTCGGCGTC
GTCGGAGTCCAAGCTATGAAAGATATGGCCGCAGGAGTAACAGTCCTCGTGGTAAAAGATCCCCACGACGTCGCAGCATTACACCTCCTAAGCGCGGTCGTAGCTACAGC
AGATCTCCTCCATACCGTCATGCTCGTCGTGCTTCGCCTTATGCTAATGGGTATGCCTTACTTCCAAGTCATGAGAATTATTCACAAAAACTGTTTAGTTACTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MTRVYIGNLDPRVTERDLEDEFRMFGVLRSVWVARRPPGYAFIEFDDRRDALDAIQALDGKNGWRVELSHNSKGGGGGGGRRGRGAGGGGGGGDDLKCYECGEPGHFARE
CRSRGGSRGVGGGLRRSPSPRRRRSPSYERYGRRSNSPRGKRSPRRRSITPPKRGRSYSRSPPYRHARRASPYANGYALLPSHENYSQKLFSY