; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MELO3C018454 (gene) of Melon (DHL92) v4 genome

Gene IDMELO3C018454
OrganismCucumis melo DHL92 (Melon (DHL92) v4)
DescriptionCold regulated protein 27, putative isoform 2
Genome locationchr01:418396..422426
RNA-Seq ExpressionMELO3C018454
SyntenyMELO3C018454
Gene Ontology termsGO:0009409 - response to cold (biological process)
GO:0042752 - regulation of circadian rhythm (biological process)
InterPro domainsIPR044678 - Cold-regulated protein 27/28


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0031301.1 Cold regulated protein 27, putative isoform 2 [Cucumis melo var. makuwa]2.3e-136100Show/hide
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XP_008454953.1 PREDICTED: uncharacterized protein LOC103495241 isoform X2 [Cucumis melo]2.4e-10984.19Show/hide
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XP_038887003.1 cold-regulated protein 27 isoform X1 [Benincasa hispida]1.3e-9474.9Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0K7Z2 Uncharacterized protein6.4e-12490.12Show/hide
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A0A1S3BZQ8 uncharacterized protein LOC103495241 isoform X21.2e-10984.19Show/hide
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A0A1S3BZU8 uncharacterized protein LOC103495241 isoform X13.4e-141100Show/hide
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A0A5D3C4A3 Cold regulated protein 27, putative isoform 21.1e-136100Show/hide
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A0A6J1GJA3 uncharacterized protein LOC111454842 isoform X23.8e-9270.7Show/hide
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        KQKMRRKPIM + SSSE MVLQDASWQKAN+GR DPLLDKTADSPAILED+WINHFPSAG QC+LET D+LEECGSCSDR HIR+ TNS  SAR+SQQ  
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        PCC +S+TI+TEVSDQNFVD  PGELS G P  KRLKKASS    N +V P+KRLS
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q8L8T7 Cold-regulated protein 273.6e-0729.41Show/hide
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Q8L983 Cold-regulated protein 286.8e-0631.5Show/hide
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        ++   +  AS+ + S    S S  S +T + S+   DS    +LD E T WT+EKH SYLD LE+SFV+ L+    +    +++  R + +  ++  S+ 
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        +  VLQ+  WQK N G+    L+ +++
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT4G33980.1 BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cold regulated gene 27 (TAIR:AT5G42900.2)4.8e-0731.5Show/hide
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AT4G33980.2 FUNCTIONS IN: molecular_function unknown4.8e-0731.5Show/hide
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AT5G42900.1 cold regulated gene 272.6e-0829.41Show/hide
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AT5G42900.2 cold regulated gene 272.6e-0829.41Show/hide
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AT5G42900.3 cold regulated gene 275.1e-0927.86Show/hide
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Query:  F-PSAGKQCSLETPDLLEECGSCSDRRHIRHMTNSCGSARNSQQTRPCCFNSYTIITEVSDQNFVDNQPGELSGGMPTAKRLKKASSGFLDNAQVVPFKR
        + P    Q  +      +   S + ++ I    ++    + S  +R    +  ++  EVSDQNFV+      +G     K +  + S   D  QVVP  +
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Query:  L
        L
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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TCACTCTTCTTCCATTACTGTTGATGGGTCCAAGCGTTTTTTGGATTCTCATCATTGTTTGCAACTGGATGCGGAGCAAACACATTGGACAGACGAGAAACATAGATCAT
ATCTTGATTCTTTAGAAGCATCTTTTGTCCAAGGTTTGCATCAACATAGGCGTATGCATGCTTTATCCTCAAAACAAAAGATGCGTCGAAAGCCGATCATGCTTGATACA
TCTTCTTCAGAGTTGATGGTCCTTCAAGATGCCTCTTGGCAGAAGGCTAACATTGGGAGGAATGATCCTTTATTGGATAAGACTGCTGATTCTCCTGCTATTTTAGAGGA
TCTATGGATAAATCATTTTCCTTCTGCAGGAAAACAGTGTAGTTTGGAAACTCCTGATCTCCTTGAAGAATGTGGAAGTTGTAGTGATAGGAGACACATAAGACACATGA
CGAACTCCTGTGGATCTGCCAGAAATTCACAGCAGACCCGTCCATGCTGTTTTAATTCTTATACAATCATTACAGAAGTTTCGGATCAAAACTTTGTGGATAATCAACCA
GGAGAGTTGTCTGGTGGCATGCCTACTGCAAAAAGATTAAAGAAAGCTTCTTCTGGTTTTTTGGACAATGCCCAGGTTGTACCATTTAAAAGATTATCCTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
AAAAAACCACAAACAAATTTCTTTCACCGCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCGTTTCTCCACGAGCTTCAATCGCCAAAGGGTTTCGGACCTAAATTTTCTC
CCAATTTTTCTATTTTTTCTTTGATTTCATCCTCCATTTTTGGCTCTTCCCGTATCATTTCTCCTTGTTTTTGATCCTTCCGAAATGGGTGACTCTCATACGCCGTCGTT
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