; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MELO3C018454.jh1 (gene) of Melon (Harukei-3) v1.41 genome

Gene IDMELO3C018454.jh1
OrganismCucumis melo var. reticulatus cv. Harukei-3 (Melon (Harukei-3) v1.41)
DescriptionCold regulated protein 27, putative isoform 2
Genome locationchr01:443031..447010
RNA-Seq ExpressionMELO3C018454.jh1
SyntenyMELO3C018454.jh1
Gene Ontology termsGO:0009409 - response to cold (biological process)
GO:0042752 - regulation of circadian rhythm (biological process)
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0031301.1 Cold regulated protein 27, putative isoform 2 [Cucumis melo var. makuwa]1.41e-17399.59Show/hide
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XP_008454953.1 PREDICTED: uncharacterized protein LOC103495241 isoform X2 [Cucumis melo]5.68e-14083.79Show/hide
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XP_038887003.1 cold-regulated protein 27 isoform X1 [Benincasa hispida]1.29e-12175.29Show/hide
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        CC +S  IITEVSDQNFVD+ P ELSGG+PIAKRLKK SS    N QVVP+KR S
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0K7Z2 Uncharacterized protein4.72e-16090.51Show/hide
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A0A1S3BZQ8 uncharacterized protein LOC103495241 isoform X22.75e-14083.79Show/hide
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A0A1S3BZU8 uncharacterized protein LOC103495241 isoform X14.34e-18199.6Show/hide
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A0A5D3C4A3 Cold regulated protein 27, putative isoform 26.84e-17499.59Show/hide
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A0A6J1GJA3 uncharacterized protein LOC111454842 isoform X22.89e-11871.09Show/hide
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        M D+HTPS +S P+ADR+SPM  + S +D T  NSES+SSS TVD S+     + SHHC QLDA QTHWT+EKHR +LDSLEASFVQ LH++R + ALSS
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        KQKMRRKPIM + SSSE MVLQDASWQKAN+GR DPLLDKTADSPAILED+WINHFPSAG QC+LET D+LEECGSCSDR HIR+ TNS  SAR+SQQ  
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        PCC +S+TI+TEVSDQNFVD  PGELS G PI KRLKKASS    N +V P+KRLS
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q8L8T7 Cold-regulated protein 274.7e-0729.41Show/hide
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Q8L983 Cold-regulated protein 286.8e-0631.5Show/hide
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        +  VLQ+  WQK N G+    L+ +++
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT4G33980.1 BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cold regulated gene 27 (TAIR:AT5G42900.2)4.8e-0731.5Show/hide
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AT4G33980.2 FUNCTIONS IN: molecular_function unknown4.8e-0731.5Show/hide
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AT5G42900.1 cold regulated gene 273.3e-0829.41Show/hide
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AT5G42900.2 cold regulated gene 273.3e-0829.41Show/hide
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AT5G42900.3 cold regulated gene 276.7e-0927.86Show/hide
Query:  QTHWTDEKHRSYLDSLEASFVQGLHQHRRMHALSSKQKMR--------RKPIMLDTSSSELMVLQDASWQKANIGRNDPLLD--KTADSPAILEDLWINH
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        + P    Q  +      +   S + ++ I    ++    + S  +R    +  ++  EVSDQNFV+      +G     K +  + S   D  QVVP  +
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Query:  L
        L
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGGTGACTCTCATACGCCGTCGTTTGTCTCGTCGCCGCTTGCAGATCGACAATCACCCATGCCGCCGGCCTCTTCTACTACTGACTCCACTGGCTTCAACTCTGAATC
TCACTCTTCTTCCATTACTGTTGATGGGTCCAAGCGTTTTTTGGATTCTCATCATTGTTTGCAACTGGATGCGGAGCAAACACATTGGACAGACGAGAAACATAGATCAT
ATCTTGATTCTTTAGAAGCATCTTTTGTCCAAGGTTTGCATCAACATAGGCGTATGCATGCTTTATCCTCAAAACAGAAGATGCGTCGAAAGCCGATCATGCTTGATACA
TCTTCTTCAGAGTTGATGGTCCTTCAAGATGCCTCTTGGCAGAAGGCTAACATTGGGAGGAATGATCCTTTATTGGATAAGACTGCTGATTCTCCTGCTATTTTAGAGGA
TCTATGGATAAATCATTTTCCTTCTGCAGGAAAACAGTGTAGTTTGGAAACTCCTGATCTCCTTGAAGAATGTGGAAGTTGTAGTGATAGGAGACACATAAGACACATGA
CGAACTCCTGTGGATCTGCCAGAAATTCACAGCAGACCCGTCCATGCTGTTTTAATTCTTATACAATCATTACAGAAGTTTCGGATCAAAACTTTGTGGATAATCAACCA
GGAGAGTTGTCTGGTGGCATGCCTATTGCAAAAAGATTAAAGAAAGCTTCTTCTGGTTTTTTGGACAATGCCCAGGTTGTACCATTTAAAAGATTATCCTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
TTTCACCGCTTCTCTCTCTCTCTCTCTTCGTTTCTCCACGAGCTTCAATCGCCAGAGGGTTTCGGACCTAAATTTTCTCCCAATTTTTCTATTTTTTCTTTGATTTCATC
CTCCATTTTTGGCTCTTCCCGTATCATTTCTCCTTGTTTTTGATCCCTCCGAAATGGGTGACTCTCATACGCCGTCGTTTGTCTCGTCGCCGCTTGCAGATCGACAATCA
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