; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MELO3C030257 (gene) of Melon (DHL92) v4 genome

Gene IDMELO3C030257
OrganismCucumis melo DHL92 (Melon (DHL92) v4)
DescriptionRetrotransposon protein
Genome locationchr03:20436625..20437730
RNA-Seq ExpressionMELO3C030257
SyntenyMELO3C030257
Gene Ontology termsGO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0031677.1 putative nuclease HARBI1 [Cucumis melo var. makuwa]5.1e-13995.77Show/hide
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KAA0033290.1 putative nuclease HARBI1 [Cucumis melo var. makuwa]3.2e-11772.26Show/hide
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KAA0062747.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]9.4e-11772.52Show/hide
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        ASNE S+WRDQLA
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XP_008455792.1 PREDICTED: putative nuclease HARBI1 [Cucumis melo]2.4e-11270.32Show/hide
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                                 +ERAFGLLKGRW ILRGKSYYPV+VQCRTIMACCLLHNLIN+EM NSEII                EINYIEASN
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        E S+WRDQLA
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XP_008456821.1 PREDICTED: uncharacterized protein LOC103496660 [Cucumis melo]5.7e-12286.92Show/hide
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        RTIMACCLLHNLINKEMANSEIIDDLDEGDSTYATTEGDEINYIEASNELSDWRDQLAVQ
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3C1U8 putative nuclease HARBI11.2e-11270.32Show/hide
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        MDRR F+ILCHLL TTAGLV  EVIDVEEMVAMFLHIL HDVKNRMIQR+FVRSGETVSRHFN+VLLA  RLHDELLKK QPVTNSCTD RWKWFENCLG
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        E S+WRDQLA
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A0A1S3C5E3 uncharacterized protein LOC1034966602.7e-12286.92Show/hide
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A0A5A7SQU2 Putative nuclease HARBI11.6e-11772.26Show/hide
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          S+WRDQLA
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A0A5D3BXH4 Putative nuclease HARBI12.5e-13995.77Show/hide
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A0A5D3DG22 Retrotransposon protein4.5e-11772.52Show/hide
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        MDRR F+ILCHLL TTAGLV  EVIDVEEMVAMFLHIL H VKNRMIQR+FVRSGETVSRHFN+VLLA  RLHDELLKK QPVTNSCTD RWKWFE   N
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        CL + + TYIKVNVSATDRPRY+TRKGEVATNVLG CDTKGDFVFVLFGWEGSAADSRILRDAISRHNGLKVPK                          
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Query:  --------------------------ECLERAFGLLKGRWKILRGKSYYPVNVQCRTIMACCLLHNLINKEMANSEIIDDLDEGDSTYATTEGDEINYIE
                                    +ERAFGLLKG W ILRGKSYYPV+VQCRTIMACCLLHNLIN+EM NSEIIDDLDEGDSTYATT GDEINYIE
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        ASNE S+WRDQLA
Subjt:  ASNELSDWRDQLA

SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G43722.1 unknown protein4.9e-1530.23Show/hide
Query:  FSILCHLLWTTAGLVGIEVIDVEEMVAMFLHILTHDVKNRMIQRQFVRSGETVSRHFNLVLLATLRLHDELLKKLQ-------PVTNSCTDSRWKWFENC
        F+ LC++L T   L     I +EE VAMFL I  H+   R +  +F R+ ETV R F  VL AT  L  + ++          P         W +F   
Subjt:  FSILCHLLWTTAGLVGIEVIDVEEMVAMFLHILTHDVKNRMIQRQFVRSGETVSRHFNLVLLATLRLHDELLKKLQ-------PVTNSCTDSRWKWFENC

Query:  LGALDDTYIKVNVSATDRPRYKTRKGEVATNVLGVCDTKGDFVFVLFGWEGSAADSRILRDAISRHNGLKVP
        +GA+D T++ V V    +  Y  R    + N++ +CD K  F ++  G  GS  D+ +L+ A    +   +P
Subjt:  LGALDDTYIKVNVSATDRPRYKTRKGEVATNVLGVCDTKGDFVFVLFGWEGSAADSRILRDAISRHNGLKVP

AT3G19120.1 PIF / Ping-Pong family of plant transposases5.5e-0626.98Show/hide
Query:  VAMFLHILTHDVKNRMIQRQFVRSGETVSRHFNLV--LLATLRLHDELLKKLQPVTNSCTDSRWKWFE------NCLGALDDTYIKVNVSATDRPR--YK
        VAM L  L H    + +  ++      +S+  N+V  LLAT +L+ E +K   PV         + FE      N  GA+D T +K+       PR  Y 
Subjt:  VAMFLHILTHDVKNRMIQRQFVRSGETVSRHFNLV--LLATLRLHDELLKKLQPVTNSCTDSRWKWFE------NCLGALDDTYIKVNVSATDRPR--YK

Query:  TRKGEVATNVLGVCDTKGDFVFVLFGWEGSAADSRILRDAI-------------------SRH-----------------------NGLKVPKECL----
         + G  A  +  V D K  F  V     G   DS   RD++                     H                       NG   P E L    
Subjt:  TRKGEVATNVLGVCDTKGDFVFVLFGWEGSAADSRILRDAI-------------------SRH-----------------------NGLKVPKECL----

Query:  --------ERAFGLLKGRWKILRGKSYYPVNVQCRTIMACCLLHNLIN-KEMANSEIIDDLDEGDSTYATTEGDEINY
                  A GLLK RWKIL+  +   VN   +TI+ACC+LHNL         EI  D DE  +     E +   Y
Subjt:  --------ERAFGLLKGRWKILRGKSYYPVNVQCRTIMACCLLHNLIN-KEMANSEIIDDLDEGDSTYATTEGDEINY

AT5G28950.1 unknown protein2.4e-1745.12Show/hide
Query:  WKWFENCLGALDDTYIKVNVSATDRPRYKTRKGEVATNVLGVCDTKGDFVFVLFGWEGSAADSRILRDAISRH-NGLKVPKE
        + +F++C+GA+DDT+I   VS    P ++ RKG+++ N+L  C+   +F++VL GWEGSA DS++L DA++R+ N L VP+E
Subjt:  WKWFENCLGALDDTYIKVNVSATDRPRYKTRKGEVATNVLGVCDTKGDFVFVLFGWEGSAADSRILRDAISRH-NGLKVPKE

AT5G35695.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Putative harbinger transposase-derived nuclease (InterPro:IPR006912)2.2e-0728.57Show/hide
Query:  FVFVLFGWEGSAADSRILRDAI-----------SRHNGL--------------------KVPKE-----------CLERAFGLLKGRWKILRGKSYYPVN
        F++VL GWEGSA DSR+L DA+           +R N L                    + P E            +ER FG+ K R+ I +    +   
Subjt:  FVFVLFGWEGSAADSRILRDAI-----------SRHNGL--------------------KVPKE-----------CLERAFGLLKGRWKILRGKSYYPVN

Query:  VQCRTIMACCLLHNLINKEMANSEIIDDLDE--GDSTYATTEGDEINYIEASNE
         Q   ++ C  LHN + KE  + E  D  DE   +      EG+ +N  E  NE
Subjt:  VQCRTIMACCLLHNLINKEMANSEIIDDLDE--GDSTYATTEGDEINYIEASNE

AT5G41980.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Putative harbinger transposase-derived nuclease (InterPro:IPR006912)9.3e-3030.15Show/hide
Query:  MDRRFFSILCHLLWTTAGLVGIEVIDVEEMVAMFLHILTHDVKNRMIQRQFVRSGETVSRHFNLVLLATLRLHDELLKKLQPVTNSCT-DSRWKWFENCL
        MD+  F  LC LL T   L     I +E  +A+FL I+ H+++ R +Q  F  SGET+SRHFN VL A + +  +     QP +NS T ++   +F++C+
Subjt:  MDRRFFSILCHLLWTTAGLVGIEVIDVEEMVAMFLHILTHDVKNRMIQRQFVRSGETVSRHFNLVLLATLRLHDELLKKLQPVTNSCT-DSRWKWFENCL

Query:  GALDDTYIKVNVSATDRPRYKTRKGEVATNVLGVCDTKGDFVFVLFGWEGSAADSRILRDAISRHNGLKVPK----------------------------
        G +D  +I V V   ++  ++   G +  NVL        F +VL GWEGSA+D ++L  A++R N L+VP+                            
Subjt:  GALDDTYIKVNVSATDRPRYKTRKGEVATNVLGVCDTKGDFVFVLFGWEGSAADSRILRDAISRHNGLKVPK----------------------------

Query:  ---------------ECLERAFGLLKGRWKILRGKSYYPVNVQCRTIMACCLLHNLINKEMANSEIIDDLDE
                         + R FG LK R+ IL     YP+  Q + ++A C LHN +  E  +  +    +E
Subjt:  ---------------ECLERAFGLLKGRWKILRGKSYYPVNVQCRTIMACCLLHNLINKEMANSEIIDDLDE


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGATAGAAGGTTTTTTTCCATTTTATGCCATTTACTATGGACGACTGCTGGATTAGTCGGAATAGAAGTTATAGATGTAGAGGAGATGGTTGCCATGTTCCTGCATAT
ATTAACTCATGACGTGAAGAACCGAATGATACAAAGGCAATTTGTACGATCTGGTGAGACTGTTTCTAGACATTTCAACCTTGTCTTGTTAGCAACTTTGCGGTTACACG
ACGAGTTGTTGAAAAAACTTCAGCCAGTAACAAACTCGTGCACGGATTCGAGATGGAAATGGTTTGAGAATTGTCTTGGTGCGTTAGATGACACATACATTAAGGTGAAT
GTCAGTGCAACCGATCGTCCAAGGTACAAGACACGTAAGGGTGAAGTTGCGACAAATGTACTTGGTGTTTGCGACACAAAAGGTGATTTCGTGTTTGTTTTATTCGGGTG
GGAAGGATCGGCCGCTGATTCCAGAATTCTTAGAGATGCAATATCAAGACATAACGGACTAAAAGTTCCGAAGGAATGTCTTGAAAGAGCATTTGGGTTGTTGAAAGGTC
GCTGGAAAATTTTAAGAGGAAAGTCATACTACCCAGTCAATGTCCAATGTCGAACAATCATGGCGTGTTGTCTGCTACATAATCTTATCAATAAAGAGATGGCTAACAGT
GAAATAATCGACGATTTAGATGAGGGTGATTCAACGTACGCTACAACTGAAGGTGACGAGATTAATTACATTGAGGCTTCAAACGAATTGAGTGACTGGAGGGATCAACT
GGCTGTTCAGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGATAGAAGGTTTTTTTCCATTTTATGCCATTTACTATGGACGACTGCTGGATTAGTCGGAATAGAAGTTATAGATGTAGAGGAGATGGTTGCCATGTTCCTGCATAT
ATTAACTCATGACGTGAAGAACCGAATGATACAAAGGCAATTTGTACGATCTGGTGAGACTGTTTCTAGACATTTCAACCTTGTCTTGTTAGCAACTTTGCGGTTACACG
ACGAGTTGTTGAAAAAACTTCAGCCAGTAACAAACTCGTGCACGGATTCGAGATGGAAATGGTTTGAGAATTGTCTTGGTGCGTTAGATGACACATACATTAAGGTGAAT
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