CuGenDBv2

Gene ID	MELO3C035009
Organism	Cucumis melo DHL92 (Melon (DHL92) v4)
Description	Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 2-like
Genome location	chr11:14545905..14549783
RNA-Seq Expression	MELO3C035009
Synteny	MELO3C035009
Gene Ontology terms	GO:0005634 - nucleus (cellular component) GO:0003677 - DNA binding (molecular function) GO:0046872 - metal ion binding (molecular function) GO:0046983 - protein dimerization activity (molecular function)
InterPro domains	IPR008906 - HAT, C-terminal dimerisation domain IPR012337 - Ribonuclease H-like superfamily

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAA0025157.1 zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 2-like isoform X3 [Cucumis melo var. makuwa]

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KAA0025878.1 zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 4-like [Cucumis melo var. makuwa]

7.9e-29

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KAA0042874.1 zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 2-like [Cucumis melo var. makuwa]

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TYK04294.1 zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 4-like [Cucumis melo var. makuwa]

5.1e-28

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XP_016899473.1 PREDICTED: zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 2-like isoform X2 [Cucumis melo]

6.7e-28

84.81

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TrEMBL top hits

e value

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Alignment

A0A1S4DU07 zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 2-like isoform X1

3.2e-28

84.81

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A0A5A7SI78 Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 4-like

3.8e-29

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A0A5A7SK58 Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 2-like isoform X3

1.3e-29

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A0A5A7THQ6 Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 2-like

2.5e-28

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A0A5D3BZ93 Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 4-like

2.5e-28

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SwissProt top hits

e value

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Alignment

B9FJG3 Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 1

2.4e-04

42.59

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        K+E+ +YLDE+   RI++   D+LNWWK+N+ ++  +S++ RDI +IP+  V S
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Q6AVI0 Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 2

1.1e-04

44.44

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        K+E+ +YLDE+   RI++   D+LNWWK+N+ +F  +S++ RDI +IP+  V S
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Q8VZL4 Mechanosensitive ion channel protein 1, mitochondrial

3.7e-05

35.38

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        F A  +  ++ SGL+MQFS+PFS+ DTIK                            A +++ QV+EMGL TTSLL+AE F  L  N  F + +  N   
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          +R I  KI  +   DL+M   I Q++NE
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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT1G18560.1 BED zinc finger ;hAT family dimerisation domain

5.5e-04

36.84

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        E+T+YL E+ I     D+L+WWKVNS ++  +S + RD  ++   +   E  F  KG
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AT4G00290.1 Mechanosensitive ion channel protein

2.6e-06

35.38

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Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGTGTAATGCACTTAATTACCTGGAGGTCGCCCTTGACGACCTCAATGTATTCTCTCCCAACGTCTACCCACTTAAGACAGCGGACAGGAAATGTCTTTCGCACGCACA
CGCCTATCGCCTAGCTGAAGCGAACGGCGTGTGGGGAAATAGGCTTCTCCGCTCCAGGGGCGGTCGTCATCGGAATGCACCCATTTATTGCAACGCACGTGTTGCTGTTC
ATGATAGATTTAAACAAAGTAACAAAACATATCTAGATGATGCTAAAACAGAGGTGACTCGTTATCTAGATGAGGCTCGTATAGAAGATGAATATTTAGATTTGCTAAAT
TGGTGGAAGGTGAATTCCTCTCAATTTAAGATCATTAGCCAAGTAGGCAGGGACATCAACAGTATTCCTATATTAACTGTGCCTTCTGAGTTCACCTTTAGCACTAAAGG
ACGGAGGCACTCATTTGCGCGCAGAATTGGATTCAATCTAAACTTTTGGATGACATTACTGAAGAAATTGACAGGGCTTAAGAAATTGATGAAGGTAAAAGAGCACTTGA
TGTATTTGAATAACTTTTTTGTTGCTATTGCTTTAAATGCCCATCTATGTTCTGGCTTAACGATGCAGTTTTCACAGCCCTTCTCACTTGAAGATACAATTAAGATGTGT
GTAACCTTTTTCTTTCTGCATTTTCTGGAAGGGTATGAGATTAAAGAAATCAATGGAAACTCTAGATTGTTTATGGAGGCTAGTGCTATTAAATGTCAAGTTGTGGAAAT
GGGACTCATGACAACATCACTATTAAGTGCTGAAAATTTCCAATCGCTCCAAAATCTCTGTTTTCTAGCTAGCCTATATTATAACTATTTGCCTTCCTTTAGGTTCATTG
AGGAGAAAATTCGAGCTATTAACTTTATAGACTTAGAAATGGTTGTAGTCATTACTCAAGTGGCCAATGAGAGGGTGGGACCCCTTGTTCAAGACTTGGAGTGTATTTCA
ACTATCCCACTAACTCTAAAGCGGAATCACATCGCTTATACCAACTACAAAGCTGGTCACATCCTTAGTGTTCCCAGAATAAGGCCACTATTAGAAAAATGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MCNALNYLEVALDDLNVFSPNVYPLKTADRKCLSHAHAYRLAEANGVWGNRLLRSRGGRHRNAPIYCNARVAVHDRFKQSNKTYLDDAKTEVTRYLDEARIEDEYLDLLN
WWKVNSSQFKIISQVGRDINSIPILTVPSEFTFSTKGRRHSFARRIGFNLNFWMTLLKKLTGLKKLMKVKEHLMYLNNFFVAIALNAHLCSGLTMQFSQPFSLEDTIKMC
VTFFFLHFLEGYEIKEINGNSRLFMEASAIKCQVVEMGLMTTSLLSAENFQSLQNLCFLASLYYNYLPSFRFIEEKIRAINFIDLEMVVVITQVANERVGPLVQDLECIS
TIPLTLKRNHIAYTNYKAGHILSVPRIRPLLEK

MELO3C035009 (gene) of Melon (DHL92) v4 genome