CuGenDBv2

Gene ID	MS000331
Organism	Momordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
Description	protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic
Genome location	scaffold44:955487..958201
RNA-Seq Expression	MS000331
Synteny	MS000331
Gene Ontology terms	GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
InterPro domains	IPR038789 - Protein LOW PSII ACCUMULATION 2 like

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

XP_022140851.1 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic [Momordica charantia]

1.6e-100

99.01

Show/hide

Query:  MALQIIPHSPSSFTRQPYRLPTTPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKRQR
        MALQIIPHSPSSFTR+PYRLPT PLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKRQR
Subjt:  MALQIIPHSPSSFTRQPYRLPTTPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKRQR

Query:  ASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKTKG
        ASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKTKG
Subjt:  ASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKTKG

Query:  EKS
        EKS
Subjt:  EKS

XP_022941727.1 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic [Cucurbita moschata]

2.5e-77

81.95

Show/hide

Query:  MALQIIPHSPSSFTRQPYRLPTTPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQST--SKLSPKATPSKGKQKGKR
        MALQII HSPSSFTR+PY LP  PL FPSK  F+IKSQN   SESEK ISK VDDA V T      SSAQGFGS  +QST  SK SPKAT SKGKQKGKR
Subjt:  MALQIIPHSPSSFTRQPYRLPTTPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQST--SKLSPKATPSKGKQKGKR

Query:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT
        QRASIIRRSPVEKPVFVG+VDEEA KEQG+NESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPE+WDKF VKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGV KYLQNEK 
Subjt:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT

Query:  KGEKS
        KG+KS
Subjt:  KGEKS

XP_022973018.1 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic [Cucurbita maxima]

8.7e-78

82.44

Show/hide

Query:  MALQIIPHSPSSFTRQPYRLPTTPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQST--SKLSPKATPSKGKQKGKR
        MALQII HSPSSFTR+PY LP TPL FPSK  F+IKSQ  S SESEK ISK VDDA+V T      SSAQGFGS  +QST  SK SPKAT SKGKQKGKR
Subjt:  MALQIIPHSPSSFTRQPYRLPTTPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQST--SKLSPKATPSKGKQKGKR

Query:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT
        QRASIIRRSPVEKPVFVG+VDEEA KEQG+NESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPE WDKF VKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGV KYLQNEK 
Subjt:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT

Query:  KGEKS
        KG+KS
Subjt:  KGEKS

XP_023554492.1 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic [Cucurbita pepo subsp. pepo]

5.1e-78

82.44

Show/hide

Query:  MALQIIPHSPSSFTRQPYRLPTTPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQST--SKLSPKATPSKGKQKGKR
        MALQII HSPSSFTR+PY LP TPL FPSK  F+IKSQN   SESEK ISK VDDA V T      SSAQGFGS  +QST  SK SPKAT SKGKQKGKR
Subjt:  MALQIIPHSPSSFTRQPYRLPTTPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQST--SKLSPKATPSKGKQKGKR

Query:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT
        QRASIIRRSPVEKPVFVG+VDEEA KEQG+NESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPE+WDKF VKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGV KYLQNEK 
Subjt:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT

Query:  KGEKS
        KG+KS
Subjt:  KGEKS

XP_038899637.1 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic [Benincasa hispida]

3.7e-76

82.44

Show/hide

Query:  MALQIIPHSPSSFTRQPYRLPTTPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQS--TSKLSPKATPSKGKQKGKR
        MALQI+ HSPSSFTR+PY LP   L FPSK  F+I SQN   SESEK ISK VDDA +ATSSK SSSS QGFGSS +QS  TSK SPKA     KQKGKR
Subjt:  MALQIIPHSPSSFTRQPYRLPTTPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQS--TSKLSPKATPSKGKQKGKR

Query:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT
        QRASIIRRSPVEKPVFVG+VDEEAAKEQ RNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKF VKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEK 
Subjt:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT

Query:  KGEKS
        K EKS
Subjt:  KGEKS

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A1S3AXX6 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic

1.3e-74

78.82

Show/hide

Query:  MALQIIPHSPSSFTRQPYRLPTTPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKRQR
        MALQI+ HSPSSFT++PY LP   L F SK  F+IKSQN   SESEK ISK+VDDA +ATSSK S+SS QGFGSS  QSTS  + K+TP   KQKGKRQR
Subjt:  MALQIIPHSPSSFTRQPYRLPTTPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKRQR

Query:  ASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKTKG
        ASIIRRSPVEKPVFVG+VDE+ AKEQ RNESYFLLTWLGLG VILVEGIVLAASGFLPEEWD+  VKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEK K 
Subjt:  ASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKTKG

Query:  EKS
        EKS
Subjt:  EKS

A0A5A7VJY0 Protein LOW PSII ACCUMULATION 2

3.7e-74

78.33

Show/hide

Query:  MALQIIPHSPSSFTRQPYRLPTTPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKRQR
        MALQI+ HSPSSFT++PY LP   L F SK  F+IKSQN   SESEK ISK+VDDA +ATSSK  +SS+QGFGSS  QSTS  + K+TP   KQKGKRQR
Subjt:  MALQIIPHSPSSFTRQPYRLPTTPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKRQR

Query:  ASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKTKG
        ASIIRRSPVEKPVFVG+VDE+ AKEQ RNESYFLLTWLGLG VILVEGIVLAASGFLPEEWD+  VKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEK K 
Subjt:  ASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKTKG

Query:  EKS
        EKS
Subjt:  EKS

A0A6J1CH98 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic

7.9e-101

99.01

Show/hide

Query:  MALQIIPHSPSSFTRQPYRLPTTPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKRQR
        MALQIIPHSPSSFTR+PYRLPT PLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKRQR
Subjt:  MALQIIPHSPSSFTRQPYRLPTTPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKRQR

Query:  ASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKTKG
        ASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKTKG
Subjt:  ASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKTKG

Query:  EKS
        EKS
Subjt:  EKS

A0A6J1FNA7 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic

1.2e-77

81.95

Show/hide

Query:  MALQIIPHSPSSFTRQPYRLPTTPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQST--SKLSPKATPSKGKQKGKR
        MALQII HSPSSFTR+PY LP  PL FPSK  F+IKSQN   SESEK ISK VDDA V T      SSAQGFGS  +QST  SK SPKAT SKGKQKGKR
Subjt:  MALQIIPHSPSSFTRQPYRLPTTPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQST--SKLSPKATPSKGKQKGKR

Query:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT
        QRASIIRRSPVEKPVFVG+VDEEA KEQG+NESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPE+WDKF VKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGV KYLQNEK 
Subjt:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT

Query:  KGEKS
        KG+KS
Subjt:  KGEKS

A0A6J1IBT8 protein LOW PSII ACCUMULATION 2, chloroplastic

4.2e-78

82.44

Show/hide

Query:  MALQIIPHSPSSFTRQPYRLPTTPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQST--SKLSPKATPSKGKQKGKR
        MALQII HSPSSFTR+PY LP TPL FPSK  F+IKSQ  S SESEK ISK VDDA+V T      SSAQGFGS  +QST  SK SPKAT SKGKQKGKR
Subjt:  MALQIIPHSPSSFTRQPYRLPTTPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQST--SKLSPKATPSKGKQKGKR

Query:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT
        QRASIIRRSPVEKPVFVG+VDEEA KEQG+NESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPE WDKF VKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGV KYLQNEK 
Subjt:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT

Query:  KGEKS
        KG+KS
Subjt:  KGEKS

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

F4KDA6 Protein LPA2

3.6e-42

54.9

Show/hide

Query:  MALQIIPHSPSSFTRQPYRLPTTPLQFPSKRN--FVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKR
        MALQI  HSP SF+ +PY L      F + RN  F IK QNS      ++ S   +D S    SK SSSS  GFG SP  S+S     +  + G +KGK 
Subjt:  MALQIIPHSPSSFTRQPYRLPTTPLQFPSKRN--FVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKR

Query:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT
        +R  + RR+PVEKPVF+ +     A+EQ +NE+ FLLTWLGLG VIL+EGI+LAASGFLPEE DK  VKY+YP FTP+V LFVAGT AYGVLKY+QNEK 
Subjt:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT

Query:  KGEK
        KG++
Subjt:  KGEK

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT5G51545.1 low psii accumulation2

2.6e-43

54.9

Show/hide

Query:  MALQIIPHSPSSFTRQPYRLPTTPLQFPSKRN--FVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKR
        MALQI  HSP SF+ +PY L      F + RN  F IK QNS      ++ S   +D S    SK SSSS  GFG SP  S+S     +  + G +KGK 
Subjt:  MALQIIPHSPSSFTRQPYRLPTTPLQFPSKRN--FVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKR

Query:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT
        +R  + RR+PVEKPVF+ +     A+EQ +NE+ FLLTWLGLG VIL+EGI+LAASGFLPEE DK  VKY+YP FTP+V LFVAGT AYGVLKY+QNEK 
Subjt:  QRASIIRRSPVEKPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKT

Query:  KGEK
        KG++
Subjt:  KGEK

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGCGCTACAAATAATCCCCCACTCTCCCTCTTCTTTCACCAGGCAACCCTATCGCCTTCCCACCACACCTCTTCAATTTCCCTCAAAACGTAATTTCGTCATCAAATC
ACAGAATTCGTCGGAGTCGGAGTCGGAGAAGCTCATTTCGAAGGTTGTTGATGATGCTTCAGTTGCGACGTCATCCAAGGCGTCGAGCTCATCTGCTCAAGGTTTTGGTT
CTTCACCGACTCAATCAACAAGCAAATTGAGTCCGAAAGCCACTCCTTCTAAGGGGAAGCAGAAGGGCAAGCGGCAGAGGGCATCGATTATTCGGCGTTCGCCGGTGGAG
AAACCGGTGTTTGTTGGACAGGTAGATGAAGAGGCGGCTAAGGAGCAGGGCAGGAATGAGAGCTATTTTCTTCTTACTTGGTTGGGTCTTGGTGCTGTGATCCTCGTCGA
GGGCATTGTGCTCGCGGCATCCGGTTTCTTACCGGAAGAGTGGGATAAGTTCCTTGTCAAATATTTGTATCCATCCTTTACACCAACCGTTTCTCTGTTTGTTGCTGGAA
CTGTTGCATATGGAGTTTTGAAGTATCTTCAGAACGAGAAAACTAAAGGTGAGAAATCA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MALQIIPHSPSSFTRQPYRLPTTPLQFPSKRNFVIKSQNSSESESEKLISKVVDDASVATSSKASSSSAQGFGSSPTQSTSKLSPKATPSKGKQKGKRQRASIIRRSPVE
KPVFVGQVDEEAAKEQGRNESYFLLTWLGLGAVILVEGIVLAASGFLPEEWDKFLVKYLYPSFTPTVSLFVAGTVAYGVLKYLQNEKTKGEKS

MS000331 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome