CuGenDBv2

Gene ID	MS000542
Organism	Momordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
Description	Tubulin beta chain
Genome location	scaffold64:257473..259030
RNA-Seq Expression	MS000542
Synteny	MS000542
Gene Ontology terms	GO:0000278 - mitotic cell cycle (biological process) GO:0000226 - microtubule cytoskeleton organization (biological process) GO:0005737 - cytoplasm (cellular component) GO:0005874 - microtubule (cellular component) GO:0005525 - GTP binding (molecular function) GO:0005200 - structural constituent of cytoskeleton (molecular function) GO:0003924 - GTPase activity (molecular function) GO:0003729 - mRNA binding (molecular function)
InterPro domains	IPR037103 - Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain IPR036525 - Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily IPR023123 - Tubulin, C-terminal IPR018316 - Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain IPR017975 - Tubulin, conserved site IPR008280 - Tubulin/FtsZ, C-terminal IPR003008 - Tubulin/FtsZ, GTPase domain IPR002453 - Beta tubulin IPR000217 - Tubulin

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

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QKX94051.1 tubulin beta-6 chain-like protein [Luffa aegyptiaca]

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        EE YY+EE+EE E E
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A0A6J1DIF1 Tubulin beta chain

2.0e-175

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A0A6J1EBG3 Tubulin beta chain

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A0A6J1HAW4 Tubulin beta chain

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A0A7D5BN70 Tubulin beta chain

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P29502 Tubulin beta-3 chain (Fragment)

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P29514 Tubulin beta-6 chain

1.5e-172

97.12

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P45960 Tubulin beta-4 chain

1.1e-170

95.56

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        EEG YE+EE++E ++
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Q76FS3 Tubulin beta-6 chain

8.3e-171

95.53

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        GFQVCHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRM+LTFSVFPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENADECMVLDNEALYDICFRTLKLTTPSFGDLNHLISA
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        TMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQ YRALTVPELTQQMWD+KNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMI
Subjt:  TMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQLYRALTVPELTQQMWDSKNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMI

Query:  NVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIAPKGLTMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATAE
        NVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDI P+GL+MASTF+GNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATA+
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Query:  EGYYEEEEEEEEE
        E  YEEEE+  +E
Subjt:  EGYYEEEEEEEEE

Q9ZRB2 Tubulin beta-1 chain

7.5e-172

96.82

Show/hide

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        TMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQ+YR LTVPELTQQMWDSKNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMI
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Query:  NVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIAPKGLTMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATA-
        NVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDI P+GL+MASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATA 
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Query:  EEGYYEEEEEEEEE
        EEG YEEEEE E+E
Subjt:  EEGYYEEEEEEEEE

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT5G12250.1 beta-6 tubulin

1.1e-173

97.12

Show/hide

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Query:  TMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQLYRALTVPELTQQMWDSKNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMI
        TMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQ YRALTVPELTQQMWDSKNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMI
Subjt:  TMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQLYRALTVPELTQQMWDSKNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMI

Query:  NVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIAPKGLTMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATA-
        NVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIAP+GL+MASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATA 
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Query:  EEGYYEEEEEEEE
        +EG YEE+E+EEE
Subjt:  EEGYYEEEEEEEE

AT5G23860.1 tubulin beta 8

1.5e-170

95.58

Show/hide

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        GFQVCHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRM+LTFSVFPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENADECMVLDNEALYDICFRTLKLTTPSFGDLNHLISA
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Query:  TMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQLYRALTVPELTQQMWDSKNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMI
        TMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQ YRALTVPELTQQMWD+KNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMI
Subjt:  TMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQLYRALTVPELTQQMWDSKNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMI

Query:  NVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIAPKGLTMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATA-
        NVQNKNSSYFVEWIPNNVKS+VCDI P GL MASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATA 
Subjt:  NVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIAPKGLTMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATA-

Query:  -EEGY-YEEEEEEEEEE
         EEGY YEE+E E +EE
Subjt:  -EEGY-YEEEEEEEEEE

AT5G23860.2 tubulin beta 8

1.5e-170

95.58

Show/hide

Query:  GFQVCHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRMLLTFSVFPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENADECMVLDNEALYDICFRTLKLTTPSFGDLNHLISA
        GFQVCHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRM+LTFSVFPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENADECMVLDNEALYDICFRTLKLTTPSFGDLNHLISA
Subjt:  GFQVCHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRMLLTFSVFPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENADECMVLDNEALYDICFRTLKLTTPSFGDLNHLISA

Query:  TMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQLYRALTVPELTQQMWDSKNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMI
        TMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQ YRALTVPELTQQMWD+KNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMI
Subjt:  TMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQLYRALTVPELTQQMWDSKNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMI

Query:  NVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIAPKGLTMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATA-
        NVQNKNSSYFVEWIPNNVKS+VCDI P GL MASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATA 
Subjt:  NVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIAPKGLTMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATA-

Query:  -EEGY-YEEEEEEEEEE
         EEGY YEE+E E +EE
Subjt:  -EEGY-YEEEEEEEEEE

AT5G62690.1 tubulin beta chain 2

2.5e-170

95.24

Show/hide

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        GFQVCHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRM+LTFSVFPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENADECMVLDNEALYDICFRTLKLTTPSFGDLNHLISA
Subjt:  GFQVCHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRMLLTFSVFPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENADECMVLDNEALYDICFRTLKLTTPSFGDLNHLISA

Query:  TMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQLYRALTVPELTQQMWDSKNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMI
        TMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQ YR+LTVPELTQQMWDSKNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQM+
Subjt:  TMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQLYRALTVPELTQQMWDSKNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMI

Query:  NVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIAPKGLTMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATA-
        NVQNKNSSYFVEWIPNNVKS+VCDI P GL MASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATA 
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Query:  EEGYYEEEEEEEEEE
        EEG YE+EEE E ++
Subjt:  EEGYYEEEEEEEEEE

AT5G62700.1 tubulin beta chain 3

2.5e-170

95.24

Show/hide

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        GFQVCHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRM+LTFSVFPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENADECMVLDNEALYDICFRTLKLTTPSFGDLNHLISA
Subjt:  GFQVCHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRMLLTFSVFPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENADECMVLDNEALYDICFRTLKLTTPSFGDLNHLISA

Query:  TMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQLYRALTVPELTQQMWDSKNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMI
        TMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQ YR+LTVPELTQQMWDSKNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQM+
Subjt:  TMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQLYRALTVPELTQQMWDSKNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMI

Query:  NVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIAPKGLTMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATA-
        NVQNKNSSYFVEWIPNNVKS+VCDI P GL MASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATA 
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Query:  EEGYYEEEEEEEEEE
        EEG YE+EEE E ++
Subjt:  EEGYYEEEEEEEEEE

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

GGTTTCCAAGTGTGCCATTCACTTGGTGGAGGCACTGGTTCTGGAATGGGGACTCTGCTGATTTCCAAAATCAGAGAAGAATATCCCGATAGGATGTTGCTTACTTTCTC
CGTCTTCCCTTCACCGAAAGTGTCGGATACTGTTGTAGAGCCATACAATGCCACGCTTTCCGTTCACCAGCTCGTCGAGAATGCAGATGAGTGCATGGTGCTGGACAATG
AAGCACTATATGATATATGCTTCAGGACTCTCAAGTTAACTACTCCTAGCTTTGGCGATCTCAACCATTTAATTTCCGCTACTATGAGTGGGGTGACATGCTGTCTCAGA
TTCCCTGGCCAGCTTAACTCTGACCTCAGAAAACTTGCTGTGAATCTAATTCCCTTTCCTCGCCTACACTTCTTTATGGTGGGATTTGCTCCTCTTACCTCTCGTGGGTC
GCAGCTGTATCGGGCTCTGACCGTGCCAGAGTTGACACAGCAAATGTGGGATTCTAAAAACATGATGTGCGCTGCAGATCCCCGCCATGGCCGATACCTCACTGCCTCTG
CCATGTTCCGGGGCAAGATGAGTACTAAAGAGGTTGATGAGCAGATGATCAATGTTCAGAACAAGAATTCCTCATACTTCGTTGAATGGATTCCCAACAATGTTAAATCC
AGCGTCTGTGACATTGCTCCTAAAGGACTTACCATGGCATCAACCTTCATTGGAAACTCAACCTCCATTCAGGAAATGTTCAGGCGTGTAAGCGAGCAGTTCACAGCCAT
GTTCAGGAGGAAAGCTTTCTTGCATTGGTACACTGGAGAAGGAATGGACGAAATGGAGTTCACCGAGGCGGAAAGCAACATGAATGATCTCGTTTCCGAGTATCAGCAGT
ACCAGGACGCTACCGCTGAGGAGGGCTATTACGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAAGAGGAAGAAGGC

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

GFQVCHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRMLLTFSVFPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENADECMVLDNEALYDICFRTLKLTTPSFGDLNHLISATMSGVTCCLR
FPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQLYRALTVPELTQQMWDSKNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKS
SVCDIAPKGLTMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATAEEGYYEEEEEEEEEEG

MS000542 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome