; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MS000877 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS000877
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
DescriptionAuxin response factor
Genome locationscaffold36:5457..5655
RNA-Seq ExpressionMS000877
SyntenyMS000877
Gene Ontology termsGO:0006355 - regulation of transcription, DNA-templated (biological process)
GO:0009725 - response to hormone (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0003677 - DNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR010525 - Auxin response factor domain
IPR044835 - Auxin response factor


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
GAU12929.1 hypothetical protein TSUD_97400 [Trifolium subterraneum]4.0e-1672.73Show/hide
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        RA TPEF VKA   RA MR QWC G RFK+PFE EDSS IS FMGTI+SVQVVDPI W NSP R+L
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XP_004506012.1 auxin response factor 10 [Cicer arietinum]4.0e-1672.73Show/hide
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XP_019194636.1 PREDICTED: auxin response factor 18-like [Ipomoea nil]3.0e-1672.73Show/hide
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        RA TPEF VKA   RA MR QWC G RFK+PFE EDSS IS FMGTISSVQV DP+HW NSP R+L
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XP_027346655.1 auxin response factor 18-like [Abrus precatorius]4.0e-1672.73Show/hide
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        RA TPEF VKA   RA MR QWC G RFK+PFE EDSS IS FMGTI+SVQVVDPI W NSP R+L
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XP_031104624.1 auxin response factor 18-like [Ipomoea triloba]3.0e-1674.24Show/hide
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        RA TPEF VKA   RA MR QWC G RFK+PFE EDSS IS FMGTISSVQV DPIHW NSP R+L
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S2YK58 Auxin response factor1.9e-1672.73Show/hide
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A0A2K3MNF4 Auxin response factor2.5e-1672.73Show/hide
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A0A2Z6MDY0 Auxin response factor1.9e-1672.73Show/hide
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A0A5D3CVL6 Auxin response factor3.3e-1672.73Show/hide
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        RA TPEF VKA   RA MR QWC G RFK+PFE EDSS IS FMGTISSVQV DPI W NSP R+L
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S5G1J2 Auxin response factor3.3e-1672.73Show/hide
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        RA TPEF VKA   RA MR QWC G RFK+PFE EDSS IS FMGTISSVQV DPI W NSP R+L
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q653H7 Auxin response factor 185.4e-1666.67Show/hide
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        RA TPEF VKA   RA MR QW  G RFK+ FE EDSS IS FMGT+S+VQV DPI W NSP R+L
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Q6K223 Auxin response factor 82.4e-1665.15Show/hide
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        RA TPEF V+A   RA MR QWC G RFK+ FE EDSS IS FMGT++SVQV DPI W  SP R+L
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Q93YR9 Auxin response factor 167.0e-1666.67Show/hide
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        RA T EF VKAL ARA MR  WC G RFK+ FE EDSS IS FMGT+S+V V DPI W NSP R+L
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Q9AV47 Auxin response factor 223.2e-1666.67Show/hide
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        RA TP+F VKA   +A MR QWC G RFK+ FE EDSS IS FMGTISSVQV DP  W NSP R+L
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Q9SKN5 Auxin response factor 101.9e-1665.15Show/hide
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        RA TPEF VKA   R+ MR +WC G RFK+ FE EDSS IS FMGT+S+VQV DPI W NSP R+L
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G28350.1 auxin response factor 101.3e-1765.15Show/hide
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        RA TPEF VKA   R+ MR +WC G RFK+ FE EDSS IS FMGT+S+VQV DPI W NSP R+L
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AT4G30080.1 auxin response factor 165.0e-1766.67Show/hide
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        RA T EF VKAL ARA MR  WC G RFK+ FE EDSS IS FMGT+S+V V DPI W NSP R+L
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AT5G20730.1 Transcriptional factor B3 family protein / auxin-responsive factor AUX/IAA-related2.2e-0435.38Show/hide
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        A   EF V  A   +A   Q   G RF++ FE E+   +  +MGT++ +  +DP+ W+NS  R L
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AT5G20730.2 Transcriptional factor B3 family protein / auxin-responsive factor AUX/IAA-related7.5e-0536.36Show/hide
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        RA   EF V  A   +A   Q   G RF++ FE E+   +  +MGT++ +  +DP+ W+NS  R L
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AT5G20730.3 Transcriptional factor B3 family protein / auxin-responsive factor AUX/IAA-related2.2e-0435.38Show/hide
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        A   EF V  A   +A   Q   G RF++ FE E+   +  +MGT++ +  +DP+ W+NS  R L
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
CGTGCGAGAACGCCAGAGTTCTCTGTGAAGGCCTTATTGGCGCGAGCTGACATGAGGCAATGGTGCTTTGGTACGAGGTTCAAGATTCCATTTGAGATCGAGGATTCTTC
TTGGATTAGTTCGTTCATGGGCACTATTTCTTCTGTACAAGTTGTTGATCCTATCCACTGGCGTAATTCTCCATGTCGCATTCTC
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CGTGCGAGAACGCCAGAGTTCTCTGTGAAGGCCTTATTGGCGCGAGCTGACATGAGGCAATGGTGCTTTGGTACGAGGTTCAAGATTCCATTTGAGATCGAGGATTCTTC
TTGGATTAGTTCGTTCATGGGCACTATTTCTTCTGTACAAGTTGTTGATCCTATCCACTGGCGTAATTCTCCATGTCGCATTCTC
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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