; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MS001431 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS001431
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
Descriptiontranscription factor MYBS3-like isoform X1
Genome locationscaffold36:4080640..4083116
RNA-Seq ExpressionMS001431
SyntenyMS001431
Gene Ontology termsGO:0009725 - response to hormone (biological process)
GO:0003677 - DNA binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001005 - SANT/Myb domain
IPR001878 - Zinc finger, CCHC-type
IPR006447 - Myb domain, plants
IPR009057 - Homeobox-like domain superfamily
IPR017930 - Myb domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7020649.1 Transcription factor MYBS3 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]9.8e-8265.16Show/hide
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        FGIPS NSTPI          H+H H S +PIWFGYE          P K SSS  + H HGK+KT SHHQAPDLQLSLSTPKPV+Q
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XP_022131428.1 transcription factor MYBS3-like isoform X1 [Momordica charantia]3.0e-13998.46Show/hide
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        HHHHHNSSVPIWFGYEPSKNSSSI+NYHSHGKKKTISHHQAPDLQLSLSTPKPVQ PAAI
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XP_022131429.1 transcription factor MYB1R1-like isoform X2 [Momordica charantia]1.7e-9498.33Show/hide
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XP_022951726.1 probable transcription factor At5g61620 [Cucurbita moschata]9.8e-8265.16Show/hide
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        M RKCSHCG VGHNSRTC      IRG+FKLFGV LDG                A +KKS SLDCLPSSSS+SS       KL+ GYLSD LITKTHERK
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        KGVPW+EEEHR+FLVGL+KLGKGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRL +L ++KH RPSLFD   RDKF +QVV+   +NSKP SNLP S   IS
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        FGIPS NSTPI          H+H H S +PIWFGYE          P K SSS  + H HGK+KT SHHQAPDLQLSLSTPKPV+Q
Subjt:  FGIPSKNSTPINIPKMTLNHHHHHHHNSSVPIWFGYE----------PSKNSSSIMNYHSHGKKKTISHHQAPDLQLSLSTPKPVQQ

XP_023538241.1 probable transcription factor At5g61620 [Cucurbita pepo subsp. pepo]2.6e-8265.73Show/hide
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        M RKCSHCG VGHNSRTC      IRG+FKLFGV LDG               A +KKS S++CLPSSSS    SSSS  KL+ GYLSDGLITKTHERKK
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        GVPW+EEEHR+FLVGL+KLGKGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRL +L ++KH RPSLFD   RDKF +QVV+   +NSKP SNLP S   ISF
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Query:  GIPSKNSTPINIPKMTLNHHHHHHHNSSVPIWFGYE----------PSKNSSSIMNYHSHGKKKTISHHQAPDLQLSLSTPKPVQQ
        GIPS NSTPI          H+H H S +PIWFGYE          P K SSS  + H HGK+KT SHHQAPDLQLSLSTPKPV+Q
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LKT1 Uncharacterized protein2.9e-7158.09Show/hide
Query:  MGRKCSHCGKVGHNSRTCTIR----GRFKLFGVQL------------DGAAMKKSFSLDCLPSSSSTSS---TSSSSDIKLATGYLSDGLITKTHERKKG
        M RKCSHCG VGHNSRTCTI+     +FKLFGVQL                +KKS SLD LPSSSS++S   +SSSS  KL+ GYLSDGL+ KTHERKKG
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Query:  VPWSEEEHRVFLVGLEKLGKGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTTLTRKKHCRPSLFDG-GARDKFTMQVVE-------SSNSNSKPTSN---
        VPWSEEEH+VFL+GLEKLGKGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTTL ++K  RPSLFDG  ARDK T+QVVE       S N+N KPT+N   
Subjt:  VPWSEEEHRVFLVGLEKLGKGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTTLTRKKHCRPSLFDG-GARDKFTMQVVE-------SSNSNSKPTSN---

Query:  -LPASPSNISFGIPSKNSTPI-NIPKMT----LNHHHHHHHNSSVPIWFGYEPSKNSSSI--------MNYHSHGKKKTISHHQAPDLQLSLSTPKPVQQ
          PAS +NISFG    N TPI NI ++T    + +H++  H+     +     +K+SSSI         N+H H       HH  PDLQLSLSTPKPV +
Subjt:  -LPASPSNISFGIPSKNSTPI-NIPKMT----LNHHHHHHHNSSVPIWFGYEPSKNSSSI--------MNYHSHGKKKTISHHQAPDLQLSLSTPKPVQQ

Query:  PAA
          A
Subjt:  PAA

A0A455PI93 MYB14.7e-8265.16Show/hide
Query:  MGRKCSHCGKVGHNSRTC-----TIRGRFKLFGVQLDG----------------AAMKKSFSLDCLPSSSSTSSTSSSSDIKLATGYLSDGLITKTHERK
        M RKCSHCG VGHNSRTC      IRG+FKLFGV LDG                A +KKS SLDCLPSSSS+SS       KL+ GYLSD LITKTHERK
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Query:  KGVPWSEEEHRVFLVGLEKLGKGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTTLTRKKHCRPSLFDGGARDKFTMQVVESSNSNSKPTSNLPASPSNIS
        KGVPW+EEEHR+FLVGL+KLGKGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRL +L ++KH RPSLFD   RDKF +QVV+   +NSKP SNLP S   IS
Subjt:  KGVPWSEEEHRVFLVGLEKLGKGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTTLTRKKHCRPSLFDGGARDKFTMQVVESSNSNSKPTSNLPASPSNIS

Query:  FGIPSKNSTPINIPKMTLNHHHHHHHNSSVPIWFGYE----------PSKNSSSIMNYHSHGKKKTISHHQAPDLQLSLSTPKPVQQ
        FGIPS NSTPI          H+H H S +PIWFGYE          P K SSS  + H HGK+KT SHHQAPDLQLSLSTPKPV+Q
Subjt:  FGIPSKNSTPINIPKMTLNHHHHHHHNSSVPIWFGYE----------PSKNSSSIMNYHSHGKKKTISHHQAPDLQLSLSTPKPVQQ

A0A6J1BQ80 transcription factor MYB1R1-like isoform X28.3e-9598.33Show/hide
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Query:  GIPSKNSTPINIPKMTLNHHHHHHHNSSVPIWFGYEPSKNSSSIMNYHSHGKKKTISHHQAPDLQLSLSTPKPVQQPAAI
        GIPSKNSTPINIPKMTLN HHHHHHNSSVPIWFGYEPSKNSSSI+NYHSHGKKKTISHHQAPDLQLSLSTPKPVQ PAAI
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A0A6J1BTC4 transcription factor MYBS3-like isoform X11.4e-13998.46Show/hide
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        MGRKCSHCGKVGHNSRTCTIRGRFKLFGVQLDGAAMKKSFSLDCLPSSSSTSST SSSDIKLATGYLSDGLITKTHERKKGVPWSEEEHRVFLVGLEKLG
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Query:  KGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTTLTRKKHCRPSLFDGGARDKFTMQVVESSNSNSKPTSNLPASPSNISFGIPSKNSTPINIPKMTLNHH
        KGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTTLTRKKHCRPSLFDGGARDKFTMQVVESSNSNSKPTSNLPASPSNISFGIPSKNSTPINIPKMTLN H
Subjt:  KGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTTLTRKKHCRPSLFDGGARDKFTMQVVESSNSNSKPTSNLPASPSNISFGIPSKNSTPINIPKMTLNHH

Query:  HHHHHNSSVPIWFGYEPSKNSSSIMNYHSHGKKKTISHHQAPDLQLSLSTPKPVQQPAAI
        HHHHHNSSVPIWFGYEPSKNSSSI+NYHSHGKKKTISHHQAPDLQLSLSTPKPVQ PAAI
Subjt:  HHHHHNSSVPIWFGYEPSKNSSSIMNYHSHGKKKTISHHQAPDLQLSLSTPKPVQQPAAI

A0A6J1KLU7 probable transcription factor At5g616201.2e-8063.54Show/hide
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        M RKCSHCG VGHNSRTC      IRG+FKLFGV LDG               A +KKS SLDCLPSSSS+SS       KL+ GYLSD LITKTHERKK
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Query:  GVPWSEEEHRVFLVGLEKLGKGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTTLTRKKHCRPSLFDGGARDKFTMQVVESSNSNSKPTSNLPASPSNISF
        GVPW+EEEHR+FLVGL+KLGKGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRL +L ++KH RPSLFD    DKF +QVV+   +NSKP+S     P +ISF
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Query:  GIPSKNSTPINIPKMTLNHHHHHHHNSSVPIWFGYEPSK------------NSSSIMNYHSHGKKKTISHHQAPDLQLSLSTPKPVQQ
        GIPS NSTPI          H+H H S +PIWFGYE  K            NSSS    H HGK+KT SHHQAPDLQLSLSTPKPV+Q
Subjt:  GIPSKNSTPINIPKMTLNHHHHHHHNSSVPIWFGYEPSK------------NSSSIMNYHSHGKKKTISHHQAPDLQLSLSTPKPVQQ

SwissProt top hitse value%identityAlignment
B8BI93 Transcription factor MYBS23.7e-2355.75Show/hide
Query:  AAMKKSFSLDCLPSSSSTSSTSSSSDIKLATGYLSDGLITKTHERKKGVPWSEEEHRVFLVGLEKLGKGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTT
        ++M    S+D LP  +      +S D +LA+G        K  ERKKGVPW+EEEH+ FL GL +LGKGDWRGIS+ FVT+RT TQVASHAQKYFLR T 
Subjt:  AAMKKSFSLDCLPSSSSTSSTSSSSDIKLATGYLSDGLITKTHERKKGVPWSEEEHRVFLVGLEKLGKGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTT

Query:  LTRKKHCRPSLFD
          +KK  R SLFD
Subjt:  LTRKKHCRPSLFD

Q2V9B0 Transcription factor MYB1R12.3e-2538.34Show/hide
Query:  GRFKLFGVQLDGAAMKKSFSLDCL-----PSSSSTSS---TSSSSDIKLATGYLS-DGLI----TKTHERKKGVPWSEEEHRVFLVGLEKLGKGDWRGIS
        G   LFGV++    M+KS SL+ L     P++++ ++    + SS +    GY S D  +        ERK+GVPW+EEEH++FL+GL+K+GKGDWRGIS
Subjt:  GRFKLFGVQLDGAAMKKSFSLDCL-----PSSSSTSS---TSSSSDIKLATGYLS-DGLI----TKTHERKKGVPWSEEEHRVFLVGLEKLGKGDWRGIS

Query:  RKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTTLTRKKHCRPSLFDGGARDKFTMQVVESSNSNSKPT---SNLPASPSNISFGIPSKNST--PINIPKM----TLNH
        R FV TRTPTQVASHAQKYFLR + L R++  R SLFD        M + E  N    P    + LP + +N     P+      P+ I K     TL  
Subjt:  RKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTTLTRKKHCRPSLFDGGARDKFTMQVVESSNSNSKPT---SNLPASPSNISFGIPSKNST--PINIPKM----TLNH

Query:  HHHHHHN---SSVPIWFGYEPSKNSSSIMNYHSHGKKKTISHHQAPDLQLSLS
        H H + +     VP++    PS       N++S  +  ++S      L+LSLS
Subjt:  HHHHHHN---SSVPIWFGYEPSKNSSSIMNYHSHGKKKTISHHQAPDLQLSLS

Q7XC57 Transcription factor MYBS31.3e-3649.47Show/hide
Query:  MGRKCSHCGKVGHNSRTCTIRGRFKLFGVQLDGAAMKKSFSLDCL----PSSSSTSSTSSSSD-----IKLATGYLSD----GLITKTHERKKGVPWSEE
        M R+CSHC   GHNSRTC  RG  K+FGV+L   +++KS S+  L     ++ STS  +S +D        A GY SD    G  + T +RKKGVPW+EE
Subjt:  MGRKCSHCGKVGHNSRTCTIRGRFKLFGVQLDGAAMKKSFSLDCL----PSSSSTSSTSSSSD-----IKLATGYLSD----GLITKTHERKKGVPWSEE

Query:  EHRVFLVGLEKLGKGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTTLTRKKHCRPSLFDGGARDKFTMQVVESSNSNSKPTSNLPASP
        EHR FL+GL+KLGKGDWRGISR FV +RTPTQVASHAQKYF+R + +TR+K  R SLFD    +   +  +           N PA P
Subjt:  EHRVFLVGLEKLGKGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTTLTRKKHCRPSLFDGGARDKFTMQVVESSNSNSKPTSNLPASP

Q9FKF9 Probable transcription factor At5g616201.8e-3346.39Show/hide
Query:  MGRKCSHCGKVGHNSRTC---TIRGRFKLFGVQLDG--------AAMKKSFSLDCLPSSSSTSSTSSSSDIKLA---TGYLSDGLI-----TKTHERKKG
        + + CSHCG  GHN+RTC     +   KLFGV +           A++KS SL  L +  +   ++ S D   A   TGY SDG I        HE+KKG
Subjt:  MGRKCSHCGKVGHNSRTC---TIRGRFKLFGVQLDG--------AAMKKSFSLDCLPSSSSTSSTSSSSDIKLA---TGYLSDGLI-----TKTHERKKG

Query:  VPWSEEEHRVFLVGLEKLGKGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTTLTRKKHCRPSLFDGGARDKFTMQVVESSNSNSKPTSNLPASP
         PW+EEEHR FL+GL KLGKGDWRGI++ FV+TRTPTQVASHAQKYF+RL    ++K  R SLFD    D    Q  +  NS    T   P  P
Subjt:  VPWSEEEHRVFLVGLEKLGKGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTTLTRKKHCRPSLFDGGARDKFTMQVVESSNSNSKPTSNLPASP

Q9LVS0 Transcription factor KUA11.9e-3552.17Show/hide
Query:  MGRKCSHCGKVGHNSRTCTIRGRFKLFGVQLDGAAMKKSFSLDCL------------PSSSSTSSTSSSSDIKLATGYLSDGLI---TKTHERKKGVPWS
        M R+CSHC   GHNSRTC  RG  KLFGV+L   +++KS S+  L              S++  S     D     GY S+  +   + + ERKKG PW+
Subjt:  MGRKCSHCGKVGHNSRTCTIRGRFKLFGVQLDGAAMKKSFSLDCL------------PSSSSTSSTSSSSDIKLATGYLSDGLI---TKTHERKKGVPWS

Query:  EEEHRVFLVGLEKLGKGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTTLTRKKHCRPSLFD
        EEEHR+FL+GL+KLGKGDWRGISR +VTTRTPTQVASHAQKYF+R + ++R+K  R SLFD
Subjt:  EEEHRVFLVGLEKLGKGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTTLTRKKHCRPSLFD

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G70000.1 myb-like transcription factor family protein7.6e-3249.4Show/hide
Query:  MGRKCSHCGKVGHNSRTC----TIRG----------RFKLFGVQLDGAA---MKKSFSLDCLPSSSSTSSTSSSSDIKLATGYLSDGLI---TKTHERKK
        M R CS CG  GHNSRTC    T  G             LFGV++  A+    +KS S++ L     T   + + D     GY SD ++    +  ERK+
Subjt:  MGRKCSHCGKVGHNSRTC----TIRG----------RFKLFGVQLDGAA---MKKSFSLDCLPSSSSTSSTSSSSDIKLATGYLSDGLI---TKTHERKK

Query:  GVPWSEEEHRVFLVGLEKLGKGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTTLTRKKHCRPSLFD
        G PW+EEEHR+FL GL K+GKGDWRGISR FV TRTPTQVASHAQKYFLR T   R++  R SLFD
Subjt:  GVPWSEEEHRVFLVGLEKLGKGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTTLTRKKHCRPSLFD

AT3G16350.1 Homeodomain-like superfamily protein3.6e-3444.59Show/hide
Query:  MGRKCSHCGKVGHNSRTCTIRG-----------------------RFKLFGVQL-DGAAMKKSFSLDCLP--------------SSSSTSSTSSSSDIKL
        M R+CSHC   GHNSRTC  RG                         KLFGV+L DG+ +KKS S+  L               S SS  +TS+ +D  L
Subjt:  MGRKCSHCGKVGHNSRTCTIRG-----------------------RFKLFGVQL-DGAAMKKSFSLDCLP--------------SSSSTSSTSSSSDIKL

Query:  A-----------TGYLSD------GLITKTHERKKGVPWSEEEHRVFLVGLEKLGKGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTTLTRKKHCRPSLF
        +            GYLSD      G   +  ERK+GVPW+EEEHR+FLVGL+KLGKGDWRGISR +VT+RTPTQVASHAQKYF+R T+ +R+K  R SLF
Subjt:  A-----------TGYLSD------GLITKTHERKKGVPWSEEEHRVFLVGLEKLGKGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTTLTRKKHCRPSLF

Query:  DGGARDKFTMQVVESSNSNSKPTSNLPASPS
        D    +     V +SS +  + T N  +SPS
Subjt:  DGGARDKFTMQVVESSNSNSKPTSNLPASPS

AT5G47390.1 myb-like transcription factor family protein1.3e-3652.17Show/hide
Query:  MGRKCSHCGKVGHNSRTCTIRGRFKLFGVQLDGAAMKKSFSLDCL------------PSSSSTSSTSSSSDIKLATGYLSDGLI---TKTHERKKGVPWS
        M R+CSHC   GHNSRTC  RG  KLFGV+L   +++KS S+  L              S++  S     D     GY S+  +   + + ERKKG PW+
Subjt:  MGRKCSHCGKVGHNSRTCTIRGRFKLFGVQLDGAAMKKSFSLDCL------------PSSSSTSSTSSSSDIKLATGYLSDGLI---TKTHERKKGVPWS

Query:  EEEHRVFLVGLEKLGKGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTTLTRKKHCRPSLFD
        EEEHR+FL+GL+KLGKGDWRGISR +VTTRTPTQVASHAQKYF+R + ++R+K  R SLFD
Subjt:  EEEHRVFLVGLEKLGKGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTTLTRKKHCRPSLFD

AT5G56840.1 myb-like transcription factor family protein2.4e-4660.74Show/hide
Query:  MGRKCSHCGKVGHNSRTCTIRGR--FKLFGVQLD---------------GAAMKKSFSLDCLPSSSSTSSTSSSSDIKLATGYLSDGLITKTHERKKGVP
        MGR+CSHCG VGHNSRTC+       +LFGV LD                AA+KKSFS+DCLP+ SS+SS+ +        GYLSDGL  KT +RKKGVP
Subjt:  MGRKCSHCGKVGHNSRTCTIRGR--FKLFGVQLD---------------GAAMKKSFSLDCLPSSSSTSSTSSSSDIKLATGYLSDGLITKTHERKKGVP

Query:  WSEEEHRVFLVGLEKLGKGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTTLTRKKHCRPSLFD
        W+ EEHR FL+GLEKLGKGDWRGISR FV T++PTQVASHAQKYFLR TT    K  R SLFD
Subjt:  WSEEEHRVFLVGLEKLGKGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTTLTRKKHCRPSLFD

AT5G61620.1 myb-like transcription factor family protein1.2e-3446.39Show/hide
Query:  MGRKCSHCGKVGHNSRTC---TIRGRFKLFGVQLDG--------AAMKKSFSLDCLPSSSSTSSTSSSSDIKLA---TGYLSDGLI-----TKTHERKKG
        + + CSHCG  GHN+RTC     +   KLFGV +           A++KS SL  L +  +   ++ S D   A   TGY SDG I        HE+KKG
Subjt:  MGRKCSHCGKVGHNSRTC---TIRGRFKLFGVQLDG--------AAMKKSFSLDCLPSSSSTSSTSSSSDIKLA---TGYLSDGLI-----TKTHERKKG

Query:  VPWSEEEHRVFLVGLEKLGKGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTTLTRKKHCRPSLFDGGARDKFTMQVVESSNSNSKPTSNLPASP
         PW+EEEHR FL+GL KLGKGDWRGI++ FV+TRTPTQVASHAQKYF+RL    ++K  R SLFD    D    Q  +  NS    T   P  P
Subjt:  VPWSEEEHRVFLVGLEKLGKGDWRGISRKFVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTTLTRKKHCRPSLFDGGARDKFTMQVVESSNSNSKPTSNLPASP


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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GAAGAGCTTCAGCTTGGATTGTTTGCCTTCTTCTTCTTCTACTTCTTCTACTTCTTCTTCTTCTGACATTAAATTGGCAACTGGGTATCTCTCTGATGGCCTCATCACCA
AAACCCACGAGAGAAAAAAGGGTGTGCCATGGAGTGAAGAGGAGCACAGAGTGTTTCTAGTTGGGCTAGAGAAGCTTGGAAAAGGAGATTGGAGAGGAATCTCAAGGAAA
TTTGTGACGACAAGAACTCCAACTCAAGTGGCCAGCCATGCCCAAAAGTACTTCCTCAGACTCACAACCCTCACCAGAAAAAAGCACTGCCGCCCCAGCCTTTTCGATGG
TGGTGCAAGAGACAAATTCACAATGCAAGTGGTTGAGAGCAGCAATTCCAACTCCAAGCCAACCAGCAACCTGCCAGCTTCTCCATCCAATATTTCCTTTGGGATTCCAT
CAAAAAATTCAACTCCAATTAATATTCCCAAAATGACCTTGAATCACCATCATCATCATCATCATAATTCTTCAGTGCCCATTTGGTTTGGTTATGAGCCATCAAAAAAT
TCAAGCTCAATAATGAATTACCATTCTCATGGAAAAAAGAAGACAATTTCCCATCATCAGGCACCTGATTTGCAGCTCAGTTTGTCAACTCCAAAGCCAGTTCAACAACC
AGCTGCCATT
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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AGCTGCCATT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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FVTTRTPTQVASHAQKYFLRLTTLTRKKHCRPSLFDGGARDKFTMQVVESSNSNSKPTSNLPASPSNISFGIPSKNSTPINIPKMTLNHHHHHHHNSSVPIWFGYEPSKN
SSSIMNYHSHGKKKTISHHQAPDLQLSLSTPKPVQQPAAI