; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MS002912 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS002912
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
Descriptionheterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1
Genome locationscaffold359:600461..602917
RNA-Seq ExpressionMS002912
SyntenyMS002912
Gene Ontology termsGO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR034131 - DAZ-associated protein 1, RNA recognition motif 2
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0035665.1 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1 [Cucumis melo var. makuwa]5.5e-25694.53Show/hide
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A0A1S3CK54 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 12.7e-25694.53Show/hide
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A0A5D3E516 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 12.7e-25694.53Show/hide
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A0A6J1CL94 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 15.5e-270100Show/hide
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A0A6J1EKS0 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1-like isoform X11.5e-25192.63Show/hide
Query:  MDPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVIAARVVLEKHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGP
        MDPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPV+AARVVLEKHVIDGRTVEAKKAVPRDDQN+LSRNNTGILGSPGP
Subjt:  MDPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVIAARVVLEKHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGP

Query:  TRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTITDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNRNQLGGYPYGF
        TRTKKIFVGGLASTVTESDFK YFDQFGTITDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNR+QLG YPYGF
Subjt:  TRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTITDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNRNQLGGYPYGF

Query:  GRVGSYLNGYNQGYNPASVGGYGLRSDGRFSPISVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLSPNYGAGPNGNSNLSYGRVMSPSYGVNLNRYGSPNPMLYGGGS
        GRVGSYLNGYNQGYNP SVG YGLRSD RFSP++VGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGL+PNYG G N  SNLSYGRVMSPSYG NLNRYGSPNPM+YGGG+
Subjt:  GRVGSYLNGYNQGYNPASVGGYGLRSDGRFSPISVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLSPNYGAGPNGNSNLSYGRVMSPSYGVNLNRYGSPNPMLYGGGS

Query:  GGNGSILSSSVQNLWGNVGNSAGANSSHLRTFPGSGGVHTGTNSLNSIGGLWGASASLGHGENAGSPFNTANLDFGNGDASFTSGTTVGYARSIGTNVSS
        GGNGSILSSSVQNLWGNVGNS G NSSHLRTFPGSGGVHTGTNSLN IGGLWGASASL HGE++GSPFN  NLDF +GD S TSGTTVGYARS+GTNVSS
Subjt:  GGNGSILSSSVQNLWGNVGNSAGANSSHLRTFPGSGGVHTGTNSLNSIGGLWGASASLGHGENAGSPFNTANLDFGNGDASFTSGTTVGYARSIGTNVSS

Query:  ASLYSAPNIYDEVHGNNDEGNSFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNAASDVISRNSAGYTVGYGVSNRQSNRG
        ASLYSAPNIYDEVHGNNDEGNSFYGHSSWQ LPTELEDSSS+GFGLGNAASDVISRN+ GYTVGYGVSNRQSNRG
Subjt:  ASLYSAPNIYDEVHGNNDEGNSFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNAASDVISRNSAGYTVGYGVSNRQSNRG

SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q8W034 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 13.7e-6137.81Show/hide
Query:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVIAARVVLEKHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSR----NNTGILGS
        D GKLF+GGISW+TDED+LRE+F ++GEV + ++MRD+ TGR RGFGFV+F+DP +  RV+ EKH ID R V+ K+A+ R++Q +  R    N +   G 
Subjt:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVIAARVVLEKHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSR----NNTGILGS

Query:  PGPTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTITDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNRNQLGGYP
            +TKKIFVGGL  T+T+ +F++YF+ +G +TDV +MYD  T RPRGFGF++++SE++V+ VL+KTFH+L+GK VEVKRA+PK+++P      +GG  
Subjt:  PGPTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTITDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNRNQLGGYP

Query:  YGFGRVGSYLNGYNQGYNPASVGGYGLRSDGRF-SPISVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLSPNYGAGPNGNSNLSYGRVMSPSYGVNLNRYGSPNPMLY
           G  G Y     QGY        G     RF    SVG G  S  S GYG G          YG G NG    +YG      Y  +   YG+     Y
Subjt:  YGFGRVGSYLNGYNQGYNPASVGGYGLRSDGRF-SPISVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLSPNYGAGPNGNSNLSYGRVMSPSYGVNLNRYGSPNPMLY

Query:  GGGS---GGNGSILSSSVQNLWGNVGNSAGANSSHLRTFPGSGGVHTGTNSLNSIGGLWGASASLGHGENAGSPFNTANLDFGNGDASFTSGTTVGYARS
        G  +    G GS    + +N W    +S   N  +     GSG  H+G        G+ GA+          SP   +N  +G G     SG+  GY   
Subjt:  GGGS---GGNGSILSSSVQNLWGNVGNSAGANSSHLRTFPGSGGVHTGTNSLNSIGGLWGASASLGHGENAGSPFNTANLDFGNGDASFTSGTTVGYARS

Query:  IGTNVSSASLYSAPNIYDEVHGNNDEGN-----SFYGHSSWQSLPTE
              + + Y          G+N+ G+       YG  SW+S P++
Subjt:  IGTNVSSASLYSAPNIYDEVHGNNDEGN-----SFYGHSSWQSLPTE

Q920Q6 RNA-binding protein Musashi homolog 24.6e-4839.03Show/hide
Query:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVIAARVVLE-KHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGP
        DPGK+FIGG+SW T  D LR+YF  FGE+ E M+MRD TT R+RGFGFV FADP    +V+ +  H +D +T++ K A PR  Q  +             
Subjt:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVIAARVVLE-KHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGP

Query:  TRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTITDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKE-SSPVPNRNQLGGYPY-
        TRTKKIFVGGL++     D K+YF+QFG + D ++M+D  T R RGFGF+T+E+E+ VEKV    FHE+N KMVE K+A PKE   P   R +  G PY 
Subjt:  TRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTITDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKE-SSPVPNRNQLGGYPY-

Query:  ------GFGRVG--SYLNGYNQGYNPASVGGYGLRSDGRFSPISVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLSPNYGAGPNGNSNLSYGRVMSPSYGVNLNRYGS
              G G +G  +++  Y +GY P     YG +  G F   + G    + ++   G  LN       +Y A PN      +G   SP+          
Subjt:  ------GFGRVG--SYLNGYNQGYNPASVGGYGLRSDGRFSPISVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLSPNYGAGPNGNSNLSYGRVMSPSYGVNLNRYGS

Query:  PNPMLYGGGSGGNGSILSSSVQNLWGNVGNSAGANS--SHLRTFPGSGGVH
         NP   GG  G N       V +L+G     +G  +  S     PGSG  H
Subjt:  PNPMLYGGGSGGNGSILSSSVQNLWGNVGNSAGANS--SHLRTFPGSGGVH

Q96DH6 RNA-binding protein Musashi homolog 25.5e-4940Show/hide
Query:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVIAARVVLE-KHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGP
        DPGK+FIGG+SW T  D LR+YF  FGE+ E M+MRD TT R+RGFGFV FADP    +V+ +  H +D +T++ K A PR  Q  +             
Subjt:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVIAARVVLE-KHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGP

Query:  TRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTITDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKE-SSPVPNRNQLGGYPY-
        TRTKKIFVGGL++     D K+YF+QFG + D ++M+D  T R RGFGF+T+E+E+ VEKV    FHE+N KMVE K+A PKE   P   R +  G PY 
Subjt:  TRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTITDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKE-SSPVPNRNQLGGYPY-

Query:  ------GFGRVG--SYLNGYNQGYNPASVGGYGLRSDG----RFSP-----ISVGRG-GLSPISPGYGIGLNLDTGLSPNYGAGPNGNSNLSYGRVMSPS
              G G +G  +++  Y +GY P     YG +  G     + P     ++  RG G +P  PG   G N    ++  YG     +   +Y    SP 
Subjt:  ------GFGRVG--SYLNGYNQGYNPASVGGYGLRSDG----RFSP-----ISVGRG-GLSPISPGYGIGLNLDTGLSPNYGAGPNGNSNLSYGRVMSPS

Query:  YGVNLNRYGSPNPML
         G     +G   P++
Subjt:  YGVNLNRYGSPNPML

Q96EP5 DAZ-associated protein 14.8e-4538.41Show/hide
Query:  GKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVIAARVVLEK-HVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGPTR
        GKLF+GG+ W T ++ LR YF  +GEVV+ +IM+D+TT ++RGFGFV F DP     V+  + H +DGR ++ K   PR  Q   +R   G    P    
Subjt:  GKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVIAARVVLEK-HVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGPTR

Query:  TK--KIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTITDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKES-SPVPNRNQLGGYPYG
        +K  KIFVGG+     E++ ++YF +FG +T+VV++YD   QRPRGFGFIT+E E+SV++ +   FH++ GK VEVKRA P++S S  P   Q G   +G
Subjt:  TK--KIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTITDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKES-SPVPNRNQLGGYPYG

Query:  FGRVGSYLNG--------YNQGYNPASVGGYGLRSDGRFSPISVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLSPNYGAGPNGNSNLSYGRVMSPSYGVNLNRYGSP
           V +  NG        + QGY P  +     ++ G + P   GRG   P  P     ++   G  P     P G     YG     S+G     YG P
Subjt:  FGRVGSYLNG--------YNQGYNPASVGGYGLRSDGRFSPISVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLSPNYGAGPNGNSNLSYGRVMSPSYGVNLNRYGSP

Query:  NP
         P
Subjt:  NP

Q9JII5 DAZ-associated protein 16.3e-4537.7Show/hide
Query:  GKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVIAARVVLEK-HVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSRNNTGILGSP--GP
        GKLF+GG+ W T ++ LR YF  +GEVV+ +IM+D+TT ++RGFGFV F DP     V+  + H +DGR ++ K   PR  Q   +R   G    P    
Subjt:  GKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVIAARVVLEK-HVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSRNNTGILGSP--GP

Query:  TRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTITDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNRNQLGGYP---
        +++ KIFVGG+     E++ ++YF +FG +T+VV++YD   QRPRGFGFIT+E E+SV++ +   FH++ GK VEVKRA P++S     +NQ  G P   
Subjt:  TRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTITDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNRNQLGGYP---

Query:  -YGFGRVGSYLNG--------YNQGYNPASVGGYGLRSDGRFSPISVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLSPNYGAGPNGNSNLSYGRVMSPSYGVNLNRY
         +G     S  NG        + QGY P  +     ++ G + P   GRG   P  P     ++   G  P     P G     YG     S+G     Y
Subjt:  -YGFGRVGSYLNG--------YNQGYNPASVGGYGLRSDGRFSPISVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLSPNYGAGPNGNSNLSYGRVMSPSYGVNLNRY

Query:  GSPNP
        G P P
Subjt:  GSPNP

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G07810.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein1.1e-12956.45Show/hide
Query:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVIAARVVLEKHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSR-NNTGILGSP-G
        D GKLFIGGISWDT+E+RL+EYF SFGEV+E +I++DRTTGRARGFGFVVFADP +A  V+ EKH IDGR VEAKKAVPRDDQN+++R N++ I GSP G
Subjt:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVIAARVVLEKHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSR-NNTGILGSP-G

Query:  PTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTITDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNRNQLG-GYPY
        P RT+KIFVGGL S+VTESDFK YF+QFGT TDVVVMYDHNTQRPRGFGFITY+SEE+VEKVL KTFHELNGKMVEVKRAVPKE SP P+R+ LG GY Y
Subjt:  PTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTITDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNRNQLG-GYPY

Query:  GFGRVGSYLNGYNQGYNPASVGGYGLRSDGRFSPISVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLSPNYGAGPNGNSNLSYGRVMSPSYGVNLNRYGSPNPMLYGG
        G  RV + LNGY QG+NPA+VGGYGLR DGRFSP+  GR G +  S GYG+ +N D GL   +  G N N N+ YGR MSP Y  N NR+G P     GG
Subjt:  GFGRVGSYLNGYNQGYNPASVGGYGLRSDGRFSPISVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLSPNYGAGPNGNSNLSYGRVMSPSYGVNLNRYGSPNPMLYGG

Query:  GSGGNGSILSSSVQNLWGNVGN-SAGANSSHLRTFPGSGGVHTGTNSLN----SIGGLWGASASLGHGENAGSPFNTANLDFGNGDASFTSGTTVGYARS
          GGN S  SS  +NLWGN G  +   N+++  +    GG  +G N+L+    + G  WGA    G G NA S  N      GNG++ F  GT    AR+
Subjt:  GSGGNGSILSSSVQNLWGNVGN-SAGANSSHLRTFPGSGGVHTGTNSLN----SIGGLWGASASLGHGENAGSPFNTANLDFGNGDASFTSGTTVGYARS

Query:  IGTN----VSSASLYSAPNI--YD-----EVHGNNDEGNSFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNA--ASDVISRNSA-GYTVGYGVSNRQSNRG
         G N     SS S  SA N   YD     E +GN     + Y   +W+S   E E  +   +G+G    +SDV +R+S+ GY   Y V+ RQ NRG
Subjt:  IGTN----VSSASLYSAPNI--YD-----EVHGNNDEGNSFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNA--ASDVISRNSA-GYTVGYGVSNRQSNRG

AT3G07810.2 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein2.2e-13056.54Show/hide
Query:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVIAARVVLEKHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSR-NNTGILGSP-G
        D GKLFIGGISWDT+E+RL+EYF SFGEV+E +I++DRTTGRARGFGFVVFADP +A  V+ EKH IDGR VEAKKAVPRDDQN+++R N++ I GSP G
Subjt:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVIAARVVLEKHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSR-NNTGILGSP-G

Query:  PTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTITDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNRNQLG-GYPY
        P RT+KIFVGGL S+VTESDFK YF+QFGT TDVVVMYDHNTQRPRGFGFITY+SEE+VEKVL KTFHELNGKMVEVKRAVPKE SP P+R+ LG GY Y
Subjt:  PTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTITDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNRNQLG-GYPY

Query:  GFGRVGSYLNGYNQGYNPASVGGYGLRSDGRFSPISVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLSPNYGAGPNGNSNLSYGRVMSPSYGVNLNRYGSPNPMLYGG
        G  RV + LNGY QG+NPA+VGGYGLR DGRFSP+  GR G +  S GYG+ +N D GL   +  G N N N+ YGR MSP Y  N NR+G P     GG
Subjt:  GFGRVGSYLNGYNQGYNPASVGGYGLRSDGRFSPISVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLSPNYGAGPNGNSNLSYGRVMSPSYGVNLNRYGSPNPMLYGG

Query:  GSGGNGSILSSSVQNLWGNVGN-SAGANSSHLRTFPGSGGVHTGTNSLN----SIGGLWGASASLGHGENAGSPFNTANLDFGNGDASFTSGTTVGYARS
          GGN S  SS  +NLWGN G  +   N+++  +    GG  +G N+L+    + G  WGA    G G NA S  N      GNG++ F  GT    AR+
Subjt:  GSGGNGSILSSSVQNLWGNVGN-SAGANSSHLRTFPGSGGVHTGTNSLN----SIGGLWGASASLGHGENAGSPFNTANLDFGNGDASFTSGTTVGYARS

Query:  IGTN----VSSASLYSAPNI--YD-----EVHGNNDEGNSFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNA--ASDVISRNSA-GYTVGYGVSNRQSNRGE
         G N     SS S  SA N   YD     E +GN     + Y   +W+S   E E  +   +G+G    +SDV +R+S+ GY   Y V+ RQ NRGE
Subjt:  IGTN----VSSASLYSAPNI--YD-----EVHGNNDEGNSFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNA--ASDVISRNSA-GYTVGYGVSNRQSNRGE

AT5G47620.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein1.8e-11150.83Show/hide
Query:  MDPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVIAARVVLEKHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGP
        M+  KLFIGGISW+T EDRLR+YF SFGEV+E +IM+DR TGRARGFGFVVFADP +A RVVL KH+IDG+ VEAKKAVPRDD  + +++N+ + GSPGP
Subjt:  MDPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVIAARVVLEKHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGP

Query:  TRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTITDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNRNQLGGYPYGF
        + +KKIFVGGLAS+VTE++FKKYF QFG ITDVVVMYDH TQRPRGFGFI+Y+SEE+V+KVL KTFHELNGKMVEVK AVPK+ +    RNQ+    +G 
Subjt:  TRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTITDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNRNQLGGYPYGF

Query:  GRVGSYLNGYNQGYNPASVGGYGLRSDGRFSPISVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLSPNYGAGPNGNSNLSYGRVMSPSYGVNLNRYGSPNPMLYGGGS
         R+ S LN Y QG++P+ + GYG++ + R+SP    RGG SP   GYGI LN +   + NYG+G +G     +GR  SP Y  +L R+GS   M  GG S
Subjt:  GRVGSYLNGYNQGYNPASVGGYGLRSDGRFSPISVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLSPNYGAGPNGNSNLSYGRVMSPSYGVNLNRYGSPNPMLYGGGS

Query:  GGNGSILSSSVQN-LWGNVGNSAGANSSHLR-TFPGSGGVHTGTNSLNSIGGLWGASA---SLGHGENAGSPFNTANLDFGNGDASFTSGTTVGYARSIG
         GNGS+L+++ +N LWGN G    +NS   R +F G+ G+    +SL SIG  WG  A   S  HGE  G                      VG     G
Subjt:  GGNGSILSSSVQN-LWGNVGNSAGANSSHLR-TFPGSGGVHTGTNSLNSIGGLWGASA---SLGHGENAGSPFNTANLDFGNGDASFTSGTTVGYARSIG

Query:  TNVSSASLYSAPNIYDEVHGNNDEGNSFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNAASDVISRNSAGYTVGYGVSNRQSNRG
         +V   S  S  +I         E +S Y  S W SLP + E+      GLG    D +SR  AGY       NRQ N G
Subjt:  TNVSSASLYSAPNIYDEVHGNNDEGNSFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNAASDVISRNSAGYTVGYGVSNRQSNRG

AT5G47620.2 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein1.8e-11150.83Show/hide
Query:  MDPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVIAARVVLEKHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGP
        M+  KLFIGGISW+T EDRLR+YF SFGEV+E +IM+DR TGRARGFGFVVFADP +A RVVL KH+IDG+ VEAKKAVPRDD  + +++N+ + GSPGP
Subjt:  MDPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVIAARVVLEKHVIDGRTVEAKKAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGP

Query:  TRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTITDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNRNQLGGYPYGF
        + +KKIFVGGLAS+VTE++FKKYF QFG ITDVVVMYDH TQRPRGFGFI+Y+SEE+V+KVL KTFHELNGKMVEVK AVPK+ +    RNQ+    +G 
Subjt:  TRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTITDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKRAVPKESSPVPNRNQLGGYPYGF

Query:  GRVGSYLNGYNQGYNPASVGGYGLRSDGRFSPISVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLSPNYGAGPNGNSNLSYGRVMSPSYGVNLNRYGSPNPMLYGGGS
         R+ S LN Y QG++P+ + GYG++ + R+SP    RGG SP   GYGI LN +   + NYG+G +G     +GR  SP Y  +L R+GS   M  GG S
Subjt:  GRVGSYLNGYNQGYNPASVGGYGLRSDGRFSPISVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLSPNYGAGPNGNSNLSYGRVMSPSYGVNLNRYGSPNPMLYGGGS

Query:  GGNGSILSSSVQN-LWGNVGNSAGANSSHLR-TFPGSGGVHTGTNSLNSIGGLWGASA---SLGHGENAGSPFNTANLDFGNGDASFTSGTTVGYARSIG
         GNGS+L+++ +N LWGN G    +NS   R +F G+ G+    +SL SIG  WG  A   S  HGE  G                      VG     G
Subjt:  GGNGSILSSSVQN-LWGNVGNSAGANSSHLR-TFPGSGGVHTGTNSLNSIGGLWGASA---SLGHGENAGSPFNTANLDFGNGDASFTSGTTVGYARSIG

Query:  TNVSSASLYSAPNIYDEVHGNNDEGNSFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNAASDVISRNSAGYTVGYGVSNRQSNRG
         +V   S  S  +I         E +S Y  S W SLP + E+      GLG    D +SR  AGY       NRQ N G
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AT5G47620.4 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein9.1e-10848.61Show/hide
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        M+  KLFIGGISW+T EDRLR+YF SFGEV+E +IM+DR TGRARGFGFVVFADP +A RVVL KH+IDG+                       VEAKKA
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Query:  VPRDDQNILSRNNTGILGSPGPTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTITDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEVKR
        VPRDD  + +++N+ + GSPGP+ +KKIFVGGLAS+VTE++FKKYF QFG ITDVVVMYDH TQRPRGFGFI+Y+SEE+V+KVL KTFHELNGKMVEVK 
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Query:  AVPKESSPVPNRNQLGGYPYGFGRVGSYLNGYNQGYNPASVGGYGLRSDGRFSPISVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLSPNYGAGPNGNSNLSYGRVMS
        AVPK+ +    RNQ+    +G  R+ S LN Y QG++P+ + GYG++ + R+SP    RGG SP   GYGI LN +   + NYG+G +G     +GR  S
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Query:  PSYGVNLNRYGSPNPMLYGGGSGGNGSILSSSVQN-LWGNVGNSAGANSSHLR-TFPGSGGVHTGTNSLNSIGGLWGASA---SLGHGENAGSPFNTANL
        P Y  +L R+GS   M  GG S GNGS+L+++ +N LWGN G    +NS   R +F G+ G+    +SL SIG  WG  A   S  HGE  G        
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                      VG     G +V   S  S  +I         E +S Y  S W SLP + E+      GLG    D +SR  AGY       NRQ N
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Query:  RG
         G
Subjt:  RG


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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AAGCAAAGAAGGCTGTTCCTCGAGACGATCAAAACATTTTGAGCCGAAACAATACTGGTATCCTCGGATCACCCGGCCCTACTCGCACAAAGAAGATATTTGTTGGAGGT
TTGGCATCCACCGTCACAGAGAGTGACTTTAAGAAGTACTTTGATCAGTTTGGAACAATCACAGATGTCGTGGTGATGTATGACCATAATACTCAGAGACCAAGAGGTTT
TGGATTTATCACTTACGAGTCAGAGGAATCAGTGGAGAAAGTGTTGTACAAAACTTTCCATGAACTCAATGGTAAAATGGTTGAGGTTAAGAGAGCTGTTCCAAAGGAAT
CATCACCAGTGCCCAACCGAAATCAATTAGGCGGTTACCCTTATGGTTTTGGTAGAGTTGGTAGCTATTTAAATGGCTATAATCAAGGATACAATCCAGCCTCAGTTGGA
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ATTCAATACTGCTAATCTCGACTTCGGAAACGGAGATGCCAGCTTTACATCAGGCACAACAGTAGGTTATGCTAGAAGCATTGGAACTAATGTTTCCTCAGCATCTTTGT
ACTCTGCACCAAATATTTATGATGAGGTTCATGGGAATAATGATGAAGGAAACTCATTCTATGGCCATTCCAGTTGGCAGTCATTGCCAACAGAGCTTGAGGATTCTTCC
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CTTC
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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GGATCGGACCACCGGCCGTGCCCGTGGCTTCGGTTTCGTCGTCTTTGCTGATCCTGTCATTGCAGCGAGAGTTGTATTGGAAAAGCATGTAATTGATGGAAGAACTGTTG
AAGCAAAGAAGGCTGTTCCTCGAGACGATCAAAACATTTTGAGCCGAAACAATACTGGTATCCTCGGATCACCCGGCCCTACTCGCACAAAGAAGATATTTGTTGGAGGT
TTGGCATCCACCGTCACAGAGAGTGACTTTAAGAAGTACTTTGATCAGTTTGGAACAATCACAGATGTCGTGGTGATGTATGACCATAATACTCAGAGACCAAGAGGTTT
TGGATTTATCACTTACGAGTCAGAGGAATCAGTGGAGAAAGTGTTGTACAAAACTTTCCATGAACTCAATGGTAAAATGGTTGAGGTTAAGAGAGCTGTTCCAAAGGAAT
CATCACCAGTGCCCAACCGAAATCAATTAGGCGGTTACCCTTATGGTTTTGGTAGAGTTGGTAGCTATTTAAATGGCTATAATCAAGGATACAATCCAGCCTCAGTTGGA
GGATATGGACTGAGATCTGATGGTAGATTTAGTCCCATTTCAGTTGGTCGTGGTGGGCTTTCTCCAATAAGTCCTGGTTATGGAATAGGACTAAATCTTGACACAGGGTT
GAGCCCAAACTACGGGGCAGGTCCGAATGGTAACTCTAATCTCAGCTATGGACGAGTAATGAGCCCCTCGTATGGTGTAAATTTAAATAGGTATGGTAGCCCAAACCCGA
TGCTATATGGTGGAGGCAGTGGAGGGAATGGTTCTATTTTAAGCTCATCGGTTCAGAATCTGTGGGGGAACGTCGGTAACTCTGCTGGTGCAAACTCCTCACACTTGAGG
ACTTTTCCCGGCTCTGGTGGTGTGCATACAGGAACTAATTCCTTGAACAGTATCGGAGGGCTTTGGGGTGCTTCTGCAAGTCTCGGTCATGGGGAAAATGCTGGTTCTCC
ATTCAATACTGCTAATCTCGACTTCGGAAACGGAGATGCCAGCTTTACATCAGGCACAACAGTAGGTTATGCTAGAAGCATTGGAACTAATGTTTCCTCAGCATCTTTGT
ACTCTGCACCAAATATTTATGATGAGGTTCATGGGAATAATGATGAAGGAAACTCATTCTATGGCCATTCCAGTTGGCAGTCATTGCCAACAGAGCTTGAGGATTCTTCC
TCAATTGGCTTTGGCCTTGGCAATGCAGCTTCAGATGTTATTAGTAGAAACTCTGCTGGTTATACTGTTGGATATGGTGTTTCTAATAGACAATCTAATAGAGGTGAGTT
CTTC
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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TFPGSGGVHTGTNSLNSIGGLWGASASLGHGENAGSPFNTANLDFGNGDASFTSGTTVGYARSIGTNVSSASLYSAPNIYDEVHGNNDEGNSFYGHSSWQSLPTELEDSS
SIGFGLGNAASDVISRNSAGYTVGYGVSNRQSNRGEFF