; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MS003009 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS003009
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
Descriptionethylene-responsive transcription factor ERF113-like
Genome locationscaffold595_1:999482..999967
RNA-Seq ExpressionMS003009
SyntenyMS003009
Gene Ontology termsGO:0000724 - double-strand break repair via homologous recombination (biological process)
GO:0006355 - regulation of transcription, DNA-templated (biological process)
GO:0009873 - ethylene-activated signaling pathway (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0097196 - Shu complex (cellular component)
GO:0003697 - single-stranded DNA binding (molecular function)
GO:0003700 - DNA-binding transcription factor activity (molecular function)
InterPro domainsIPR001471 - AP2/ERF domain
IPR016177 - DNA-binding domain superfamily
IPR036955 - AP2/ERF domain superfamily
IPR044808 - Ethylene-responsive transcription factor


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6576097.1 Ethylene-responsive transcription factor, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.4e-4970.88Show/hide
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        SS  VAL PPL PQEEAFPGLHQYAQLLSSTDADFPYYSSTLLN      FSSS S       +QQ+H      FG  G TN
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XP_022148879.1 ethylene-responsive transcription factor ERF113 isoform X1 [Momordica charantia]8.0e-8299.37Show/hide
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XP_022148880.1 ethylene-responsive transcription factor ERF113 isoform X2 [Momordica charantia]8.0e-8299.37Show/hide
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XP_023514576.1 ethylene-responsive transcription factor ERF113-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]7.3e-5170.29Show/hide
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          EEAFPGLHQYAQLLSSTDADFPYYSSTLLN P  YP   SSSSSSS      QQ H         FG  G TN
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XP_038875113.1 ethylene-responsive transcription factor ERF113-like [Benincasa hispida]9.5e-5171.59Show/hide
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        +ESGRKRHYRGVRQRPWGKWAAEIRDPKKAARVWLGTFDTAEAAAIAYDNAALRFKG KAKLNFPERVQ N            GA    AA PS SS  V
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        +LPPPL  QEEAFPGLHQYAQLLSS+DADFPYYSST LLN   P    SSSSSS+       +H    FGT G TN
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0K9G5 AP2/ERF domain-containing protein9.6e-4971.18Show/hide
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        +SGRKRHYRGVRQRPWGKWAAEIRDPKKAARVWLGTFDTAEAAAIAYDNAALRFKGTKAKLNFPERVQ N     F      AAP      SS  V+LPP
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        PL   EEAFPGLHQYAQLLSS+DADFPYYSS+LL +   S    FSSSSSSS     +Q  +   FGT G
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A0A5D3DLW8 Ethylene-responsive transcription factor ERF113-like protein3.6e-4869.77Show/hide
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        + GRKRHYRGVRQRPWGKWAAEIRDPKKAARVWLGTFDTAEAAAIAYDNAALRFKGTKAKLNFPERVQ N   AEF   + PS          SS  V+L
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        PPPL   EE FPGLHQYAQLLSS+DADFPYYSS+LL +   S    FSSSSSSS     +Q  +   FGT G
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A0A6J1D464 ethylene-responsive transcription factor ERF113 isoform X23.9e-8299.37Show/hide
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        FPGLHQYAQLLSSTDADFPYYSSTLLNHPYPSLFSSSSSSSSSSSFNQQNHFGTRGPTN
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A0A6J1D5C6 ethylene-responsive transcription factor ERF113 isoform X13.9e-8299.37Show/hide
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        FPGLHQYAQLLSSTDADFPYYSSTLLNHPYPSLFSSSSSSSSSSSFNQQNHFGTRGPTN
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A0A6J1H7G8 ethylene-responsive transcription factor ERF113-like1.1e-4970.48Show/hide
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        ESGRKRHYRGVRQRPWGKWAAEIRDP KAARVWLGTFDTAEAAAIAYDNAALRFKG KAKLNFPER+Q N     F    GA A S+ +    P P +P 
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Query:  -QEEAFPGLHQYAQLLSSTDADFPYYSSTLLN--HPYPSLFSSSSSSSSSSSFNQQNHFGTRGPTN
          EEAFPGLHQYAQLLSSTDADFPYYSSTLLN  H YP   SSSSS       +Q    G  G TN
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P93007 Ethylene-responsive transcription factor ERF1123.2e-2549.32Show/hide
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        + R+R+YRGVRQRPWGKWAAEIRDP KAARVWLGTFDTAE AA+AYD AA  F+G KAKLNFPE ++ N T  +   + A S    +  PP   P     
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          L QY    S +       S  +L             SSSSSS N Q
Subjt:  PGLHQYAQLLSSTDADFPYYSSTLLNHPYPSLFSSSSSSSSSSSFNQQ

Q70II3 Ethylene-responsive transcription factor ERF1103.0e-2349.37Show/hide
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        +KR YRGVRQRPWGKWAAEIRDP +AARVWLGTFDTAEAAA AYD AALRF+G KAKLNFPE V+                   +  PPPL+        
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Query:  -PQEEAFPGLHQYAQLL-SSTDADF----PYYSSTLLNH-PYPSLFSSSSSSSSSSSF
           EE       Y +LL SS    F       SS +  H P       SSS  SSS+F
Subjt:  -PQEEAFPGLHQYAQLL-SSTDADF----PYYSSTLLNH-PYPSLFSSSSSSSSSSSF

Q9FH54 Ethylene-responsive transcription factor ERF1145.3e-2849.67Show/hide
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        R+RHYRGVRQRPWGKWAAEIRDPKKAARVWLGTF+TAE+AA+AYD AAL+FKG+KAKLNFPERVQ  +    ++    P              + ++ P 
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         +QY    SS D         Y S T   ++H   +  ++++SSSS  S  QQ
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Q9LY29 Ethylene-responsive transcription factor ERF1151.5e-2749.13Show/hide
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        RKRHYRGVRQRPWGKWAAEIRDP+KAARVWLGTF+TAEAAA+AYDNAAL+FKG+KAKLNFPER Q  +  +  TG     SS        P   PQ   +
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           + Y Q L       D   YS        ++ NH   S  +SSSS  SS   + +        FG   P N
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Q9LYU3 Ethylene-responsive transcription factor ERF1131.5e-3559.35Show/hide
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        R+RHYRGVRQRPWGKWAAEIRDPKKAARVWLGTF+TAE AA+AYD AAL+FKGTKAKLNFPERVQG  T    + A    S    + PP   P      +
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Query:  FP-----GLHQYAQLL-SSTDADFPYYSSTLLNHPYPSLFSSSSSSSSSSSFNQQ
        +P      + QYAQLL S+ + D  YY+STL + P    FS+ SSSSSSS   QQ
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G33710.1 Integrase-type DNA-binding superfamily protein2.3e-2649.32Show/hide
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        + R+R+YRGVRQRPWGKWAAEIRDP KAARVWLGTFDTAE AA+AYD AA  F+G KAKLNFPE ++ N T  +   + A S    +  PP   P     
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Query:  PGLHQYAQLLSSTDADFPYYSSTLLNHPYPSLFSSSSSSSSSSSFNQQ
          L QY    S +       S  +L             SSSSSS N Q
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AT2G33710.2 Integrase-type DNA-binding superfamily protein2.3e-2649.32Show/hide
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        + R+R+YRGVRQRPWGKWAAEIRDP KAARVWLGTFDTAE AA+AYD AA  F+G KAKLNFPE ++ N T  +   + A S    +  PP   P     
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Query:  PGLHQYAQLLSSTDADFPYYSSTLLNHPYPSLFSSSSSSSSSSSFNQQ
          L QY    S +       S  +L             SSSSSS N Q
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AT5G07310.1 Integrase-type DNA-binding superfamily protein1.1e-2849.13Show/hide
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        RKRHYRGVRQRPWGKWAAEIRDP+KAARVWLGTF+TAEAAA+AYDNAAL+FKG+KAKLNFPER Q  +  +  TG     SS        P   PQ   +
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Query:  PGLHQYAQLL--SSTDADFPYYS-------STLLNHPYPSLFSSSSSSSSSSSFNQQN------HFGTRGPTN
           + Y Q L       D   YS        ++ NH   S  +SSSS  SS   + +        FG   P N
Subjt:  PGLHQYAQLL--SSTDADFPYYS-------STLLNHPYPSLFSSSSSSSSSSSFNQQN------HFGTRGPTN

AT5G13330.1 related to AP2 6l1.1e-3659.35Show/hide
Query:  RKRHYRGVRQRPWGKWAAEIRDPKKAARVWLGTFDTAEAAAIAYDNAALRFKGTKAKLNFPERVQGNNTGAEFTGAAAPSSSVGVALPP---PLMPQEEA
        R+RHYRGVRQRPWGKWAAEIRDPKKAARVWLGTF+TAE AA+AYD AAL+FKGTKAKLNFPERVQG  T    + A    S    + PP   P      +
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Query:  FP-----GLHQYAQLL-SSTDADFPYYSSTLLNHPYPSLFSSSSSSSSSSSFNQQ
        +P      + QYAQLL S+ + D  YY+STL + P    FS+ SSSSSSS   QQ
Subjt:  FP-----GLHQYAQLL-SSTDADFPYYSSTLLNHPYPSLFSSSSSSSSSSSFNQQ

AT5G61890.1 Integrase-type DNA-binding superfamily protein3.7e-2949.67Show/hide
Query:  RKRHYRGVRQRPWGKWAAEIRDPKKAARVWLGTFDTAEAAAIAYDNAALRFKGTKAKLNFPERVQGNNTGAEFTGAAAPSSSVGVALPPPLMPQEEAFPG
        R+RHYRGVRQRPWGKWAAEIRDPKKAARVWLGTF+TAE+AA+AYD AAL+FKG+KAKLNFPERVQ  +    ++    P              + ++ P 
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Query:  LHQYAQLLSSTD-----ADFPYYSST--LLNHPYPSLFSSSSSSSSSSSFNQQ
         +QY    SS D         Y S T   ++H   +  ++++SSSS  S  QQ
Subjt:  LHQYAQLLSSTD-----ADFPYYSST--LLNHPYPSLFSSSSSSSSSSSFNQQ


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
GGCATGGCAGAAAGTGGAAGGAAACGACATTATAGAGGGGTGAGACAAAGACCGTGGGGGAAATGGGCAGCGGAGATCCGTGACCCGAAGAAAGCGGCTAGAGTTTGGCT
CGGGACATTTGACACCGCGGAGGCTGCAGCCATTGCCTACGATAACGCAGCTTTGAGGTTTAAGGGAACCAAGGCCAAGCTTAATTTTCCAGAGCGGGTTCAAGGGAACA
ACACGGGTGCTGAGTTTACTGGAGCTGCAGCACCATCTTCTTCTGTTGGGGTTGCTCTTCCTCCTCCATTAATGCCGCAAGAAGAAGCCTTCCCCGGCCTTCACCAGTAC
GCCCAACTTCTTTCCAGCACCGACGCGGACTTCCCTTATTACTCTTCCACCCTCCTCAACCACCCATACCCTTCATTGTTTTCCTCTTCTTCTTCTTCCTCCAGTTCCTC
CTCATTCAACCAACAAAATCATTTCGGCACCCGTGGCCCCACCAAT
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
GGCATGGCAGAAAGTGGAAGGAAACGACATTATAGAGGGGTGAGACAAAGACCGTGGGGGAAATGGGCAGCGGAGATCCGTGACCCGAAGAAAGCGGCTAGAGTTTGGCT
CGGGACATTTGACACCGCGGAGGCTGCAGCCATTGCCTACGATAACGCAGCTTTGAGGTTTAAGGGAACCAAGGCCAAGCTTAATTTTCCAGAGCGGGTTCAAGGGAACA
ACACGGGTGCTGAGTTTACTGGAGCTGCAGCACCATCTTCTTCTGTTGGGGTTGCTCTTCCTCCTCCATTAATGCCGCAAGAAGAAGCCTTCCCCGGCCTTCACCAGTAC
GCCCAACTTCTTTCCAGCACCGACGCGGACTTCCCTTATTACTCTTCCACCCTCCTCAACCACCCATACCCTTCATTGTTTTCCTCTTCTTCTTCTTCCTCCAGTTCCTC
CTCATTCAACCAACAAAATCATTTCGGCACCCGTGGCCCCACCAAT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
GMAESGRKRHYRGVRQRPWGKWAAEIRDPKKAARVWLGTFDTAEAAAIAYDNAALRFKGTKAKLNFPERVQGNNTGAEFTGAAAPSSSVGVALPPPLMPQEEAFPGLHQY
AQLLSSTDADFPYYSSTLLNHPYPSLFSSSSSSSSSSSFNQQNHFGTRGPTN