; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MS003057 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS003057
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
DescriptionCASP-like protein
Genome locationscaffold234:196200..196855
RNA-Seq ExpressionMS003057
SyntenyMS003057
Gene Ontology termsGO:0005886 - plasma membrane (cellular component)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
GO:0051539 - 4 iron, 4 sulfur cluster binding (molecular function)
InterPro domainsIPR006702 - Casparian strip membrane protein domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_022134358.1 CASP-like protein 4D1 [Momordica charantia]1.0e-73100Show/hide
Query:  MENSSGSRVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVMGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLFNTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGM
        MENSSGSRVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVMGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLFNTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGM
Subjt:  MENSSGSRVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVMGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLFNTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGM

Query:  AAGFGLTVDLQTTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNRA
        AAGFGLTVDLQTTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNRA
Subjt:  AAGFGLTVDLQTTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNRA

XP_022939492.1 CASP-like protein 4D1 [Cucurbita moschata]9.1e-5981.17Show/hide
Query:  MENSSGSRVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVMGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLFNTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGM
        ME+SSG+RVTCLILRI+TFVFLFISFF+LVTTS+TV  V+ HFN FH YRYVLATIIIG++ NLLQIAFSL N VK  +GTILFDFFGDKFLSYLLATG 
Subjt:  MENSSGSRVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVMGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLFNTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGM

Query:  AAGFGLTVDLQTTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNR
        AAGFGL+VDLQT D DD +G FFDKAYAASALLLFAFFC+AAVSI+SSFALS R
Subjt:  AAGFGLTVDLQTTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNR

XP_022992767.1 CASP-like protein 4D1 [Cucurbita maxima]2.2e-6083.77Show/hide
Query:  MENSSGSRVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVMGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLFNTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGM
        MENSSG+RVTCLILRI+TFVFLFISFF+LVTTS+TV  V+ HFN FH YRYVLATIIIGI+ NLLQIAFSLFN VK  +GTILFDFFGDKFLSYLLATG 
Subjt:  MENSSGSRVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVMGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLFNTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGM

Query:  AAGFGLTVDLQTTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNR
        AAGFGL+VDLQT D DD +G FFDKAYAASALLLFAFFC+AAVSILSSFALS R
Subjt:  AAGFGLTVDLQTTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNR

XP_023549516.1 CASP-like protein 4D1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]3.7e-6083.12Show/hide
Query:  MENSSGSRVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVMGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLFNTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGM
        MENSSG+RVTCLILRI+TFVFLFISFF+LVTTS+TV  V+ HFN FH YRYVLATIIIGI+ NLLQIAFSLFN VK  +GTILFDFFGDKFLSYLLATG 
Subjt:  MENSSGSRVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVMGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLFNTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGM

Query:  AAGFGLTVDLQTTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNR
        AAGFGL+VDLQT D DD +G FFDKAYAASALLLFAFFC+AAVSI+SSFALS R
Subjt:  AAGFGLTVDLQTTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNR

XP_038877616.1 CASP-like protein 4D1 [Benincasa hispida]4.5e-5880.65Show/hide
Query:  MENSSGSRVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVMGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLFNTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGM
        MENSSGSRVT LILRI+TFVFLFISFFIL+TTS+TV  V+LHFN +HA+RY+LATIIIGI+ NLLQIAFSLFN VKNG+ TILFDFFGDKFLSYLL TG 
Subjt:  MENSSGSRVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVMGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLFNTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGM

Query:  AAGFGLTVDLQTTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNRA
        AAGFGL+VDL+  D DD +G FFDKAYAAS LLLFAFFC+AAVSILSSFALS R+
Subjt:  AAGFGLTVDLQTTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNRA

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3C9H1 CASP-like protein1.2e-5679.35Show/hide
Query:  MENSSGSRVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVMGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLFNTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGM
        MENSSGSRVT LILRI+TFVFLFISFFIL+TTS+TV   +LHFN +H +RY+LATIIIG++ NLLQIAFSLFN VKNG GTILFDFFGDKFLSYLLATG 
Subjt:  MENSSGSRVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVMGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLFNTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGM

Query:  AAGFGLTVDLQTTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNRA
        AAGFG+ VDL+  D DD +  FFDKAYAASALLLFAFFC+AAVSILSSFALS R+
Subjt:  AAGFGLTVDLQTTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNRA

A0A6J1C1S4 CASP-like protein4.8e-74100Show/hide
Query:  MENSSGSRVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVMGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLFNTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGM
        MENSSGSRVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVMGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLFNTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGM
Subjt:  MENSSGSRVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVMGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLFNTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGM

Query:  AAGFGLTVDLQTTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNRA
        AAGFGLTVDLQTTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNRA
Subjt:  AAGFGLTVDLQTTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNRA

A0A6J1FG26 CASP-like protein4.5e-5678.71Show/hide
Query:  MENSSGSRVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVMGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLFNTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGM
        ME SS SRVTCL+LRI+TFVFLFISFFIL+TTS+TV  ++ HFN FH YRYVLATII+ I+ NLLQIAFSLFN VKN +GTILFDFFGDKFLSYLLAT  
Subjt:  MENSSGSRVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVMGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLFNTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGM

Query:  AAGFGLTVDLQ-TTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNR
        AAGFG++VDLQ T D +D +G FFDKAYAASALLLFAFFC+AAVSILSSFALS R
Subjt:  AAGFGLTVDLQ-TTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNR

A0A6J1FGY1 CASP-like protein4.4e-5981.17Show/hide
Query:  MENSSGSRVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVMGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLFNTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGM
        ME+SSG+RVTCLILRI+TFVFLFISFF+LVTTS+TV  V+ HFN FH YRYVLATIIIG++ NLLQIAFSL N VK  +GTILFDFFGDKFLSYLLATG 
Subjt:  MENSSGSRVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVMGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLFNTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGM

Query:  AAGFGLTVDLQTTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNR
        AAGFGL+VDLQT D DD +G FFDKAYAASALLLFAFFC+AAVSI+SSFALS R
Subjt:  AAGFGLTVDLQTTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNR

A0A6J1JQU5 CASP-like protein1.0e-6083.77Show/hide
Query:  MENSSGSRVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVMGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLFNTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGM
        MENSSG+RVTCLILRI+TFVFLFISFF+LVTTS+TV  V+ HFN FH YRYVLATIIIGI+ NLLQIAFSLFN VK  +GTILFDFFGDKFLSYLLATG 
Subjt:  MENSSGSRVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVMGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLFNTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGM

Query:  AAGFGLTVDLQTTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNR
        AAGFGL+VDLQT D DD +G FFDKAYAASALLLFAFFC+AAVSILSSFALS R
Subjt:  AAGFGLTVDLQTTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNR

SwissProt top hitse value%identityAlignment
A1XGB4 CASP-like protein PIMP18.0e-2647.68Show/hide
Query:  LILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVM----GVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSL-FNTVKN---GSGTILFDFFGDKFLSYLLATGMAAG
        LI+RI+T + L ISF ++ T ++TV      V++ F  F+AYRY++AT+IIG+   LLQIAFS+   T  N   G G +LFDF+GDKF+SY L TG AA 
Subjt:  LILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVM----GVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSL-FNTVKN---GSGTILFDFFGDKFLSYLLATGMAAG

Query:  FGLTVDLQTTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNR
        FG+T DL+  +  D Y +F + + AA++L L  FF A A SI SS+ L  R
Subjt:  FGLTVDLQTTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNR

B9NBE5 CASP-like protein 4D11.7e-2342.41Show/hide
Query:  SRVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTV-MGV---RLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLFNTVK------NGSGTILFDFFGDKFLSYLL
        SR+T L LR++TF FL +S  I+ T + T+ +G+   ++    F++YRY+LA I  G+   +LQIA +L +  K      +G G ++FDF+GDK +SY+L
Subjt:  SRVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTV-MGV---RLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLFNTVK------NGSGTILFDFFGDKFLSYLL

Query:  ATGMAAGFGLTVDLQTTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNR
        ATG AA FG T +L+T  A     +FF+K YA+++LLL  F C A +S+ SS+AL  +
Subjt:  ATGMAAGFGLTVDLQTTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNR

B9SXY8 CASP-like protein 4D12.5e-2745.57Show/hide
Query:  SSGSRVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKT----VMGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLF-----NTVKNGSGTILFDFFGDKFLSY
        S  SR+  LILRI+TF+FL  S  IL T + T    ++ V++HF   +AYRY+LATI+IG+   +LQIAF+L+     N + +G G + FDFFGDK +SY
Subjt:  SSGSRVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKT----VMGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLF-----NTVKNGSGTILFDFFGDKFLSY

Query:  LLATGMAAGFGLTVDLQTT-DADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFAL
        +L TG AAGF  T D++       ++  F +K YA+++LLL  F C A +S+ SS+AL
Subjt:  LLATGMAAGFGLTVDLQTT-DADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFAL

C6T1Z6 CASP-like protein 4D11.6e-2647.17Show/hide
Query:  NSSGSRVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKT--VMGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLF-----NTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYL
        +S+GSR   L+LR++TFVFL I+  ++    +T    GV + FN  +AYRY+++TIIIG   NLLQ+A S+F     N V +G G  LFDFFGDK +SYL
Subjt:  NSSGSRVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKT--VMGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLF-----NTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYL

Query:  LATGMAAGFGLTVDLQTTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNR
        L +G AAGFG+TV+L      +    F DKA A+++LLL AF   A  S  +SFAL  +
Subjt:  LATGMAAGFGLTVDLQTTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNR

Q56X75 CASP-like protein 4D23.4e-2442.5Show/hide
Query:  RVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVM----GVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSL--FNTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGMA
        +V  L+LR++T VFL I+  IL T S T++     ++ HF   +AYRY+L+  +IG++  ++Q+ F++  F T          DF+GDK +SYL+ATG A
Subjt:  RVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVM----GVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSL--FNTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGMA

Query:  AGFGLTVDLQTT-------DADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNR
        AGFG+T DL+ T       D+ D   +FF K YA+++LLLFAF C A +S+ SSFA++ R
Subjt:  AGFGLTVDLQTT-------DADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNR

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G38480.1 Uncharacterised protein family (UPF0497)8.0e-0530.34Show/hide
Query:  ILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVMGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLFN--TVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGMAAGFGLTVDL
        I R I  +F  I+F I+V+      G   +FN +  YRYVLA  II  +    Q  F+ F+   + +   +IL DF GD+ ++YLL +  ++   LT   
Subjt:  ILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVMGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLFN--TVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGMAAGFGLTVDL

Query:  QTTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNRA
             + +   F D A +A ++ +FAF   A  ++ S + LS  +
Subjt:  QTTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNRA

AT2G39518.1 Uncharacterised protein family (UPF0497)2.4e-2542.5Show/hide
Query:  RVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVM----GVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSL--FNTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGMA
        +V  L+LR++T VFL I+  IL T S T++     ++ HF   +AYRY+L+  +IG++  ++Q+ F++  F T          DF+GDK +SYL+ATG A
Subjt:  RVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVM----GVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSL--FNTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGMA

Query:  AGFGLTVDLQTT-------DADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNR
        AGFG+T DL+ T       D+ D   +FF K YA+++LLLFAF C A +S+ SSFA++ R
Subjt:  AGFGLTVDLQTT-------DADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNR

AT2G39530.1 Uncharacterised protein family (UPF0497)2.9e-2342.5Show/hide
Query:  RVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTV----MGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQ--IAFSLFNTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGMA
        R   L+LR++T  FL I+  ++ T + T+      ++L FN  +AYRY+L+  +IG++  ++Q  +  S F T K    T  FDF+GDK +SYLLATG A
Subjt:  RVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTV----MGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQ--IAFSLFNTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGMA

Query:  AGFGLTVDLQTT-------DADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNR
        AGFG++ DL+ T       D+ D   +FF K YA+++LLLFAF   A +S+ SS ALS R
Subjt:  AGFGLTVDLQTT-------DADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNR


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGAAAATTCAAGTGGTTCAAGGGTGACTTGTCTCATATTGAGAATAATAACTTTTGTGTTTCTTTTCATCTCCTTCTTCATTCTTGTCACCACTTCCAAAACCGTCAT
GGGAGTTAGGCTCCATTTCAACCAATTTCATGCCTATAGGTACGTGCTAGCTACCATCATCATCGGTATCATCTTAAACCTCTTGCAAATCGCATTCTCGCTCTTCAATA
CCGTTAAAAACGGTAGTGGCACTATTCTATTCGACTTCTTTGGTGATAAGTTTTTGTCGTACCTTCTAGCGACGGGGATGGCAGCTGGATTTGGTCTTACGGTGGATTTG
CAGACAACAGACGCAGATGATGAGTATGGAGAATTCTTTGATAAGGCATATGCAGCATCAGCTCTTCTTTTATTTGCATTCTTTTGTGCTGCAGCTGTGTCTATTCTCTC
TTCCTTTGCACTCTCCAACAGAGCT
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGAAAATTCAAGTGGTTCAAGGGTGACTTGTCTCATATTGAGAATAATAACTTTTGTGTTTCTTTTCATCTCCTTCTTCATTCTTGTCACCACTTCCAAAACCGTCAT
GGGAGTTAGGCTCCATTTCAACCAATTTCATGCCTATAGGTACGTGCTAGCTACCATCATCATCGGTATCATCTTAAACCTCTTGCAAATCGCATTCTCGCTCTTCAATA
CCGTTAAAAACGGTAGTGGCACTATTCTATTCGACTTCTTTGGTGATAAGTTTTTGTCGTACCTTCTAGCGACGGGGATGGCAGCTGGATTTGGTCTTACGGTGGATTTG
CAGACAACAGACGCAGATGATGAGTATGGAGAATTCTTTGATAAGGCATATGCAGCATCAGCTCTTCTTTTATTTGCATTCTTTTGTGCTGCAGCTGTGTCTATTCTCTC
TTCCTTTGCACTCTCCAACAGAGCT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MENSSGSRVTCLILRIITFVFLFISFFILVTTSKTVMGVRLHFNQFHAYRYVLATIIIGIILNLLQIAFSLFNTVKNGSGTILFDFFGDKFLSYLLATGMAAGFGLTVDL
QTTDADDEYGEFFDKAYAASALLLFAFFCAAAVSILSSFALSNRA