; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MS003203 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS003203
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
DescriptionPectin lyase-like superfamily protein
Genome locationscaffold234:1145809..1148438
RNA-Seq ExpressionMS003203
SyntenyMS003203
Gene Ontology termsGO:0005975 - carbohydrate metabolic process (biological process)
GO:0004650 - polygalacturonase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR000743 - Glycoside hydrolase, family 28
IPR006626 - Parallel beta-helix repeat
IPR011050 - Pectin lyase fold/virulence factor
IPR012334 - Pectin lyase fold


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KGN52445.1 hypothetical protein Csa_008476 [Cucumis sativus]1.0e-10569.29Show/hide
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XP_016902407.1 PREDICTED: probable polygalacturonase At1g80170 [Cucumis melo]3.8e-10568.21Show/hide
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XP_022133622.1 probable polygalacturonase At1g80170 [Momordica charantia]6.9e-15596.75Show/hide
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XP_031741769.1 probable polygalacturonase At1g80170, partial [Cucumis sativus]1.0e-10569.29Show/hide
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XP_038889205.1 probable polygalacturonase At1g80170 [Benincasa hispida]2.4e-11574.82Show/hide
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        C  +NKR       G ILEHSEKV IK L FKDSPQMHMA  RS+ VY  NL+IQAP+ SPNTDGIHIQ+S++I+I  S I TGDDCISIGDGS RI+IS
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        +I+CGPGHGISIGSLGKHG  ETVE ++V+DV FTGTTNGARIKTWQGG GYAR+I+FEGI SRGSSNPI+IDQFYCD
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KS58 Uncharacterized protein4.9e-10669.29Show/hide
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        W L       CT+     ILE SEKV IK + FKDSPQMHMA   S+ V+  NL+I+AP +SPNTDGIHIQ+S++I I SS I TGDDCISIGDGS RI+
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        IS I+CGPGHGISIGSLGKHG  E VE IHV+DVTFT TTNG RIKTWQGG GYAR+I FEGI SRGS NPI+IDQFYCD
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A0A1Q3BPJ5 Glyco_hydro_28 domain-containing protein (Fragment)1.3e-9563.84Show/hide
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        AF++AWKA C S S++S TM +P GK++LLQP  FNG RCKS  I   IDG++ AP  P  WK    RC  WI+FEH +G L I GSGTING+G  WW L
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        SC  ++  GFI+ HS  V I  L F+DSPQMH+A  RSRNV+A+NL IQAP NSPNTDGIHIQ+S  + I ++ I TGDDCISIGDGSS ISI +I+CGP
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        GHGISIGSLG +G+ ETVE + VRDV  TGTTNG RIKTWQGG+GYAR+I FE ITS GS+ PIVIDQ+YC
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A0A1S4E2F6 probable polygalacturonase At1g801701.9e-10568.21Show/hide
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        W L       CT+     ILE S+KV IK L FKDSPQMHMA   S+ VY  NL+I+AP +SPNTDGIHIQ S+++ I  S I TGDDCISIGDGS RI+
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A0A2N9EX52 Uncharacterized protein1.9e-9463.04Show/hide
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        AF +AW ATC+S S S P M VP G +FLLQP TFNG  CKS  I + ID  +IAP  P  WK  G  C +WI F +  GL I GSGTING+G+ WW LS
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        C QNKR       GF++E+S  V I GLTF DSPQMH+AF RS  V+A +L IQAP +SPNTDGIHIQ+SQ I+I +  I TGDDCISI DGSS I+IS 
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        I CGPGHGISIGSLG  G+ ETV+ +HV+DV+FTGTTNG RIKTWQGG+GYARHI+FE I S GS+ PI+IDQ+YC
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A0A6J1BX76 probable polygalacturonase At1g801703.3e-15596.75Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P35336 Polygalacturonase1.0e-6044.24Show/hide
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        AF  AWKA C  +S+SS  ++VP  K++L++P +F+G  CKS  + + I G + A    S ++  G   R W++F+ ++ L+++G GTING G  WW+ S
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Query:  CTQNK--------RGFILEHSEKVQIKGLTFKDSPQMHMAFGRSRNVYANNLHIQAPANSPNTDGIHIQNSQRILIRSSYIGTGDDCISIGDGSSRISIS
        C  NK               S+ V +K L  +++ Q+H++F    NV A+NL + AP NSPNTDGIH+  +Q I I S  IGTGDDCISI +GS ++ ++
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Query:  NISCGPGHGISIGSLGKHGQRETVEHIHVRDVTFTGTTNGARIKTWQGGRGYARHISFEGITSRGSSNPIVIDQFYCD
        +I+CGPGHGISIGSLG       V  + V      GTTNG RIKTWQGG G A +I F+ +      NPI+IDQ YCD
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Q02096 Polygalacturonase4.2e-6244.6Show/hide
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        AF  AWK  C S S     ++VP  K++LL+  TF+G  CKS  +R+ I G + A    S W   G   ++WI FE +  L ++G GT NG G TWW  S
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Query:  CTQNK--------RGFILEHSEKVQIKGLTFKDSPQMHMAFGRSRNVYANNLHIQAPANSPNTDGIHIQNSQRILIRSSYIGTGDDCISIGDGSSRISIS
        C + K                + + +  L+ KDS +MH++F + ++V A+NL + AP +SPNTDGIHI  +QRI + +S IGTGDDCISI  GS  +  +
Subjt:  CTQNK--------RGFILEHSEKVQIKGLTFKDSPQMHMAFGRSRNVYANNLHIQAPANSPNTDGIHIQNSQRILIRSSYIGTGDDCISIGDGSSRISIS

Query:  NISCGPGHGISIGSLGKHGQRETVEHIHVRDVTFTGTTNGARIKTWQGGRGYARHISFEGITSRGSSNPIVIDQFYCD
        NI+CGPGHGISIGSLG       V  + V       TTNG RIKTWQGG G A++I F+ I     +NPI+IDQ+YCD
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Q7M1E7 Polygalacturonase2.5e-5941.79Show/hide
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        AF   W A CK    +S  ++VP  K F +    F G  C+ P +   +DG ++A   P+ W    K  + W+ F  +    + G+G I+G+G  WW   
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Query:  ------RLSCTQNKR--GFILEHSEKVQIKGLTFKDSPQMHMAFGRSRNVYANNLHIQAPANSPNTDGIHIQNSQRILIRSSYIGTGDDCISIGDGSSRI
              R  C    R     +++S+ V +K LT  +SP+ H+ FG    V    L I+AP +SPNTDGI I  S+R  I    IGTGDDCI+IG GSS I
Subjt:  ------RLSCTQNKR--GFILEHSEKVQIKGLTFKDSPQMHMAFGRSRNVYANNLHIQAPANSPNTDGIHIQNSQRILIRSSYIGTGDDCISIGDGSSRI

Query:  SISNISCGPGHGISIGSLGKHGQRETVEHIHVRDVTFTGTTNGARIKTWQGGRGYARHISFEGITSRGSSNPIVIDQFYC
        +I ++ CGPGHGISIGSLG+   R  V H+HV    F  T NG RIKTWQGG G A +I++E +    S NPI+I+QFYC
Subjt:  SISNISCGPGHGISIGSLGKHGQRETVEHIHVRDVTFTGTTNGARIKTWQGGRGYARHISFEGITSRGSSNPIVIDQFYC

Q9LW07 Probable polygalacturonase At3g157201.2e-6448.13Show/hide
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        AFL AW+A C          VVP G +F+LQP  F G  CKS  + + + G+L+A   PS   +KG +  QWILF  ++GL I+G G ING+GS+WW   
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Query:  CTQNKRGFILEHSEKVQIKGLTFKDSPQMHMAFGRSRNVYANNLHIQAPANSPNTDGIHIQNSQRILIRSSYIGTGDDCISIGDGSSRISISNISCGPGH
         ++            +++ GLT  DSP  H+       V  ++L I AP +SPNTDGI +  S  ++I+   I TGDDCI+I  G+S I IS I CGPGH
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Query:  GISIGSLGKHGQRETVEHIHVRDVTFTGTTNGARIKTWQGGRGYARHISFEGITSRGSSNPIVIDQFY
        GISIGSLGK G+  TVE++ V++  F GT NGARIKTWQGG GYAR I+F GIT     NPI+IDQFY
Subjt:  GISIGSLGKHGQRETVEHIHVRDVTFTGTTNGARIKTWQGGRGYARHISFEGITSRGSSNPIVIDQFY

Q9SFB7 Polygalacturonase QRT23.9e-6041.73Show/hide
Query:  AFLNAWKATCKSNSSSSPTMVVPGGKSFLLQPFTFNGRRCKSPIIRIVIDGELIAPKGPSGWKYKGKRCRQWILFEHMKGLKIQGSGTINGRGSTWWRLS
        AF+ AW+A C  +S+    +V P  + ++L+  TF+G  CKS +I   I G + A + PS +K +    R WI+FE++  L+++G G I+G G  WW  S
Subjt:  AFLNAWKATCKSNSSSSPTMVVPGGKSFLLQPFTFNGRRCKSPIIRIVIDGELIAPKGPSGWKYKGKRCRQWILFEHMKGLKIQGSGTINGRGSTWWRLS

Query:  CTQNKR--------GFILEHSEKVQIKGLTFKDSPQMHMAFGRSRNVYANNLHIQAPANSPNTDGIHIQNSQRILIRSSYIGTGDDCISIGDGSSRISIS
        C  N +                 +++  +  +++ QMH+ F   +NV A NL + +PA+SPNTDGIH+  +Q ILI+ S + TGDDCISI  GS  +  +
Subjt:  CTQNKR--------GFILEHSEKVQIKGLTFKDSPQMHMAFGRSRNVYANNLHIQAPANSPNTDGIHIQNSQRILIRSSYIGTGDDCISIGDGSSRISIS

Query:  NISCGPGHGISIGSLGKHGQRETVEHIHVRDVTFTGTTNGARIKTWQGGRGYARHISFEGITSRGSSNPIVIDQFYCD
         I+CGPGHGISIGSLG+      V ++ V   T  GTTNG RIKTWQGG G A++I F+ I  +  +NPI+I+Q YCD
Subjt:  NISCGPGHGISIGSLGKHGQRETVEHIHVRDVTFTGTTNGARIKTWQGGRGYARHISFEGITSRGSSNPIVIDQFYCD

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G56710.1 Pectin lyase-like superfamily protein3.2e-6544.52Show/hide
Query:  AFLNAWKATCKSNSSSSPTMVVPGGKSFLLQPFTFNGRRCKSPIIRIVIDGELIAPKGPSGWKYKGKRCRQWILFEHMKGLKIQGSGTINGRGSTWWRLS
        AF  AW A C S    S  ++VP    FL++P TFNG  C++ ++ + IDG +++P GP  W    +  RQW++F  + GL IQGSG INGRG  WW L 
Subjt:  AFLNAWKATCKSNSSSSPTMVVPGGKSFLLQPFTFNGRRCKSPIIRIVIDGELIAPKGPSGWKYKGKRCRQWILFEHMKGLKIQGSGTINGRGSTWWRLS

Query:  CTQNKR--------------GFILEHSEKVQIKGLTFKDSPQMHMAFGRSRNVYANNLHIQAPANSPNTDGIHIQNSQRILIRSSYIGTGDDCISIGDGS
        C  +K                  L  S KV+I+G+ F +S Q H+ F    +V  +++ I+APA+SPNTDGIHI+N+  + IR+S I  GDDCISIG G 
Subjt:  CTQNKR--------------GFILEHSEKVQIKGLTFKDSPQMHMAFGRSRNVYANNLHIQAPANSPNTDGIHIQNSQRILIRSSYIGTGDDCISIGDGS

Query:  SRISISNISCGPGHGISIGSLGKHGQRETVEHIHVRDVTFTGTTNGARIKTWQGGRGYARHISFEGITSRGSSNPIVIDQFYC
          + I N++CGP HGISIGSLG H  +  V +I V + T   + NG RIKTWQGG G    I F  I      NPI+IDQ+YC
Subjt:  SRISISNISCGPGHGISIGSLGKHGQRETVEHIHVRDVTFTGTTNGARIKTWQGGRGYARHISFEGITSRGSSNPIVIDQFYC

AT3G15720.1 Pectin lyase-like superfamily protein8.3e-6648.13Show/hide
Query:  AFLNAWKATCKSNSSSSPTMVVPGGKSFLLQPFTFNGRRCKSPIIRIVIDGELIAPKGPSGWKYKGKRCRQWILFEHMKGLKIQGSGTINGRGSTWWRLS
        AFL AW+A C          VVP G +F+LQP  F G  CKS  + + + G+L+A   PS   +KG +  QWILF  ++GL I+G G ING+GS+WW   
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Query:  CTQNKRGFILEHSEKVQIKGLTFKDSPQMHMAFGRSRNVYANNLHIQAPANSPNTDGIHIQNSQRILIRSSYIGTGDDCISIGDGSSRISISNISCGPGH
         ++            +++ GLT  DSP  H+       V  ++L I AP +SPNTDGI +  S  ++I+   I TGDDCI+I  G+S I IS I CGPGH
Subjt:  CTQNKRGFILEHSEKVQIKGLTFKDSPQMHMAFGRSRNVYANNLHIQAPANSPNTDGIHIQNSQRILIRSSYIGTGDDCISIGDGSSRISISNISCGPGH

Query:  GISIGSLGKHGQRETVEHIHVRDVTFTGTTNGARIKTWQGGRGYARHISFEGITSRGSSNPIVIDQFY
        GISIGSLGK G+  TVE++ V++  F GT NGARIKTWQGG GYAR I+F GIT     NPI+IDQFY
Subjt:  GISIGSLGKHGQRETVEHIHVRDVTFTGTTNGARIKTWQGGRGYARHISFEGITSRGSSNPIVIDQFY

AT3G15720.2 Pectin lyase-like superfamily protein1.1e-6548.13Show/hide
Query:  AFLNAWKATCKSNSSSSPTMVVPGGKSFLLQPFTFNGRRCKSPIIRIVIDGELIAPKGPSGWKYKGKRCRQWILFEHMKGLKIQGSGTINGRGSTWWRLS
        AFL AW+A C          VVP G +F+LQP  F G  CKS  + + + G+L+A   PS   +KG +  QWILF  ++GL I+G G ING+GS+WW   
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Query:  CTQNKRGFILEHSEKVQIKGLTFKDSPQMHMAFGRSRNVYANNLHIQAPANSPNTDGIHIQNSQRILIRSSYIGTGDDCISIGDGSSRISISNISCGPGH
         ++            +++ GLT  DSP  H+       V  ++L I AP +SPNTDGI +  S  ++I+   I TGDDCI+I  G+S I IS I CGPGH
Subjt:  CTQNKRGFILEHSEKVQIKGLTFKDSPQMHMAFGRSRNVYANNLHIQAPANSPNTDGIHIQNSQRILIRSSYIGTGDDCISIGDGSSRISISNISCGPGH

Query:  GISIGSLGKHGQRETVEHIHVRDVTFTGTTNGARIKTWQGGRGYARHISFEGITSRGSSNPIVIDQFY
        GISIGSLGK G+  TVE++ V++  F GT NGARIKTWQGG GYAR I+F GIT     NPI+IDQFY
Subjt:  GISIGSLGKHGQRETVEHIHVRDVTFTGTTNGARIKTWQGGRGYARHISFEGITSRGSSNPIVIDQFY

AT4G35670.1 Pectin lyase-like superfamily protein1.4e-6547.79Show/hide
Query:  AFLNAWKATCKSNSSSSPTMVVPGGKSFLLQPFTFNGRRCKSPIIRIVIDGELIAPKGPSGWKYKGKRCRQWILFEHMKGLKIQGSGTINGRGSTWWRLS
        AFL AW A C        T+++P GK+FLLQP  F G  CKS  I++ +DG ++AP     W       R WI F  + GL I GSGTI+ RGS++W L+
Subjt:  AFLNAWKATCKSNSSSSPTMVVPGGKSFLLQPFTFNGRRCKSPIIRIVIDGELIAPKGPSGWKYKGKRCRQWILFEHMKGLKIQGSGTINGRGSTWWRLS

Query:  CTQNKRGFILEHS--EKVQIKGLTFKDSPQMHMAFGRSRNVYANNLHIQAPANSPNTDGIHIQNSQRILIRSSYIGTGDDCISIGDGSSRISISNISCGP
           ++R   L  S  + ++I G+T  DSP+ H++      V  +N+++ AP  SPNTDGI I +S  I I  S I TGDDCI+I  GSS I+I+ I+CGP
Subjt:  CTQNKRGFILEHS--EKVQIKGLTFKDSPQMHMAFGRSRNVYANNLHIQAPANSPNTDGIHIQNSQRILIRSSYIGTGDDCISIGDGSSRISISNISCGP

Query:  GHGISIGSLGKHGQRETVEHIHVRDVTFTGTTNGARIKTWQGGRGYARHISFEGITSRGSSNPIVIDQFYCD
        GHGIS+GSLG  G    V  + V   TF  TTNGARIKTW GG+GYAR+ISF  IT   + NPI+IDQ Y D
Subjt:  GHGISIGSLGKHGQRETVEHIHVRDVTFTGTTNGARIKTWQGGRGYARHISFEGITSRGSSNPIVIDQFYCD

AT5G27530.1 Pectin lyase-like superfamily protein3.7e-6647.41Show/hide
Query:  AFLNAWKATCKSNSSSSPTMVVPGGKSFLLQPFTFNGRRCKSPIIRIVIDGELIAPKGPSGWKYKGKRCRQWILFEHMKGLKIQGSGTINGRGSTWWRLS
        AFL AW ATC    + + T+ +P GK++LLQP  F G  CKS  I++ +DG ++AP   + W     + + WI F  + GL I GSGTINGRGS++W   
Subjt:  AFLNAWKATCKSNSSSSPTMVVPGGKSFLLQPFTFNGRRCKSPIIRIVIDGELIAPKGPSGWKYKGKRCRQWILFEHMKGLKIQGSGTINGRGSTWWRLS

Query:  CTQNKRGFILEHSEKVQIKGLTFKDSPQMHMAFGRSRNVYANNLHIQAPANSPNTDGIHIQNSQRILIRSSYIGTGDDCISIGDGSSRISISNISCGPGH
                 + +   + I G+T  DSP+ H++      V  + ++I AP NSPNTDGI I  S  + I  S I TGDDCI+I  GSS I+I+ ++CGPGH
Subjt:  CTQNKRGFILEHSEKVQIKGLTFKDSPQMHMAFGRSRNVYANNLHIQAPANSPNTDGIHIQNSQRILIRSSYIGTGDDCISIGDGSSRISISNISCGPGH

Query:  GISIGSLGKHGQRETVEHIHVRDVTFTGTTNGARIKTWQGGRGYARHISFEGITSRGSSNPIVIDQFYCD
        GIS+GSLG  G+   V  ++V   TF  TTNGARIKTWQGG+GYAR+ISFE IT     NPI+IDQ Y D
Subjt:  GISIGSLGKHGQRETVEHIHVRDVTFTGTTNGARIKTWQGGRGYARHISFEGITSRGSSNPIVIDQFYCD


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
GCGTTTCTTAATGCTTGGAAAGCTACTTGCAAATCGAATTCATCTTCTTCTCCGACGATGGTGGTTCCCGGCGGCAAGTCATTTTTGCTTCAGCCTTTCACTTTTAATGG
CCGCCGTTGCAAGTCTCCAATTATTAGAATTGTGATCGATGGAGAGTTGATAGCACCAAAAGGTCCATCAGGATGGAAATACAAGGGAAAAAGATGTCGTCAATGGATTT
TATTTGAGCACATGAAGGGTCTTAAAATCCAAGGTTCTGGTACTATCAATGGTCGTGGAAGCACTTGGTGGCGTCTCTCTTGCACACAAAATAAAAGGGGCTTTATTTTG
GAGCATTCAGAAAAAGTGCAAATAAAGGGTCTAACCTTTAAGGACAGTCCCCAAATGCATATGGCCTTTGGAAGGTCAAGAAATGTTTATGCTAACAACCTACACATTCA
AGCACCTGCCAATAGTCCTAATACGGATGGTATTCATATCCAAAATTCCCAAAGAATCTTAATTCGTAGTTCTTACATTGGCACAGGAGATGATTGTATTTCGATCGGGG
ATGGTTCGTCTAGAATTAGTATCTCCAACATTTCTTGTGGCCCGGGGCATGGCATAAGCATTGGAAGCCTTGGTAAACATGGACAACGAGAAACTGTTGAACATATTCAT
GTTAGAGATGTAACTTTTACAGGAACCACCAATGGAGCTAGAATAAAGACATGGCAGGGTGGGAGAGGATATGCAAGACACATCTCCTTTGAAGGCATAACTTCTCGTGG
CTCATCAAATCCAATTGTCATCGATCAATTTTACTGTGAC
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
GCGTTTCTTAATGCTTGGAAAGCTACTTGCAAATCGAATTCATCTTCTTCTCCGACGATGGTGGTTCCCGGCGGCAAGTCATTTTTGCTTCAGCCTTTCACTTTTAATGG
CCGCCGTTGCAAGTCTCCAATTATTAGAATTGTGATCGATGGAGAGTTGATAGCACCAAAAGGTCCATCAGGATGGAAATACAAGGGAAAAAGATGTCGTCAATGGATTT
TATTTGAGCACATGAAGGGTCTTAAAATCCAAGGTTCTGGTACTATCAATGGTCGTGGAAGCACTTGGTGGCGTCTCTCTTGCACACAAAATAAAAGGGGCTTTATTTTG
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CTCATCAAATCCAATTGTCATCGATCAATTTTACTGTGAC
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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EHSEKVQIKGLTFKDSPQMHMAFGRSRNVYANNLHIQAPANSPNTDGIHIQNSQRILIRSSYIGTGDDCISIGDGSSRISISNISCGPGHGISIGSLGKHGQRETVEHIH
VRDVTFTGTTNGARIKTWQGGRGYARHISFEGITSRGSSNPIVIDQFYCD