; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MS003220 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS003220
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
Descriptionmini zinc finger protein 2-like
Genome locationscaffold234:1305061..1305333
RNA-Seq ExpressionMS003220
SyntenyMS003220
Gene Ontology termsGO:0006355 - regulation of transcription, DNA-templated (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
GO:0000976 - transcription regulatory region sequence-specific DNA binding (molecular function)
GO:0003700 - DNA-binding transcription factor activity (molecular function)
InterPro domainsIPR006456 - ZF-HD homeobox protein, Cys/His-rich dimerisation domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
OMO61911.1 hypothetical protein COLO4_33302 [Corchorus olitorius]4.0e-3887.78Show/hide
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XP_016902406.1 PREDICTED: mini zinc finger protein 2 [Cucumis melo]3.6e-3993.33Show/hide
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XP_022134197.1 mini zinc finger protein 2-like [Momordica charantia]2.8e-44100Show/hide
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XP_034707877.1 mini zinc finger protein 2-like [Vitis riparia]2.3e-3886.81Show/hide
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XP_038890678.1 mini zinc finger protein 2-like [Benincasa hispida]5.2e-3891.11Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1R3GV65 ZF-HD dimerization-type domain-containing protein1.9e-3887.78Show/hide
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A0A1S4E2E9 mini zinc finger protein 21.7e-3993.33Show/hide
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A0A438HDX6 Mini zinc finger protein 21.1e-3886.81Show/hide
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A0A5D3CUT9 Mini zinc finger protein 21.7e-3993.33Show/hide
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A0A6J1BYZ4 mini zinc finger protein 2-like1.4e-44100Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
B8BIU8 Mini zinc finger protein 13.5e-2171.88Show/hide
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        VRY ECQ+NHAA +GG+AVDGCREFMASG EGT+  L CAACGCHR+FHRR+V      CDCSS
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Q0J5F8 Mini zinc finger protein 42.4e-2255.79Show/hide
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        M KR V+LRR EP      +   AA       VRYGEC++NHAA +GG+AVDGCREF+A G+EGT G L CAACGCHR+FHRR V  +  C C +
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Q2Q493 Mini zinc finger protein 34.0e-2564.44Show/hide
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        M+KRQVV+++ + S    +SS    +VRY ECQKNHAA +GGYAVDGCREFMASG +     LTCAACGCHRNFHRR+V TEVVC+ S P
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Q9CA51 Mini zinc finger protein 12.1e-2658.59Show/hide
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        M+KRQ+V+++   + NT         ++SS  + +VRY ECQKNHAA +GGYAVDGCREFMA+G EGT   L CAACGCHRNFHR++V TEVVC+ S P
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Q9LJW5 Mini zinc finger protein 29.5e-3578.95Show/hide
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        MRKRQVVLRR   EEPSR+++ ASS TVR+VRYGECQKNHAA VGGYAVDGCREFMAS G+EGT   LTCAACGCHR+FHRR++ TEVVCDC+SP
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G14440.1 homeobox protein 313.1e-1756.25Show/hide
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        ++Y EC KNHAA +GG A DGC EFM SG++G+   LTC+AC CHRNFHR++V  E+     SP
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AT1G18835.1 mini zinc finger2.8e-2664.44Show/hide
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        M+KRQVV+++ + S    +SS    +VRY ECQKNHAA +GGYAVDGCREFMASG +     LTCAACGCHRNFHRR+V TEVVC+ S P
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AT1G74660.1 mini zinc finger 11.5e-2758.59Show/hide
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        M+KRQ+V+++   + NT         ++SS  + +VRY ECQKNHAA +GGYAVDGCREFMA+G EGT   L CAACGCHRNFHR++V TEVVC+ S P
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AT3G28917.1 mini zinc finger 26.7e-3678.95Show/hide
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        MRKRQVVLRR   EEPSR+++ ASS TVR+VRYGECQKNHAA VGGYAVDGCREFMAS G+EGT   LTCAACGCHR+FHRR++ TEVVCDC+SP
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AT3G50890.1 homeobox protein 281.4e-1765.45Show/hide
Query:  RSVRYGECQKNHAAGVGGYAVDGCREFMASGDEGTSGELTCAACGCHRNFHRRQV
        +  +Y ECQKNHAA  GG+ VDGC EFMA G+EGT G L CAAC CHR+FHR++V
Subjt:  RSVRYGECQKNHAAGVGGYAVDGCREFMASGDEGTSGELTCAACGCHRNFHRRQV


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
AAAATGAGGAAGCGTCAAGTTGTGCTTAGAAGAGAAGAGCCCTCAAGAAACACAGCGGCTTCATCCTTCACAGTGAGGAGTGTTAGATATGGGGAGTGCCAGAAGAATCA
TGCCGCCGGGGTCGGAGGGTACGCCGTGGATGGGTGCCGAGAATTCATGGCGAGCGGTGATGAAGGGACGAGCGGCGAGCTGACTTGCGCCGCCTGCGGTTGCCACCGGA
ACTTCCATAGACGACAGGTCGGAACCGAGGTAGTTTGTGATTGCTCTTCACCT
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
AAAATGAGGAAGCGTCAAGTTGTGCTTAGAAGAGAAGAGCCCTCAAGAAACACAGCGGCTTCATCCTTCACAGTGAGGAGTGTTAGATATGGGGAGTGCCAGAAGAATCA
TGCCGCCGGGGTCGGAGGGTACGCCGTGGATGGGTGCCGAGAATTCATGGCGAGCGGTGATGAAGGGACGAGCGGCGAGCTGACTTGCGCCGCCTGCGGTTGCCACCGGA
ACTTCCATAGACGACAGGTCGGAACCGAGGTAGTTTGTGATTGCTCTTCACCT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
KMRKRQVVLRREEPSRNTAASSFTVRSVRYGECQKNHAAGVGGYAVDGCREFMASGDEGTSGELTCAACGCHRNFHRRQVGTEVVCDCSSP