; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MS003487 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS003487
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
Descriptionribonucleoside-diphosphate reductase small chain
Genome locationscaffold234:3114431..3115417
RNA-Seq ExpressionMS003487
SyntenyMS003487
Gene Ontology termsGO:0009263 - deoxyribonucleotide biosynthetic process (biological process)
GO:0004748 - ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000358 - Ribonucleotide reductase small subunit family
IPR009078 - Ferritin-like superfamily
IPR012348 - Ribonucleotide reductase-like
IPR030475 - Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site
IPR033909 - Ribonucleotide reductase small subunit


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6578369.1 hypothetical protein SDJN03_22817, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]2.6e-18094.22Show/hide
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XP_022939079.1 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain-like [Cucurbita moschata]9.8e-18093.92Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5N6QXP3 Uncharacterized protein3.5e-17589.06Show/hide
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A0A6J1FG17 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain-like4.8e-18093.92Show/hide
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A0A6J1JZC2 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain-like3.6e-18093.62Show/hide
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A0A6P4AGQ7 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain2.2e-17791.79Show/hide
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P0DKH3 Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain B2.0e-15979.88Show/hide
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P49730 Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain1.9e-17086.63Show/hide
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P50651 Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain A1.3e-14275.31Show/hide
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Query:  CDFACLLYSLMRNQLSDDKVKGIVRQAVDIEREFVCDALPCALVGMNGDLMSEYIEFVADRLLVALGHSKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFEKRVGEY
        CDFACLLYSL++ QL  +KV  IV +AV+IE EFVC ALPC L+GMN +LMS+YI+FVADRLLV LG  + Y  +NPFDWME ISLQGKTNFFEKRVGEY
Subjt:  CDFACLLYSLMRNQLSDDKVKGIVRQAVDIEREFVCDALPCALVGMNGDLMSEYIEFVADRLLVALGHSKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFEKRVGEY

Query:  QKASVMSSLHGNGGIHEFKMDEDF
        QKASVMS+L      +EF  +EDF
Subjt:  QKASVMSSLHGNGGIHEFKMDEDF

P79733 Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit M23.7e-12968.6Show/hide
Query:  AIPEEPLLAPNPDRFCMFPIEYPQIWEMYKKAMASFWTAEEVDLSQDLRHWEGLTADEKHFISHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMKEVQVAEARAFYGFQ
        A+ EEPLL  NP RF +FPI+Y  IW+MYKKA ASFWTAEEVDLS+DL+HW+ L  +E++FISHVLAFFAASDGIV ENL  RF +EVQV EAR FYGFQ
Subjt:  AIPEEPLLAPNPDRFCMFPIEYPQIWEMYKKAMASFWTAEEVDLSQDLRHWEGLTADEKHFISHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMKEVQVAEARAFYGFQ

Query:  IAIENIHSEMYSLLLETYIKDSVEKNRLFHAIETVPCVAKKAEWALKWI-DGSESFAERLIGFACVEGIFFSGSFCAIFWLKKRGLMPGLTFSNELISRD
        IA+ENIHSEMYSLL++TYIKDS E+  LF+AIET+PCV KKA+WAL WI D +  + ER++ FA VEGIFFSGSF +IFWLKKRGLMPGLTFSNELISRD
Subjt:  IAIENIHSEMYSLLLETYIKDSVEKNRLFHAIETVPCVAKKAEWALKWI-DGSESFAERLIGFACVEGIFFSGSFCAIFWLKKRGLMPGLTFSNELISRD

Query:  EGLHCDFACLLYSLMRNQLSDDKVKGIVRQAVDIEREFVCDALPCALVGMNGDLMSEYIEFVADRLLVALGHSKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFEKR
        EGLHCDFACL++  + N+ S++ VK I+  AV+IE+EF+ DALP  L+GMN DLM +YIEFVADRLL+ LG  K+Y V+NPFD+ME ISL+GKTNFFEKR
Subjt:  EGLHCDFACLLYSLMRNQLSDDKVKGIVRQAVDIEREFVCDALPCALVGMNGDLMSEYIEFVADRLLVALGHSKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFEKR

Query:  VGEYQKASVMSSLHGNGGIHEFKMDEDF
        VGEYQ+  VMS    N     F +D DF
Subjt:  VGEYQKASVMSSLHGNGGIHEFKMDEDF

Q9LSD0 Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain C1.0e-15880.72Show/hide
Query:  MPAIPEEPLLAPNPDRFCMFPIEYPQIWEMYKKAMASFWTAEEVDLSQDLRHWE-GLTADEKHFISHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMKEVQVAEARAFY
        MP++PEEPLL P PDRFCMFPI YPQIWEMYKKA ASFWTAEEVDLSQD R WE  L   E+HFI HVLAFFAASDGIVLENLA RFM +VQV+EARAFY
Subjt:  MPAIPEEPLLAPNPDRFCMFPIEYPQIWEMYKKAMASFWTAEEVDLSQDLRHWE-GLTADEKHFISHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMKEVQVAEARAFY

Query:  GFQIAIENIHSEMYSLLLETYIKDSVEKNRLFHAIETVPCVAKKAEWALKWIDGSESFAERLIGFACVEGIFFSGSFCAIFWLKKRGLMPGLTFSNELIS
        GFQIAIENIHSEMYSLLL+TYIKD+ E++ LF AIET+PCVAKKA+WA+KWIDGS++FAER+I FACVEGIFFSGSFC+IFWLKKRGLMPGLTFSNELIS
Subjt:  GFQIAIENIHSEMYSLLLETYIKDSVEKNRLFHAIETVPCVAKKAEWALKWIDGSESFAERLIGFACVEGIFFSGSFCAIFWLKKRGLMPGLTFSNELIS

Query:  RDEGLHCDFACLLYSLMRNQLSDDKVKGIVRQAVDIEREFVCDALPCALVGMNGDLMSEYIEFVADRLLVALGHSKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFE
        RDEGLHCDFACLLY+L++ +LS+++VK IV  AV+IEREFVCDALPCALVGMN DLMS+YIEFVADRLL ALG+ K+Y V NPFDWMELISLQGKTNFFE
Subjt:  RDEGLHCDFACLLYSLMRNQLSDDKVKGIVRQAVDIEREFVCDALPCALVGMNGDLMSEYIEFVADRLLVALGHSKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFE

Query:  KRVGEYQKASVMSSLHGNGGI--HEFKMDEDF
        KRVG+YQKASVMSS++GNG    H F +DEDF
Subjt:  KRVGEYQKASVMSSLHGNGGI--HEFKMDEDF

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G23580.1 ribonucleotide reductase 2A9.3e-14475.31Show/hide
Query:  EEPLLAPNPDRFCMFPIEYPQIWEMYKKAMASFWTAEEVDLSQDLRHWEGLTADEKHFISHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMKEVQVAEARAFYGFQIAI
        EEPLL     RF MFPI Y  IWEMYKKA ASFWTAEEVDLS D++ WE LT  EKHFISH+LAFFAASDGIVLENLA RF+ +VQV EARAFYGFQIA+
Subjt:  EEPLLAPNPDRFCMFPIEYPQIWEMYKKAMASFWTAEEVDLSQDLRHWEGLTADEKHFISHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMKEVQVAEARAFYGFQIAI

Query:  ENIHSEMYSLLLETYIKDSVEKNRLFHAIETVPCVAKKAEWALKWIDGSESFAERLIGFACVEGIFFSGSFCAIFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLH
        ENIHSEMYSLLLET+IKDS EK+RLF+AIET+PC++KKA+W L WI    SFA RL+ FACVEGIFFSGSFCAIFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLH
Subjt:  ENIHSEMYSLLLETYIKDSVEKNRLFHAIETVPCVAKKAEWALKWIDGSESFAERLIGFACVEGIFFSGSFCAIFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLH

Query:  CDFACLLYSLMRNQLSDDKVKGIVRQAVDIEREFVCDALPCALVGMNGDLMSEYIEFVADRLLVALGHSKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFEKRVGEY
        CDFACLLYSL++ QL  +KV  IV +AV+IE EFVC ALPC L+GMN +LMS+YI+FVADRLLV LG  + Y  +NPFDWME ISLQGKTNFFEKRVGEY
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Query:  QKASVMSSLHGNGGIHEFKMDEDF
        QKASVMS+L      +EF  +EDF
Subjt:  QKASVMSSLHGNGGIHEFKMDEDF

AT3G27060.1 Ferritin/ribonucleotide reductase-like family protein7.1e-16080.72Show/hide
Query:  MPAIPEEPLLAPNPDRFCMFPIEYPQIWEMYKKAMASFWTAEEVDLSQDLRHWE-GLTADEKHFISHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMKEVQVAEARAFY
        MP++PEEPLL P PDRFCMFPI YPQIWEMYKKA ASFWTAEEVDLSQD R WE  L   E+HFI HVLAFFAASDGIVLENLA RFM +VQV+EARAFY
Subjt:  MPAIPEEPLLAPNPDRFCMFPIEYPQIWEMYKKAMASFWTAEEVDLSQDLRHWE-GLTADEKHFISHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMKEVQVAEARAFY

Query:  GFQIAIENIHSEMYSLLLETYIKDSVEKNRLFHAIETVPCVAKKAEWALKWIDGSESFAERLIGFACVEGIFFSGSFCAIFWLKKRGLMPGLTFSNELIS
        GFQIAIENIHSEMYSLLL+TYIKD+ E++ LF AIET+PCVAKKA+WA+KWIDGS++FAER+I FACVEGIFFSGSFC+IFWLKKRGLMPGLTFSNELIS
Subjt:  GFQIAIENIHSEMYSLLLETYIKDSVEKNRLFHAIETVPCVAKKAEWALKWIDGSESFAERLIGFACVEGIFFSGSFCAIFWLKKRGLMPGLTFSNELIS

Query:  RDEGLHCDFACLLYSLMRNQLSDDKVKGIVRQAVDIEREFVCDALPCALVGMNGDLMSEYIEFVADRLLVALGHSKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFE
        RDEGLHCDFACLLY+L++ +LS+++VK IV  AV+IEREFVCDALPCALVGMN DLMS+YIEFVADRLL ALG+ K+Y V NPFDWMELISLQGKTNFFE
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Query:  KRVGEYQKASVMSSLHGNGGI--HEFKMDEDF
        KRVG+YQKASVMSS++GNG    H F +DEDF
Subjt:  KRVGEYQKASVMSSLHGNGGI--HEFKMDEDF


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCCTGCGATTCCAGAGGAGCCATTGCTCGCTCCTAACCCCGATAGATTCTGCATGTTCCCAATTGAGTATCCTCAGATATGGGAAATGTACAAGAAAGCCATGGCCTC
GTTCTGGACCGCTGAGGAGGTCGACCTCTCACAGGACCTCCGCCATTGGGAAGGCCTCACGGCCGACGAAAAGCATTTCATCTCCCACGTTCTGGCCTTCTTCGCCGCCT
CCGATGGTATCGTTCTGGAGAATCTCGCCGGCCGGTTCATGAAGGAGGTTCAGGTTGCGGAGGCTAGAGCGTTCTATGGCTTCCAAATCGCAATTGAGAACATTCACTCC
GAGATGTACAGTTTGTTGCTCGAAACCTACATCAAGGACTCAGTCGAGAAGAACAGGTTGTTCCACGCCATCGAGACTGTACCTTGCGTCGCGAAGAAAGCCGAGTGGGC
GCTAAAATGGATCGACGGCTCCGAGTCGTTTGCAGAGCGTCTGATTGGCTTCGCATGTGTGGAAGGTATTTTCTTCTCGGGAAGTTTCTGCGCTATATTCTGGCTGAAGA
AACGAGGCCTTATGCCAGGATTGACATTCTCAAACGAATTGATCTCCCGAGACGAAGGCCTGCACTGCGATTTCGCGTGCTTGCTGTACTCTCTGATGAGGAATCAACTG
AGCGACGACAAAGTGAAGGGGATCGTCCGGCAGGCGGTGGATATCGAGAGGGAATTCGTGTGCGATGCACTGCCGTGCGCGTTGGTGGGGATGAACGGCGATCTGATGAG
CGAGTACATCGAGTTCGTTGCTGACCGGTTGCTGGTAGCCCTAGGGCACAGCAAGATTTACAATGTACAGAACCCGTTCGATTGGATGGAATTGATATCGCTGCAGGGGA
AAACCAACTTCTTCGAGAAGAGGGTGGGAGAGTATCAGAAGGCGTCTGTGATGTCGAGCCTCCATGGAAATGGAGGGATTCATGAGTTCAAGATGGATGAGGATTTT
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGCCTGCGATTCCAGAGGAGCCATTGCTCGCTCCTAACCCCGATAGATTCTGCATGTTCCCAATTGAGTATCCTCAGATATGGGAAATGTACAAGAAAGCCATGGCCTC
GTTCTGGACCGCTGAGGAGGTCGACCTCTCACAGGACCTCCGCCATTGGGAAGGCCTCACGGCCGACGAAAAGCATTTCATCTCCCACGTTCTGGCCTTCTTCGCCGCCT
CCGATGGTATCGTTCTGGAGAATCTCGCCGGCCGGTTCATGAAGGAGGTTCAGGTTGCGGAGGCTAGAGCGTTCTATGGCTTCCAAATCGCAATTGAGAACATTCACTCC
GAGATGTACAGTTTGTTGCTCGAAACCTACATCAAGGACTCAGTCGAGAAGAACAGGTTGTTCCACGCCATCGAGACTGTACCTTGCGTCGCGAAGAAAGCCGAGTGGGC
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CGAGTACATCGAGTTCGTTGCTGACCGGTTGCTGGTAGCCCTAGGGCACAGCAAGATTTACAATGTACAGAACCCGTTCGATTGGATGGAATTGATATCGCTGCAGGGGA
AAACCAACTTCTTCGAGAAGAGGGTGGGAGAGTATCAGAAGGCGTCTGTGATGTCGAGCCTCCATGGAAATGGAGGGATTCATGAGTTCAAGATGGATGAGGATTTT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MPAIPEEPLLAPNPDRFCMFPIEYPQIWEMYKKAMASFWTAEEVDLSQDLRHWEGLTADEKHFISHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMKEVQVAEARAFYGFQIAIENIHS
EMYSLLLETYIKDSVEKNRLFHAIETVPCVAKKAEWALKWIDGSESFAERLIGFACVEGIFFSGSFCAIFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLHCDFACLLYSLMRNQL
SDDKVKGIVRQAVDIEREFVCDALPCALVGMNGDLMSEYIEFVADRLLVALGHSKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFEKRVGEYQKASVMSSLHGNGGIHEFKMDEDF