; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MS003912 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS003912
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
DescriptionTranscription factor
Genome locationscaffold127:1507069..1507807
RNA-Seq ExpressionMS003912
SyntenyMS003912
Gene Ontology termsGO:0003677 - DNA binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001005 - SANT/Myb domain
IPR001878 - Zinc finger, CCHC-type
IPR006447 - Myb domain, plants
IPR009057 - Homeobox-like domain superfamily
IPR017884 - SANT domain
IPR017930 - Myb domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6589987.1 Transcription factor MYBS3, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.9e-6674.11Show/hide
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KAG7021927.1 Transcription factor MYBS3, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]8.5e-6777.2Show/hide
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XP_022147581.1 myb-like protein J [Momordica charantia]4.0e-101100Show/hide
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XP_022934008.1 transcription factor KUA1-like [Cucurbita moschata]1.4e-6676.68Show/hide
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XP_023531554.1 transcription factor KUA1-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.4e-6676.68Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A6J1D2T3 myb-like protein J2.0e-101100Show/hide
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A0A6J1F6G1 transcription factor KUA1-like7.0e-6776.68Show/hide
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A0A6J1H8A8 uncharacterized protein DDB_G0271670-like2.0e-6673.74Show/hide
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        RI +D + +   P NGYLSDGLL  +Q+RKKGVPWTEEEHRIFLIGLEKLGRGDWRGISRNYVTT+TPTQVASHAQKYFLRQST+NKKNRRSSLFDMV
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A0A6J1IDI5 transcription factor KUA1-like2.0e-6676.04Show/hide
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A0A6J1JFB4 uncharacterized protein DDB_G0271670-like5.0e-6573.23Show/hide
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        RI +D + +     NGYLSDGLL  +Q+RKKGVPWTEEEHRIFLIGLEKLGRGDWRGISRNYVTT+TPTQVASHAQKY+LRQSTINKKNRRSSLFDMV
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
B8A9B2 Transcription factor MYBS12.2e-2568.06Show/hide
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        EQ+R+KG+PWTEEEHR+FL+GL+K G+GDWR ISRN+V +RTPTQVASHAQKYF+R +++N+  RRSS+ D+
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Q2V9B0 Transcription factor MYB1R17.5e-2647.44Show/hide
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        G  I LFGV   +DP   S S N  S   H  A   +   D          + SS  +    +  ADD    +    + G     ++RK+GVPWTEEEH+
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        +FL+GL+K+G+GDWRGISRN+V TRTPTQVASHAQKYFLR+S +N++ RRSSLFD+
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Q7XC57 Transcription factor MYBS37.3e-3749.48Show/hide
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        M R+CSHC + GHNSRTC N                  +++FGV L   S               I+KS S   LSL SS+  S+S   S +    D  D
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          P   +GY SD    G  +  +DRKKGVPWTEEEHR FL+GL+KLG+GDWRGISRN+V +RTPTQVASHAQKYF+RQS + ++ RRSSLFDMV
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Q9FKF9 Probable transcription factor At5g616208.6e-3042.49Show/hide
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        + + CSHCG+ GHN+RTC N              +   ++LFGV++       S+    P    A++KS S   L    ++  S+ S    + +    DD
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        T     GY SDG +  ++     ++KKG PWTEEEHR FLIGL KLG+GDWRGI++++V+TRTPTQVASHAQKYF+R +  +K+ RR+SLFD+
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Q9LVS0 Transcription factor KUA11.2e-3446.91Show/hide
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        M R+CSHC + GHNSRTC N                  ++LFGV L   S               I+KS S   LS  + S   S    + S       D
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            +  +GY S+  +   +  ++RKKG PWTEEEHR+FL+GL+KLG+GDWRGISRNYVTTRTPTQVASHAQKYF+RQS ++++ RRSSLFDMV
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G70000.1 myb-like transcription factor family protein1.7e-3345.88Show/hide
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        M R CS CGN GHNSRTC    P++          G     I LFGV +  +SSS              +KS S + LS    +P  + +          
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         DD      GY SD ++    R ++RK+G PWTEEEHR+FL GL K+G+GDWRGISRN+V TRTPTQVASHAQKYFLR++  N++ RRSSLFD+
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AT1G70000.2 myb-like transcription factor family protein1.7e-3345.88Show/hide
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        M R CS CGN GHNSRTC    P++          G     I LFGV +  +SSS              +KS S + LS    +P  + +          
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         DD      GY SD ++    R ++RK+G PWTEEEHR+FL GL K+G+GDWRGISRN+V TRTPTQVASHAQKYFLR++  N++ RRSSLFD+
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AT3G16350.1 Homeodomain-like superfamily protein2.2e-3646.08Show/hide
Query:  MGRKCSHCGNIGHNSR--------TCSNFRPSNNNFVAATATSGPPIRLFGVHLDPSSSSSSNYSSSPNHNFAIKKSFSTDCLSLPSSSPPSSSSSFSSS
        M R+CSHC N GHNSR        TC              + S   ++LFGV L   S    + S       A+  + +T     PSS  P ++S+ + S
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Query:  RIHVDADDTKPPIN-GYLSD------GLLTREQDRKKGVPWTEEEHRIFLIGLEKLGRGDWRGISRNYVTTRTPTQVASHAQKYFLRQSTINKKNRRSSL
         +   A  +    N GYLSD      G   R  +RK+GVPWTEEEHR+FL+GL+KLG+GDWRGISRNYVT+RTPTQVASHAQKYF+R ++ +++ RRSSL
Subjt:  RIHVDADDTKPPIN-GYLSD------GLLTREQDRKKGVPWTEEEHRIFLIGLEKLGRGDWRGISRNYVTTRTPTQVASHAQKYFLRQSTINKKNRRSSL

Query:  FDMV
        FDMV
Subjt:  FDMV

AT5G47390.1 myb-like transcription factor family protein8.3e-3646.91Show/hide
Query:  MGRKCSHCGNIGHNSRTCSNFRPSNNNFVAATATSGPPIRLFGVHLDPSSSSSSNYSSSPNHNFAIKKSFSTDCLSLPSSSPPSSSSSFSSSRIHVDADD
        M R+CSHC + GHNSRTC N                  ++LFGV L   S               I+KS S   LS  + S   S    + S       D
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Query:  TKPPI--NGYLSDGLL---TREQDRKKGVPWTEEEHRIFLIGLEKLGRGDWRGISRNYVTTRTPTQVASHAQKYFLRQSTINKKNRRSSLFDMV
            +  +GY S+  +   +  ++RKKG PWTEEEHR+FL+GL+KLG+GDWRGISRNYVTTRTPTQVASHAQKYF+RQS ++++ RRSSLFDMV
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AT5G56840.1 myb-like transcription factor family protein5.5e-4858.42Show/hide
Query:  MGRKCSHCGNIGHNSRTCSNFRPSNNNFVAATATSGPPIRLFGVHLDPSSSSSSNYSSSPNHNFAIKKSFSTDCLSLPSSSPPSSSSSFSSSRIHVDADD
        MGR+CSHCGN+GHNSRTCS+++                +RLFGVHLD +SSS            AIKKSFS DC  LP+ S  SSSSSF+          
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Query:  TKPPINGYLSDGLLTREQDRKKGVPWTEEEHRIFLIGLEKLGRGDWRGISRNYVTTRTPTQVASHAQKYFLRQ-STINKKNRRSSLFDMV
              GYLSDGL  +  DRKKGVPWT EEHR FLIGLEKLG+GDWRGISRN+V T++PTQVASHAQKYFLRQ +T++ K RR+SLFDMV
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGGCAGAAAGTGCTCACATTGTGGCAACATAGGCCACAATTCAAGAACTTGCTCAAATTTCAGACCCTCAAACAACAATTTTGTTGCTGCTACTGCTACTTCTGGCCC
TCCCATCAGGCTATTTGGAGTTCATCTTGATCCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTAATTATTCTTCTTCTCCCAATCATAATTTCGCCATTAAAAAGAGCTTCAGCACTGATT
GCTTGTCTTTGCCTTCTTCTTCTCCTCCTTCTTCTTCCTCCTCTTTCTCGTCGTCTCGAATTCACGTCGACGCCGACGATACGAAACCCCCCATCAATGGCTATCTCTCT
GATGGCCTCCTCACTAGAGAGCAGGACAGGAAGAAAGGGGTTCCATGGACTGAAGAGGAGCATAGAATATTTCTAATTGGGCTTGAAAAGCTTGGGAGAGGAGATTGGAG
AGGCATCTCTAGAAATTATGTCACCACTAGAACTCCAACTCAAGTTGCAAGCCATGCTCAGAAATATTTCCTTAGGCAATCCACAATCAACAAAAAGAATAGGCGTTCAA
GCCTCTTTGACATGGTATAC
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGGCAGAAAGTGCTCACATTGTGGCAACATAGGCCACAATTCAAGAACTTGCTCAAATTTCAGACCCTCAAACAACAATTTTGTTGCTGCTACTGCTACTTCTGGCCC
TCCCATCAGGCTATTTGGAGTTCATCTTGATCCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTAATTATTCTTCTTCTCCCAATCATAATTTCGCCATTAAAAAGAGCTTCAGCACTGATT
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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