CuGenDBv2

Gene ID	MS004113
Organism	Momordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
Description	DNA repair REX1-B protein
Genome location	scaffold92:155040..157448
RNA-Seq Expression	MS004113
Synteny	MS004113
Gene Ontology terms	NA
InterPro domains	IPR039491 - Required for excision 1-B domain-containing protein

Homology

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GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAG7012978.1 hypothetical protein SDJN02_25732 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]

3.9e-89

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XP_008446706.1 PREDICTED: uncharacterized protein LOC103489347 [Cucumis melo]

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XP_022150684.1 uncharacterized protein LOC111018757 [Momordica charantia]

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XP_022945518.1 uncharacterized protein C19orf60 homolog [Cucurbita moschata]

1.3e-89

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XP_023541138.1 uncharacterized protein C19orf60 homolog [Cucurbita pepo subsp. pepo]

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TrEMBL top hits

e value

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A0A1S3BGI9 uncharacterized protein LOC103489347

4.2e-89

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A0A5D3CFT2 Uncharacterized protein

4.2e-89

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A0A6J1DAT6 uncharacterized protein LOC111018757

4.0e-108

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A0A6J1G147 uncharacterized protein C19orf60 homolog

6.4e-90

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A0A6J1HYI6 uncharacterized protein C19orf60 homolog

6.4e-90

85.58

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SwissProt top hits

e value

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Alignment

Q17Q97 Required for excision 1-B domain-containing protein

8.9e-04

29.9

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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT5G04910.1 unknown protein

2.4e-68

62.21

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        EDF  K+SL + +  + + E G +              S TL LLR  L IQQRRA+AYA LK GF EY+ SG E  YQ+LCSEITTEF+ CSKQV ++E
Subjt:  EDFDNKLSLAEPMEMEEDQEFGATD------------PSNTLGLLRKFLRIQQRRAEAYAKLKRGFDEYMTSGREVSYQQLCSEITTEFNYCSKQVIDIE

Query:  SDFRNPDHSRLELADLLRSVQLQEKQKLHLTAQIQLLKKAGRPSERLVSHENCRFKTPREHECVHVHEITEASGTEEAEADAEYDNALKEAIKGVQDAVT
        S F NP+  R +LA LL  +Q QEKQKLHLT  IQ+LKKAGRPSER+++HENC+FK P +HECVH+HEITEA+GTEEAEADAE+DNALKEAI+GVQDAVT
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Query:  TINEHMEEVRYEIAALE
        +INE++E++RYEI ALE
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Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGAAGATTTTGACAATAAGCTCTCTCTGGCTGAACCCATGGAGATGGAGGAAGATCAAGAATTCGGGGCCACCGATCCCTCTAACACTCTTGGTTTGCTCCGCAAGTT
TCTTCGAATCCAGCAGCGTAGAGCGGAAGCTTATGCCAAGCTTAAGAGGGGTTTCGATGAGTATATGACTTCAGGAAGGGAAGTATCTTACCAACAACTTTGCAGTGAGA
TCACGACGGAGTTCAATTATTGCTCTAAACAAGTCATTGACATTGAGTCAGATTTCCGGAATCCTGATCACAGCAGGCTCGAGTTAGCTGACCTGCTTAGATCTGTTCAA
TTACAGGAGAAGCAGAAATTGCACCTGACAGCTCAAATTCAGTTACTGAAGAAGGCTGGCCGTCCATCAGAGCGTTTGGTGAGCCACGAGAATTGCAGATTCAAGACGCC
TCGAGAGCACGAGTGCGTGCATGTCCATGAGATAACCGAAGCTTCTGGTACCGAGGAAGCAGAAGCAGATGCCGAATACGACAATGCTCTCAAGGAAGCAATCAAAGGCG
TCCAGGATGCTGTGACCACCATAAACGAGCACATGGAGGAAGTGAGATATGAGATTGCAGCTCTTGAAGATAAG

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MEDFDNKLSLAEPMEMEEDQEFGATDPSNTLGLLRKFLRIQQRRAEAYAKLKRGFDEYMTSGREVSYQQLCSEITTEFNYCSKQVIDIESDFRNPDHSRLELADLLRSVQ
LQEKQKLHLTAQIQLLKKAGRPSERLVSHENCRFKTPREHECVHVHEITEASGTEEAEADAEYDNALKEAIKGVQDAVTTINEHMEEVRYEIAALEDK

MS004113 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome