; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MS004361 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS004361
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
DescriptionRNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein
Genome locationscaffold92:2228320..2229579
RNA-Seq ExpressionMS004361
SyntenyMS004361
Gene Ontology termsGO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0034049.1 putative RNA-binding protein ARP1 isoform X1 [Cucumis melo var. makuwa]1.9e-12086.15Show/hide
Query:  TTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGAR
        TT +N++ NAGL FGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHF+KFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACED+APIINGRRANCNLASLGAR
Subjt:  TTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGAR

Query:  RGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQ-AM
        RG   +++ATPPQAP  PGSNGGG + +T+A +P NHVQWYYPAGT PTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKL Y+N  GHY+Q+YPGQ AM
Subjt:  RGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQ-AM

Query:  VGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNPGPF
        VG NTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPT AGPFAAVPPTSIMSKP +VGPNPGPF
Subjt:  VGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNPGPF

XP_004143608.1 probable RNA-binding protein ARP1 isoform X1 [Cucumis sativus]4.1e-12086.43Show/hide
Query:  TTTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGA
        TT  +N+S NAGL FGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHF KFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACED+APIINGRRANCNLASLGA
Subjt:  TTTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGA

Query:  RRGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQAM
        RRG   +++ATPPQAP  PGSN GG + +++A +P NHVQWYYPAGT PTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKL YMN  GHY+Q+YPGQAM
Subjt:  RRGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQAM

Query:  VGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNPG
        VGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPT AGPFAAVPPTSIMSKP +VGPNPG
Subjt:  VGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNPG

XP_022139299.1 probable RNA-binding protein ARP1 [Momordica charantia]2.5e-14199.6Show/hide
Query:  MSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRG
        MSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRG
Subjt:  MSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRG

Query:  SRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQAMVGAN
        SRSASAATPPQAPPLPGSNGGGG RSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQAMVGAN
Subjt:  SRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQAMVGAN

Query:  TLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNP
        TLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNP
Subjt:  TLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNP

XP_038891949.1 probable RNA-binding protein ARP1 isoform X1 [Benincasa hispida]2.6e-12287.6Show/hide
Query:  TTTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGA
        +TT ++N+NNAGL FGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACED+APIINGRRANCNLASLGA
Subjt:  TTTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGA

Query:  RRGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQAM
        RRG   +++ATPPQAP  PGSNGGG + +++ A+P NHVQWYYPAGT PTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKL YMN  GHY+Q+YPGQAM
Subjt:  RRGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQAM

Query:  VGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNPG
        VGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPT AGPFAAVPP+SIMSKPASVGPNPG
Subjt:  VGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNPG

XP_038891950.1 probable RNA-binding protein ARP1 isoform X2 [Benincasa hispida]1.3e-12187.55Show/hide
Query:  TTTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGA
        +TT ++N+NNAGL FGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACED+APIINGRRANCNLASLGA
Subjt:  TTTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGA

Query:  RRGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQAM
        RRG   +++ATPPQAP  PGSNGGG + +++ A+P NHVQWYYPAGT PTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKL YMN  GHY+Q+YPGQAM
Subjt:  RRGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQAM

Query:  VGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNP
        VGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPT AGPFAAVPP+SIMSKPASVGPNP
Subjt:  VGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNP

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KNL6 RRM domain-containing protein2.0e-12086.43Show/hide
Query:  TTTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGA
        TT  +N+S NAGL FGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHF KFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACED+APIINGRRANCNLASLGA
Subjt:  TTTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGA

Query:  RRGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQAM
        RRG   +++ATPPQAP  PGSN GG + +++A +P NHVQWYYPAGT PTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKL YMN  GHY+Q+YPGQAM
Subjt:  RRGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQAM

Query:  VGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNPG
        VGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPT AGPFAAVPPTSIMSKP +VGPNPG
Subjt:  VGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNPG

A0A1S3BD62 probable RNA-binding protein ARP1 isoform X23.8e-11986.38Show/hide
Query:  TTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGAR
        TT +N++ NAGL FGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHF+KFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACED+APIINGRRANCNLASLGAR
Subjt:  TTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGAR

Query:  RGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQ-AM
        RG   +++ATPPQAP  PGSNGGG + +T+A +P NHVQWYYPAGT PTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKL Y+N  GHY+Q+YPGQ AM
Subjt:  RGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQ-AM

Query:  VGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNP
        VGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPT AGPFAAVPPTSIMSKP +VGPNP
Subjt:  VGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNP

A0A1S3BEI0 probable RNA-binding protein ARP1 isoform X17.6e-12086.43Show/hide
Query:  TTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGAR
        TT +N++ NAGL FGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHF+KFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACED+APIINGRRANCNLASLGAR
Subjt:  TTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGAR

Query:  RGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQ-AM
        RG   +++ATPPQAP  PGSNGGG + +T+A +P NHVQWYYPAGT PTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKL Y+N  GHY+Q+YPGQ AM
Subjt:  RGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQ-AM

Query:  VGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNPG
        VGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPT AGPFAAVPPTSIMSKP +VGPNPG
Subjt:  VGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNPG

A0A5A7SY01 Putative RNA-binding protein ARP1 isoform X19.0e-12186.15Show/hide
Query:  TTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGAR
        TT +N++ NAGL FGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHF+KFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACED+APIINGRRANCNLASLGAR
Subjt:  TTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGAR

Query:  RGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQ-AM
        RG   +++ATPPQAP  PGSNGGG + +T+A +P NHVQWYYPAGT PTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKL Y+N  GHY+Q+YPGQ AM
Subjt:  RGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASP-NHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQ-AM

Query:  VGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNPGPF
        VG NTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPT AGPFAAVPPTSIMSKP +VGPNPGPF
Subjt:  VGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNPGPF

A0A6J1CCJ5 probable RNA-binding protein ARP11.2e-14199.6Show/hide
Query:  MSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRG
        MSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRG
Subjt:  MSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRG

Query:  SRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQAMVGAN
        SRSASAATPPQAPPLPGSNGGGG RSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQAMVGAN
Subjt:  SRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQAMVGAN

Query:  TLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNP
        TLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNP
Subjt:  TLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNP

SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q5ZJX4 RNA-binding protein 383.2e-2257.65Show/hide
Query:  DTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGAR
        DTT TK+FVGGL + T   ++R +FE FG+I EAV+I+D+ TG+S+GYGFVT  D  +A++AC+D  PII+GR+AN NLA LGA+
Subjt:  DTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGAR

Q6GQD3 RNA-binding protein 24-A4.1e-2257.65Show/hide
Query:  DTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGAR
        DTT TK+FVGGL + T   ++R +FE FG+I EAV+I+D+ TG+S+GYGFVT  D  +A++AC+D  PII+GR+AN NLA LGA+
Subjt:  DTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGAR

Q76LC6 RNA-binding protein 242.4e-2258.82Show/hide
Query:  DTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGAR
        DTT TK+FVGGL + T   ++R +FE FGEI EAV+I+D+ TG+S+GYGFVT  D  +A +AC+D  PII+GR+AN NLA LGA+
Subjt:  DTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGAR

Q9BX46 RNA-binding protein 242.4e-2258.82Show/hide
Query:  DTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGAR
        DTT TK+FVGGL + T   ++R +FE FGEI EAV+I+D+ TG+S+GYGFVT  D  +A++AC+D  PII+GR+AN NLA LGA+
Subjt:  DTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGAR

Q9M1S3 Probable RNA-binding protein ARP11.8e-5450.77Show/hide
Query:  SNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRGSRSA
        SNN    FGDT LTKVFVGGLAW+T KEAM DHF K+G+ILEAVIISDKLT RSKGYGFVTFKDA++A +ACED+ PIINGRRANCNLASLG R   R +
Subjt:  SNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRGSRSA

Query:  SAATPPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNG---GGHYSQVYP---------
           T PQ  P        G R+T     NH QWYYP+G        Q HQ VPFYGY PS  Y+A ++++N K+ Y+ G    G+Y+Q+ P         
Subjt:  SAATPPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNG---GGHYSQVYP---------

Query:  ---------GQAMVG-ANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFA-AVPPTS
                 G+ MVG A+ ++P Y +Y YHQS A+G       P P+ + P + + PP S
Subjt:  ---------GQAMVG-ANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFA-AVPPTS

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G22910.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein1.9e-3843.68Show/hide
Query:  GLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRGSRSASAAT
        G+  GDTT TKVFVGGLAWET KE M+ HFE+FGEILEAV+I+DK +GRSKGYGFVTF++AE+A+ AC DA P+I+GRRANCNLASLG +R        +
Subjt:  GLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRGSRSASAAT

Query:  PPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTP--FHHQPHQPVPFYGYSP-SPTYIATDISYNHKLSYMNG---GGHYSQVY------PGQAM
         P  P    ++GGGG+ +      + +Q  +    PP P  F H PH P+  +GYSP SP Y     S+   L  M G   GG Y  VY       G   
Subjt:  PPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTP--FHHQPHQPVPFYGYSP-SPTYIATDISYNHKLSYMNG---GGHYSQVY------PGQAM

Query:  VGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNPGPFI
          A +  P YP    H       P   F    ++  P    PPT  M +  +  P   P I
Subjt:  VGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNPGPFI

AT1G22910.2 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein1.4e-3844.31Show/hide
Query:  GLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRGSRSASAAT
        G+  GDTT TKVFVGGLAWET KE M+ HFE+FGEILEAV+I+DK +GRSKGYGFVTF++AE+A+ AC DA P+I+GRRANCNLASLG +R        +
Subjt:  GLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRGSRSASAAT

Query:  PPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTP--FHHQPHQPVPFYGYSP-SPTYIATDISYNHKLSYMNG---GGHYSQVY------PGQAM
         P  P    ++GGGG+ +      + +Q  +    PP P  F H PH P+  +GYSP SP Y     S+   L  M G   GG Y  VY       G   
Subjt:  PPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTP--FHHQPHQPVPFYGYSP-SPTYIATDISYNHKLSYMNG---GGHYSQVY------PGQAM

Query:  VGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGP
          A +  P YP    H       P   F    ++  P    PPT  M +   V P
Subjt:  VGANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGP

AT1G22910.3 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein2.2e-3944.72Show/hide
Query:  GLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRGSRSASAAT
        G+  GDTT TKVFVGGLAWET KE M+ HFE+FGEILEAV+I+DK +GRSKGYGFVTF++AE+A+ AC DA P+I+GRRANCNLASLG +R        +
Subjt:  GLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRGSRSASAAT

Query:  PPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTP--FHHQPHQPVPFYGYSP-SPTYIATDISYNHKLSYMNG---GGHYSQVY------PGQAM
         P  P    ++GGGG+ +      + +Q  +    PP P  F H PH P+  +GYSP SP Y     S+   L  M G   GG Y  VY       G   
Subjt:  PPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTP--FHHQPHQPVPFYGYSP-SPTYIATDISYNHKLSYMNG---GGHYSQVY------PGQAM

Query:  VGANTLMPMY---------------PLYHYHQSHAMGMPAHIFPPS
          A +  P Y               P YH+  S+    P H  PP+
Subjt:  VGANTLMPMY---------------PLYHYHQSHAMGMPAHIFPPS

AT3G54770.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein1.3e-5550.77Show/hide
Query:  SNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRGSRSA
        SNN    FGDT LTKVFVGGLAW+T KEAM DHF K+G+ILEAVIISDKLT RSKGYGFVTFKDA++A +ACED+ PIINGRRANCNLASLG R   R +
Subjt:  SNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRGSRSA

Query:  SAATPPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNG---GGHYSQVYP---------
           T PQ  P        G R+T     NH QWYYP+G        Q HQ VPFYGY PS  Y+A ++++N K+ Y+ G    G+Y+Q+ P         
Subjt:  SAATPPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNG---GGHYSQVYP---------

Query:  ---------GQAMVG-ANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFA-AVPPTS
                 G+ MVG A+ ++P Y +Y YHQS A+G       P P+ + P + + PP S
Subjt:  ---------GQAMVG-ANTLMPMYPLYHYHQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFA-AVPPTS

AT3G54770.2 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein3.7e-4245.89Show/hide
Query:  MRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASPN
        M DHF K+G+ILEAVIISDKLT RSKGYGFVTFKDA++A +ACED+ PIINGRRANCNLASLG R   ++ + ATPP                      N
Subjt:  MRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRGSRSASAATPPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASPN

Query:  HVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNG---GGHYSQVYP------------------GQAMVG-ANTLMPMYPLYHY
        H QWYYP+G        Q HQ VPFYGY PS  Y+A ++++N K+ Y+ G    G+Y+Q+ P                  G+ MVG A+ ++P Y +Y Y
Subjt:  HVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNG---GGHYSQVYP------------------GQAMVG-ANTLMPMYPLYHY

Query:  HQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFA-AVPPTS
        HQS A+G       P P+ + P + + PP S
Subjt:  HQSHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFA-AVPPTS


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
GCCGGAATTTATACGACGACGATGAGCAACAATAGTAACAATGCAGGTTTAATGTTCGGCGACACCACGCTCACGAAGGTGTTCGTCGGCGGACTGGCGTGGGAGACTCC
CAAGGAAGCTATGCGAGATCACTTCGAGAAGTTCGGCGAGATCTTGGAGGCTGTAATCATCTCCGATAAGCTCACCGGCAGATCCAAGGGCTACGGATTCGTCACGTTTA
AGGACGCGGAATCGGCGAAGAAGGCTTGCGAGGACGCCGCGCCGATCATCAACGGCCGCCGAGCCAACTGTAATCTGGCGTCGCTCGGAGCTCGCCGCGGCTCTCGCTCC
GCATCGGCTGCTACTCCTCCCCAAGCTCCTCCGCTACCAGGATCCAACGGCGGTGGGGGGCAGAGGTCCACGTCAGCAGCATCGCCCAACCACGTGCAGTGGTACTACCC
GGCCGGGACTCCTCCGACGCCGTTTCATCATCAGCCTCATCAGCCCGTCCCGTTCTACGGTTACTCCCCAAGCCCCACCTACATCGCCACGGATATCAGTTACAACCATA
AGCTGAGCTATATGAACGGCGGGGGGCATTACTCGCAGGTGTATCCGGGGCAGGCTATGGTGGGAGCGAACACATTGATGCCGATGTACCCGCTGTATCACTACCATCAA
TCACACGCCATGGGGATGCCGGCCCACATATTCCCGCCAAGCCCGACGGCGGCCGGCCCATTCGCCGCCGTCCCACCCACATCCATCATGTCCAAACCGGCCTCGGTCGG
TCCAAATCCAGGTCCGTTCATT
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
GCCGGAATTTATACGACGACGATGAGCAACAATAGTAACAATGCAGGTTTAATGTTCGGCGACACCACGCTCACGAAGGTGTTCGTCGGCGGACTGGCGTGGGAGACTCC
CAAGGAAGCTATGCGAGATCACTTCGAGAAGTTCGGCGAGATCTTGGAGGCTGTAATCATCTCCGATAAGCTCACCGGCAGATCCAAGGGCTACGGATTCGTCACGTTTA
AGGACGCGGAATCGGCGAAGAAGGCTTGCGAGGACGCCGCGCCGATCATCAACGGCCGCCGAGCCAACTGTAATCTGGCGTCGCTCGGAGCTCGCCGCGGCTCTCGCTCC
GCATCGGCTGCTACTCCTCCCCAAGCTCCTCCGCTACCAGGATCCAACGGCGGTGGGGGGCAGAGGTCCACGTCAGCAGCATCGCCCAACCACGTGCAGTGGTACTACCC
GGCCGGGACTCCTCCGACGCCGTTTCATCATCAGCCTCATCAGCCCGTCCCGTTCTACGGTTACTCCCCAAGCCCCACCTACATCGCCACGGATATCAGTTACAACCATA
AGCTGAGCTATATGAACGGCGGGGGGCATTACTCGCAGGTGTATCCGGGGCAGGCTATGGTGGGAGCGAACACATTGATGCCGATGTACCCGCTGTATCACTACCATCAA
TCACACGCCATGGGGATGCCGGCCCACATATTCCCGCCAAGCCCGACGGCGGCCGGCCCATTCGCCGCCGTCCCACCCACATCCATCATGTCCAAACCGGCCTCGGTCGG
TCCAAATCCAGGTCCGTTCATT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
AGIYTTTMSNNSNNAGLMFGDTTLTKVFVGGLAWETPKEAMRDHFEKFGEILEAVIISDKLTGRSKGYGFVTFKDAESAKKACEDAAPIINGRRANCNLASLGARRGSRS
ASAATPPQAPPLPGSNGGGGQRSTSAASPNHVQWYYPAGTPPTPFHHQPHQPVPFYGYSPSPTYIATDISYNHKLSYMNGGGHYSQVYPGQAMVGANTLMPMYPLYHYHQ
SHAMGMPAHIFPPSPTAAGPFAAVPPTSIMSKPASVGPNPGPFI