; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MS005090 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS005090
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
Descriptiontranscription factor TCP15-like
Genome locationscaffold176:2633772..2634305
RNA-Seq ExpressionMS005090
SyntenyMS005090
Gene Ontology termsGO:0006355 - regulation of transcription, DNA-templated (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0003700 - DNA-binding transcription factor activity (molecular function)
GO:0043565 - sequence-specific DNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR005333 - Transcription factor, TCP
IPR017887 - Transcription factor TCP subgroup


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004145813.1 transcription factor TCP7 [Cucumis sativus]7.4e-6579.03Show/hide
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XP_008465370.1 PREDICTED: transcription factor TCP7 [Cucumis melo]1.5e-6579.79Show/hide
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        SA L+L  C+    PSSSN+ S TTS F++ET   NNY FP  N  IPLPNYEFDLVSDFDMELFAHHI TLQEVAENSEQ  +DG D
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XP_022140679.1 transcription factor TCP15-like [Momordica charantia]2.3e-9099.44Show/hide
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XP_022996075.1 transcription factor TCP14-like [Cucurbita maxima]6.5e-6175Show/hide
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        SAA  L  C P+  SS+ + TT+    + NNY FP     +PLPNYEFDLVSDFDMELFAHHI TLQEVAENSE++   D
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XP_038900506.1 transcription factor TCP16-like [Benincasa hispida]6.1e-6779.89Show/hide
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        SA L+L  C P    SSSNLS TT+ F++  + NNY FPM N  IPLPNYEFDLVSDFDMELFAHHI  LQEVAENSE++   D
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KDC7 TCP domain-containing protein3.6e-6579.03Show/hide
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        MGSK+MRVK+ TS+SPRNAPK   NSP ASESK +PSKAPKDRHAKVHGRDRRIRLPPLCAARVFQLTRELGNKTDGQTVEWLLKKAEPSIIA+TGK+IA
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        SA L+L  C+    PSSSN  S TTS F++ET   NNY FPM N  IPLPNYEFDLVSDFDMELFAHHI TLQEVAENSEQ+   D
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A0A1S3CNQ2 transcription factor TCP77.3e-6679.79Show/hide
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        SA L+L  C+    PSSSN+ S TTS F++ET   NNY FP  N  IPLPNYEFDLVSDFDMELFAHHI TLQEVAENSEQ  +DG D
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A0A5A7T0X8 Transcription factor TCP77.3e-6679.79Show/hide
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A0A6J1CGC4 transcription factor TCP15-like1.1e-9099.44Show/hide
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A0A6J1K5P6 transcription factor TCP14-like3.2e-6175Show/hide
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        MGSKNMRVKKATS+SPR         PNASESKP+PSKA KDRHAKV GRDRRIRLPPLCAARVFQLTRELGNKTDGQTVEWLLKKAEPSIIAITGKDIA
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        SAA  L  C P+  SS+ + TT+    + NNY FP     +PLPNYEFDLVSDFDMELFAHHI TLQEVAENSE++   D
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q93Z00 Transcription factor TCP142.2e-1958.24Show/hide
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        A++  PL   + KDRH KV GR RRIR+P LCAARVFQLTRELG+K+DG+T+EWLL++AEPS+IA TG     A  N  + N S  SS  S
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Q9C518 Transcription factor TCP87.1e-1845.16Show/hide
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        G     V  + S  PR+ P  +S   + +++ +     ++ KDRH KV GR RRIR+P LCAARVFQLTRELG+K+DG+T+EWLL++AEP+I+A TG   
Subjt:  GSKNMRVKKATSSSPRNAPKSNSN--SPNASESKPLPSKAPKDRHAKVHGRDRRIRLPPLCAARVFQLTRELGNKTDGQTVEWLLKKAEPSIIAITGKDI

Query:  ASAALNLAACNPSPSSSNLSATTS
          A  +  + +   S S LSA  S
Subjt:  ASAALNLAACNPSPSSSNLSATTS

Q9C9L2 Transcription factor TCP152.0e-2047.66Show/hide
Query:  TSSSPRNAPKSNSNSPNASESKPLPSK-APKDRHAKVHGRDRRIRLPPLCAARVFQLTRELGNKTDGQTVEWLLKKAEPSIIAITGKDIASAALNLAACN
        +SSS   A  S ++ PN+   KP P + + KDRH KV GR RRIR+P +CAARVFQLTRELG+K+DG+T+EWLL++AEP++IA TG     A  N  + N
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Query:  PSPSSSNLSATTSCFQQETNNYTFPMPN
         S  SS  S + +  +   ++Y F  P+
Subjt:  PSPSSSNLSATTSCFQQETNNYTFPMPN

Q9FTA2 Transcription factor TCP211.4e-1857.14Show/hide
Query:  SNSNSPNASESKPLPSKAPKDRHAKVHGRDRRIRLPPLCAARVFQLTRELGNKTDGQTVEWLLKKAEPSIIAITGKDIASAALNLAACNPS
        SN    NA +  P      KDRH+KV GR RRIR+P +CAARVFQLTRELG+K+DGQT+EWLL++AEPSIIA TG     A+ + A+ + S
Subjt:  SNSNSPNASESKPLPSKAPKDRHAKVHGRDRRIRLPPLCAARVFQLTRELGNKTDGQTVEWLLKKAEPSIIAITGKDIASAALNLAACNPS

Q9LSD5 Transcription factor TCP205.4e-1854Show/hide
Query:  NSNSPNASESKPLPSKAPKDRHAKVHGRDRRIRLPPLCAARVFQLTRELGNKTDGQTVEWLLKKAEPSIIAITGKDI--ASAALNLAACNPSPSSSNLSA
        N  S N ++  P  S + KDRH KV GR RRIR+P LCAAR+FQLTRELG+K+DG+T++WLL++AEPSIIA TG     ASA  + AA +      +L+A
Subjt:  NSNSPNASESKPLPSKAPKDRHAKVHGRDRRIRLPPLCAARVFQLTRELGNKTDGQTVEWLLKKAEPSIIAITGKDI--ASAALNLAACNPSPSSSNLSA

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G58100.1 TCP family transcription factor5.0e-1945.16Show/hide
Query:  GSKNMRVKKATSSSPRNAPKSNSN--SPNASESKPLPSKAPKDRHAKVHGRDRRIRLPPLCAARVFQLTRELGNKTDGQTVEWLLKKAEPSIIAITGKDI
        G     V  + S  PR+ P  +S   + +++ +     ++ KDRH KV GR RRIR+P LCAARVFQLTRELG+K+DG+T+EWLL++AEP+I+A TG   
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Query:  ASAALNLAACNPSPSSSNLSATTS
          A  +  + +   S S LSA  S
Subjt:  ASAALNLAACNPSPSSSNLSATTS

AT1G69690.1 TCP family transcription factor1.4e-2147.66Show/hide
Query:  TSSSPRNAPKSNSNSPNASESKPLPSK-APKDRHAKVHGRDRRIRLPPLCAARVFQLTRELGNKTDGQTVEWLLKKAEPSIIAITGKDIASAALNLAACN
        +SSS   A  S ++ PN+   KP P + + KDRH KV GR RRIR+P +CAARVFQLTRELG+K+DG+T+EWLL++AEP++IA TG     A  N  + N
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Query:  PSPSSSNLSATTSCFQQETNNYTFPMPN
         S  SS  S + +  +   ++Y F  P+
Subjt:  PSPSSSNLSATTSCFQQETNNYTFPMPN

AT3G27010.1 TEOSINTE BRANCHED 1, cycloidea, PCF (TCP)-domain family protein 203.9e-1954Show/hide
Query:  NSNSPNASESKPLPSKAPKDRHAKVHGRDRRIRLPPLCAARVFQLTRELGNKTDGQTVEWLLKKAEPSIIAITGKDI--ASAALNLAACNPSPSSSNLSA
        N  S N ++  P  S + KDRH KV GR RRIR+P LCAAR+FQLTRELG+K+DG+T++WLL++AEPSIIA TG     ASA  + AA +      +L+A
Subjt:  NSNSPNASESKPLPSKAPKDRHAKVHGRDRRIRLPPLCAARVFQLTRELGNKTDGQTVEWLLKKAEPSIIAITGKDI--ASAALNLAACNPSPSSSNLSA

AT3G47620.1 TEOSINTE BRANCHED, cycloidea and PCF (TCP) 141.6e-2058.24Show/hide
Query:  ASESKPLPSKAPKDRHAKVHGRDRRIRLPPLCAARVFQLTRELGNKTDGQTVEWLLKKAEPSIIAITGKDIASAALNLAACNPSPSSSNLS
        A++  PL   + KDRH KV GR RRIR+P LCAARVFQLTRELG+K+DG+T+EWLL++AEPS+IA TG     A  N  + N S  SS  S
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AT5G08330.1 TCP family transcription factor1.0e-1957.14Show/hide
Query:  SNSNSPNASESKPLPSKAPKDRHAKVHGRDRRIRLPPLCAARVFQLTRELGNKTDGQTVEWLLKKAEPSIIAITGKDIASAALNLAACNPS
        SN    NA +  P      KDRH+KV GR RRIR+P +CAARVFQLTRELG+K+DGQT+EWLL++AEPSIIA TG     A+ + A+ + S
Subjt:  SNSNSPNASESKPLPSKAPKDRHAKVHGRDRRIRLPPLCAARVFQLTRELGNKTDGQTVEWLLKKAEPSIIAITGKDIASAALNLAACNPS


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGGATCAAAAAACATGAGAGTCAAGAAGGCTACATCTAGCTCTCCAAGAAATGCACCAAAATCCAATTCCAATTCACCAAATGCCTCAGAGTCTAAGCCCCTGCCTTC
CAAAGCTCCGAAAGATCGCCACGCTAAGGTTCACGGGCGTGATCGTCGTATCCGCCTTCCACCGTTGTGTGCAGCTCGAGTGTTTCAGCTCACTCGAGAGCTCGGCAACA
AAACGGATGGTCAGACTGTGGAGTGGCTGTTGAAGAAGGCTGAGCCATCCATTATTGCTATAACTGGTAAAGATATTGCCTCTGCTGCTCTAAACCTGGCTGCCTGCAAC
CCCTCCCCATCTTCATCAAACCTTTCTGCTACTACAAGTTGTTTTCAACAAGAAACTAACAACTACACGTTCCCAATGCCTAACATACCTTTGCCAAATTATGAATTCGA
TTTGGTCTCCGATTTTGATATGGAGCTTTTTGCTCATCATATCACCACGCTGCAAGAAGTGGCAGAAAATTCGGAGCAGGACGACGGCCAAGAT
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGGATCAAAAAACATGAGAGTCAAGAAGGCTACATCTAGCTCTCCAAGAAATGCACCAAAATCCAATTCCAATTCACCAAATGCCTCAGAGTCTAAGCCCCTGCCTTC
CAAAGCTCCGAAAGATCGCCACGCTAAGGTTCACGGGCGTGATCGTCGTATCCGCCTTCCACCGTTGTGTGCAGCTCGAGTGTTTCAGCTCACTCGAGAGCTCGGCAACA
AAACGGATGGTCAGACTGTGGAGTGGCTGTTGAAGAAGGCTGAGCCATCCATTATTGCTATAACTGGTAAAGATATTGCCTCTGCTGCTCTAAACCTGGCTGCCTGCAAC
CCCTCCCCATCTTCATCAAACCTTTCTGCTACTACAAGTTGTTTTCAACAAGAAACTAACAACTACACGTTCCCAATGCCTAACATACCTTTGCCAAATTATGAATTCGA
TTTGGTCTCCGATTTTGATATGGAGCTTTTTGCTCATCATATCACCACGCTGCAAGAAGTGGCAGAAAATTCGGAGCAGGACGACGGCCAAGAT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MGSKNMRVKKATSSSPRNAPKSNSNSPNASESKPLPSKAPKDRHAKVHGRDRRIRLPPLCAARVFQLTRELGNKTDGQTVEWLLKKAEPSIIAITGKDIASAALNLAACN
PSPSSSNLSATTSCFQQETNNYTFPMPNIPLPNYEFDLVSDFDMELFAHHITTLQEVAENSEQDDGQD