CuGenDBv2

Gene ID	MS006459
Organism	Momordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
Description	transcription initiation factor TFIID subunit 15b
Genome location	scaffold761:44865..46861
RNA-Seq Expression	MS006459
Synteny	MS006459
Gene Ontology terms	GO:0006413 - translational initiation (biological process) GO:0003743 - translation initiation factor activity (molecular function) GO:0004497 - monooxygenase activity (molecular function) GO:0005506 - iron ion binding (molecular function) GO:0016705 - oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen (molecular function) GO:0020037 - heme binding (molecular function)
InterPro domains	IPR000504 - RNA recognition motif domain IPR001876 - Zinc finger, RanBP2-type IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily IPR035979 - RNA-binding domain superfamily IPR036443 - Zinc finger, RanBP2-type superfamily

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

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Alignment

XP_008457317.1 PREDICTED: transcription initiation factor TFIID subunit 15b isoform X1 [Cucumis melo]

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XP_016902120.1 PREDICTED: transcription initiation factor TFIID subunit 15b isoform X2 [Cucumis melo]

1.1e-169

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XP_016902121.1 PREDICTED: transcription initiation factor TFIID subunit 15b isoform X3 [Cucumis melo]

4.0e-169

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        D GYGG+RNGRGG+FHGGRSGTHDGGRNEGG+RGG SYGGHQGGEDSGY QVPPSSAP SGG+ GSYPPSY GGSADYGTDAVPPPASY GTTYPPTYGG
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XP_022154866.1 transcription initiation factor TFIID subunit 15b [Momordica charantia]

8.0e-194

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XP_038894092.1 transcription initiation factor TFIID subunit 15b [Benincasa hispida]

6.4e-167

88.02

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        GYGGNRNGRGG++HGGRSG HDGGRNEGGNRGG S+GGHQGGEDS Y QVPPSSAP SGG+ GSYPPSY  G+ADYGTDAVPPPASY GTTYPP+YG PT
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TrEMBL top hits

e value

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Alignment

A0A0A0LYC4 Uncharacterized protein

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        GGYNRGG D GYGG+RNGRGG+FHGGRSGTHDGGRNEGG+RGG SYGGHQGGEDSGY QVPPSSAP SGG+ GSYPPSY GGS+DYGTDAVPPPASY GT
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A0A1S3C4S9 transcription initiation factor TFIID subunit 15b isoform X1

7.4e-169

88.08

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A0A1S4E1L8 transcription initiation factor TFIID subunit 15b isoform X3

1.9e-169

88.57

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        D GYGG+RNGRGG+FHGGRSGTHDGGRNEGG+RGG SYGGHQGGEDSGY QVPPSSAP SGG+ GSYPPSY GGSADYGTDAVPPPASY GTTYPPTYGG
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A0A1S4E2C0 transcription initiation factor TFIID subunit 15b isoform X2

5.1e-170

88.37

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Query:  GGGGGGY-----QGGYRGG--GGGGGGGGYQGGDRGGRGGGRGGGGGRGGSGRDGDWVCPNPGCANLNFARRVECNKCGAPSPGGTNDR--SGGGGYNRG
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        G D GYGG+RNGRGG+FHGGRSGTHDGGRNEGG+RGG SYGGHQGGEDSGY QVPPSSAP SGG+ GSYPPSY GGSADYGTDAVPPPASY GTTYPPTY
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A0A6J1DQ02 transcription initiation factor TFIID subunit 15b

3.9e-194

99.47

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Query:  GGGGGGYQGGYRGGGGGGGGGGYQGGDRGGRGGGRGGGGGRGGSGRDGDWVCPNPGCANLNFARRVECNKCGAPSPGGTNDRSGGGGYNRGGADGGYGGN
        GGGGGGYQGG R GGGGGGGGGYQGGDRGGRGGGRGGGGGRGGSGRDGDWVCPNPGCANLNFARRVECNKCGAPSPGGTNDRSGGGGYNRGGADGGYGGN
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Query:  RNGRGGNFHGGRSGTHDGGRNEGGNRGGGSYGGHQGGEDSGYSQVPPSSAPQSGGVGGSYPPSYSGGSADYGTDAVPPPASYGGTTYPPTYGGPTGGYGG
        RNGRGGNFHGGRSGTHDGGRNEGGNRGGGSYGGHQGGEDSGYSQVPPSSAPQSGGVGGSYPPSYSGGSADYGTDAVPPPASYGGTTYPPTYGGPTGGYGG
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        DSIGDGRTSAGRGGPSGGYDGGYNAGGRGGYNAGGRVGSYNAGGRGGGFGSTPVESAQVKQCDDNCDDTCDNSRIYVSNLPPDVTIDELRELFGGIGQIG
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SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

Q92804 TATA-binding protein-associated factor 2N

3.2e-12

43.56

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        RGGG GGG        R GRGG  GRGG  GRGG  + GDWVCPNP C N+NFARR  CN+C  P P  +    G   G GY           RGG  GG
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Query:  YGGNRNGRG----GNFHGGRSGTHDGGRNEGGNRGGGSYGGHQGGEDSGYSQVPPSSAPQSGGVGGSYPPSYSGGSADYGTDAVPPPASYGGTTYPPTYG
        YGG+R+G G     +  GG SG   GG   GG+R GG YGG +GG   GY         + GG GG     Y G    YG D        GG      YG
Subjt:  YGGNRNGRG----GNFHGGRSGTHDGGRNEGGNRGGGSYGGHQGGEDSGYSQVPPSSAPQSGGVGGSYPPSYSGGSADYGTDAVPPPASYGGTTYPPTYG

Query:  GPTGGYGGDSIGDGRTSAGRGGPSGGYDGGYNAGGRGGYNAGG------RVGSYNAGGRGGGFG
        G  GGYGGD  G G    G GG  GGY G  + GG GG   GG      R G Y     GGG+G
Subjt:  GPTGGYGGDSIGDGRTSAGRGGPSGGYDGGYNAGGRGGYNAGG------RVGSYNAGGRGGGFG

Q94KD0 Transcription initiation factor TFIID subunit 15b

5.8e-86

60.26

Show/hide

Query:  GGGGGGYQGGYRGGGG----GGGGGGYQGGDRGGRGGGRGGGGGRGGSGRDGDWVCPNPGCANLNFARRVECNKCGAPSPGGT----NDRSGGGGYNRGG
        GGG  G +GGY GGGG    GGGGGGYQGGDRGGRG         GG GRDGDW CPNP C N+NFARRVECNKCGA +P GT    NDR GGGGY+RGG
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Query:  ADGGYGGNRNGRGGNFHGGRSGTHDGGRNEGGNRGGGSYGGHQGGEDSGYSQVPPSSA--PQSGGVGGSYPPSYSGGSADYGTDAVPPPASYGGTTYPPT
         D   GG   GRGG    GRS  ++  R +GG+R GGSYG     E+  Y Q PP +A  P   G  GSYPP        YG +AVPPP SY G   PP+
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Query:  YGGPTGGYGGDSIGDGRTSAGRGGPSGGYDGGYNAGGRGGYNAGGRVGSYNAGGRGGGFGSTPVESAQVKQCDDNCDDTCDNSRIYVSNLPPDVTIDELR
        YGGP GGYG D+   G    GRGG SGGYDGG +A  R       +  SY               + +VKQCD +CDD CDN+RIY+SNLPPDVT DEL+
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        +LFGGIGQ+GRIKQKRGYKDQWP+NIKIYTDE GN KGDAC++YEDPSAAHSAGGF+NN+++RG KISV MAEKSAPRAP
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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT5G58470.1 TBP-associated factor 15B

4.1e-87

60.26

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        GGG  G +GGY GGGG    GGGGGGYQGGDRGGRG         GG GRDGDW CPNP C N+NFARRVECNKCGA +P GT    NDR GGGGY+RGG
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         D   GG   GRGG    GRS  ++  R +GG+R GGSYG     E+  Y Q PP +A  P   G  GSYPP        YG +AVPPP SY G   PP+
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Query:  YGGPTGGYGGDSIGDGRTSAGRGGPSGGYDGGYNAGGRGGYNAGGRVGSYNAGGRGGGFGSTPVESAQVKQCDDNCDDTCDNSRIYVSNLPPDVTIDELR
        YGGP GGYG D+   G    GRGG SGGYDGG +A  R       +  SY               + +VKQCD +CDD CDN+RIY+SNLPPDVT DEL+
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        +LFGGIGQ+GRIKQKRGYKDQWP+NIKIYTDE GN KGDAC++YEDPSAAHSAGGF+NN+++RG KISV MAEKSAPRAP
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AT5G58470.2 TBP-associated factor 15B

4.1e-87

60.26

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        GGG  G +GGY GGGG    GGGGGGYQGGDRGGRG         GG GRDGDW CPNP C N+NFARRVECNKCGA +P GT    NDR GGGGY+RGG
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Query:  ADGGYGGNRNGRGGNFHGGRSGTHDGGRNEGGNRGGGSYGGHQGGEDSGYSQVPPSSA--PQSGGVGGSYPPSYSGGSADYGTDAVPPPASYGGTTYPPT
         D   GG   GRGG    GRS  ++  R +GG+R GGSYG     E+  Y Q PP +A  P   G  GSYPP        YG +AVPPP SY G   PP+
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Query:  YGGPTGGYGGDSIGDGRTSAGRGGPSGGYDGGYNAGGRGGYNAGGRVGSYNAGGRGGGFGSTPVESAQVKQCDDNCDDTCDNSRIYVSNLPPDVTIDELR
        YGGP GGYG D+   G    GRGG SGGYDGG +A  R       +  SY               + +VKQCD +CDD CDN+RIY+SNLPPDVT DEL+
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        +LFGGIGQ+GRIKQKRGYKDQWP+NIKIYTDE GN KGDAC++YEDPSAAHSAGGF+NN+++RG KISV MAEKSAPRAP
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Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

GGAGGCGGCGGTGGTGGTTATCAAGGAGGATATCGCGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTATCAAGGAGGAGATCGTGGTGGGCGAGGTGGTGGACGTGGTGG
CGGAGGTGGTCGTGGTGGAAGCGGCAGAGATGGCGATTGGGTCTGCCCTAATCCTGGCTGTGCGAATTTGAACTTTGCTAGAAGAGTGGAGTGTAACAAATGTGGGGCAC
CATCACCAGGAGGTACTAATGACCGAAGTGGCGGTGGTGGTTATAATAGAGGTGGAGCTGATGGGGGTTATGGTGGTAATCGTAATGGCAGGGGTGGTAACTTCCATGGT
GGTAGAAGTGGAACTCATGATGGAGGTCGAAATGAAGGAGGGAACAGAGGTGGTGGTTCTTACGGTGGTCATCAGGGAGGAGAAGATAGTGGGTATAGTCAGGTTCCCCC
ATCATCAGCACCCCAATCTGGTGGTGTTGGTGGCTCTTATCCACCATCTTACTCTGGTGGAAGTGCAGATTATGGGACTGATGCAGTTCCTCCACCTGCGAGCTACGGTG
GAACTACATACCCTCCAACTTATGGTGGACCCACCGGTGGCTATGGTGGTGATAGTATAGGTGATGGGCGGACTTCTGCTGGTCGCGGTGGGCCGTCTGGTGGATATGAT
GGTGGCTACAATGCAGGTGGTAGAGGTGGCTATAACGCTGGTGGTAGAGTAGGGAGCTATAATGCGGGTGGTAGAGGTGGTGGTTTTGGAAGTACACCAGTGGAGTCAGC
ACAGGTGAAGCAGTGCGATGACAATTGTGATGATACATGTGATAACTCTAGAATCTATGTTTCTAATTTGCCACCAGACGTGACCATTGATGAATTGAGAGAACTATTTG
GCGGCATTGGTCAAATTGGAAGAATCAAGCAGAAGAGGGGCTACAAGGATCAGTGGCCTTGGAACATAAAAATATATACTGATGAGATGGGAAATAACAAAGGCGATGCA
TGTGTATCATATGAAGATCCTTCAGCAGCGCATTCTGCTGGCGGTTTCTATAACAATCATGATTTGAGAGGTTTTAAAATCAGTGTTGCAATGGCTGAGAAGTCTGCACC
GAGGGCTCCACCTACATTCAACCATGGG

mRNA sequence

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Protein sequence

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GGGGGGYQGGYRGGGGGGGGGGYQGGDRGGRGGGRGGGGGRGGSGRDGDWVCPNPGCANLNFARRVECNKCGAPSPGGTNDRSGGGGYNRGGADGGYGGNRNGRGGNFHG
GRSGTHDGGRNEGGNRGGGSYGGHQGGEDSGYSQVPPSSAPQSGGVGGSYPPSYSGGSADYGTDAVPPPASYGGTTYPPTYGGPTGGYGGDSIGDGRTSAGRGGPSGGYD
GGYNAGGRGGYNAGGRVGSYNAGGRGGGFGSTPVESAQVKQCDDNCDDTCDNSRIYVSNLPPDVTIDELRELFGGIGQIGRIKQKRGYKDQWPWNIKIYTDEMGNNKGDA
CVSYEDPSAAHSAGGFYNNHDLRGFKISVAMAEKSAPRAPPTFNHG

MS006459 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome