CuGenDBv2

Gene ID	MS007787
Organism	Momordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
Description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta
Genome location	scaffold13:1235296..1235591
RNA-Seq Expression	MS007787
Synteny	MS007787
Gene Ontology terms	GO:0006351 - transcription, DNA-templated (biological process) GO:0009507 - chloroplast (cellular component) GO:0003677 - DNA binding (molecular function) GO:0003899 - DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity (molecular function) GO:0032549 - ribonucleoside binding (molecular function)
InterPro domains	IPR007641 - RNA polymerase Rpb2, domain 7 IPR015712 - DNA-directed RNA polymerase, subunit 2

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

AHM89856.1 RNA polymerase beta subunit [Lagenaria siceraria]

2.8e-42

93.81

Show/hide

Query:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA
        + GRAKQGGQ+VGEMEVWALEGFGVAHILQEML YKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKP DT ESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA
Subjt:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA

YP_009236272.1 RNA polymerase beta subunit [Gynostemma pentaphyllum]

2.8e-42

93.81

Show/hide

Query:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA
        + GRAKQGGQ+VGEMEVWALEGFGVAHILQEML YKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKP DT ESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA
Subjt:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA

YP_009669395.1 RNA polymerase subunit beta [Krameria bicolor]

1.3e-42

93.81

Show/hide

Query:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA
        + GRAKQGGQ+VGEMEVWALEGFGVAHILQEML YKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGD  ESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA
Subjt:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA

YP_009752827.1 RNA polymerase subunit beta [Baijiania yunnanensis]

2.8e-42

93.81

Show/hide

Query:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA
        + GRAKQGGQ+VGEMEVWALEGFGVAHILQEML YKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKP DT ESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA
Subjt:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA

YP_009753166.1 RNA polymerase subunit beta [Trichosanthes truncata]

2.8e-42

93.81

Show/hide

Query:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA
        + GRAKQGGQ+VGEMEVWALEGFGVAHILQEML YKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKP DT ESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA
Subjt:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A1X9Q1B9 DNA-directed RNA polymerase subunit beta

1.4e-42

93.81

Show/hide

Query:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA
        + GRAKQGGQ+VGEMEVWALEGFGVAHILQEML YKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKP DT ESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA
Subjt:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA

A0A218KG28 DNA-directed RNA polymerase subunit beta

1.4e-42

93.81

Show/hide

Query:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA
        + GRAKQGGQ+VGEMEVWALEGFGVAHILQEML YKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKP DT ESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA
Subjt:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA

A0A249RZI0 DNA-directed RNA polymerase subunit beta

1.4e-42

93.81

Show/hide

Query:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA
        + GRAKQGGQ+VGEMEVWALEGFGVAHILQEML YKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKP DT ESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA
Subjt:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA

A0A4Y5PQS8 DNA-directed RNA polymerase subunit beta

6.1e-43

93.81

Show/hide

Query:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA
        + GRAKQGGQ+VGEMEVWALEGFGVAHILQEML YKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGD  ESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA
Subjt:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA

A0A6H0ETN6 DNA-directed RNA polymerase subunit beta

1.4e-42

93.81

Show/hide

Query:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA
        + GRAKQGGQ+VGEMEVWALEGFGVAHILQEML YKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKP DT ESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA
Subjt:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

A0ZZ27 DNA-directed RNA polymerase subunit beta

3.1e-44

91.75

Show/hide

Query:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA
        + GR+KQGGQ+VGEMEVWALEGFGVAHILQEML YKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKP D  ESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA
Subjt:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA

Q2L8Z9 DNA-directed RNA polymerase subunit beta

3.1e-44

91.75

Show/hide

Query:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA
        + GR+KQGGQ+VGEMEVWALEGFGVAHILQEML YKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKP D  ESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA
Subjt:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA

Q49L06 DNA-directed RNA polymerase subunit beta

3.1e-44

91.75

Show/hide

Query:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA
        + GRAKQGGQ+VGEMEVWALEGFGVAHILQEML YKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKP D  ESFRLLVRELRSL+LELNHFLVSEKNFQINRKEA
Subjt:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA

Q4VZP1 DNA-directed RNA polymerase subunit beta

3.7e-45

93.81

Show/hide

Query:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA
        + GRAKQGGQ+VGEMEVWALEGFGVAHILQEML YKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKP DT ESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA
Subjt:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA

Q8S8X9 DNA-directed RNA polymerase subunit beta

5.4e-44

91.75

Show/hide

Query:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA
        + GRAKQGGQ+VGEMEVWALEGFGVAHILQEML YKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIP P D  ESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA
Subjt:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

ATCG00190.1 RNA polymerase subunit beta

8.5e-45

91.67

Show/hide

Query:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKE
        + GR+KQGGQ+VGEMEVWALEGFGVAHILQEML YKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKP D  ESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKE
Subjt:  ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKE

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATTTCCGGAAGGGCCAAGCAAGGTGGACAACAGGTGGGAGAAATGGAGGTTTGGGCTCTAGAGGGATTTGGTGTTGCTCATATTTTACAAGAGATGCTTGCTTATAAATC
TGATCATATTAGAGCTCGGCAAGAAGTACTTGGTACTACGATCATTGGAGGAACAATACCTAAACCTGGGGATACTCTAGAATCTTTTCGATTGCTCGTTCGAGAACTAC
GATCTTTGGCTTTGGAACTGAATCATTTCCTTGTATCTGAGAAGAACTTCCAGATTAATAGGAAGGAAGCT

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

ISGRAKQGGQQVGEMEVWALEGFGVAHILQEMLAYKSDHIRARQEVLGTTIIGGTIPKPGDTLESFRLLVRELRSLALELNHFLVSEKNFQINRKEA

MS007787 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome