; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MS008427 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS008427
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like
Genome locationscaffold4:1345740..1348016
RNA-Seq ExpressionMS008427
SyntenyMS008427
Gene Ontology termsGO:0000398 - mRNA splicing, via spliceosome (biological process)
GO:0034220 - ion transmembrane transport (biological process)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
GO:0016607 - nuclear speck (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0005216 - ion channel activity (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR001878 - Zinc finger, CCHC-type
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily
IPR036875 - Zinc finger, CCHC-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7037569.1 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]7.4e-8997.21Show/hide
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XP_004136307.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22 [Cucumis sativus]6.1e-9197.24Show/hide
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XP_008466294.1 PREDICTED: serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A [Cucumis melo]2.0e-8997.21Show/hide
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XP_022133130.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Momordica charantia]4.7e-9198.88Show/hide
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XP_023524392.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.0e-9097.77Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LEI3 Uncharacterized protein2.9e-9197.24Show/hide
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A0A1S3CQW5 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A9.5e-9097.21Show/hide
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A0A5D3E624 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A-like isoform X13.6e-8996.65Show/hide
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A0A6J1BUF4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like2.3e-9198.88Show/hide
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A0A6J1FS77 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like3.6e-8997.21Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O81126 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ222.0e-6875.76Show/hide
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Q69KL9 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A1.8e-6173.91Show/hide
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Q6K4N0 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ213.4e-6071.98Show/hide
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        M+R+YVGNLDPRV+  ELEDEFRVFGV+RSVWVAR+PPG+AFIDFDD RDA DA+ +LDGKNGWRVELS NS         GGR R GGS++KCYECGE 
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Q6K9C3 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ232.3e-5665.22Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ RE+EDEFRVFGV+RSVWVAR+PPG+AFIDFDD RDA DAI +LDGKNGWRVELS  +   G GR   GR RSGGSD+KCYECGEP
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Query:  EELPYAN
        EE PYAN
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Q9SJA6 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A7.5e-6876.92Show/hide
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        YECGE GHFARECR RGG G        GRRRSRS     PRYR+SP+Y GRRSYSPR RS   PRRRS SPRGR+YSRS PPYR R+E+PYANG
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23860.1 RS-containing zinc finger protein 216.8e-5665.15Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ERELEDEF+ FGV+R+VWVARRPPGYAF++FDD RDA DAI  LD KNGWRVELSH  +   GGRGGGG  R G  D KCYECGE 
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        GHFARECR          G G+ RRRS SPR RRSP YG  RRS SPRGR   PRRRS++P  RGRSYSRSPPYRG                 PYANG
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AT1G23860.2 RS-containing zinc finger protein 216.8e-5665.15Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ERELEDEF+ FGV+R+VWVARRPPGYAF++FDD RDA DAI  LD KNGWRVELSH  +   GGRGGGG  R G  D KCYECGE 
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        GHFARECR          G G+ RRRS SPR RRSP YG  RRS SPRGR   PRRRS++P  RGRSYSRSPPYRG                 PYANG
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AT2G24590.1 RNA recognition motif and CCHC-type zinc finger domains containing protein5.3e-6976.92Show/hide
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        YECGE GHFARECR RGG G        GRRRSRS     PRYR+SP+Y GRRSYSPR RS   PRRRS SPRGR+YSRS PPYR R+E+PYANG
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AT4G31580.1 serine/arginine-rich 221.4e-6975.76Show/hide
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        CYECGE GHFARECR R         GG GRRRS+S     PRYRRSPSYGRRSYSPR RS   PRRRS SP   RGRSYSRS PPYR REE+PYANG
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AT4G31580.2 serine/arginine-rich 221.4e-6975.76Show/hide
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        MSRVYVGNLDPRV+ERELEDEFR FGV+RSVWVARRPPGYAF+DF+DPRDARDAI  LDGKNGWRVE SHN   RGGGG     G GGGGRG  GGSDLK
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Query:  CYECGEPGHFARECRLRGGGGGGGGGGGAGRRRSRS-----PRYRRSPSYGRRSYSPRGRS---PRRRSLSP---RGRSYSRS-PPYRGREELPYANG
        CYECGE GHFARECR R         GG GRRRS+S     PRYRRSPSYGRRSYSPR RS   PRRRS SP   RGRSYSRS PPYR REE+PYANG
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTCTCGCGTGTATGTTGGGAACTTGGATCCAAGGGTTTCTGAGCGCGAGCTTGAAGATGAATTTCGTGTTTTTGGAGTTATTCGAAGTGTATGGGTTGCACGAAGGCC
CCCAGGTTATGCCTTCATAGATTTTGATGACCCCAGAGATGCAAGGGATGCAATCCATGAATTAGATGGAAAGAATGGCTGGAGAGTTGAGCTTTCTCACAATTCTAGAG
GTGGGGGAGGTGGCCGTGGCGGAGGGGGTCGTGGTCGTTCTGGTGGTTCTGATTTGAAATGCTACGAGTGTGGTGAGCCTGGGCATTTTGCTCGTGAATGTCGTTTACGT
GGCGGCGGTGGTGGCGGTGGCGGTGGTGGTGGTGCAGGAAGAAGACGTAGCCGCAGTCCTCGATACCGTCGGAGTCCAAGTTATGGTCGCAGGAGTTATAGTCCCCGTGG
AAGATCCCCAAGACGCCGCAGCTTGTCACCTCGTGGGCGTAGCTATAGCAGATCTCCTCCATACCGTGGAAGAGAGGAGCTGCCTTATGCCAATGGG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGTCTCGCGTGTATGTTGGGAACTTGGATCCAAGGGTTTCTGAGCGCGAGCTTGAAGATGAATTTCGTGTTTTTGGAGTTATTCGAAGTGTATGGGTTGCACGAAGGCC
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GGCGGCGGTGGTGGCGGTGGCGGTGGTGGTGGTGCAGGAAGAAGACGTAGCCGCAGTCCTCGATACCGTCGGAGTCCAAGTTATGGTCGCAGGAGTTATAGTCCCCGTGG
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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GGGGGGGGGGGAGRRRSRSPRYRRSPSYGRRSYSPRGRSPRRRSLSPRGRSYSRSPPYRGREELPYANG