; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MS008487 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS008487
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
DescriptionU-box domain-containing protein 1-like
Genome locationscaffold4:1765778..1766737
RNA-Seq ExpressionMS008487
SyntenyMS008487
Gene Ontology termsGO:0006123 - mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0005751 - mitochondrial respiratory chain complex IV (cellular component)
GO:0005515 - protein binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000225 - Armadillo
IPR011989 - Armadillo-like helical
IPR016024 - Armadillo-type fold


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6608146.1 U-box domain-containing protein 13, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]3.3e-14086.56Show/hide
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KAG7031783.1 U-box domain-containing protein 13, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.5e-14086.56Show/hide
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XP_022139603.1 U-box domain-containing protein 1-like [Momordica charantia]1.5e-16199.38Show/hide
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XP_022982428.1 U-box domain-containing protein 1-like [Cucurbita maxima]4.3e-14086.25Show/hide
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XP_038896590.1 uncharacterized protein LOC120084845 [Benincasa hispida]8.8e-14187.77Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LGP7 Uncharacterized protein1.8e-13986.21Show/hide
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A0A1S3CR56 U-box domain-containing protein 8-like1.1e-13385.06Show/hide
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        VLGLLARFEEGLRAL+KTDRIV SMVNVLKGRCMLSKEGATEILLRLFDES+ CL DAL +PEF GVVADLSVRGS KARERA+LLMNK+MNSD D YSN
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A0A6J1CG09 U-box domain-containing protein 1-like7.4e-16299.38Show/hide
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A0A6J1FIE4 U-box domain-containing protein 1-like6.1e-14086.25Show/hide
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A0A6J1J4T3 U-box domain-containing protein 1-like2.1e-14086.25Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O22193 U-box domain-containing protein 41.6e-1228.21Show/hide
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        + + V + +S +L+ Q +A   L  + + +   R ++    GAI +L+ L  S+ S+ Q  +++ L NLS+N + K+ +A    I  L  ++  GS E  
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        + S++ + SL+++++NK K G +G I  LV  L   +  G      +L  L     N  + V+SGA+  LI +++      +   A+ VL  LA   EG 
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         A+ +   I   +V V++      KE A   LL+L   S       L       +VA LS  G+ +ARE+A  L++   N
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Q681N2 U-box domain-containing protein 157.7e-1526.74Show/hide
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        S  LE Q ++++ +  + + +P  R L+A   GAIP+L+ L     S IQ  +++ L NLS++   K+L+++   I ++  ++  G+ E  + S++ + S
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        L+MLD+NK   G++  I  LV  L   ++ G    L +L  L     N   A+ +G +  L+++++   +  +   AL++L LLA   EG +A+ +    
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Query:  VNSMVNVLKGRCMLSKEGATEILLRLFDESDSCLRDALSMPEFLGVVADLSVRGSAKARERAALLMNKVMNSD
        + ++V  ++     +KE AT +LL L   + S +  AL    +  +V +++  G+ +A+ +A  L+  +  S+
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Q8GUG9 U-box domain-containing protein 112.5e-1326.57Show/hide
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        S + E +  A+  + S+++ S   R L+A+  GAIP+L+ L  S   + Q  +++ + NLS+  + K L+     +  +  ++  G+ E  + +++ + S
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        L++ D+NK   G +G I  LV  L   +  G      +L  L  +HGN   AVR+G +  L+ ++  +    +   ALT+L +LA  ++   A++K + +
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          +++ +L+     ++E A  ILL L      C RD   +     LG V    DLS  G+ + + +A  L+
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Q8VZ40 U-box domain-containing protein 143.0e-1125.46Show/hide
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        T E Q  A   L  + + +   R  +A+  GAIP+L+ L  S     Q  S++ L NLS+N   K  +     I  +  ++  GS E  + +++ + SL+
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        ++D+NK   G AG IQ L+  L   +  G      ++  L  + GN + AV+ G +  L  +++  G   +   AL +L +L+  +EG  A+ + + I  
Subjt:  MLDKNKAKFGVAGTIQLLVRALSVPSVLGAHHILCSLAELGQFHGNCTVAVRSGAIPVLISVVESTGVEDLAGTALTVLGLLARFEEGLRALMKTDRIVN

Query:  SMVNVLKGRCMLSKEGATEILLRLFDESDSCLRDALSMPEFLGVVADLSVRGSAKARERAALLMNKVMNSD
         +V +++     ++E A  IL  L   +   L  A  +   +  + +L+  G+ +A+ +AA L+  +  ++
Subjt:  SMVNVLKGRCMLSKEGATEILLRLFDESDSCLRDALSMPEFLGVVADLSVRGSAKARERAALLMNKVMNSD

Q9SNC6 U-box domain-containing protein 135.9e-1527.6Show/hide
Query:  GAIPILIALSKSSSSSIQSLSLSILFNLSLNHDMKRLLASMETIYHLNALISLGSPETVKLSSSLICSLAMLDKNKAKFGVAGTIQLLVRALSVPSVLGA
        GAIP+L+ L  +  S IQ  S++ L NLS+  + K  + S   I  +  ++  GS E  + +++ + SL+++D+NK   G  G I  LV  L+  +  G 
Subjt:  GAIPILIALSKSSSSSIQSLSLSILFNLSLNHDMKRLLASMETIYHLNALISLGSPETVKLSSSLICSLAMLDKNKAKFGVAGTIQLLVRALSVPSVLGA

Query:  HHILCSLAELGQFHGNCTVAVRSGAIPVLISVVESTGVEDLAGTALTVLGLLARFEEGLRALMKTDRIVNSMVNVLKGRCMLSKEGATEILLRLFDESDS
             +L  L  + GN   A+R+G IP L  ++   G   +   AL +L +L+   EG +A++ +   V S+V  ++     ++E A  +L+ L      
Subjt:  HHILCSLAELGQFHGNCTVAVRSGAIPVLISVVESTGVEDLAGTALTVLGLLARFEEGLRALMKTDRIVNSMVNVLKGRCMLSKEGATEILLRLFDESDS

Query:  CLRDALSMPEFLGVVADLSVRGSAKARERAALLMNKVMNSDVDAYSNAVS
         L +A  +   +G + DL+  G+ + + +AA L+ ++          AVS
Subjt:  CLRDALSMPEFLGVVADLSVRGSAKARERAALLMNKVMNSDVDAYSNAVS

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23030.1 ARM repeat superfamily protein1.8e-1426.57Show/hide
Query:  SDTLEVQEKALQNLVSITQVSPLYRNLLAQVDGAIPILIALSKSSSSSIQSLSLSILFNLSLNHDMKRLLASMETIYHLNALISLGSPETVKLSSSLICS
        S + E +  A+  + S+++ S   R L+A+  GAIP+L+ L  S   + Q  +++ + NLS+  + K L+     +  +  ++  G+ E  + +++ + S
Subjt:  SDTLEVQEKALQNLVSITQVSPLYRNLLAQVDGAIPILIALSKSSSSSIQSLSLSILFNLSLNHDMKRLLASMETIYHLNALISLGSPETVKLSSSLICS

Query:  LAMLDKNKAKFGVAGTIQLLVRALSVPSVLGAHHILCSLAELGQFHGNCTVAVRSGAIPVLISVVESTGVEDLAGTALTVLGLLARFEEGLRALMKTDRI
        L++ D+NK   G +G I  LV  L   +  G      +L  L  +HGN   AVR+G +  L+ ++  +    +   ALT+L +LA  ++   A++K + +
Subjt:  LAMLDKNKAKFGVAGTIQLLVRALSVPSVLGAHHILCSLAELGQFHGNCTVAVRSGAIPVLISVVESTGVEDLAGTALTVLGLLARFEEGLRALMKTDRI

Query:  VNSMVNVLKGRCMLSKEGATEILLRLFDESDSCLRDALSMPEF--LGVVA---DLSVRGSAKARERAALLM
          +++ +L+     ++E A  ILL L      C RD   +     LG V    DLS  G+ + + +A  L+
Subjt:  VNSMVNVLKGRCMLSKEGATEILLRLFDESDSCLRDALSMPEF--LGVVA---DLSVRGSAKARERAALLM

AT2G23140.1 RING/U-box superfamily protein with ARM repeat domain1.1e-1328.21Show/hide
Query:  ITECVADARSDTLEVQEKALQNLVSITQVSPLYRNLLAQVDGAIPILIALSKSSSSSIQSLSLSILFNLSLNHDMKRLLASMETIYHLNALISLGSPETV
        + + V + +S +L+ Q +A   L  + + +   R ++    GAI +L+ L  S+ S+ Q  +++ L NLS+N + K+ +A    I  L  ++  GS E  
Subjt:  ITECVADARSDTLEVQEKALQNLVSITQVSPLYRNLLAQVDGAIPILIALSKSSSSSIQSLSLSILFNLSLNHDMKRLLASMETIYHLNALISLGSPETV

Query:  KLSSSLICSLAMLDKNKAKFGVAGTIQLLVRALSVPSVLGAHHILCSLAELGQFHGNCTVAVRSGAIPVLISVVESTGVEDLAGTALTVLGLLARFEEGL
        + S++ + SL+++++NK K G +G I  LV  L   +  G      +L  L     N  + V+SGA+  LI +++      +   A+ VL  LA   EG 
Subjt:  KLSSSLICSLAMLDKNKAKFGVAGTIQLLVRALSVPSVLGAHHILCSLAELGQFHGNCTVAVRSGAIPVLISVVESTGVEDLAGTALTVLGLLARFEEGL

Query:  RALMKTDRIVNSMVNVLKGRCMLSKEGATEILLRLFDESDSCLRDALSMPEFLGVVADLSVRGSAKARERAALLMNKVMN
         A+ +   I   +V V++      KE A   LL+L   S       L       +VA LS  G+ +ARE+A  L++   N
Subjt:  RALMKTDRIVNSMVNVLKGRCMLSKEGATEILLRLFDESDSCLRDALSMPEFLGVVADLSVRGSAKARERAALLMNKVMN

AT2G23140.2 RING/U-box superfamily protein with ARM repeat domain1.1e-1328.21Show/hide
Query:  ITECVADARSDTLEVQEKALQNLVSITQVSPLYRNLLAQVDGAIPILIALSKSSSSSIQSLSLSILFNLSLNHDMKRLLASMETIYHLNALISLGSPETV
        + + V + +S +L+ Q +A   L  + + +   R ++    GAI +L+ L  S+ S+ Q  +++ L NLS+N + K+ +A    I  L  ++  GS E  
Subjt:  ITECVADARSDTLEVQEKALQNLVSITQVSPLYRNLLAQVDGAIPILIALSKSSSSSIQSLSLSILFNLSLNHDMKRLLASMETIYHLNALISLGSPETV

Query:  KLSSSLICSLAMLDKNKAKFGVAGTIQLLVRALSVPSVLGAHHILCSLAELGQFHGNCTVAVRSGAIPVLISVVESTGVEDLAGTALTVLGLLARFEEGL
        + S++ + SL+++++NK K G +G I  LV  L   +  G      +L  L     N  + V+SGA+  LI +++      +   A+ VL  LA   EG 
Subjt:  KLSSSLICSLAMLDKNKAKFGVAGTIQLLVRALSVPSVLGAHHILCSLAELGQFHGNCTVAVRSGAIPVLISVVESTGVEDLAGTALTVLGLLARFEEGL

Query:  RALMKTDRIVNSMVNVLKGRCMLSKEGATEILLRLFDESDSCLRDALSMPEFLGVVADLSVRGSAKARERAALLMNKVMN
         A+ +   I   +V V++      KE A   LL+L   S       L       +VA LS  G+ +ARE+A  L++   N
Subjt:  RALMKTDRIVNSMVNVLKGRCMLSKEGATEILLRLFDESDSCLRDALSMPEFLGVVADLSVRGSAKARERAALLMNKVMN

AT3G46510.1 plant U-box 134.2e-1627.6Show/hide
Query:  GAIPILIALSKSSSSSIQSLSLSILFNLSLNHDMKRLLASMETIYHLNALISLGSPETVKLSSSLICSLAMLDKNKAKFGVAGTIQLLVRALSVPSVLGA
        GAIP+L+ L  +  S IQ  S++ L NLS+  + K  + S   I  +  ++  GS E  + +++ + SL+++D+NK   G  G I  LV  L+  +  G 
Subjt:  GAIPILIALSKSSSSSIQSLSLSILFNLSLNHDMKRLLASMETIYHLNALISLGSPETVKLSSSLICSLAMLDKNKAKFGVAGTIQLLVRALSVPSVLGA

Query:  HHILCSLAELGQFHGNCTVAVRSGAIPVLISVVESTGVEDLAGTALTVLGLLARFEEGLRALMKTDRIVNSMVNVLKGRCMLSKEGATEILLRLFDESDS
             +L  L  + GN   A+R+G IP L  ++   G   +   AL +L +L+   EG +A++ +   V S+V  ++     ++E A  +L+ L      
Subjt:  HHILCSLAELGQFHGNCTVAVRSGAIPVLISVVESTGVEDLAGTALTVLGLLARFEEGLRALMKTDRIVNSMVNVLKGRCMLSKEGATEILLRLFDESDS

Query:  CLRDALSMPEFLGVVADLSVRGSAKARERAALLMNKVMNSDVDAYSNAVS
         L +A  +   +G + DL+  G+ + + +AA L+ ++          AVS
Subjt:  CLRDALSMPEFLGVVADLSVRGSAKARERAALLMNKVMNSDVDAYSNAVS

AT5G42340.1 Plant U-Box 155.5e-1626.74Show/hide
Query:  SDTLEVQEKALQNLVSITQVSPLYRNLLAQVDGAIPILIALSKSSSSSIQSLSLSILFNLSLNHDMKRLLASMETIYHLNALISLGSPETVKLSSSLICS
        S  LE Q ++++ +  + + +P  R L+A   GAIP+L+ L     S IQ  +++ L NLS++   K+L+++   I ++  ++  G+ E  + S++ + S
Subjt:  SDTLEVQEKALQNLVSITQVSPLYRNLLAQVDGAIPILIALSKSSSSSIQSLSLSILFNLSLNHDMKRLLASMETIYHLNALISLGSPETVKLSSSLICS

Query:  LAMLDKNKAKFGVAGTIQLLVRALSVPSVLGAHHILCSLAELGQFHGNCTVAVRSGAIPVLISVVESTGVEDLAGTALTVLGLLARFEEGLRALMKTDRI
        L+MLD+NK   G++  I  LV  L   ++ G    L +L  L     N   A+ +G +  L+++++   +  +   AL++L LLA   EG +A+ +    
Subjt:  LAMLDKNKAKFGVAGTIQLLVRALSVPSVLGAHHILCSLAELGQFHGNCTVAVRSGAIPVLISVVESTGVEDLAGTALTVLGLLARFEEGLRALMKTDRI

Query:  VNSMVNVLKGRCMLSKEGATEILLRLFDESDSCLRDALSMPEFLGVVADLSVRGSAKARERAALLMNKVMNSD
        + ++V  ++     +KE AT +LL L   + S +  AL    +  +V +++  G+ +A+ +A  L+  +  S+
Subjt:  VNSMVNVLKGRCMLSKEGATEILLRLFDESDSCLRDALSMPEFLGVVADLSVRGSAKARERAALLMNKVMNSD


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTCGGTTGCATCATTCCATTCATCCTCATCCATGAGGTCCATGACTGTTGCAACTGCACATAAAGCCATTACAGAGTGTGTAGCTGATGCTCGGTCGGACACCCTCGA
AGTTCAGGAAAAGGCTCTTCAAAACTTGGTTTCCATCACCCAGGTTAGTCCCCTATACAGGAACTTGCTTGCACAAGTAGATGGGGCAATTCCAATTCTTATTGCTCTCT
CCAAATCGTCTTCCTCTTCCATCCAATCTCTTTCATTGTCCATTCTCTTCAATCTTTCTCTGAATCACGACATGAAAAGGCTTCTTGCATCGATGGAAACCATCTACCAT
CTCAATGCGCTCATATCCTTGGGCTCCCCCGAAACCGTCAAGCTTTCTTCCTCACTGATATGCAGCCTCGCGATGCTAGACAAGAACAAGGCTAAGTTTGGGGTAGCAGG
GACCATACAGTTATTGGTTAGAGCACTCTCAGTTCCTAGTGTTCTTGGTGCTCATCACATCCTCTGTTCTTTAGCTGAACTAGGCCAGTTTCATGGAAACTGCACTGTGG
CAGTTCGATCGGGAGCCATCCCGGTTCTTATCAGTGTAGTGGAGAGTACTGGTGTGGAGGATCTTGCTGGCACTGCTCTTACCGTCCTCGGACTCTTGGCTAGATTTGAG
GAGGGGCTGAGGGCTTTGATGAAAACTGATCGCATTGTGAATTCGATGGTTAATGTGTTGAAGGGAAGGTGTATGTTGAGTAAAGAAGGTGCAACTGAAATCCTTTTGCG
ATTGTTCGATGAAAGTGACAGTTGTTTGAGAGATGCTTTGAGCATGCCGGAGTTTTTGGGTGTCGTGGCTGATCTTTCTGTACGAGGATCTGCAAAAGCTAGAGAGAGAG
CTGCTTTACTTATGAACAAGGTCATGAATAGCGATGTCGATGCATACTCAAATGCAGTTTCGGTGTATTCACAGTGGTAT
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGTCGGTTGCATCATTCCATTCATCCTCATCCATGAGGTCCATGACTGTTGCAACTGCACATAAAGCCATTACAGAGTGTGTAGCTGATGCTCGGTCGGACACCCTCGA
AGTTCAGGAAAAGGCTCTTCAAAACTTGGTTTCCATCACCCAGGTTAGTCCCCTATACAGGAACTTGCTTGCACAAGTAGATGGGGCAATTCCAATTCTTATTGCTCTCT
CCAAATCGTCTTCCTCTTCCATCCAATCTCTTTCATTGTCCATTCTCTTCAATCTTTCTCTGAATCACGACATGAAAAGGCTTCTTGCATCGATGGAAACCATCTACCAT
CTCAATGCGCTCATATCCTTGGGCTCCCCCGAAACCGTCAAGCTTTCTTCCTCACTGATATGCAGCCTCGCGATGCTAGACAAGAACAAGGCTAAGTTTGGGGTAGCAGG
GACCATACAGTTATTGGTTAGAGCACTCTCAGTTCCTAGTGTTCTTGGTGCTCATCACATCCTCTGTTCTTTAGCTGAACTAGGCCAGTTTCATGGAAACTGCACTGTGG
CAGTTCGATCGGGAGCCATCCCGGTTCTTATCAGTGTAGTGGAGAGTACTGGTGTGGAGGATCTTGCTGGCACTGCTCTTACCGTCCTCGGACTCTTGGCTAGATTTGAG
GAGGGGCTGAGGGCTTTGATGAAAACTGATCGCATTGTGAATTCGATGGTTAATGTGTTGAAGGGAAGGTGTATGTTGAGTAAAGAAGGTGCAACTGAAATCCTTTTGCG
ATTGTTCGATGAAAGTGACAGTTGTTTGAGAGATGCTTTGAGCATGCCGGAGTTTTTGGGTGTCGTGGCTGATCTTTCTGTACGAGGATCTGCAAAAGCTAGAGAGAGAG
CTGCTTTACTTATGAACAAGGTCATGAATAGCGATGTCGATGCATACTCAAATGCAGTTTCGGTGTATTCACAGTGGTAT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSVASFHSSSSMRSMTVATAHKAITECVADARSDTLEVQEKALQNLVSITQVSPLYRNLLAQVDGAIPILIALSKSSSSSIQSLSLSILFNLSLNHDMKRLLASMETIYH
LNALISLGSPETVKLSSSLICSLAMLDKNKAKFGVAGTIQLLVRALSVPSVLGAHHILCSLAELGQFHGNCTVAVRSGAIPVLISVVESTGVEDLAGTALTVLGLLARFE
EGLRALMKTDRIVNSMVNVLKGRCMLSKEGATEILLRLFDESDSCLRDALSMPEFLGVVADLSVRGSAKARERAALLMNKVMNSDVDAYSNAVSVYSQWY