; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MS009782 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS009782
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
Descriptionmucin-1
Genome locationscaffold173:234835..235395
RNA-Seq ExpressionMS009782
SyntenyMS009782
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0066977.1 mucin-1 [Cucumis melo var. makuwa]7.1e-2660.5Show/hide
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        MA Q ++VFALIF AAVAGVFAEAP  SPS +P+PKAS S S   SPSSS  AASPKA SE+ SPS + A+SP S+S+DA     P  SP SSP+ SPSP
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Query:  ASDSPADSP-ADAP---TADSPDAASPEADVSSPPSPGSAESPAADGPDAAADGPDAAADGPASDSPADAPGGAADSGASDLKFAAAAVGGVAVAGLFAF
        A+DSPADSP AD+P    AD+P AASP++DVSSPPSP +A++P       AADGP  AADGP +DSPAD+P G   S  +DLK  +A VGGV  AG +AF
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XP_008450043.1 PREDICTED: mucin-1 [Cucumis melo]7.1e-2660.5Show/hide
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        MA Q ++VFALIF AAVAGVFAEAP  SPS +P+PKAS S S   SPSSS  AASPKA SE+ SPS + A+SP S+S+DA     P  SP SSP+ SPSP
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Query:  ASDSPADSP-ADAP---TADSPDAASPEADVSSPPSPGSAESPAADGPDAAADGPDAAADGPASDSPADAPGGAADSGASDLKFAAAAVGGVAVAGLFAF
        A+DSPADSP AD+P    AD+P AASP++DVSSPPSP +A++P       AADGP  AADGP +DSPAD+P G   S  +DLK  +A VGGV  AG +AF
Subjt:  ASDSPADSP-ADAP---TADSPDAASPEADVSSPPSPGSAESPAADGPDAAADGPDAAADGPASDSPADAPGGAADSGASDLKFAAAAVGGVAVAGLFAF

XP_022934589.1 mucin-1-like [Cucurbita moschata]8.5e-1948.95Show/hide
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        ++ F++VFALIF AAVAG FAEAP ++PS++PAPK++ S   +SSPSSS A+SP    A++ +D+P+ +PA +P     D PA                 
Subjt:  ARQFLVVFALIFAAAVAGVFAEAPASSPSDAPAPKASNS---SSSPSSSLAASP---KAESESDSPSSSPAASPKSNSTDAPA-----------------

Query:  ----------------------GSPDSSPATSPSPASDSPADSPADAPTADSPDAASPEADVSSPPS--PGSAESPAADGPDAA-----ADGPDAAADGP
                               SPDSSP+ SPSPA+DSPA SPAD   + SP AASP++D SSPPS  P +A+SP ADGP  A     ADGP + ADG 
Subjt:  ----------------------GSPDSSPATSPSPASDSPADSPADAPTADSPDAASPEADVSSPPS--PGSAESPAADGPDAA-----ADGPDAAADGP

Query:  ASDSPADAPGGAADSGASDLKFAAAAV-GGVAVAGLFAF
         SDSPAD+P G ADSG S LK  +AAV G VAVAGLFAF
Subjt:  ASDSPADAPGGAADSGASDLKFAAAAV-GGVAVAGLFAF

XP_023529000.1 classical arabinogalactan protein 6-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]4.2e-1846.88Show/hide
Query:  ARQFLVVFALIFAAAVAGVFAEAPASSPSDAPAPKASNS---SSSPSSSLAASP-----------------------------------KAESESDSPSS
        ++ F++VFALIF AAVAGVFAEAP +SPS++PAPK++ S    SSPSSS A+SP                                    A++ +D+P+ 
Subjt:  ARQFLVVFALIFAAAVAGVFAEAPASSPSDAPAPKASNS---SSSPSSSLAASP-----------------------------------KAESESDSPSS

Query:  SPAASPKSNSTDAPA---------------------------GSPDSSPATSPSPASDSPADSPADAPTADSPDAASPEADVSSPPS--PGSAESPAADG
        +PA +P    +DAPA                            SPDSSP+ SPSPA+DSPA SPAD   + SP AASP++D SSPPS  P +A+SP ADG
Subjt:  SPAASPKSNSTDAPA---------------------------GSPDSSPATSPSPASDSPADSPADAPTADSPDAASPEADVSSPPS--PGSAESPAADG

Query:  PDAAADGPDAAADGPASDSPADAPGGAADSGASDLKFAAAAVGG---VAVAGLFAF
        P + ADGP + ADGP SDSPAD+P G ADSG S LK  +AAV G   VAVAGLFAF
Subjt:  PDAAADGPDAAADGPASDSPADAPGGAADSGASDLKFAAAAVGG---VAVAGLFAF

XP_031737954.1 classical arabinogalactan protein 11 [Cucumis sativus]5.7e-2358.57Show/hide
Query:  MARQFLVVFALIFAAAVAGVFAEAPASSPSDAPAPKASNSSS---SPSSSL-AASPKAESESDSPS---SSPAASPKSNSTDAPAGSPDSSPATSPSPAS
        MA Q ++VFALIF AAVAGVFAEAP  SPS +P+PKAS S S   SPSSS  A SPKA  E+ SPS   SSP++S  + ++++P  SP SSP+ SPSPA+
Subjt:  MARQFLVVFALIFAAAVAGVFAEAPASSPSDAPAPKASNSSS---SPSSSL-AASPKAESESDSPS---SSPAASPKSNSTDAPAGSPDSSPATSPSPAS

Query:  DSPADSPA-DAPTADS--------PDAASPEADVSSPPSPGSAESPAADGPDAAADGPDA-----AADGP-ASDSPADAPGGAADSGASDLKFAAA-AVG
        DSP+DSPA D+P ADS        P AASP++DVSSPPSP +A++P ADGP AAADGP A     AADGP A+DSPAD+P     SG +DLK  +A  VG
Subjt:  DSPADSPA-DAPTADS--------PDAASPEADVSSPPSPGSAESPAADGPDAAADGPDA-----AADGP-ASDSPADAPGGAADSGASDLKFAAA-AVG

Query:  GVAVAGLFAF
         VA  G FAF
Subjt:  GVAVAGLFAF

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LDP4 Uncharacterized protein7.0e-1956.5Show/hide
Query:  MARQFLVVFALIFAAAVAGVFAEAPASSPSDAPAPKASNSSS---SPSSSL-AASPKAESESDSPS---SSPAASPKSNSTDAPAGSPDSSPATSPSPAS
        MA Q ++VFALIF AAVAGVFAEAP  SPS +P+PKAS S S   SPSSS  A SPKA  E+ SPS   SSP++S  + ++++P  SP SSP+ SPSPA+
Subjt:  MARQFLVVFALIFAAAVAGVFAEAPASSPSDAPAPKASNSSS---SPSSSL-AASPKAESESDSPS---SSPAASPKSNSTDAPAGSPDSSPATSPSPAS

Query:  DSPADSPA-DAPTADS--------PDAASPEADVSSPPSPGSAESPAADGPDAAADGPDAAADGP-ASDSPADAPGGAADSGASDLKFAAAAVGGVAVAG
        DSP+DSPA D+P ADS        P AASP++DVSSPPSP +A++P ADGP AAADGP  AADGP A+D P  A G  A  G +      AA G  A  G
Subjt:  DSPADSPA-DAPTADS--------PDAASPEADVSSPPSPGSAESPAADGPDAAADGPDAAADGP-ASDSPADAPGGAADSGASDLKFAAAAVGGVAVAG

A0A1S3BND1 mucin-13.5e-2660.5Show/hide
Query:  MARQFLVVFALIFAAAVAGVFAEAPASSPSDAPAPKASNSSS---SPSSSL-AASPKAESESDSPSSSPAASPKSNSTDA-----PAGSPDSSPATSPSP
        MA Q ++VFALIF AAVAGVFAEAP  SPS +P+PKAS S S   SPSSS  AASPKA SE+ SPS + A+SP S+S+DA     P  SP SSP+ SPSP
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Query:  ASDSPADSP-ADAP---TADSPDAASPEADVSSPPSPGSAESPAADGPDAAADGPDAAADGPASDSPADAPGGAADSGASDLKFAAAAVGGVAVAGLFAF
        A+DSPADSP AD+P    AD+P AASP++DVSSPPSP +A++P       AADGP  AADGP +DSPAD+P G   S  +DLK  +A VGGV  AG +AF
Subjt:  ASDSPADSP-ADAP---TADSPDAASPEADVSSPPSPGSAESPAADGPDAAADGPDAAADGPASDSPADAPGGAADSGASDLKFAAAAVGGVAVAGLFAF

A0A5A7VIK3 Mucin-13.5e-2660.5Show/hide
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        MA Q ++VFALIF AAVAGVFAEAP  SPS +P+PKAS S S   SPSSS  AASPKA SE+ SPS + A+SP S+S+DA     P  SP SSP+ SPSP
Subjt:  MARQFLVVFALIFAAAVAGVFAEAPASSPSDAPAPKASNSSS---SPSSSL-AASPKAESESDSPSSSPAASPKSNSTDA-----PAGSPDSSPATSPSP

Query:  ASDSPADSP-ADAP---TADSPDAASPEADVSSPPSPGSAESPAADGPDAAADGPDAAADGPASDSPADAPGGAADSGASDLKFAAAAVGGVAVAGLFAF
        A+DSPADSP AD+P    AD+P AASP++DVSSPPSP +A++P       AADGP  AADGP +DSPAD+P G   S  +DLK  +A VGGV  AG +AF
Subjt:  ASDSPADSP-ADAP---TADSPDAASPEADVSSPPSPGSAESPAADGPDAAADGPDAAADGPASDSPADAPGGAADSGASDLKFAAAAVGGVAVAGLFAF

A0A6J1F318 mucin-1-like4.1e-1948.95Show/hide
Query:  ARQFLVVFALIFAAAVAGVFAEAPASSPSDAPAPKASNS---SSSPSSSLAASP---KAESESDSPSSSPAASPKSNSTDAPA-----------------
        ++ F++VFALIF AAVAG FAEAP ++PS++PAPK++ S   +SSPSSS A+SP    A++ +D+P+ +PA +P     D PA                 
Subjt:  ARQFLVVFALIFAAAVAGVFAEAPASSPSDAPAPKASNS---SSSPSSSLAASP---KAESESDSPSSSPAASPKSNSTDAPA-----------------

Query:  ----------------------GSPDSSPATSPSPASDSPADSPADAPTADSPDAASPEADVSSPPS--PGSAESPAADGPDAA-----ADGPDAAADGP
                               SPDSSP+ SPSPA+DSPA SPAD   + SP AASP++D SSPPS  P +A+SP ADGP  A     ADGP + ADG 
Subjt:  ----------------------GSPDSSPATSPSPASDSPADSPADAPTADSPDAASPEADVSSPPS--PGSAESPAADGPDAA-----ADGPDAAADGP

Query:  ASDSPADAPGGAADSGASDLKFAAAAV-GGVAVAGLFAF
         SDSPAD+P G ADSG S LK  +AAV G VAVAGLFAF
Subjt:  ASDSPADAPGGAADSGASDLKFAAAAV-GGVAVAGLFAF

A0A6J1J779 mucin-1-like9.4e-1644.75Show/hide
Query:  MARQFLVVFALIFAAAVAGVFAEAPASSPSDAPAPKASNS---SSSPSSSLAASP-------KAESESDSPSSSPAASPKSNSTDAPA------------
        MA Q ++VFALIF AAVAG FAEAP +SPS++PAPK++ S   +SSPSSS A +P        AE+ +D+P+ +PA +P     D PA            
Subjt:  MARQFLVVFALIFAAAVAGVFAEAPASSPSDAPAPKASNS---SSSPSSSLAASP-------KAESESDSPSSSPAASPKSNSTDAPA------------

Query:  -------------------------------------------GSPDSSPATSPSPASDSPADSPADAPTADSPDAASPEADVSSPPS--PGSAESPAAD
                                                    SPDSSP+ SPSP +DSPA SPAD   + SP AASP++D SSPPS  P +A+SP AD
Subjt:  -------------------------------------------GSPDSSPATSPSPASDSPADSPADAPTADSPDAASPEADVSSPPS--PGSAESPAAD

Query:  GPDAAADGPDAAADGPASDSPADAPGGAADSGASDLKFAAAAVGG---VAVAGLFAF
        GP        +  DGP SDSPADAP G ADSG S LK  +AAV G   VAVAGLFAF
Subjt:  GPDAAADGPDAAADGPASDSPADAPGGAADSGASDLKFAAAAVGG---VAVAGLFAF

SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCTCGTCAATTTCTTGTTGTTTTTGCTCTGATCTTCGCCGCCGCCGTCGCCGGCGTTTTTGCCGAGGCTCCGGCTAGCTCGCCCTCGGATGCCCCGGCGCCGAAGGC
CTCCAATTCGTCGTCTTCTCCGTCGTCTTCGCTGGCGGCGTCTCCCAAGGCGGAGTCGGAGTCTGACTCTCCGTCGTCTTCTCCGGCGGCGTCTCCCAAGTCCAACTCCA
CCGACGCGCCGGCCGGCTCCCCGGACTCCTCCCCTGCCACTTCTCCGTCGCCTGCGAGCGACTCTCCGGCCGATTCTCCCGCCGATGCCCCCACCGCCGATTCGCCTGAC
GCTGCCTCGCCGGAGGCCGACGTCTCCTCTCCCCCCTCCCCTGGCTCCGCCGAAAGCCCTGCCGCCGATGGCCCTGACGCTGCCGCCGATGGCCCTGATGCCGCCGCCGA
TGGCCCCGCCTCTGATTCTCCGGCTGACGCACCCGGCGGTGCCGCAGATAGCGGCGCTTCTGATCTGAAATTCGCAGCCGCCGCCGTTGGTGGTGTCGCCGTTGCCGGTC
TCTTTGCTTTC
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCTCGTCAATTTCTTGTTGTTTTTGCTCTGATCTTCGCCGCCGCCGTCGCCGGCGTTTTTGCCGAGGCTCCGGCTAGCTCGCCCTCGGATGCCCCGGCGCCGAAGGC
CTCCAATTCGTCGTCTTCTCCGTCGTCTTCGCTGGCGGCGTCTCCCAAGGCGGAGTCGGAGTCTGACTCTCCGTCGTCTTCTCCGGCGGCGTCTCCCAAGTCCAACTCCA
CCGACGCGCCGGCCGGCTCCCCGGACTCCTCCCCTGCCACTTCTCCGTCGCCTGCGAGCGACTCTCCGGCCGATTCTCCCGCCGATGCCCCCACCGCCGATTCGCCTGAC
GCTGCCTCGCCGGAGGCCGACGTCTCCTCTCCCCCCTCCCCTGGCTCCGCCGAAAGCCCTGCCGCCGATGGCCCTGACGCTGCCGCCGATGGCCCTGATGCCGCCGCCGA
TGGCCCCGCCTCTGATTCTCCGGCTGACGCACCCGGCGGTGCCGCAGATAGCGGCGCTTCTGATCTGAAATTCGCAGCCGCCGCCGTTGGTGGTGTCGCCGTTGCCGGTC
TCTTTGCTTTC
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MARQFLVVFALIFAAAVAGVFAEAPASSPSDAPAPKASNSSSSPSSSLAASPKAESESDSPSSSPAASPKSNSTDAPAGSPDSSPATSPSPASDSPADSPADAPTADSPD
AASPEADVSSPPSPGSAESPAADGPDAAADGPDAAADGPASDSPADAPGGAADSGASDLKFAAAAVGGVAVAGLFAF