; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MS009821 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS009821
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
Descriptionribonucleoside-diphosphate reductase small chain
Genome locationscaffold173:525747..526733
RNA-Seq ExpressionMS009821
SyntenyMS009821
Gene Ontology termsGO:0009263 - deoxyribonucleotide biosynthetic process (biological process)
GO:0004748 - ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000358 - Ribonucleotide reductase small subunit family
IPR009078 - Ferritin-like superfamily
IPR012348 - Ribonucleotide reductase-like
IPR030475 - Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site
IPR033909 - Ribonucleotide reductase small subunit


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6581100.1 hypothetical protein SDJN03_21102, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]8.1e-18295.74Show/hide
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XP_022935447.1 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain [Cucurbita moschata]1.4e-18195.74Show/hide
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XP_022984134.1 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain [Cucurbita maxima]1.3e-17995.14Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0L8R8 Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain4.3e-18194.53Show/hide
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A0A1S3BNB8 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain9.0e-17993.31Show/hide
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A0A6J1F5K5 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain6.7e-18295.74Show/hide
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A0A6J1J9K8 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain6.2e-18095.14Show/hide
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A0A6P4AGQ7 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain1.6e-17591.19Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P0DKH3 Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain B2.2e-15880.78Show/hide
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P49730 Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain2.5e-17086.93Show/hide
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        MP IP+EPLLA +PDRFCMFPIQYPQ+WEMYKKA ASFWTAEEVDLS D RHWE+LTP E+HFITHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMKEVQVAEARAFYG
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        RVG+YQKASVMS+LNGNG  HEFK+DEDF
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P50651 Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain A1.7e-14275Show/hide
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        +EPLL     RF MFPI+Y  +WEMYKKAEASFWTAEEVDLS D++ WE+LT  EKHFI+H+LAFFAASDGIVLENLA RF+ +VQV EARAFYGFQIA+
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        ENIHSEMYSLLLET+IKDS EK RLF AIET+PC++KKA+W L WI S  SFA R++AFACVEGIFFSGSFC+IFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLH
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Query:  CDFACLLYSLLRKKLSGDRVKEIVREAVDIEREFVCDALPVALVGMNGDLMSQYIEFVADRLLGALGYEKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFEKRVGDY
        CDFACLLYSLL+K+L  ++V +IV EAV+IE EFVC ALP  L+GMN +LMSQYI+FVADRLL  LG E+ Y  +NPFDWME ISLQGKTNFFEKRVG+Y
Subjt:  CDFACLLYSLLRKKLSGDRVKEIVREAVDIEREFVCDALPVALVGMNGDLMSQYIEFVADRLLGALGYEKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFEKRVGDY

Query:  QKASVMSNLNGNGGIHEFKMDEDF
        QKASVMSNL      +EF  +EDF
Subjt:  QKASVMSNLNGNGGIHEFKMDEDF

Q4KLN6 Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit M26.1e-13269.91Show/hide
Query:  PAIPDEPLLAPNPDRFCMFPIQYPQVWEMYKKAEASFWTAEEVDLSQDLRHWESLTPDEKHFITHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMKEVQVAEARAFYGF
        P+I +EPLL  NP RF +FPI+Y  +W+MYKKAEASFWTAEEVDLS+D++HWE+L PDE+HFI+HVLAFFAASDGIV ENL  RF +EVQV EAR FYGF
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Query:  QIAIENIHSEMYSLLLETYIKDSNEKSRLFRAIETVPCVAKKAEWALKWI-DSTESFAERILAFACVEGIFFSGSFCSIFWLKKRGLMPGLTFSNELISR
        QIA+ENIHSEMYSLL++TYIKDS E+  LF AIET+PCV KKA+WAL+WI D   ++ ER++AFA VEGIFFSGSF SIFWLKKRGLMPGLTFSNELISR
Subjt:  QIAIENIHSEMYSLLLETYIKDSNEKSRLFRAIETVPCVAKKAEWALKWI-DSTESFAERILAFACVEGIFFSGSFCSIFWLKKRGLMPGLTFSNELISR

Query:  DEGLHCDFACLLYSLLRKKLSGDRVKEIVREAVDIEREFVCDALPVALVGMNGDLMSQYIEFVADRLLGALGYEKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFEK
        DEGLHCDFACL++  L  K S  RVKEI+  +V IE+EF+ +ALPV L+GMN  LM QYIEFVADRL+  LG+ KI+ V+NPFD+ME ISL+GKTNFFEK
Subjt:  DEGLHCDFACLLYSLLRKKLSGDRVKEIVREAVDIEREFVCDALPVALVGMNGDLMSQYIEFVADRLLGALGYEKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFEK

Query:  RVGDYQKASVMSNLNGNGGIHEFKMDEDF
        RVG+YQ+  VMSN   N     F +D DF
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Q9LSD0 Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain C2.8e-16182.83Show/hide
Query:  MPAIPDEPLLAPNPDRFCMFPIQYPQVWEMYKKAEASFWTAEEVDLSQDLRHWE-SLTPDEKHFITHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMKEVQVAEARAFY
        MP++P+EPLL P PDRFCMFPI YPQ+WEMYKKAEASFWTAEEVDLSQD R WE SL   E+HFI HVLAFFAASDGIVLENLA RFM +VQV+EARAFY
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Query:  GFQIAIENIHSEMYSLLLETYIKDSNEKSRLFRAIETVPCVAKKAEWALKWIDSTESFAERILAFACVEGIFFSGSFCSIFWLKKRGLMPGLTFSNELIS
        GFQIAIENIHSEMYSLLL+TYIKD+ E+  LFRAIET+PCVAKKA+WA+KWID +++FAERI+AFACVEGIFFSGSFCSIFWLKKRGLMPGLTFSNELIS
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Query:  RDEGLHCDFACLLYSLLRKKLSGDRVKEIVREAVDIEREFVCDALPVALVGMNGDLMSQYIEFVADRLLGALGYEKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFE
        RDEGLHCDFACLLY+LL+ KLS +RVK IV +AV+IEREFVCDALP ALVGMN DLMSQYIEFVADRLLGALGY K+Y V NPFDWMELISLQGKTNFFE
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Query:  KRVGDYQKASVMSNLNGNGGI--HEFKMDEDF
        KRVGDYQKASVMS++NGNG    H F +DEDF
Subjt:  KRVGDYQKASVMSNLNGNGGI--HEFKMDEDF

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G23580.1 ribonucleotide reductase 2A1.2e-14375Show/hide
Query:  DEPLLAPNPDRFCMFPIQYPQVWEMYKKAEASFWTAEEVDLSQDLRHWESLTPDEKHFITHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMKEVQVAEARAFYGFQIAI
        +EPLL     RF MFPI+Y  +WEMYKKAEASFWTAEEVDLS D++ WE+LT  EKHFI+H+LAFFAASDGIVLENLA RF+ +VQV EARAFYGFQIA+
Subjt:  DEPLLAPNPDRFCMFPIQYPQVWEMYKKAEASFWTAEEVDLSQDLRHWESLTPDEKHFITHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMKEVQVAEARAFYGFQIAI

Query:  ENIHSEMYSLLLETYIKDSNEKSRLFRAIETVPCVAKKAEWALKWIDSTESFAERILAFACVEGIFFSGSFCSIFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLH
        ENIHSEMYSLLLET+IKDS EK RLF AIET+PC++KKA+W L WI S  SFA R++AFACVEGIFFSGSFC+IFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLH
Subjt:  ENIHSEMYSLLLETYIKDSNEKSRLFRAIETVPCVAKKAEWALKWIDSTESFAERILAFACVEGIFFSGSFCSIFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLH

Query:  CDFACLLYSLLRKKLSGDRVKEIVREAVDIEREFVCDALPVALVGMNGDLMSQYIEFVADRLLGALGYEKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFEKRVGDY
        CDFACLLYSLL+K+L  ++V +IV EAV+IE EFVC ALP  L+GMN +LMSQYI+FVADRLL  LG E+ Y  +NPFDWME ISLQGKTNFFEKRVG+Y
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Query:  QKASVMSNLNGNGGIHEFKMDEDF
        QKASVMSNL      +EF  +EDF
Subjt:  QKASVMSNLNGNGGIHEFKMDEDF

AT3G27060.1 Ferritin/ribonucleotide reductase-like family protein2.0e-16282.83Show/hide
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        MP++P+EPLL P PDRFCMFPI YPQ+WEMYKKAEASFWTAEEVDLSQD R WE SL   E+HFI HVLAFFAASDGIVLENLA RFM +VQV+EARAFY
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Query:  GFQIAIENIHSEMYSLLLETYIKDSNEKSRLFRAIETVPCVAKKAEWALKWIDSTESFAERILAFACVEGIFFSGSFCSIFWLKKRGLMPGLTFSNELIS
        GFQIAIENIHSEMYSLLL+TYIKD+ E+  LFRAIET+PCVAKKA+WA+KWID +++FAERI+AFACVEGIFFSGSFCSIFWLKKRGLMPGLTFSNELIS
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Query:  RDEGLHCDFACLLYSLLRKKLSGDRVKEIVREAVDIEREFVCDALPVALVGMNGDLMSQYIEFVADRLLGALGYEKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFE
        RDEGLHCDFACLLY+LL+ KLS +RVK IV +AV+IEREFVCDALP ALVGMN DLMSQYIEFVADRLLGALGY K+Y V NPFDWMELISLQGKTNFFE
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Query:  KRVGDYQKASVMSNLNGNGGI--HEFKMDEDF
        KRVGDYQKASVMS++NGNG    H F +DEDF
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCCTGCAATTCCCGACGAGCCTCTCCTCGCCCCCAACCCCGATCGCTTCTGCATGTTCCCAATTCAGTATCCTCAGGTCTGGGAAATGTACAAGAAGGCTGAAGCTTC
ATTTTGGACCGCCGAGGAAGTCGATCTCTCGCAGGATCTCCGCCACTGGGAATCCCTTACTCCCGACGAGAAGCACTTCATCACGCACGTTCTCGCCTTCTTCGCTGCCT
CCGACGGCATTGTTTTGGAGAATCTTGCCGGACGGTTCATGAAGGAGGTGCAGGTCGCGGAGGCCAGAGCGTTCTATGGATTCCAGATCGCGATTGAGAATATTCACTCC
GAGATGTATAGTCTTCTCCTGGAAACGTATATTAAAGATTCGAATGAGAAGAGCCGGTTGTTTCGCGCGATCGAGACCGTCCCTTGCGTCGCGAAGAAGGCCGAATGGGC
GTTGAAGTGGATCGATAGCACCGAATCGTTCGCCGAGCGGATTCTGGCTTTCGCTTGCGTTGAGGGAATCTTCTTCTCCGGGAGTTTCTGCTCCATTTTCTGGCTGAAAA
AACGTGGATTAATGCCCGGACTCACGTTCTCCAACGAGCTGATTTCGCGAGACGAAGGTCTCCATTGCGATTTCGCCTGTTTGCTGTATTCGCTCTTGAGGAAGAAACTG
AGCGGGGATCGAGTGAAGGAGATTGTTCGGGAGGCGGTGGATATAGAGAGGGAGTTCGTGTGCGATGCATTGCCGGTGGCTCTCGTCGGAATGAACGGCGATCTGATGAG
CCAGTACATAGAATTCGTAGCGGACAGATTGCTGGGAGCCCTAGGGTATGAAAAAATCTATAATGTTCAGAATCCATTCGATTGGATGGAGCTGATTTCATTGCAGGGGA
AGACGAATTTCTTCGAGAAACGAGTTGGGGATTACCAGAAGGCGTCTGTAATGTCGAATTTGAACGGTAATGGCGGCATCCATGAGTTTAAGATGGATGAAGATTTC
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
MPAIPDEPLLAPNPDRFCMFPIQYPQVWEMYKKAEASFWTAEEVDLSQDLRHWESLTPDEKHFITHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMKEVQVAEARAFYGFQIAIENIHS
EMYSLLLETYIKDSNEKSRLFRAIETVPCVAKKAEWALKWIDSTESFAERILAFACVEGIFFSGSFCSIFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLHCDFACLLYSLLRKKL
SGDRVKEIVREAVDIEREFVCDALPVALVGMNGDLMSQYIEFVADRLLGALGYEKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFEKRVGDYQKASVMSNLNGNGGIHEFKMDEDF