; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

MS011238 (gene) of Bitter gourd (TR) v1 genome

Gene IDMS011238
OrganismMomordica charantia cv. TR (Bitter gourd (TR) v1)
DescriptionCOPII coat assembly protein SEC16, putative
Genome locationscaffold239:325203..325640
RNA-Seq ExpressionMS011238
SyntenyMS011238
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_011657724.1 early nodulin-20 [Cucumis sativus]4.1e-4573.1Show/hide
Query:  PPAPSLSPPVLRRRNSIPIPSSAAMTPPNGTVFPPPPPSPIDLRLLSFKSSSQSYTSLKDILP----STAAVNSPTAASAPNSGYEISIRNRLVKQAAWA
        PP+PS     LRR   +P   S+ M PPN  V PPPPPSPI+L LLSFKSSSQSYTSLKDILP    S AAVNSPTAAS  NS YEISIRNRLVKQAAWA
Subjt:  PPAPSLSPPVLRRRNSIPIPSSAAMTPPNGTVFPPPPPSPIDLRLLSFKSSSQSYTSLKDILP----STAAVNSPTAASAPNSGYEISIRNRLVKQAAWA

Query:  YLQPMSASSYSAGPNFFHRICLRLSAGNPITDCLGFIRGTVIPAI
        YLQPMSASSYSAGPNFFHR CLR S GNPI  C GFIR +++PAI
Subjt:  YLQPMSASSYSAGPNFFHRICLRLSAGNPITDCLGFIRGTVIPAI

XP_022132713.1 uncharacterized protein LOC111005510 [Momordica charantia]3.0e-7298.63Show/hide
Query:  DGSAAPPAPSLSPPVLRRRNSIPIPSSAAMTPPNGTVFPPPPPSPIDLRLLSFKSSSQSYTSLKDILPSTAAVNSPTAASAPNSGYEISIRNRLVKQAAW
        DGSAAPPAPSLSPPVLRRRNSIPIPSSAAMTPP+GTVFPPPPPSPIDLRLLSFKSSSQSYTSLKDILPSTAAVNSPTAASAPNSGYEISIRNRLVKQAAW
Subjt:  DGSAAPPAPSLSPPVLRRRNSIPIPSSAAMTPPNGTVFPPPPPSPIDLRLLSFKSSSQSYTSLKDILPSTAAVNSPTAASAPNSGYEISIRNRLVKQAAW

Query:  AYLQPMSASSYSAGPNFFHRICLRLSAGNPITDCLGFIRGTVIPAI
        AYLQPMSASSYSAGPNFFHR+CLRLSAGNPITDCLGFIRGTVIPAI
Subjt:  AYLQPMSASSYSAGPNFFHRICLRLSAGNPITDCLGFIRGTVIPAI

XP_022926106.1 uncharacterized protein LOC111433319 [Cucurbita moschata]2.4e-4576.76Show/hide
Query:  PPAPSLSPPVLRRRNSIPIPSSAAMTPPNGTVFPPPPPSPIDLRLLSFKSSSQSYTSLKDILPSTA-AVNSPTAASAPNSGYEISIRNRLVKQAAWAYLQ
        PP+PS SP  L RR+ IP   S+AM P NGT+ P PPPSPIDLRLLS KSSSQSYTSLKDILPS+A AVNSPTAAS  NSGYEI IRNRLVKQAAWAYLQ
Subjt:  PPAPSLSPPVLRRRNSIPIPSSAAMTPPNGTVFPPPPPSPIDLRLLSFKSSSQSYTSLKDILPSTA-AVNSPTAASAPNSGYEISIRNRLVKQAAWAYLQ

Query:  PMSASSYSAGPNFFHRICLRLSAGNPITDCLGFIRGTVIPAI
        PMSASSYSAGPN FH + LR S GNPI+ CLGFIRG +IP+I
Subjt:  PMSASSYSAGPNFFHRICLRLSAGNPITDCLGFIRGTVIPAI

XP_022979075.1 uncharacterized protein LOC111478820 [Cucurbita maxima]6.3e-4677.46Show/hide
Query:  PPAPSLSPPVLRRRNSIPIPSSAAMTPPNGTVFPPPPPSPIDLRLLSFKSSSQSYTSLKDILPSTA-AVNSPTAASAPNSGYEISIRNRLVKQAAWAYLQ
        PP+PS SP  L RR+ IP   S+AM P NGT+ P PPPSPIDLRLLS KSSSQSYTSLKDILPS+A AVNSPTAAS  NSGYEI IRNRLVKQAAWAYLQ
Subjt:  PPAPSLSPPVLRRRNSIPIPSSAAMTPPNGTVFPPPPPSPIDLRLLSFKSSSQSYTSLKDILPSTA-AVNSPTAASAPNSGYEISIRNRLVKQAAWAYLQ

Query:  PMSASSYSAGPNFFHRICLRLSAGNPITDCLGFIRGTVIPAI
        PMSASSYSAGPN FHR  LR S GNPI+ CLGFIRG +IP+I
Subjt:  PMSASSYSAGPNFFHRICLRLSAGNPITDCLGFIRGTVIPAI

XP_038883302.1 uncharacterized protein LOC120074291 [Benincasa hispida]1.2e-4779.31Show/hide
Query:  PPAPSLSPPVLRRRNSIPIPSSAAMTPPNGT---VFPPPPPSPIDLRLLSFKSSSQSYTSLKDILPS-TAAVNSPTAASAPNSGYEISIRNRLVKQAAWA
        PP+PSLS   LR R  IP   S+ M PPNGT   V PPPPPSPI+LRLLSFKSSSQSYTSLKDILPS +AAVNSPTAAS  NSGYEISIRNRLVKQAAWA
Subjt:  PPAPSLSPPVLRRRNSIPIPSSAAMTPPNGT---VFPPPPPSPIDLRLLSFKSSSQSYTSLKDILPS-TAAVNSPTAASAPNSGYEISIRNRLVKQAAWA

Query:  YLQPMSASSYSAGPNFFHRICLRLSAGNPITDCLGFIRGTVIPAI
        YLQPMSASSYSAGPNFFHR  LR S  NPI  CLGFIRGT+IPAI
Subjt:  YLQPMSASSYSAGPNFFHRICLRLSAGNPITDCLGFIRGTVIPAI

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KHJ9 Uncharacterized protein2.0e-4573.1Show/hide
Query:  PPAPSLSPPVLRRRNSIPIPSSAAMTPPNGTVFPPPPPSPIDLRLLSFKSSSQSYTSLKDILP----STAAVNSPTAASAPNSGYEISIRNRLVKQAAWA
        PP+PS     LRR   +P   S+ M PPN  V PPPPPSPI+L LLSFKSSSQSYTSLKDILP    S AAVNSPTAAS  NS YEISIRNRLVKQAAWA
Subjt:  PPAPSLSPPVLRRRNSIPIPSSAAMTPPNGTVFPPPPPSPIDLRLLSFKSSSQSYTSLKDILP----STAAVNSPTAASAPNSGYEISIRNRLVKQAAWA

Query:  YLQPMSASSYSAGPNFFHRICLRLSAGNPITDCLGFIRGTVIPAI
        YLQPMSASSYSAGPNFFHR CLR S GNPI  C GFIR +++PAI
Subjt:  YLQPMSASSYSAGPNFFHRICLRLSAGNPITDCLGFIRGTVIPAI

A0A5A7SL81 Putative COPII coat assembly protein SEC163.4e-4574.13Show/hide
Query:  PPAPSLSPPVLRRRNSIPIPSSAAMTPPNGTVFPPPPPSPIDLRLLSFKSSSQSYTSLKDILP--STAAVNSPTAASAPNSGYEISIRNRLVKQAAWAYL
        PP+PS     LRR   +P   S+ M PPN  V PPPPPSPI+L LLSFKSSSQSYTSLKDILP  S AAVNSPTAAS  NS YEISIRNRLVKQAAWAYL
Subjt:  PPAPSLSPPVLRRRNSIPIPSSAAMTPPNGTVFPPPPPSPIDLRLLSFKSSSQSYTSLKDILP--STAAVNSPTAASAPNSGYEISIRNRLVKQAAWAYL

Query:  QPMSASSYSAGPNFFHRICLRLSAGNPITDCLGFIRGTVIPAI
        QPMSASSYSAGPNFFHR CLR S GNPI  C GFI  ++IPAI
Subjt:  QPMSASSYSAGPNFFHRICLRLSAGNPITDCLGFIRGTVIPAI

A0A6J1BX34 uncharacterized protein LOC1110055101.5e-7298.63Show/hide
Query:  DGSAAPPAPSLSPPVLRRRNSIPIPSSAAMTPPNGTVFPPPPPSPIDLRLLSFKSSSQSYTSLKDILPSTAAVNSPTAASAPNSGYEISIRNRLVKQAAW
        DGSAAPPAPSLSPPVLRRRNSIPIPSSAAMTPP+GTVFPPPPPSPIDLRLLSFKSSSQSYTSLKDILPSTAAVNSPTAASAPNSGYEISIRNRLVKQAAW
Subjt:  DGSAAPPAPSLSPPVLRRRNSIPIPSSAAMTPPNGTVFPPPPPSPIDLRLLSFKSSSQSYTSLKDILPSTAAVNSPTAASAPNSGYEISIRNRLVKQAAW

Query:  AYLQPMSASSYSAGPNFFHRICLRLSAGNPITDCLGFIRGTVIPAI
        AYLQPMSASSYSAGPNFFHR+CLRLSAGNPITDCLGFIRGTVIPAI
Subjt:  AYLQPMSASSYSAGPNFFHRICLRLSAGNPITDCLGFIRGTVIPAI

A0A6J1EDY2 uncharacterized protein LOC1114333191.2e-4576.76Show/hide
Query:  PPAPSLSPPVLRRRNSIPIPSSAAMTPPNGTVFPPPPPSPIDLRLLSFKSSSQSYTSLKDILPSTA-AVNSPTAASAPNSGYEISIRNRLVKQAAWAYLQ
        PP+PS SP  L RR+ IP   S+AM P NGT+ P PPPSPIDLRLLS KSSSQSYTSLKDILPS+A AVNSPTAAS  NSGYEI IRNRLVKQAAWAYLQ
Subjt:  PPAPSLSPPVLRRRNSIPIPSSAAMTPPNGTVFPPPPPSPIDLRLLSFKSSSQSYTSLKDILPSTA-AVNSPTAASAPNSGYEISIRNRLVKQAAWAYLQ

Query:  PMSASSYSAGPNFFHRICLRLSAGNPITDCLGFIRGTVIPAI
        PMSASSYSAGPN FH + LR S GNPI+ CLGFIRG +IP+I
Subjt:  PMSASSYSAGPNFFHRICLRLSAGNPITDCLGFIRGTVIPAI

A0A6J1IS66 uncharacterized protein LOC1114788203.1e-4677.46Show/hide
Query:  PPAPSLSPPVLRRRNSIPIPSSAAMTPPNGTVFPPPPPSPIDLRLLSFKSSSQSYTSLKDILPSTA-AVNSPTAASAPNSGYEISIRNRLVKQAAWAYLQ
        PP+PS SP  L RR+ IP   S+AM P NGT+ P PPPSPIDLRLLS KSSSQSYTSLKDILPS+A AVNSPTAAS  NSGYEI IRNRLVKQAAWAYLQ
Subjt:  PPAPSLSPPVLRRRNSIPIPSSAAMTPPNGTVFPPPPPSPIDLRLLSFKSSSQSYTSLKDILPSTA-AVNSPTAASAPNSGYEISIRNRLVKQAAWAYLQ

Query:  PMSASSYSAGPNFFHRICLRLSAGNPITDCLGFIRGTVIPAI
        PMSASSYSAGPN FHR  LR S GNPI+ CLGFIRG +IP+I
Subjt:  PMSASSYSAGPNFFHRICLRLSAGNPITDCLGFIRGTVIPAI

SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G52520.1 unknown protein4.6e-1050Show/hide
Query:  IDLRLLSFKSSSQS----YTSLKDILPSTA-AVNSPT---AASAPNSGYEISIRNRLVKQAAWAYLQPMSASSYSAGPNFFHRI
        +DL L+S   SS+     YTSLKDILPS++  V+SP    A ++  SG  I+IRNRLVKQAA +YLQP S  + S+ P+F  R+
Subjt:  IDLRLLSFKSSSQS----YTSLKDILPSTA-AVNSPT---AASAPNSGYEISIRNRLVKQAAWAYLQPMSASSYSAGPNFFHRI

AT5G06280.1 unknown protein8.3e-1242.75Show/hide
Query:  PSLSPPVLRRRNSIPIPSSAAMTPPNGTV-FPPPPPSPIDLRLLSFKSSS-QSYTSLKDIL--PSTAAVNSPTAASA-----PNSGYEISIRNRLVKQAA
        PS SP    RR    I +   +TPP         PPS  D  L+S K SS  +YTSL+DI+  P  +++N P+   +       +  +ISIRNRLVKQAA
Subjt:  PSLSPPVLRRRNSIPIPSSAAMTPPNGTV-FPPPPPSPIDLRLLSFKSSS-QSYTSLKDIL--PSTAAVNSPTAASA-----PNSGYEISIRNRLVKQAA

Query:  WAYLQP--MSASSYSAGPNFFHRICLRLSAG
         +YLQP  +++S  SAG  FF R+ L LSAG
Subjt:  WAYLQP--MSASSYSAGPNFFHRICLRLSAG

AT5G06280.3 unknown protein8.3e-1242.75Show/hide
Query:  PSLSPPVLRRRNSIPIPSSAAMTPPNGTV-FPPPPPSPIDLRLLSFKSSS-QSYTSLKDIL--PSTAAVNSPTAASA-----PNSGYEISIRNRLVKQAA
        PS SP    RR    I +   +TPP         PPS  D  L+S K SS  +YTSL+DI+  P  +++N P+   +       +  +ISIRNRLVKQAA
Subjt:  PSLSPPVLRRRNSIPIPSSAAMTPPNGTV-FPPPPPSPIDLRLLSFKSSS-QSYTSLKDIL--PSTAAVNSPTAASA-----PNSGYEISIRNRLVKQAA

Query:  WAYLQP--MSASSYSAGPNFFHRICLRLSAG
         +YLQP  +++S  SAG  FF R+ L LSAG
Subjt:  WAYLQP--MSASSYSAGPNFFHRICLRLSAG


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
GACGGCTCCGCCGCACCGCCAGCGCCGTCGCTATCACCACCAGTTCTCCGCCGCAGAAACTCGATTCCGATTCCCTCCTCCGCCGCCATGACTCCGCCAAACGGCACCGT
TTTCCCCCCTCCGCCGCCCTCGCCGATTGACTTGAGGCTCCTCTCCTTCAAGTCCTCCTCCCAATCCTACACCTCCCTCAAGGACATCCTCCCCTCCACCGCCGCCGTCA
ACTCTCCGACCGCCGCCTCCGCCCCTAACTCCGGCTACGAAATCTCGATCCGCAACCGCCTCGTTAAGCAGGCCGCCTGGGCTTACCTCCAGCCTATGTCCGCCTCTTCC
TATTCCGCCGGCCCTAATTTTTTCCACCGTATCTGCCTCCGCCTCTCCGCCGGAAATCCGATCACCGATTGTCTCGGATTCATCAGAGGGACTGTAATCCCGGCCATT
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
GACGGCTCCGCCGCACCGCCAGCGCCGTCGCTATCACCACCAGTTCTCCGCCGCAGAAACTCGATTCCGATTCCCTCCTCCGCCGCCATGACTCCGCCAAACGGCACCGT
TTTCCCCCCTCCGCCGCCCTCGCCGATTGACTTGAGGCTCCTCTCCTTCAAGTCCTCCTCCCAATCCTACACCTCCCTCAAGGACATCCTCCCCTCCACCGCCGCCGTCA
ACTCTCCGACCGCCGCCTCCGCCCCTAACTCCGGCTACGAAATCTCGATCCGCAACCGCCTCGTTAAGCAGGCCGCCTGGGCTTACCTCCAGCCTATGTCCGCCTCTTCC
TATTCCGCCGGCCCTAATTTTTTCCACCGTATCTGCCTCCGCCTCTCCGCCGGAAATCCGATCACCGATTGTCTCGGATTCATCAGAGGGACTGTAATCCCGGCCATT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
DGSAAPPAPSLSPPVLRRRNSIPIPSSAAMTPPNGTVFPPPPPSPIDLRLLSFKSSSQSYTSLKDILPSTAAVNSPTAASAPNSGYEISIRNRLVKQAAWAYLQPMSASS
YSAGPNFFHRICLRLSAGNPITDCLGFIRGTVIPAI